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丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白6基因和蛋白的生物信息学分析
目的:克隆丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白结合的肝细胞的蛋白基因,对新发现的基因及编码产物的结构与功能,及其基因表达的调节机制的结构基础进行生物信息学分析.方法:应用酵母双杂交技术,以HCV的核心蛋白作为"诱饵(bait)",筛选鉴定与其结合的肝细胞中蛋白的编码基因.应用生物信息学(bioinformatics)技术,对其中筛选得到的人HCV核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)全长基因及其编码产物的一级结构序列,进行生物信息学分析.获得该基因的基因组序列,并利用同源基因序列的比对,确定该基因在染色体上的定位,并确定人HCBP6基因的内含子序列.对其编码上游的基因组DNA序列进行分析,获得该基因启动子序列的一些信息.同时,根据同源基因序列的比较,确定了小鼠HCBP6的基因序列和氨基酸残基序列.通过对氨基酸残基序列的疏水性特点的分析,确定了HCBP6蛋白的潜在的抗原结构位点.通过蛋白质一级结构的在线计算机软件的分析,对人HCBP6蛋白质一级结构潜在的功能性结构位点进行了计算机辅助分析预测.结果:通过酵母双杂交技术的筛选和鉴定,结合生物信息学分析,证实人HCBP6基因由456 nt组成,编码产物由152 aa组成.人HCBP6的基因组DNA是没有内含子序列的DNA结构.通过生物信息学技术分析,确定人HCBP6基因组DNA定位于人22号染色体上.在对人HCBP6基因启动子序列的生物信息学分析中发现了几段可能的启动子序列结构,以及可能的转录因子蛋白潜在的结合位点.利用同样的技术,确定了小鼠的HCBP6的基因序列和蛋白质一级结构序列.对人HCBP6的蛋白质一级结构序列进行分析,发现在其序列中第80-110氨基酸残基序列之间存在疏水性结构位点,提示抗原位点所在,对其进行免疫学分析提供了可能.利用在线软件,对人的HCBP6蛋白质结构中潜在的功能位点进行了初步的预测,为进一步研究HCBP6蛋白的生物学功能的实验研究,提供了丰富的信息.这些生物信息学分析的结果,虽然目前还只是初步的,有些还不能被实验所证实,但是,对新基因的结构与功能的研究来说,毕竟这种生物信息学分析,能够提供一些线索,对下一步结构与功能分析实验的设计,具有很大的帮助.结论:酵母双杂交技术结合生物信息学技术,是克隆、分析蛋白结合蛋白的基因,对于其功能结构域的预测的有效工具,在病毒性肝炎的致病机制研究中具有重要应用前景.
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99.反义
基因DNA可转录成与之互补的硷基序列的RNA,并剪接形成mRNA,mRNA通过核糖体翻译为蛋白质.其中DNA为有腺嘌呤(A)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)四种脱氧核糖核苷酸连接的,而RNA分子则是由A、C、G、尿嘧啶(U)四种脱氧核糖核苷酸连接的.因此,DNA和RNA具有与各自的硷基和互补的硷基序列的DNA乃至RNA相结合的性质[A与T(RNA时为U)、C与G].
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以趋化因子受体为标靶的低分子化合物的开发现状及展望
趋化因子是使白细胞向炎症病变部位游走的8~14kD的分泌性蛋白质,在各种炎症性疾病及自身免疫性疾病中发挥重要的作用.自1987年IL-8/CXCL8首次作为趋化因子被报道以来,至今已鉴定的趋化因子达45种以上,形成了一个大家族.其立体结构的相似性很高,在得到完好保存的半胱氨酸残基序列基础上,分为CC、CXC、CX3C、C四个亚家族.因为它们结构的相似性,在趋化因子中,已知有redundancy(冗余序列),宜在设计低分子激动剂的基础上,将具有受体特异性的问题作为重要课题之一.
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神经系统疾病的基因学
现已进入阐明人类基因组全部硷基序列的时代,神经系统多种疾病的致病基因也已明确,并正在改变疾病的概念和分类.正如在Alzhei-mer病和Parkinson病所见的那样,从基因异常来探讨疾病的发病机制已成为普遍倾向.本文主要介绍①Alzheimer病;②前颞叶型痴呆;③遗传性痉挛性截瘫;④Parkinson病;⑤有关肌肉疾病近2年的见解.
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恶性疟原虫FCCl/HN株exp-1基因的克隆及序列分析
分泌蛋白1(exported protem l,exp-1)又称环子孢子相关抗原[1].QF116抗原[2]或抗原5.1[3],是23 kDa的恶性疟原虫红内期抗原.在肝期的晚期也有表达[4].exp-1由疟原虫表面分泌.定位到纳虫空泡和感染的红细胞内的膜结构上[5]本文克隆、测定、分析了恶性疟原虫海南株(FCCl/HN)exp-l基因序列,并对FCCl/HN与国外的3D7[5]、Kl6、FC27[1]、FCR3(GenBank Accession No.AF061080)株exp-l基因编码的氨基酸残基序列进行同源性比较.