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红景天破壁饮片对小鼠肠道菌群影响的初步研究
初步研究并对比红景天破壁饮片、常规饮片和传统粉末对正常小鼠肠道菌群的影响.分别给药灌胃小鼠14d后取小鼠粪便进行传统细菌培养和PCR-DGGE(聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳)分析.细菌培养结果表明1/8剂量破壁饮片组的肠球菌和大肠杆菌的数量比常规饮片组和传统粉末组少,而乳酸杆菌和双歧杆菌显著增加(P＜0.05).PCR-DGGE结果表明,1/8剂量破壁饮片组肠道菌群的多样性系数(H)和物种丰度(S)高于其他各组,物种丰度(S)与正常组对比具有极显著意义(P＜0.01),与常规饮片组和传统粉末组相比具有显著性意义(P＜0.05),组内相似度也较高.长期服用1/8剂量破壁饮片会有一定的调节肠道的作用,且很可能是通过促进乳酸杆菌和双歧杆菌等益生菌的生长来进行调节,所形成的肠道菌群群落也会更稳定.
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不同种植年限黄连根系土壤细菌PCR-DGGE分析
该研究应用PCR-DGGE技术,分析了不同种植年限正常生长、发病的黄连Coptis chinensis的根际和非根际土壤的细菌种群多样性指数,并选取代表性DGGE条带进行克隆测序,构建细菌系统发育树状图.结果表明,正常土样与发病土样土壤细菌种群差异明显,且发病土样多样性指数(H)高于正常土样;代表性条带克隆测序结果表明,黄连种植土壤中未培养细菌为优势菌群,其余类群为食酸菌属、芽孢杆菌属、不动杆菌属、未培养克吕沃尔菌属以及未培养丛毛单胞菌,未发现已报道的植物病原细菌.发病土样中Clone band d的谱带亮度高于正常土样,该条带菌株在分类上属于食酸菌属.显然,黄连种植过程中,根际土壤中细菌种群发生了改变,其中食酸菌属的细菌在发病根际土壤增加,很可能与黄连病害发生有关.
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多产区川芎内生真菌菌群组成的PCR-DGGE分析
研究采用PCR-DGGE和DNA测序技术,探究了四川5个不同产区间川芎内生真菌群的差异性.结果表明川芎内生真菌群落结构存在不同个体、不同产区间的差异,同产区不同个体川芎内生真菌的相似程度较高,不同产区间的相似程度较低；道地产区都江堰市石羊镇川芎的内生真菌群落结构较其他4个产区丰富,同时与其他产区相似度均很低,存在其他产区未见的特有种.综合分析认为在四川5产区中,都江堰市石羊镇的川芎内生真菌种群为多样且群落结构相对固定,这可能是川芎道地性形成的重要原因.
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葡聚糖硫酸钠致溃疡性结肠炎大鼠模型的肠道微生态
目的:采用多聚酶链反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术研究葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)所致溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)模型大鼠肠道菌群的多样性和丰度,从“肠道微生态”这一全新角度为该模型提供更丰富的数据,也为深入探讨UC的发生发展提供新的实验依据.方法:26只健康♂SD大鼠随机分为空白组和UC模型组,模型组饮用4％的DSS溶液7d复制UC模型.收集两组大鼠粪便排泄物,采用PCR-DGGE法研究肠道菌群的多样性、相似性及丰度;对优势条带进行回收测序,鉴定菌种.所得结果及数据采用Quantity one、Chromas、MGAE5、SIMCA-P+及SPSS18.0等软件进行分析.结果:DSS诱导UC后7d,模型大鼠出现便血、病理形态学改变等典型的UC炎性病变特征.样本优势条带菌种鉴定显示大鼠的肠道细菌主要归属于拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)及变形菌门(Proteobacteria)3大类,但与空白组相比,模型组肠道菌群的丰度及多样性指数明显降低(P＜0.05).菌种鉴定表明UC组乳酸杆菌(Lactobacillus sp)和毛螺科菌(Lachnospiraceae bacterium)菌种显著较少,而双酶梭菌(Clostridium bifermentans)等菌种含量明显增多(均P＜0.05).结论:饮用4％DSS溶液7d造成的UC大鼠模型的肠道微生态存在显著失衡,多样性和丰度均下降,含量变化较为显著的是乳酸杆菌、毛螺科菌和双酶梭菌.
