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HLA-A等位基因及超型与宫颈癌易感性的关联
目的 研究湖北土家族HLA-A等位基因及超型与HPV感染、宫颈癌的关联.方法 在居住地及年龄相匹配的条件下,HPV感染阳性的癌症组分别与HPV感染阳性的对照组和HPV感染阴性的对照组进行比较.癌症组100例(其中HPV感染阳性者86例),对照组187例(其中HPV感染阳性者95例,HPV感染阴性者92例).采用SBT法对具多态性的HLA-A位点的2、3外显子进行基因型分析.结果 HPV阳性宫颈癌组与HPV阳性对照组比较,超型HLA-A3(P_(corrected)=0.015,OR=2.01,95% CI=1.26～3.21)可增加宫颈癌的易感性.HPV阳性宫颈癌组与HPV阴性对照组比较,HLA-A*0206(P_(corrected)=0.025,OR=0.20,95% CI:0.07～0.58)超型HLA-A2(P_(corrected)=0.005,OR=0.57,95% CI=0.37～0.88)可降低宫颈癌的易感性,而超型HLA-A3(P_(corrected)=0.005,OR=2.36,95% CI=1.45～3.85)同样增加宫颈癌的易感性.结论 超型HLA-A3为宫颈癌的风险因子.
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新等位基因HLA-DRB1*1462的核苷酸序列分析
本研究验证一个新的HLA等位基因DRB1*1462的核苷酸序列.应用PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对怀疑是HLA新等位基因进行DNA测序.结果发现,该序列与已知的所有HLA-DRB1等位基因序列不一致,与HLA-DRB1*140101的序列差异仅表现在第2外显子区域中256位碱基发生了G->A的替换.导致相应的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸.结论:该基因是HLA-DRB1位点的一个新等位基因,已经被WHOHLA命名委员会于2006年1月30日正式命名为HLA-DRB1*1462.
关键词： HLA等位基因 HLA-DRB1*1462 SBT 序列分析 -
311份脐血样本HLA基因型无法判读原因探讨
本研究探讨影响脐血样本HLA分型结果的因素.采用序列特异性引物PCR反应(sequence-specific priming,SSP)对311份经过PCR-SSO和PCR-SSP方法仍无法判读HLA型别的脐血进行HLA低分辨重新分型,并对其中7份仍然无法确定HLA型别的脐血样本进行直接测序(sequence-based typing,SBT),分析无法判读的原因.结果显示:311份脐血样本中99.4%样本不能判定是因为当时HLA分型方法本身的限制性所造成的,0.6%样本不能判定的原因怀疑是脐血中存在母血污染所致.结论:HLA基因分型方法中序列特异性寡核苷酸探针杂交法(sequence-specific oligonueleotide probe hybridization,SSO)探针设计不足及PCR-SSP等位基因特异性引物的缺乏是影响HLA分型结果无法判读的主要因素.
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影响呼吸机撤机成功的原因分析
前国内外对呼吸机撤机方式研究较多,且临床撤机中以自主呼吸试验(spontaneous breathing tri-als,SBT)为常用.我们观察了2006年1月至2008年5月67例患者SBT成功与否在影响撤机成功多因素中的作用,报告如下.
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慢性粒细胞白血病突然急变一例报告及文献复习
大多数慢性粒细胞白血病(CML)患者的自然病程是起病于慢性期,其后病情逐步进展进入加速期,继之发生急性变,但约有20%～25%的患者可由慢性期直接进入急变期,其中部分患者是由完全血液学缓解(CHR)状态,甚至是完全细胞遗传学缓解(CCR)状态快速转变进入急变期,相对于大多数缓慢发生急性变(gradual blastic transformation,GBT)的患者而言,这部分患者称为突然急变(sudden blastic transformation,SBT)[1].SBT相对少见,我们报道1例,并对有关文献进行复习.
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HLA 分型技术在骨髓库上海分库高分辨检测工作中的初步应用
HLA 分型技术在骨髓库上海分库高分辨检测工作中的初步应用.方法:使用ABI3730xlDNA 测序仪,采用SBT 单链直接测序法,对上海地区的960 份自愿加入中华骨髓库的志愿者血液标本进行DNA 测序,其中HLA-I 类基因对第2,3 和4 外显子单链单向测序,II 类基因对第2 外显子单链单向测序,以得HLA 高分辨分型结果;对部分呈现血清学表达不一致的模棱两可高分辨结果标本,通过S S O 技术确认;对部分呈现血清学表达一致的模棱两可高分辨结果标本,通过SSP 或对2,3,4 以外的外显子单链检测作进一步确认.结果:960 份中华骨髓库上海分库的样本进行HLA 的PCR-SBT 高分检测,用DNA 单链测序法一次性获得高分辨结果为720 例;对部分呈现血清学表达一致的模棱两可高分辨结果标本,通过S S P 技术或2,3,4 以外的外显子单链检测做进一步确认,共计标本211 例;对于部分呈现血清学表达不一致的21 例模棱两可高分辨结果标本我们采用S S O 技术终确认了唯一的高分结果;此外,还检测到待确认新基因4 例.完成了本次实验标本100%高分结果入库要求.结论:SBT 单链测序技术为主,PCR-SSO,PCR-SSP 联合为辅,是骨髓库开展HLA 高分辨分型工作的有力工具.
