首页 > 文献资料
-
柯萨奇病毒A组天津分离株的分型鉴定及分子特征分析
目的 鉴定天津市手足口病病原体柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型,并分析其VP1区基因及分子流行病学特征.方法 提取45株非EV71非CV-A16肠道病毒分离株核酸,利用RT-PCR法扩增其VP1基因并测序,然后根据VP1区基因核酸序列,进行肠道病毒型别鉴定和同源性分析,构建种系发生树.结果 45株非EV71非CV-A16肠道病毒天津分离株分别为6株柯萨奇病毒A组2型(Coxsackie virus A2,CV-A2),14株CV-A4,3株CV-A5,8株CV-A6和14株CV-A10.柯萨奇病毒各型的株间核酸序列同源性均在80％以上,各型分离株与原型株的同源性均在71.2％ ～ 85.8％之间.天津各型分离株在种系发生树上均聚集于各自相对独立的分支,与国内流行株处在同一分支内,而与国外原型株处于不同的进化分支.结论柯萨奇病毒A组2、4、5、6和10型成为天津市手足口病的流行病原体,各型天津分离株株间核酸序列同源性较高,呈现一定的区域聚集性.
-
基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程
RIVEM是一款通过球面投射的方式在平面上绘制二十面体病毒衣壳结构的软件工具,因为开发时间较早,目前无法直接识别RCSB PDB数据库中绝大多数肠道病毒的三维结构文件.为此本研究发展了将RCSB PDB坐标体系转换到RIVEM PDB坐标体系的算法,开发了基于RIVEM的人肠道病毒衣壳表面结构绘制流程,并将该流程应用到PSGL-1和SCARB2这两个重要的肠道病毒受体的研究中.结果显示:构建的流程成功的绘制了RCSBPDB数据库中人肠道病毒的衣壳表面结构.与PyMol相比,RIVEM绘制的衣壳表面结构具有信息量更大,更便于研究衣壳与受体和抗体之间的相互作用关系等优点.对于广大非结构生物学专业的病毒学研究者来说,该流程能够促进RIVEM在衣壳与受体、抗体和抗病毒药物的相互作用、抗原表位、结构蛋白变异的监测以及肠道病毒致病机制等研究领域中的应用.该流程也能直接推广到包括脊髓灰质炎病毒、甲肝病毒和口蹄疫病毒在内的其他小RNA病毒的研究中.
-
基于VP4基因扩增和序列测定快速检测鉴别人肠道病毒的研究
目的 建立基于小核糖核酸(RNA)病毒结构蛋白HVP4基因序列测定,对人肠道病毒(HEV)进行快速检测和分型的分子生物学方法.方法 应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对2004年321例急性弛缓性麻痹(AFP)病例粪便标本进行病毒核酸提取和扩增VP4基因,然后对扩增产物测序,通过序列的分析鉴定病毒型别.结果 321份AFP病例粪便标本上清液,共检出阳性134份.获得VP4有效序列54条,其中37例RD、L20B细胞培养未检出的样本,检出HEV10例,脊髓灰质炎病毒(PV)5例,柯萨奇病毒(CV)9例,人鼻病毒(HRV)12例,埃可病毒(ECV)1例;9例细胞培养为其它HEV的样本,检出CV5例,EV2例,HRV2例;RD、L20B细胞培养结果6例与VP4测序结果相符.结论 应用VP4序列测定对HEV进行快速诊断和分型是一种快速简单的分子生物学方法,可用于HEV感染引起的爆发疫情的病原学诊断.
-
遵义市手足口病危险因素及患儿关联场所的肠道病毒污染状况调查
目的 探讨遵义市手足口病发病危险因素及患儿关联的公共场所的肠道病毒污染状况.方法 2012年6月6～12日在遵义市城区的3家医院采用成组病例-对照研究方法现场调查手足口病发病危险因素,资料用SPSS 18.0进行单因素和多因素Logistic回归分析,对患儿关联的公共场所进行涂抹采样,用实时荧光PCR检测人肠道病毒.结果 近1周手足口病接触史(OR=11.43,95％CI:1.84～70.84)是手足口病发病的危险因素,看护人便后洗手(OR =0.11,95％CI:0.01 ～0.94)和看护人护理小孩前洗手(OR =0.11,95％CI:0.02 ～0.54)是手足口病发病的保护因素.共采集94份涂抹样,7份检出其他肠道病毒,检出率7.45％,其中医院观察室护士手阳性率16.67％ (1/6),医院门诊/观察室地面阳性率7.69％ (1/13),医院门诊/观察室门把手阳性率33.33％ (2/6),医院门诊/观察室椅子阳性率16.67％ (1/6),接种医生手阳性率14.29％ (1/7),幼儿园桌面阳性率16.67％ (1/6).结论 遵义市儿童聚集场所存在肠道病毒污染,接触传播是手足口病主要传播方式之一.应妥善管理传染源,针对婴幼儿看护人开展健康教育,做好儿童聚集场所的消毒,对控制手足口病意义重大.