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胃癌前病变患者口腔细菌多样性分析
目的 分析胃癌前病变患者口腔中唾液和牙菌斑样本的细菌多样性,以期获得口腔菌群特征与胃癌的相关性的科学证据.方法 选取约定进行上消化道内窥镜检查的97名应试者.按病理诊断结果,将受试者分为2组,对照组无任何病理变化;病变组患有胃癌前病变(包括慢性萎缩性胃炎、肠上皮化生或异型增生).提取唾液和牙菌斑样本DNA,进行巢式PCR变性梯度凝胶电泳,采集DGGE图像,BioNumerics软件分析图像,SPSS17.0统计软件分析微生物学指标和细菌多样性之间的相关性和相似性.结果 胃癌前病变患者的龈下菌斑样本的DGGE条带数(35.6)显著高于对照组(33.2)(P＜0.05),但2组间唾液样本的DGGE条带数量,未见显著性差异.所有受试者的6个不同牙位点龈下菌斑之间的相似性达80.7％,而唾液和龈下菌斑集合2种不同来源样本的菌群相似性只有78.0％.病变组唾液样本和龈下菌斑样本的相似程度(76.5％)略低于对照组(78.6％);病变组不同牙位龈下菌斑样本之间的相似程度比对照组略高.结论 胃癌前病变患者口腔中龈下菌斑的细菌多样性略高于对照组,不同牙位龈下菌斑细菌多样性的相似程度高于唾液和龈下菌斑.
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龋病患者龈上菌斑微生物多样性的研究
目的 探讨有龋和无龋成年人龈上菌斑中微生物的组成特点及多样性差异,以期为龋病的病因学研究提供依据.方法 有龋组选择2013年7月至9月于首都医科大学口腔医学院牙体牙髓科就诊的患者,男女各8例,年龄18～ 35岁,龋失补牙数(decayed tooth and decayedmissing-filled-tooth,DMFT) ≥6且龋齿数≥3;无龋组选择同年龄段DMFT=0的知情同意者,男女各8名.每组16例.分别采集两组受试者龈上菌斑样本,应用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)联合克隆测序法对细菌组成进行研究.结果 两组共检测到6个菌门、28个菌属、88个菌种.有龋组中普氏菌属、二氧化碳噬纤维菌属、放线菌属、韦荣菌属及棒状杆菌属的检出率较高,这5个菌属克隆数的总和占有龋组总克隆数的56.2％(334/594).与有龋组相比,无龋组拥有更丰富的优势菌属组合,普氏菌属、韦荣菌属、二氧化碳噬纤维菌属、棒状杆菌属、链球菌属、放线菌属、Aggregatibacter菌属和奈瑟菌属的检出率较高,8个菌属的克隆总数占无龋组总克隆数的65.2％(354/543).有龋组微生物在菌种分类水平上的各个多样性指数均显著低于无龋组,差异有统计学意义 (P＜0.05).结论 龋病的发生并非由单一菌种所致,可能为多种细菌共同作用的结果;随着龋病的发展,龈上菌斑中的微生物多样性下降.
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负压处理梯度电泳凝胶对PCR-DGGE实验结果的影响
目的 比较负压处理前后变性梯度凝胶电泳(DGGE)胶凝固时间的变化,验证负压处理是否影响PCR-DGGE实验结果.方法 使用两种不同引物扩增的PCR产物,在不同的负压处理前后,分别进行两种上述PCR产物的变性梯度凝胶电泳.结果 1)不同的负压处理对变性胶的凝固时间没有明显的影响;2)不同负压处理前后,对PCR-DGGE的实验结果有明显的影响.结论 负压处理对PCR-DGGE的实验结果有显著影响.
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影响实验小鼠肠道菌群的多因素比较研究
目的 比较研究影响实验小鼠肠道菌群的六种主要因素,为动物实验的设计和实验结果的解释提供参考,为肠道微生态菌群结构的干预与调控提供借鉴.方法 采用珠磨法和酚-氯仿-异戊醇法提取肠道内容物中细菌基因组DNA,然后用16S rDNA V3区通用引物进行PCR扩增,扩增产物经DGGE电泳后用电泳条带数字化软件Quantity One和统计学软件SPSS对影响肠道菌群的六种因素(年龄、品种、饲养环境、饲料、个体差异和性别差异)进行比较研究.结果 Dice相关系数和主成分分析显示,年龄因素在早期(7和14日龄)对肠道菌群影响较大,到28日龄后,菌群结构趋向稳定,饲料和饲养环境成为主要的影响因素.品种和个体差异对肠道菌群也存在较大的影响,但性别差异影响相对较小,存在一定的随机性.结论 以上六种因素均能在一定程度上影响肠道菌群,但其影响程度存在差异,在动物实验设计和实验结果解释时应充分考虑避免或利用这些影响因素.
