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河南省2013年登革热暴发的登革热病毒基因组序列测定及分析
登革热病毒(DENV)通过蚊虫叮咬进行传播,DENV感染后可引起登革热(DF)、登革出血热(DHF)和登革休克综合征(DSS).在全世界范围内,主要分布在热带和亚热带地区.在我国主要分布在广东、福建、浙江和云南等地区.DENV属黄病毒科黄病毒属,是单股正链RNA病毒,基因组全长约11kb,包括4个血清型,每个血清型又分不同基因亚型.2013年以前河南省未发生过DF本地流行,偶有输入性病例报告.2013年河南省禹州市首次出现DF暴发疫情[1],共有73例确诊病例报告,本研究对这次暴发疫情的DENV基因组序列进行分析.
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PEDV流行株的分离鉴定及其遗传进化分析
为了解中国猪流行性腹泻病毒(Porine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行现状,本研究对上海和江苏地区猪场进行了PEDV流行株的分离鉴定.根据GenBank中PEDV的基因序列,对其M基因设计检测引物.检测临床采集的猪腹泻样品,2份临床样品能扩增出特异性目的条带,测序结果证实为PEDV M基因片段.将检测为PEDV阳性的样品接种Vero细胞,并添加不同浓度的胰酶进行病毒传代培养,在添加适量胰酶的Vero细胞上分离到两株病毒并能稳定传代、增殖.选择第22代病毒饲喂新生仔猪,进行回归试验,结果两株细胞毒均能使1日龄仔猪出现典型腹泻症状,进一步证实成功分离到PEDV,命名为JSLS/PEDV/1/2014和JS/PEDV/2/2014株.遗传进化分析,JS/PEDV/2/2014和JSLS/PEDV/1/2014分离株的M基因分别与中国毒株HLJ-2012、BJ-2012-1亲缘性近;S基因与Ⅰ群PEDV流行毒株亲缘性近;两个毒株的ORF3基因均存在51个碱基缺失,与DR13处于同一大分支,与CV777亲缘性较远.
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华东地区家鸭中N1亚型禽流感病毒NA基因的遗传进化分析
为了解华东地区家鸭内禽流感病毒的遗传进化情况,对2002～2006年分离自华东地区家鸭的3种主要N1亚型的禽流感病毒:2株H1N1、10株H3N1和14株H5N1,共26株病毒的NA基因进行了遗传进化分析.结果表明,华东地区家鸭中的N1亚型的禽流感病毒正处于不断进化状态中.14株H5N1禽流感病毒均在NA的茎部缺失20个氨基酸(49～68位),而其他N1亚型的禽流感病毒的NA都未见发生此缺失.H3N1病毒可能与H1N1病毒发生了NA基因的重排,但是目前还没有直接证据表明华东地区家鸭中H5N1禽流感参与了基因重排.
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青海湖地区5株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列进化分析
2012年7～9月从来源于青海湖地区活禽市场的环境样本中分离到5株H9N2亚型禽流感病毒,为了了解其基因遗传进化情况,本研究通过RT-PCR技术扩增分离毒株的8个基因片段,并进行全基因序列测定.对其分子特征及全基因序列进行遗传进化分析.结果显示5株病毒的HA基因片段的核苷酸相似度为93.2％～99.1％.NA基因核苷酸的相似度为94.5％～99.8％.A/environment/qinghai/017/2012的裂解位点为PSKSSRGLF,其它4个毒株的HA裂解位点均为PSRSSRGLF.5个病毒的HA基因第226位受体结合位点均为L.M1基因片段中发生了N30D和T215A替换.遗传进化分析表明5株病毒同2005年湖南分离的A/chicken/Hunan/5260/2005(H9N2)毒株类似,为一种重配基因型禽流感病毒.其中HA、NA、NS基因片段属于Y280-like支系,MP基因片段属于G1-like支系,NP、PB1、PB2、PA四个基因片段属于F98-like支系.
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H9N2亚型禽流感病毒基因组的遗传进化分析
2009～2011年从江苏省、湖北省和安徽省等地来源于鸡、鸭、鹌鹑和鸽子的样品中分离鉴定出16株H9N2亚型禽流感病毒.通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出分离株的全基因片段,并对其进行测序及遗传进化分析.序列分析显示,16株病毒HA基因裂解位点氨基酸序列为P-S-R/K-S-S-R,符合低致病性禽流感的分子特征；226位均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特性.M2基因均出现了对金刚烷胺产生耐药性的N31S突变.不同宿主来源的H9亚型AIV的主要分子特征一致.全基因遗传进化分析表明16株H9N2亚型禽流感病毒全基因发生了3配体重组,即以F98亚系AIV为骨架,HA来源于Y280亚系,PB2和M基因来源于G1亚系,形成了2种新的基因型.因此,要加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注它的重组趋势.