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人类白细胞抗原分型技术的进展
学术背景:以往人类白细胞抗原分型主要采用血清学和细胞学方法,随着PCR技术、基因芯片技术及分子生物学技术的发展,已建立从基因水平上进行的人类白细胞抗原分型技术.目的:介绍人类白细胞抗原分型方法,为实际应用提供依据.检索策略:应用计算机检索PubMed1997-07/2007-07期间的相关文章,检索词"HLA technology',并限定文章语言种类为English.同时检索万方数据库1997-07/2007-07相关文章,检索词为"人类白细胞抗原",并限定文献语种为中文.共检索到相关文献142篇,选择与人类白细胞抗原分型技术有关的文献55篇.将初步筛选的文章进一步查找全文,排除综述和重复文献,内容相似的选择发表在权威杂志或近3年发表的文献,后共纳入30篇进行综述.文献评价:文献对不同的人类白细胞抗原分型方法进行汇总分析,符合纳入标准的30篇文献中,6篇为中文文献,24篇为英文文献.资料综合:传统的人类白细胞抗原分型方法主要是血清学和细胞学方法,分型准确性较差.随着PCR技术的广泛应用,人类白细胞抗原基因分型方法得到了迅速的发展.序列特异性引物、序列特异性寡核苷酸探针、直接测序、基因芯片等各具特点的人类白细胞抗原分型技术不断出现,使人类白细胞抗原的分型更加准确、精细、简便、实用,为临床推广应用打下了基础.结论:各种人类白细胞抗原基因分型方法各有优势,不能相互替代,这也是由人类白细胞抗原系统的高度多态性和复杂性所决定的,根据不同的用途可选择相应的方法.
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新等位基因HLA－A?01∶130的序列分析及HLA分子三维结构模拟
目的：确认HLA新等位基因HLA－A?01∶130并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法：应用DNA测序分型技术（ PCR－SBT）进行HLA分型，对可疑新等位基因采用单链测序基因分型技术直接测定基因序列，分析其与同源性高的HLA等位基因序列的差异。后，经Swiss－Model对HLA分子进行三维结构模拟。结果：新基因与所有已知的HLA－A等位基因序列均不相同，与HLA－A?01∶66基因序列相比在第3外显子368位碱基由A→G，导致第99位密码子改变，酪氨酸→半胱氨酸。替代氨基酸位于抗原肽结合区β片层上。结论：发现一个新的HLA－A等位基因，现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA－A?01∶130。
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蒙汉族过敏性紫癜高分辨HLA-A、B基因分型及临床意义
本文引入SBT技术,将以往PCR-SSO检测发现的蒙、汉族儿童过敏性紫癜(Anaphylactoid purpura, AP)之易感基因作以高分辨分型,并与中分辨分型和临床表型对比分析,旨在探讨两种分型技术在临床应用的意义;寻找基因突变位点;发现蒙、汉儿童AP临床表型不同的部分遗传背景.
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HLA-DRB1基因分型新方法的建立
目的 改进以测序为基础(sequencing based typing,SBT)的HLA-DRB1基因分型方法,从而降低其分型成本和工作量.方法 根据序列比对结果将DRB1基因分为6个簇(cluster),并设计6对簇特异引物(cluster specific primer,CSP),依据其对应的等位基因簇在人群中的频率高低,利用巢式PCR和CSPs渐进式地扩增,PCR产物纯化后进行测序分型.我们将此方法命名为以频率为基础的CSP-SBT法(Frequency based-CSP-SBT.FB-CSP-SBT)结果用FB-CSP-SBT法对224个中国南方汉族冠心病患者临床样本进行HLA-DRB1等位基因分型.总共鉴定出31个等位基因型,覆盖了所有的HLA-DRBt等位基因谱系.其中,4个在人群中频率高的簇依次为DR52(47.99%,包含DRB1*03、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*12、DRB1*13和DRB1*14等6个DRB1等位基因谱系)、DR15(19.20%,包括DRB1*15和DRB1*16)、DR79(18.53%,包括DRB1*07和DRB1*09)和DR04(12.72%),占整个人群的98%以上.观察到的杂合性(heterozygosity)为0.9107,与前人报道的HLA-DRB1基因位点的杂合性相似,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P=0.3517).对于每个样本,利用此方法对DRB1基因进行测序分型比传统的SBT至少减少6～8个PCR反应,同时还减少了测序反应的数目.结论 用FB-CSP-SBT法可以准确地对HLA-DRB1基因进行分型,比传统的SBT法减少了工作量并降低了分型成本.