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黄豆苷元对仔猪肠道微生物区系的影响
目的:研究黄豆苷元对仔猪肠道微生物区系的影响.方法:选取江苏某猪场产期相近、胎次相似数目相当的杜/长/大三元杂交仔猪6窝,随机分为2组,每组三窝.一组为对照组,按常规饲养,另一组为处理组,在7、9、11d每头猪强饲大豆黄酮(10mg/L) 1 ml、2 ml、3 ml.两组均于21d断奶.于14、21、24、35d每窝各屠宰一头,无茵采集十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠食糜.食糜细菌16S rDNA的V6-V8可变区经PCR扩增,扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)电泳后再进行多样性分析,并对特殊条带进一步克隆测序.结果:饲喂大豆黄酮后,处理组仔猪各肠段的DGGE条带数均高于对照组,盲肠、结肠和直肠中细菌的多样性指数增加;与对照组相比,在35d时处理组大肠中出现3条优势条带,经克隆测序后与GenBank登录序列比较,发现它们分别与butyrate-producing bacterium SL7/1,Clostridium butyricum(NCIMB8082),Ruminococcus obeum clone 1-4相似,相似性分别为95%, 95%和96%.结论:黄豆苷元可使仔猪大肠的微生物区系多样性增加,并且可选择性地促进某些菌群的富集.
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炎症性肠病患者肠道菌群结构分析
目的 应用PCR-DGGE技术对炎症性肠病患者肠道微生物菌群结构及其相似性、多样性进行研究.方法 选择正常对照者9例(对照组)和炎症性肠病患者9例(实验组),采集各自粪便,提取细菌总基因组DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因V6-8可变区,DGGE方法检测PCR产物,对肠道菌群进行指纹图谱分析.结果 正常对照组和炎症性肠病组PCR-DGGE指纹图谱分析显示,炎症性肠病细菌的多样性较正常对照组明显下降.结论 PCR-DGGE技术是一种快速有效的用于分析研究人体肠道菌群结构的技术.阴道菌群的改变可能与炎症性肠病的发生、发展密切相关.
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16S rDNA克隆文库法与PCR-DGGE法在口腔菌群分析中的对比研究
目的 比较16S rDNA克隆文库法与变性梯度凝胶电泳联合PCR法(PCR-DGGE)在口腔微生物多样性研究中的检测效率. 方法 采集6例逆行性牙髓炎患者根管细菌样本,提取细菌总DNA,采用细菌通用引物27F/1492R、HAD-1/2分别扩增16S rDNA的全长或V2-V3区域,PCR产物分别经琼脂糖凝胶电泳和DGGE分离,纯化目的条带后克隆测序.测序结果与数据库序列比对,鉴定细菌组成. 结果 琼脂糖电泳分离到16S rDNA约1.5 kb条带,每个样本检测到8-15种细菌;DGGE分离到V2-V3区约含6-12条位置不同的239 bp谱带,每个样本检测到6-12种细菌. 结论 与DGGE法相比,16S rDNA克隆文库法测得的菌群更全面,敏感性和特异性更高.
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连作和轮作模式下杭白菊土壤理化性质及细菌多样性的差异
目的:通过研究杭白菊在不同模式下根际土壤部分理化性质及细菌多样性的差异来揭示轮作的优势以及土壤因子的作用.方法:分别利用电极法、低温外热重铬酸钾氧化-比色法、苯酚-次氯酸钠比色法、磷酸苯二钠比色法测定土壤pH值、有机质、脲酶和磷酸酶活性；同时,对土壤微生物总基因组DNA进行PCR-变性凝胶梯度电泳(DGGE),分析土壤细菌的多样性.结果:种植杭白菊的土壤pH在5.95 ～6.91之间,均呈弱酸性；轮作土壤的有机质和酶活性基本大于连作模式且种植地呈逐年上升趋势；多样性分析结果表明轮作的Shannon指数、均匀度和丰富度指数均大于连作,体现出比连作更高的微生物多样性；主成分分析(PCA)显示出连作和轮作土壤的细菌多样性明显各聚为一类；在pH、有机质、酶活、Shannon指数的相关性分析中pH与磷酸酶,磷酸酶与Shannon指数显著正相关,相关系数分别为0.83(P＜0.01)和0.47(P＜0.05),其余理化性质之间无显著相关性.结论:在连作和轮作模式下,杭白菊根际土壤理化性质及细菌多样性均存在较大差异,究其原因,可能是根分泌物的影响所致.与连作相比,轮作的杭白菊根际体现出更高的土壤肥力以及生物多样性水平,从而有利于杭白菊的优质高产.
