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肠道病毒71型SHZH03结构蛋白基因的遗传进化分析
目的 对SHZH03株、SHZH98株、亚洲流行株(台湾98年、日本99年、及新加坡2000和2001年流行株等)以及一部分欧洲流行株等的结构蛋白基因进行遗传进化分析.方法 在对肠道病毒71型中国(深圳)分离株SHZH03进行全基因组序列测定的基础上,利用DNA-STAR软件对结构蛋白基因进行遗传进化分析.结果 SHZH03和SHZH98与亚洲流行株中的台湾98流行株、日本99流行株的遗传距离较近,而与新加坡2000和2001年流行株的遗传距离较远;SHZH03株与一些欧洲流行株有较大的差异.结论 我国深圳地区流行的肠道病毒71型有可能来源于台湾1998年EV71大规模流行时的毒株.
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云南大理猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查
目的：了解云南大理农村的猪群中戊型肝炎病毒（ hepatitis E virus， HEV）感染情况，为HEV的防控提供理论依据。方法利用逆转录巢式聚合酶链反应（ RT?nested PCR）技术，对所采集大理41份猪粪便样品进行HEVORF2基因部分片段扩增，经琼脂糖凝胶电泳后对目的条带进行回收纯化及克隆测序，序列利用DNAStar和MEGA4．0软件进行同源性比较和进化树构建。结果 RT?nested PCR方法扩增出348 bp目的基因序列，系统进化树显示该病毒属于基因4型h亚型HEV。此次实验共检测41份猪粪便样品，其中23份为阳性，阳性率为56．10％。结论大理猪群存在较高的HEV感染率，存在HEV跨种间感染人的风险，应该加强防控以免HEV爆发流行。
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2008-2010年湖南省哨点医院手足口病病原学检测结果及基因特征分析
目的 针对2008-2010年湖南省哨点医院手足口病实验室检测结果 及其基因特征进行分析,为湖南省手足口病的综合防治提供参考资料.方法 收集湖南省哨点医院2008-2010年手足口病病例送检的咽拭子、粪便等标本,用RD、Hep-2细胞对标本进行病毒分离,应用RT-PCR及Real time-PCR技术检测原始样本和分离阳性毒株中的肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)、非EV71和CVA16的其它肠道病毒(EV),将分离到的EV71采用RT-PCR方法 进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行序列测定和分析.结果 2008-2010年湖南省哨点医院HFMD患者2 448例的各类标本中检测到EV71病毒阳性1 228份,CVA16病毒阳性169份,EV71和CVA16病毒核酸同时阳性12份,非EV71和CVA16的其它肠道病毒(以下简称为EV)阳性518份,病原谱构成以EV71型为主,其构成比为63.73%(1 228/1 927),其次EV占26.88%(518/1 927)、CVA16占8.77%(169/1 927)、EV71+CVA16混合感染占0.62%.三种不同型别肠道病毒在每月中均有报告,EV71为优势病原体,4-7月达到峰值,其次为EV型,CVA16型每月维持在低水平的感染.HFMD病例人群男性高于女性(1.95:1),1～3岁儿童是重症病例数及死亡病例数多年龄段;湖南省14个地市(州)HFMD的病原谱均以EV71型为主.对845份阳性标本进行病毒分离,共获得肠道病毒211株,其中EV71型131株,CVA16病毒19株,非EV71和CVA16的其它EV型49株,混合感染12株.13株EV71 VP1编码区全长序列之间核苷酸同源性为97.35%～100%,氨基酸同源性为98.2%～100%,基因型为Caa亚型.结论 EV71型是2008-2010年湖南省手足口病流行的主要病原,也是引起手足口重症病例和死亡病例的主要毒株类型,属于C4a亚型.
关键词： 手足口病 逆转录-多聚酶链反应 肠道病毒属 肠道病毒71型 柯萨奇病毒A组16型 基因组 序列测定 进化分析 -
北京市丰台区首起GⅡ.8诺如病毒暴发疫情的实验室鉴定及基因特征分析
目的 对北京市丰台区某小学2014年5-6月间首起GⅡ.8诺如病毒感染性肠胃炎暴发疫情进行病原体鉴定及基因分型,为防控提供科学依据. 方法 采用实时荧光定量PCR法对12份病例标本进行诺如病毒核酸检测,阳性标本经RT-PCR扩增RNA多聚酶区部分序列,使用BioEdit及Mega5.2.2软件对扩增序列进行同源性及进化分析. 结果 20件疫情标本检出12件诺如病毒核酸阳性,阳性率60.00％,序列分析表明为GⅡ.8型. 结论 此次诺如病毒感染性腹泻暴发疫情可能是由于学生间接触传播导致,是丰台区首次发现由GⅡ.8型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情,需要加强监测.