-
天津市2013年手足口病病原检测及基因特征
目的 对天津市2013年手足口病(HFMD)进行病原学检测,并对引起HFMD的病原体进行基因特征分析,为天津市HFMD的防控提供基础资料.方法 采用real time RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行核酸检测,对部分阳性标本进行病毒分离;并对病毒分离株进行分型鉴定和种系发生进化分析.结果 2013年共检测HFMD疑似病例1 728例,其中检出阳性1 390例,总阳性率为80.44％(EV71占16.38％,CVA16占11.46％,CVA6占43.92％,CVA10占1.56％,其他占7.12％);病毒分离株分型鉴定结果显示,获得的12个基因型别分别属于A、B两组肠道病毒;种系发生树分析显示在各基因型中,天津分离株与中国大陆或周边国家流行株亲缘关系较近.结论 2013年天津市HFMD流行的病原谱构成呈现多样性,CVA6是优势病原体.
关键词： 手足口病(HFMD) 人肠道病毒 病原谱 基因型 种系发生树 -
人肠道病毒分型方法和鉴定技术的研究进展
近年来,随着分子生物学和生物信息学的进步,人肠道病毒基因序列分析应用广泛,基因测序自动化发展迅速,促进了人肠道病毒分型方法和鉴定技术的发展.鉴于新型人肠道病毒不断被报道,人肠道病毒的范围目前明显扩大,本文就人肠道病毒分型方法和鉴定技术研究进展作一综述.
-
对人肠道病毒及其感染的再认识
长期以来,由于人肠道病毒种类众多,以隐性感染为主,引起的疾病症状从轻到重、表现多样,病原检测手段有限等原因,人们对人肠道病毒及其感染的基础与临床研究缺乏全面了解和认识.随着病毒学、分子生物学等技术的发展,特别是近年来各国频发人肠道病毒所致手足口病的流行,有必要对其及所致疾病再认识.
-
2012年济南市手足口病病原学及流行特征
目的 分析2012年济南市手足口病的病原学及流行特征.方法 采用实时荧光定量PCR方法(real-timePCR),同时检测肠道病毒71型(HEV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)及肠道病毒其他型(PE).结果 2012年济南市各医院所送手足口病样本859例(包括重症46例),阳性662例,总阳性率为77.1％;其中HEV71占22.1％ (190/859),CVA16占41.9％ (360/859),HEV71和CVA16混合感染占0.9％ (8/859),非HEV71和CVA16的肠道病毒其他型(PE)占12.1％ (104/859).病例多发生于6岁以下儿童,普通病例中以CVA16感染为主;重症多发生于3岁以下儿童,以HEV71感染为主.结论 2012年济南市手足口病病原以CVA16为主,并存在HEV71和CVA16混合感染;重症病例以HEV71为主,多发生于3岁以下儿童.
-
非融合绿色荧光蛋白标记EV71型人肠道病毒的构建
目的 构建非融合绿色荧光蛋白(EGFP)标记的肠道病毒71型(EV71),为EV71抗病毒机制研究及抗病毒药物的筛选提供方法.方法 取野生型病毒EV71,在EV71基因组的3D蛋白编码区后添加HBV的link序列,将EGFP基因连入link与EV71型病毒3′非翻译区之间,构建EGFP标记的EV71病毒基因组,并转染横纹肌瘤RD细胞以获得EV71-link-EGFP重组病毒.采用PCR方法鉴定重组病毒中link、EGFP位置.感染RD细胞后24、48、72、96、120、144和168 h时收获病毒,采用组织半数感染量法测定病毒滴度,绘制病毒生长曲线,比较重组病毒与野生型病毒的生长动力学.RT-PCR测定EGFP转录表达.将重组病毒感染RD细胞后72 h裂解,采用Western blotting法检测RD细胞中GFP、P1蛋白的表达情况.重组病毒感染RD细胞后,经过13轮传代,Western blotting法检测EGFP基因稳定性.结果 RD细胞内表达较强的GFP荧光,病毒感染细胞后病毒的mRNA正常表达,重组病毒中link序列、EGFP基因链接位置正常,证实EV71-link-EGFP重组病毒拯救成功.重组病毒滴度的曲线峰值与野生型病毒滴度的峰值相同.重组病毒中EGFP的表达在48 h时高.重组病毒中GFP和P1蛋白表达正常稳定.经过13轮传代,第13代重组病毒表达的GFP蛋白与第1代无明显差别.结论 通过添加link序列成功构建了非融合表达的EV71-link-EGFP重组病毒,可在RD细胞中良好生长并高效表达EGFP,且具有稳定的遗传性.