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急性心肌梗死患者肠道菌群多样性分析
目的 初步探究急性心肌梗死患者肠道菌群的多样性.方法 选择2015年6月至2016年3月于大连大学附属中山医院住院治疗的急性心肌梗死患者作为观察组,年龄51～70岁.选择同期经冠脉造影排除冠心病的住院患者为对照组,年龄51～70岁.排除近1个月内发生感染、炎性肠病及应用抗生素的患者.所有患者按性别与年龄分为A、B、C、D组.直接从患者粪便标本中提取细菌总DNA,PCR扩增后进行梯度凝胶电泳(DGGE)分析.结果 DGGE分析显示急性心梗患者肠道菌群丰度均较对照组下降.A组中观察组与对照组患者电泳条带数为(33.71±4.39) vs (38.71±2.56),t=-2.058,P=0.040;C组患者为(31.14±2.67)vs(35.29±3.55),t=-2.005,P=0.045;差异均具有统计学意义.B与D组中心梗患者肠道菌群丰度亦有下降趋势,但与对照组比差异无统计学意义.UPGAM法聚类分析显示除D组外,各组中观察组与对照组患者肠道菌群呈现分离现象;急性心梗患者肠道菌群有较高相似性,与非冠心病患者肠道菌群差异明显.结论 急性心梗与非冠心病患者肠道菌群存在差异,急性心梗患者肠道菌群多样性较低.肠道菌群改变可能与急性心肌梗死存在一定相关性.
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运动对小鼠肠道菌群的影响
目的 利用PCR-DGGE方法比较运动小鼠和正常小鼠肠道菌群的结构和数量变化,研究运动对肠道菌群的影响.方法 从5只正常Balb/c小鼠和5只运动C57BL/6J小鼠的粪便中提取细菌基因组总DNA,用聚合酶链式反应一变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法获得小鼠肠道菌群分布图谱,对图谱进行相似性、多样性以及优势条带的序列分析.结果 PCR-DGGE结果图显示运动小鼠肠道菌群的多样性明显增加,优势菌群发生转变,序列分析表明变形菌门明显减少,厚壁菌门成为优势菌型.结论 运动会对小鼠肠道菌群产生影响.
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PCR-DGGE对长江河口八种野生鱼类肠道菌群多样性的比较研究
目的 分析长江河口捕获的8种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系.方法 采用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术,DGGE图谱用PCA(principal component analysis)方法进行分析.结果 建立了长江口8种鱼野生条件下肠道菌群的DGGE指纹图谱,观察到它们在野生条件下的肠道菌群的差异.其中,营底栖生活的舌(鰕)虎鱼的肠道菌群和其他7种野生鱼有着明显的差异,其他7种鱼的肠道菌群多样性的差异与它们的食性差异相关.结论 PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地分析研究鱼类肠道菌群结构的技术.8种野生鱼的肠道菌群的结构有明显的差别,并且食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异也更为明显.
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抗性淀粉对HFA小鼠肠道菌群的影响
目的 以人源菌群(HFA)小鼠为研究模型,观察抗性淀粉(RS)对高脂饮食诱导的肥胖小鼠肠道菌群的多样性的影响.方法 将30只无菌小鼠接种健康人志愿者的粪便悬液构建HFA小鼠模型后,随机分成3组,一组喂养含20％的抗性淀粉的高脂饲料(RS组),一组喂养纯高脂饲料(CK组),一组喂养普通饲料(CONV组),取第0周和第8周的小鼠新鲜粪便,用PCR-DGGE分析3组小鼠的肠道菌群的相似性和多样性.结果 3组小鼠在第0周时肠道菌群多样性的相似度达到79％～87％,与人的肠道菌群相似性达到39％,说明构建HFA小鼠模型成功,第8周时,3组之间的均匀度(E)和Shannon指数差异无统计学意义(P＞0.05),而丰富度(S)在高脂组(CK)与普通饲料组(CONV)和抗性淀粉组(RS)之间差异都有统计学意义(P＜0.05),说明高脂饮食引起肠道菌群多样性增加,而抗性淀粉则能降低这种多样性.结论 抗性淀粉可以显著影响HFA小鼠的肠道菌群多样性.