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中国HCV 2a的分子流行病学研究
目的 对我国HCV 2a亚型的分子流行病学进行研究.方法 收集全国18个省、直辖市HCV感染患者标本776份,逆转录巢式PCR扩增E1基因,通过比对得出HCV基因分型.从NCBI数据库中下载HCV 2a序列作参考序列,与此次的HCV 2a序列进行分析.在 Exponential模型下进行进化树构建以及BSP曲线绘制.结果 扩增E1基因664份,有8种亚型及HCV 6新亚型:1a、1b、1c、2a、3a、3b、6a、6n、6new的例数分别为10、392、3、127、28、48、44、6、6份.进化树分析显示HCV 2a于20世纪60年代早期分成了两簇,cluster Ⅰ全是来自中国的序列,主要是来自西北的序列,cluster Ⅱ包括了来自全球的序列,clusterⅤ、Ⅵ和Ⅶ显示日本与中国形成各自的传播网络,而cluster Ⅷ和Ⅸ均可以看出是由日本传到中国. BSP曲线显示1992—1996年增长速率明显较快.结论 全国范围内,HCV 1b为主要亚型,2a次之,HCV 2a尤其在我国北方、东北、西北等省、直辖市分布比较高,还是应该引起足够的重视.进化分析显示HCV 2a一部分序列是由日本传到中国.
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遗传进化分析在广东省一起HCV“暴发流行”事件中的应用
目的:通过对广东省一起丙型肝炎病毒(HCV)“暴发流行”事件进行遗传进化分析来了解此次事件的起源时间和传播源头.方法:首先对“暴发流行”事件调查中的192例血清样本作为研究组进行基因分型,得到2a亚型和6a亚型,选取相应基因亚型的对照组样本,采用生物信息学相关软件进行遗传进化分析,通过构建的时间尺度树推断此次HCV可能的起源时间及传播源头.结果:此次“暴发流行”事件的192例患者中,66例为2a亚型,119例为6a亚型,未发现其它的基因亚型.对2a亚型数据集以及6a数据集分别进行遗传进化分析提示两者都主要起源于2～5年前,均符合医源性感染的特点.结论:此次广东省HCV“暴发流行”事件中HCV主要基因型为2a和6a,主要起源于2～5年前,符合医源性传播特点,随着时间的延长积累了众多病例导致“暴发”.
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广西狂犬病病毒M基因序列分析
目的 探讨广西13株狂犬病病毒M基因遗传变异特征及其与狂犬病在广西流行的关系.方法 用直接免疫荧光法(DFA)检测2006～2008年广西地区收集到的3961份犬脑组织标本,将榆测结果为阳性的脑组织标本进行RT-PCR扩增,双向测序M基因核苷酸序列,进行生物信息学分析.结果 DFA法检测阳性率为8.84%(350/3961),RT-PCR法检测阳性率为14.57%(51/350);获得相应区段的狂犬病病毒核苷酸序列13份;MP基因同源性分析表示,13株病毒核苷酸序列与氨基酸序列同源性范围为85.4%～100%和91.1%～99.5%,M基因氨基酸序列同源性普遍高于相应区段的核苷酸序列.种系发生分析显示,13株病毒标本均属于基因I型,除GX16毒株与国际上野生动物病毒基因I型分离株进化关系较近外,其他广西分离株与CTN疫苗株及宁夏街毒株进化关系较近.结论 13株狂犬病病毒株均属于基因I型狂犬病毒,但其在某些功能位点发生了变异.
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东莞市2015-2016年柯萨奇病毒A6型流行情况及特征分析
目的 研究东莞市2015-2016年手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CVA6)的流行情况及基因特征.方法 采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行检测,CVA6阳性标本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,扩增并测定VP1基因序列.从GenBank中选取其他CVA6代表株进行参考比对,利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树.结果 在1 145份标本中检出CVA6阳性标本580份,阳性率为50.66％ (580/1 145).序列比对显示,20株CVA6分离株VP1基因之间核苷酸同源性为93.6％～ 100.0％,氨基酸同源性为97.7％～100.0％.东莞市CVA6分离株VP1与近年来全球各地流行株核苷酸和氨基酸的同源性分别为93.4％～98.5％和97.0％～99.7％,与CVA6原型株Gdula以及我国山东省1996年分离株核苷酸和氨基酸相似性仅为82.5％～85.8％和94.1％～96.4％.系统进化树分析显示,2015-2016年东莞地区CVA6与近年来流行于世界各地的CVA6分离株同源性较高,而与原型株进化距离较远.结论 2015-2016年东莞市HFMD病原以CVA6为主,流行株为近年来流行于全国各地的CVA6新变种.
