首页 > 文献资料
-
2a型丙型肝炎病毒5′非编码区的RACE扩增及二级结构的分析
目的获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒(HCV)5′非编码区 (5′UTR)cDNA,并分析其一级结构和二级结构,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础.方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)联合限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例2a型HCV感染者,采用cDNA 末端快速扩增技术(RACE)扩增出一条约800 bp的cDNA片段,A-T克隆,用RFLP与PCR鉴定重组子,全自动序列分析仪测定插入子序列,RNAdraw预测二级结构.结果 RACE法获得真全长2a型HCV 5′端序列.5个克隆中,3个克隆含全长5′UTR序列,与HCV-1,HC-C2,HC-J6,HC-J8相比,同源性分别为93.6%～94.4%, 92.1%～93.0%, 98.8%～99.7%,96.2%～96.5%,与2a型标准株HC-J6相比,21,170,222,247,339位不同,分别为G,A,C,C,T,但这些突变不影响其二级结构.另外2个克隆为5′端缺失突变株,分别缺失54 bp和144 bp.结论 RACE技术快速、有效、实用,可有效获得病毒基因组的末端序列;依此获得中国大陆2a型HCV的5′UTR cDNA;在感染者血液中存在5′端部分缺失的HCV基因片段.
关键词： 肝炎病毒 丙型 5′非编码区 序列分析 cDNA末端快速扩增技术 -
2012年上海市徐汇区人肠道病毒5′非编码区序列分析
目的 通过分析HEV的5′-UTR基因序列,确定上海市徐汇区手足口病(HFMD)病例中HEV的型别.方法 采集2012年HFMD患儿标本,采用Real time-RT-PCR分别检测HEV、EV71和CoxA16核酸,初步鉴定其型别.从中挑选未能分型的HEV毒株扩增其5′-UTR进行核苷酸序列测定,运用DNAStar和MEGAS.2软件进行序列分析.结果 26例标本均为HEV阳性:10例EV71阳性,5例CoxA16阳性,11例其他型HEV阳性.扩增11例未能分型的HEV标本的5 ′-UTR序列,9例测序成功,通过序列比对确定病毒型别:CoxA16 8例,CoxA10 1例.结论 上海市徐汇区HFMD患儿的主要病原是EV71和CoxA16,也存在着其他型别的HEV,如CoxA10,应加强HEV基因亚型的分布及流行特点的监测.