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四川骨髓库汉族人群HLA-B* 15等位基因分布
目的 采用聚合酶链反应-序列分析基础上的HLA分型(polymerase chain reaction-sequence based typ- ing,PCR-SBT)方法,研究中国造血干细胞捐献者资料库(以下简称为中华骨髓库,CMDP)四川分库中四川籍汉族人群HLA-B*15组等位基因的分布特点.方法 从四川骨髓分库中汉族人群中/低分辨分型HLA-B*15 阳性样本中按不同血清学特异性分层抽取107例样本,应用PCR-SBT技术进行测序分型,获得四川籍汉族人群B*15组高分辨分型结果.应用方根法计算HLA-B*15各等位基因频率,同时与其他人群资料进行比较.结果 共检测到16种巳知HLA-B*15等位基因和1例未知等位基因.本研究中检出的16种等位基因有:B*15010101(B62),B*1502(B75),B*1503(B72),B*1505(B62),B*1507(B62),B*151101(B75),B*1512(B76),B*1513(B77),B*1517(B63),B*1518(B71),B*1525(B62),B*1527(B62),B*1529(B15),B*1532(B62),B*1546(B72),B*1558(B62).其中以B*1502(36.2%)常见,其次为B*15010101(21.6%),B*151101(9.5%),B*1518(6.9%),B*1525(6.0%),这5种等位基因占B*15等位基因家族的80%.在B*15等位基因家族中,表达B75抗原的等位基因B*1502和B*151101共占45.7%,但表达B62抗原的B*15等位基因多态性强,共检出7种等位基因.此外,本研究发现1例未知等位基因,该等基因序列与目前所有已知的B*15或B*46等位基因序列均不相同,在外显子3的116位处存在1个点突变C->T.结论 研究表明在四川籍汉族人群中HLA-B*15等位基因水平表现出丰富的多态性和特有的分布特征.
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流式磁珠PCR-SSOP法漏检2例HLA-A位点罕见基因型的原因分析
目的 对采用流武磁珠PCR-SSOP法复核2例HLA-A位点罕见基因型,查找分析原因.方法 对2 688例HLA-A、B、DRB1 SBT基因分型结果 中43例罕见型结果,采用流式磁珠PCR-SSOP法复核,查找差异,确定分型,并分析差异结果 原因.结果 2例罕见基因型在流式磁珠PCR-SSOP法同一批号03A高分试剂中均有1组磁珠假阳性,造成HLA-A位点罕见基因型漏检.2例罕见基因型在流式磁珠PCR-SSOP法同一批号004高分试剂检测结果 与SBT结果 一致.结论 HLA罕见基因型不能轻易排除,应用多种方法 复核,保证HLA基因分型结果 的准确.
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新等位基因HLA-A~* 1127的确认和序列分析
目的 识别确认临床样本中一个新的HLA等位基因.方法 应用PER-SSO,PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与同源的A~*1104的差异.结果 该序列与巳知的所有HLA-A等位基因序列不一致,与A~*1104的差异表现在第3外显子区域中的核苷酸570 G→C,571 T→G导致氧基酸分别由谷氨酸→天冬氩酸,色氨酸→甘氨酸.结论 该基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2007年8月正式命名为HLA-A~* 1127.
关键词： 新等位基因 HLA HLA-A~* 1127 PCR-SSO SBT -
新等位基因HLA-B*56∶21的核苷酸序列分析
目的 确认HLA新等位基因HLA-B* 56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列.方法 标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个与HLA -B*56相关的异常基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)直接测定其基因序列,并分析其与接近的HLA-B* 56∶ 05∶02和HL4-B* 56∶07基因序列的差异.结果 新基因与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与HLA-B*56∶05∶02基因序列相比在第2外显子有6个碱基发生替代,导致5个氨基酸发生改变；与HLA-B*56∶07相比,在第2外显子序列仅有2个碱基被替代,第3外显子序列有6个碱基被替代,也导致5个氨基酸发生改变.结论 发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 56∶21,新等位基因HLA -B*56∶21与HLA-B* 56∶ 05∶02、HLA-B* 56∶07均有很高相似性.
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广东汉族人群MICA基因多态性分析
目的 获得广东汉族人群MICA基因第2～5外显子多态性分布特点.方法 采用直接测序法(se-quence-based typing,SBT)对118名广东籍汉族无偿献血者的MICA基因进行多态性分析.结果 MICA各等位基因分布频率存在差异,其中MICA<'*>010等位基因频率高(25%),其次为MICA<'*>019(16.5%)、MICA<'*>008:01(15.3%)和MICA<'*>002:01(15.3%),频率比较低的是MICA<'*>033、MICA<'*>009:02、MICA<'*>007:02及MICA<'*>004.与该基因在其他地区人群进行比较,存在显著差异.结论 广东汉族人群MICA等位基因的分布有其自身特点.