关键词： 手足口病 柯萨奇病毒A6型(CVA6) 进化分析 -
东莞市2014-2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析
目的 研究2014-2017年东莞市Ⅰ型登革病毒(DENV-1)流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征.方法 采用实时荧光PCR方法对2014-2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建.结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0％.以9月、10月为发病高峰期,占86.7％;男女比例为0.92∶1,20～ ＜70岁年龄组发病例数多,占75.1％;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街多,占76.4％.序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2％～99.6％,氨基酸同源性为96.4％～ 100.0％,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2％～100.0％和90.2％～ 100.0％.系统进化树分析显示,2014-2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主.所有8株分离株与原型株进化距离较远.结论 2014-2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行.
关键词： Ⅰ型登革病毒(DENV-1) E基因 基因亚型 序列同源性 进化分析 -
长沙人间布鲁菌分离株omp25基因扩增和系统进化分析
目的 了解长沙地区人间布鲁菌omp25基因的序列特征并阐明其系统进化关系,为布鲁菌病防控以及omp25基因克隆与表达研究提供参考.方法 根据GenBank公布的羊种布鲁菌16M的omp25基因序列设计1对PCR引物,采用PCR法从长沙地区布鲁菌分离株基因组中扩增omp25基因,产物用凝胶电泳进行分析后进行双向核苷酸序列测定,测序结果用DNAstar 7.1进行分析,将测序结果提交GenBank,并利用Mega 7软件构建布鲁菌长沙分离株系统进化树.结果 41株布鲁菌成功扩增出omp25基因片段,片段长度约640 bp,通过测序后Blast同源性分析,证实41株菌株均为羊种布鲁菌,长沙分离株与10株羊种布鲁菌序列100％相同,进化树显示长沙分离的布鲁菌和国内外羊种布鲁菌位于同一进化分支上,同广西的LA1105参考株亲缘关系近.结论 长沙地区人间布鲁菌分离株omp25基因序列与参考菌株序列同源性高,且与羊种布鲁菌在同一分支,表明omp25基因序列是一个保守序列.该研究结果可为布鲁菌的分子生物学鉴定和诊断试剂的研制提供参考.
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深圳市龙华区一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究
目的 对2017年深圳市龙华区一起输入性登革热病原体进行分子遗传学分析.方法 利用C6/36细胞从病人血清中分离登革热病毒(Dengue virus,DENV),对分离得到的DENV的E基因进行测定和系统发生树构建,结合现场流行病学资料对其分子遗传学进行分析.结果 成功分离得到1株DENV-1,命名为SZLH_17JB00855_2017.E基因的扩增获得两条目的产物,分别为1 010 bp和829 bp.目的产物经测序拼接后,终得到长为1 485 bp DNA序列;NCBI数据库多序列在线比对结果显示SZLH_17JB00855_2017毒株E基因与越南2007、2008及201 1年分离毒株E基因序列的覆盖率在99％～100％之间;系统发生树分析结果显示,SZLH_17JB00855_2017与VNBID-V 1686/2007、VNBID-V 1691/2007、VNBID-V3908/2008、VNBID-V3909/2008、VN09DX879/2011亲缘性近,与近年来广东省各地市暴发的分离株亲缘性较远.结论 现场流行病资料和实验室分子遗传学分析都提示本案例报告的登革热病例属于输入性病例,输入地极有可能是越南.
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西双版纳州2016年登革1型和2型病毒疫情的流行病学调查
目的 了解云南省西双版纳州2016年登革热流行特征和登革病毒血清型、基因型及其传播来源.方法 收集登革热病例资料,采集患者急性期血清标本,用RT-PCR法检测登革病毒核酸,并进行登革病毒C/PrM区核苷酸序列测定和进化分析.结果 2016年西双版纳州共确诊登革热病例53例,其中本地感染病例24例(勐腊县21例和景洪市3例),输入性病例29例(来自缅甸24例和老挝5例).流行月份为7-11月.病例年龄以20～49岁组为主,男女性别比为1.9∶1.蚊媒监测景洪5-10月布雷图指数(Breteau index,BI)为8.4～21,勐腊6-10月BI为7.6～18.2,勐海县9-10月BI为8.4～8.8,其它月份BI均小于5.从患者血清中获得13株登革病毒的C/PrM区基因核苷酸序列,进化分析表明,10株为登革病毒血清型1型(DENV-1)中的基因Ⅰ型(Genotype-Ⅰ,G-Ⅰ),3株为登革病毒血清型2型(DENV-2)的亚洲基因Ⅰ型(Asian genotypeⅠ,AG-Ⅰ),均为东南亚地区的优势基因型.无论DENV-1或DENV-2均与近几年云南省瑞丽市、临沧市和东南亚地区的同型流行株具有较近的亲缘关系.结论 西双版纳州2016年发生了包括本地和输入性病例并存的DENV-1 G-Ⅰ和DENV-2 AG-Ⅰ流行,并证实相邻的缅甸和老挝边境地区存在这两种血清型登革病毒流行,来自缅甸和老挝的输入性病例是引起西双版纳本地流行的主要原因.此为西双版纳首次发生DENV-1和DENV-2 AG-Ⅰ的本地流行.