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四氯化碳一过性处理对巴马香猪肠道菌群的影响
目的 探讨四氯化碳(CCl_4)一过性处理对巴马香猪肠道菌群的影响,评估CCl_4诱导处理的肝损伤动物模型能否用于肠道微生态研究.方法 选取3头雄性巴马香猪,一次性按每千克体重腹腔注射0.25 ml[0.25 ml/(kg·bw)]40% CCl_4橄榄油溶液.于注射12 h之后的第1、2、3、4、7和10天连续采集粪便,以注射CCl_4溶液之前所采集粪便样作对照.分别提取粪样总DNA,采用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对CCl_4一过性处理后巴马香猪肠道菌群的多样性变化进行动态监测.结果 PCR-DGGE法分析表明,巴马香猪肠道菌群组成在注射CCl_4前后差异无显著性(P>0.05).相似性聚类分析结果表明,菌群组成在注射CCl_4前后相似度在65%以上.结论 CCl_4一过性处理后巴马香猪肠道菌群组成未发生显著变化.表明CCl_4处理诱导的肝损伤动物模型可以用来研究相关疾病与肠道菌群之间的关系.
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基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的DNA指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性的研究
目的 应用PCR-DGGE和rep-PCR技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道菌群多样性进行研究,探讨肠道菌群多样性的变化,并比较这两种方法在菌群分析中的作用.方法 首先建立CCL4诱导肝硬化大鼠的肝移植模型,收取对照组、肝硬化成模时、肝移植后7 d和肝移植后30 d的大鼠粪便,提取细菌基因组DNA,采用PCR-DGGE和rep-PCR[BOX-PCR,ERIC-PCR,ERIC2-PCR,(GTG)5-PCR,REP-PCR]进行DNA指纹图谱分析.结果 PCR-DGGE可明确将正常大鼠、肝硬化大鼠、肝移植大鼠分为3个簇,并显示出肝硬化、肝移植大鼠肠道菌群多样性明显增多.rep-PCR技术也可将各组分开,其中ERIC-PCR、ERIC2-PCR及REP-PCR三者扩增条带各组差异有显著性,鉴别效果更好.结论 应用基于16S rRNA基因和细菌基因组间重复序列的指纹图谱技术对肝硬化大鼠肝移植后肠道微生态的研究具有重要价值,可对临床肝硬化、肝移植患者肠道微生态制剂的使用起到指导作用.
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PCR-DGGE法分析大环内酯类抗生素对小鼠肠道菌群的影响
目的 应用PCR-DGGE方法分析大环内酯类抗生素对BALB/c小鼠肠道菌群的影响.方法 选用SPF级BALB/c小鼠24只,随机分为3组,每组8只,分别灌喂红霉素(330 mg/kg)、罗红霉素(50 mg/kg)、阿奇霉素(165 mg/kg)10 d,停药7d.在实验的0、3、10 d以及停药7d收集每只小鼠粪便,提取基因组DNA,应用PCR-DGGE技术获得肠道菌群分子指纹图谱,进行相似性、多样性分析及优势条带的序列分析.结果 不同给药周期小鼠(BALB/c雌性)各聚成一簇,且灌喂大环内酯类抗生素的小鼠肠道菌群多样性指数减小.结论 大环内酯类抗生素对BALB/c小鼠肠道菌群有显著影响.
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PCR-DGGE法测定纳米山药多糖靶向制剂对大鼠肠道菌群失调的调整作用
目的 采用PCR-DGGE法探讨纳米山药多糖靶向制剂对肠道微生态失调模型大鼠的调节作用.方法 以i.g盐酸林可霉素造成大鼠结肠炎模型,将大鼠随机分成常规治疗组,靶向制剂组和自然恢复组,分别给予相应药物治疗.灌胃10 d后处死所有大鼠,采集盲肠内容物,提取总DNA,PCR-DGGE方法检测样本菌群DNA.将所有数据收集得到DGGE凝胶,采用Quantity One软件进行相似性和多样性分析,观察纳米山药多糖靶向制剂对肠道微生态失调大鼠的治疗效果.结果 样本提取总DNA浓度值(ng/μL)分别为:靶向制剂组(0.180±0.005)和常规治疗组(0.175±0.006)高于自然恢复组(0.072±0.001) (P＜0.05),与正常水平(0.182±0.006)相近;DGGE的多样性指数分析结果为:靶向组(23.95±2.36)和常规治疗组(24.00±1.68)的条带丰富度大于自然恢复组(19.57±2.52),差异有统计学意义(P＜0.05)且接近正常对照组(25.87±2.10).结论 纳米山药多糖靶向制剂组对肠道微生态失调大鼠具有显著的调整作用,是理想的中药微生态调节剂.