-
钦州市2011年手足口病病原体监测结果分析
目的:了解钦州市手足口病的病原学和流行特征以及发病趋势,为我市手足口病的防控提供科学的依据.方法:设立监测网络哨点,采集患者的咽拭子和肛拭子标本,采用RT-PCR方法对手足口病的肠道病毒核酸进行检测.结果:2011年全年检测手足口轻型病例标本192份,检出人肠道病毒核酸阳性158份,总阳性率82.29％,其中EV71核酸阳性20份,占10.42％,CoxA16核酸阳性68份,占35.42％,其他EV核酸阳性70份,占36.46％.结论:2011年钦州市发生的手足口病主要由CoxA16型和其他EV引起.
-
2011年-2012年合山市手足口病病原监测结果分析
目的 分析合山市手足口病的病原学特征和流行趋势,为手足口病的预防和控制提供依据.方法 采集哨点医院临床诊断为手足口病患儿的肛拭子,采用实时定量荧光PCR(real-time PCR)方法对手足口病肠道病毒核酸进行检测.结果 2011年-2012年共检测患儿标本254份,检出人体肠道病毒核酸阳性216份,总阳性率为85.04％,其中EV71核酸阳性144份,占56.69％;CoxA16核酸阳性18份,占7.09％;其他EV-U核酸阳性54份,占21.26％.阳性标本中男女比例为2.1∶1;发病较高的月份为9月-12月.散居儿童发病率高于幼托机构儿童,差异有统计学意义(P＜0.005).结论 2011年-2012年合山市手足口病患儿的肠道病毒主要为EV71,是引起重症手足口病的主要病原体.1岁～3岁儿童发病率高,发病高峰期为秋季和冬季.
-
贵州省2013年上半年手足口病病原监测分析
目的 了解贵州省2013年上半年手足口病病原谱及分布特征,为防控提供信息.方法 各县(市、区)收集临床患者基本信息及标本送属地市(州)疾控中心,标本用realtime-PCR技术检测肠道病毒,对结果进行描述性分析.结果 共对4792例病例采集咽拭子和/或肛拭子等4836份检测,肠道病毒感染者2660例(感染率55.51％),60.94％为其他肠道病毒,25.75％为EV71,8.46％为CA16,4.40％为CA6,0.45％为EV71+ CA16.九市(州)除铜仁市以EV71(占74.51％)为主外,其余市(州)均以其他肠道病毒居多.3月-5月为感染高峰期.5岁及以下者占87.71％,呈2～岁组和5～岁组两个感染年龄峰.轻型病例以其他肠道病毒感染居多(63.29％),重症病例以其他肠道病毒(52.03％)和EV71 (43.33％)较多,死亡病例以EV71居多(60％).散发和聚集性病例均以其他肠道病毒居多(61.24％和58.00％).结论 贵州省大部分地区手足口病流行的病原谱发生变化,需进一步加强各项监测工作.
-
2012年上海市徐汇区人肠道病毒5′非编码区序列分析
目的 通过分析HEV的5′-UTR基因序列,确定上海市徐汇区手足口病(HFMD)病例中HEV的型别.方法 采集2012年HFMD患儿标本,采用Real time-RT-PCR分别检测HEV、EV71和CoxA16核酸,初步鉴定其型别.从中挑选未能分型的HEV毒株扩增其5′-UTR进行核苷酸序列测定,运用DNAStar和MEGAS.2软件进行序列分析.结果 26例标本均为HEV阳性:10例EV71阳性,5例CoxA16阳性,11例其他型HEV阳性.扩增11例未能分型的HEV标本的5 ′-UTR序列,9例测序成功,通过序列比对确定病毒型别:CoxA16 8例,CoxA10 1例.结论 上海市徐汇区HFMD患儿的主要病原是EV71和CoxA16,也存在着其他型别的HEV,如CoxA10,应加强HEV基因亚型的分布及流行特点的监测.