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湖南狂犬病毒P基因和M基因分子遗传特征
目的 了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异. 方法 对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序. 结果 同源性分析表明,4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97.3%～99.4%和98.4%～99.8%;与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较.P基因分别为78.4%～90.2%和81.8%～86.8%;M基因的分别为81.8%～92.1%和84.7%～90.6%.4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98.0%～99.3%和98.5%～99.0%. 结论 4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异.进化关系表明,4株病毒均为基因I型狂犬病毒;与我国宁夏分离株近;与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近;而与翼手目的 毒株关系远.
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新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化
目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 血凝素 进化分析 -
广东珠海市2007年登革病毒分子流行病学分析
目的 了解2007年珠海市登革热暴发期间登革I型(ZH1067/07)及Ⅱ型(ZH1340/07)病毒序列特征和可能的传播来源.方法 以GenBank公布的病毒ABI78 040和M29 095为参考,分别设计PCR引物,扩增病毒ZH1067/07和ZH 1340/07全基因组的不同片段并测序,通过末端重叠序列进行拼接组成病毒全基因组序列.序列GenBank登录号分别为Eu359008和Eu359009.参考已公布的登革I/Ⅱ型病毒全基因组序列进行进化分析.结果 拼接后的登革I型病毒基因组全长10 735个核苷酸,经序列进化分析,属登革I型中的第1群(基因I型),与2004年分离自日本的登革I型毒株AB178040及分离自福建的登革I型毒株Fj231/04核苷酸同源性高,达99%(10 638/ 10735),经流行病学证据支持福建输入病例导致珠海本地暴发；拼接后的登革Ⅱ型病毒基因组全长10 723个核苜酸,经序列的进化分析,属登革Ⅱ型病毒中的第4群(基因Ⅳ型),与2005年分离自文莱的登革Ⅱ型EU179 857和EU179858两毒株距离近,核酸同源性99%,(10 609/10 705).流行病学调查证明2例均为澳门输入病例.结论 2007年珠海登革I型病毒ZH1 067/07可能来源于福建登革I型毒株Fj231/04,与来源于密克罗尼西亚的AB178 040有很近的亲缘关系；珠海登革Ⅱ型病毒ZH 1340/07可能由澳门输入,与文莱EU179 857有很近的亲缘关系,未导致珠海本地暴发.
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广州2002年登革病毒流行株的分离鉴定及进化分析
目的从2002年广州采集的可疑登革病人血清中分离登革病毒, 明确流行株的血清型及基因型,并鉴定该分离株的毒力.方法采集疑似登革热患者血清20份,应用C6/36细胞体外培养的方法进行病毒分离,并合成登革病毒通用引物,进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR) 后,将PCR扩增产物克隆到T载体进行序列测定和比对.确定血清型后,进一步扩增在病毒进化上有代表意义的病毒血清型特异性E/NS1连接区基因片段,测序后用邻位相连(N-J)法构建登革病毒进化树,分析此次登革病毒流行株的来源.通过乳鼠脑内接种及空斑实验,测定分离株的毒力.结果上述20份血清标本中,5份标本出现明显的细胞病变,主要表现为细胞融合,形成大小不一的空泡和网状结构.RT-PCR扩增、序列测定证实为登革病毒Ⅰ型.E/NS1连接区基因序列片段分析表明,2002年广州分离株(DEN-1/GZ2002)的核苷酸序列与基因型Ⅳ型的DEN-1/T14株(澳大利亚,1981)同源性高,达98%.N-J法构建进化树显示:11株DEN-1病毒分成3个基因群,分别与Rico-Hesse 1990分型中的Ⅰ, Ⅳ和Ⅴ型以及Ana P. Goncalvez 2002年分型中的亚洲型,南太平洋型和美洲/非洲型相符,本室分离的DEN-1/GZ2002株属于Ⅳ型或者称南太平洋型.DEN-1/GZ2002株脑内接种乳鼠11 d左右导致乳鼠弓背,后肢麻痹、瘫痪,直至死亡.感染Vero细胞8 d后可见小而不透明的空斑,病毒滴度可达106 pfu/ml,TCID50为 4.37 log pfu/0.2 ml.结论 2002年广州登革热流行为登革病毒Ⅰ型感染所致,病毒基因型为Ⅳ型,本实验虽然未明确毒力相关基因,动物实验及细胞感染实验证实该分离株的毒力较弱.
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2014-2016年昆明市手足口病非EV-A71、非CV-A16肠道病毒流行情况及基因特征
目的 探讨2014-2016年昆明市引起手足口病的非EV-A71、非CV-A16肠道病毒的病原构成及优势型别基因特征,从而为本地区手足口病防治提供科学依据.方法 收集2014-2016年昆明市手足口病病例标本3 767份,应用Real-time PCR法检测非EV-A71、非CV-A16肠道病毒并用RT-PCR方法扩增其阳性分离株的VP1基因片段,对扩增产物进行测序.利用序列结果进行型别鉴定,分别与各型代表株进行核苷酸、氨基酸同源性比较,构建系统进化树.结果 2014-2016年共检测标本3 676份,检出908份非EV-A71、非CV-A16肠道病毒核酸阳性病例标本,其中CV-A6型545例,CV-A10型158例,未分型205例.与引起手足口病的肠道病毒流行特征一致,非EV-A71、非CV-A16肠道病毒高发季节为4-7月;发病人群以6岁及以下儿童为主,尤以1～3岁儿童发病率高;男、女病例比例为1.65∶1,男性明显高于女性.进化分析显示,昆明市CV-A6型和CV-A10型肠道病毒的VP1序列与其各自的原型株同源性相对较低,与国内分离株有较高同源性.结论 2014-2016年昆明市的非EV-A71、非CoxA16型肠道病毒型别多样,优势型别主要是CV-A6型,处于F4亚分支;其次是CV-A10型,为C基因型.
关键词： 手足口病 流行特征 进化分析 柯萨奇病毒A组6型 柯萨奇病毒A组10型 -
寨卡病毒全基因组进化及变异情况分析
目的 通过构建寨卡病毒基因进化树以及比较氨基酸序列差异,了解寨卡病毒进化及基因变异情况.方法 从GenBank获取1947年后各来源、各地区的寨卡病毒全基因组序列以及氨基酸序列,构建进化树并对氨基酸序列进行比较与分析.结果 寨卡病毒非洲型与亚洲型毒株可各自聚类,2007年之后分离的毒株均为亚洲型;2016年分离自中国的14株寨卡病毒均为亚洲型,同源性高达99.1％～ 100.0％,氨基酸变异位点11个.结论 寨卡病毒的分子进化与地理分布有密切的关系;2015-2016年分离的毒株同源性较高,序列较为保守;中国的14株毒株序列相近,其中1118、1875、2445以及26344个氨基酸位点可能对各自蛋白的结构和功能有较大的影响.
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2006-2010年埃可病毒11型四川分离株的基因特征分析
目的 了解埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)四川分离株的基因特征.方法 对2006-2010年四川省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离到的9株E11进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析.结果 9株E11四川分离株之间核苷酸同源性为85.9％～96 0％,氨基酸同源性为96.0％ ～ 98.6％;与Gregory原型株之间的核苷酸同源性为77.6％～79.7％,氨基酸同源性为91.4％ ～93.1％.9株E11均为A基因型,其中8株为A6基因亚型,1株为A5基因亚型.结论 2006-2010年E11四川分离株为A5和A6基因亚型,其中以A6基因亚型为主.
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2010-2013年成都市肠道病毒71型基因进化分析
目的 了解成都市2010-2013年肠道病毒71型VP1基因变异情况,为疾病防控提供依据.方法 选取2010-2013年(上)荧光PCR检测为EV71阳性标本,扩增测序其VP1全长,构建进化树并进行相关生物信息学分析.结果 25份标本基因亚型均为C4亚型,与阜阳株差异不大,核苷酸同源性82.72％ ～ 100％,氨基酸同源性为96.29％～ 100％,氨基酸变异位点11个.结论 成都市2010-2013年(上)肠道病毒71型变异不明显,但需关注关键氨基酸突变位点及其可能带来的防控挑战.