-
东莞市2011年手足口病肠道病毒型别分析
目的 了解引起东莞市2011年手足口病疫情的肠道病毒型别.方法 采用荧光RT-PCR方法对标本中总肠道病毒、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CVA16)进行特异性核酸检测.对非EV71非CVA16的其它肠道病毒采用VP4基因测序进行型别鉴定.结果 2011年共检测608份手足口病病例标本,537份为阳性,其中198份为EV71阳性(占36.87％),128份为CVA16阳性(占23.84％),211份为非EV71、非CVA16的其它肠道病毒阳性(占39.29％).对其它肠道病毒进行VP4基因测序分型,共获得50个可用序列,通过BLAST在线比对确定型别,1例CVA1,43例CVA6,4例CVA10,1例CVA12,1例CVB1.结论 2011年引起手足口病的非EV71非CVA16肠道病毒构成比已超过EV71和CVA16,成为东莞引起手足口病主要病原体之一,其中CVA6构成比较大,值得进一步研究.
-
2010-2014年渭南市手足口病病原学监测结果分析
目的 对渭南市2010-2014年手足口病(Hand-Foot-Mouth Disease,HFMD)病原学监测结果进行分析,了解渭南市手足口病流行特征,为手足口病防控提供病原学依据.方法 应用实时荧光定量PCR(Real-time RT-qPCR)法,对渭南市2010-2014年2 604份疑似手足口病标本进行人肠道病毒(Human Enterovirus,HEV)、肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A 16,CoxA 16)和其他人肠道病毒(other HEV)核酸检测.结果 2604份疑似手足口病标本中,HEV阳性率为51.50％(1341/2 604),EV71阳性率为22.08％ (575/2 604),CoxA16阳性率为13.56％(353/2 604),其他HEV阳性率为15.86％(413/2 604),HEV阳性病例男女比例为1.36∶1(772/567),手足口病流行时间以4-9月为主,年龄以5岁以下儿童为主.发病2d内手足口病阳性率高为74.53％(158/212).结论 2010年和2013年渭南市手足口病主要病原体是其他肠道病毒,2012年和2014年主要病原体是EV71,2013年主要病原体是EV71和CoxA16,5岁以下儿童是手足口病发病的主要人群,应尽早采集发病2d内的样品.
关键词： 手足口病 人肠道病毒 肠道病毒71型 柯萨奇病毒A组16型 -
2009-2014年云南省玉溪市手足口病流行病学研究
[目的]对2009-2014年玉溪市手足口病例流行病学和病原学分析,为手足病防控提供科学依据.[方法]对2009-2014年《中国疾病预防控制疾病监测信息报告管理系统》等手足口病监测数据进行描述性流行病学研究.[结果] 2009-2014年玉溪市手足口病流行呈现周期性趋势,高发区域呈片状分布,各县/区中心城区高发,郊区及城区结合部报告病例较少.患者全年发病,高峰主要集中在4-7月份和11月至次年1月,呈双峰型分布;发病年龄以5岁及以下儿童为主;发生了5次优势病原体的更替,在普通病例中EV71型和CoxAl6型手足口病所占比例分别为43.01％和41.71％,但EV71型手足口病在死亡病例及重症病例中所占比例分别为100％和85.13％,而其他肠道病毒和CoxAl6型分别占重症病例的7.81％和7.06％.[结论]玉溪市手足口病控制需要根据其流行规律和病原谱的变化情况,提出有针对性的控制措施,并对EV71型进行更加深入的亚型和流行病学研究,为制定预防控制策略提供依据.
-
人肠道病毒复制子的研究进展
人肠道病毒(human enteroviruses,HEVs)感染人类并造成严重的健康问题.目前缺乏针对HEVs的特异性抗病毒药物,且预防HEVs感染的疫苗的种类有限.HEVs的基因组结构简单且保守,故基于病毒基因组结构的病毒复制子已成为研究HEVs的重要工具,可用于病毒的分子生物学特性、病毒与宿主的关系及抗病毒药物的筛选及疫苗的研发等方面.现就HEVs复制子的研究进展作一综述.
-
人肠道病毒2A 蛋白酶生物学作用研究进展
人肠道病毒（HEVs）是近年来危害亚太地区婴幼儿健康的重要病原体。随着HEVs研究的进展，对其2A蛋白在病毒复制、关闭宿主蛋白合成以及逃避机体固有免疫反应等方面的作用有了进一步的认识。本文主要对2A蛋白酶的生物学功能作一综述，对相关病毒致病机制研究以及2A蛋白开发应用有启发作用。