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一株小鼠诺如病毒的分离和鉴定及全基因组序列分析
小鼠诺如病毒(Murine norovirus,MNV)属于杯状病毒科诺如病毒属成员,是2003年新发现的感染实验小鼠的病毒,也是目前已知的小鼠病毒中感染率高的一种病毒.本研究利用RAW264.7细胞从MNV感染小鼠的盲肠内容物中进行病毒分离,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法、病毒空斑试验、TCID50试验、电镜观察、间接免疫荧光试验和测序分析等方法对分离到的病毒进行鉴定,结果显示RAW264.7细胞接毒24～48h后出现明显的细胞病变,表现为细胞圆缩、变亮、聚集,后大部分细胞死亡脱落.分离株在RAW264.7细胞上传代至第2～3代时可出现稳定的细胞病变.经病毒空斑试验获得一株纯化病毒,病毒滴度TCID50为10525/0.1mL.电镜观察可见明显的病毒颗粒,颗粒呈球形,无囊膜,直径约30～35nm.分离株经鉴定后命名为MNV Guangzhou/K162/09/CHN.采用RT-PCR技术分段扩增基因组开放阅读框(ORF),同时应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增基因组的3'-UTR和5'-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序,经拼接后获得分离株全基因组序列.结果显示分离株基因组序列全长7 380个核苷酸(GenBank登录号:HQ317203),将分离株全基因组序列与GenBank登录的国外参考毒株进行同源性比较,结果表明该毒株与其他MNV分离株核苷酸同源性为87.4％～89.7％.基于VP1蛋白核苷酸序列绘制MNV毒株系统发生进化树,结果表明该分离株与来自日本(S7-P2和S7-PP3)、美国(CR3和CR18)、韩国(K4)和德国(Berlin/04/06/DE和Berlin/05/06/DE)的毒株进化距离较近,同属一个进化分支.本研究是国内首次对MNV病毒进行分离鉴定和全基因组序列分析的报道.
关键词： 小鼠诺如病毒(MNV) 病毒分离和鉴定 遗传进化分析 -
两株田间重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定、进化分析及其致病性研究
为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV2) 田间毒株重组特征, 本研究对两株分离物 (HENXX-8、HENJY-2) 进行全基因测序、进化分析及毒力测定, 并对其全基因序列进行重组分析.结果显示, 两个毒株均属于PRRSV 2, 两者与其代表株VR-2332的核苷酸相似性分别为85.6％、85.7％;与高致病性PRRSV (HPPRRSV) 毒株JXA1、TJ和WUH4株分别为85.7％85.8％、85.4％85.5％;与经典毒株CH-1a、HB-2 (sh) 分别为84.7％85.7％、84.5％85.7％;而与所有NADC30类毒株均在90.0％以上.全基因、ORF5及Nsp2序列进化分析结果均显示两个分离物与国内报道的类NADC30毒株遗传距离较近, 同处于一个分支.全基因组重组分析结果表明, 两个分离毒株存在明显重组现象, 且重组模式均以类NADC30毒株为骨架病毒, 与HP-PRRSV毒株发生重组.但重组对象不同:HENJY-2是由类NADC30毒株与TJ株发生重组;而HENXX-8则是由类NADC30毒株与WUH4、TJ株发生3毒株间重组.由于重组部位序列缺乏特异性分子标志, 因此无法确定与类NADC30发生重组的是HP-PRRSV还是其减毒的疫苗毒株.两株分离物的重组部位与早期分离毒株HENANHEB、JL580等有所不同, 均未涉及到ORF5基因, 而是集中在Nsp1Nsp2以及ORF2aORF3区域, 主要发生在病毒基因组的靠5#端 (307 000bp) 和3#端 (11 00013 000bp) 处.对部分重要基因的核苷酸相似性分析结果显示, 两个分离株的ORF2a、ORF3基因与HP-PRRSV毒株相似性高, 表明重组病毒的这两个基因可能来自HPPRRSV毒株.致病性试验结果表明, 参考毒株HENXC-4的毒力略高于分离毒株HENXX-8, 主要表现在体温升高、日均增重降低和肺部病变上.但两个分离物均未引起发病猪死亡.以上结果表明, 目前PRRSV2在田间的基因重组事件存在随机性, 提示不同毒株在田间的存在会加剧PRRSV重组事件的发生和流行、毒株类型更加复杂, 从而增加了临床防控难度.因此, 慎重使用活疫苗并持续监测活疫苗毒株在田间的变异动态, 对更好防控本病具有一定的临床指导意义.
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2011～2015年中国Ⅰ类新城疫病原学监测与遗传进化分析
为了研究Ⅰ类新城疫病毒在中国的分布及分子演化特征,2011～2015年按照《国家动物疫病监测与流行病学调查计划》,随机从国内26个省市945个采样点共采集家禽口咽、泄殖腔拭子及环境样本53 176份,通过病毒分离和RT-PCR对中国Ⅰ类新城疫病毒的分布和分子特征进行了调查分析.结果显示,2011～2015年共分离到Ⅰ类新城疫病毒1 472株,其中,2011年病毒分离率高,随后病毒分离率有所下降;Ⅰ类新城疫病毒分布范围广,在中国22个省市均分离到病毒,病毒主要分布于华东、华中、华南和西南地区;活禽批发市场和农贸市场的Ⅰ类新城疫阳性率明显高于养殖场和屠宰场;分离株主要来源于鸡(1 182株),鸭、鹅、鸽子和环境样本中也存在Ⅰ类新城疫病毒;所有分离株可划分为3个基因型(1～3型),其中基因3型为近年来中国流行的主要基因型.
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一株赛鸽源鸽圆环病毒全基因克隆与序列分析
鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是圆环病毒科的一个成员,是一种免疫抑制性病原.为了研究PiCV中国流行毒株的基因特征和遗传进化关系,本研究应用PCR方法对江苏省某赛鸽公棚的22份样品进行了PiCV检测,结果有6份样品为阳性.采用重叠PCR技术得到一株鸽圆环病毒全基因序列,命名为JS15-1(GenBank登录号:KX431143).基因序列分析表明,JS15-1全长为2 034bp,包含3个主要开放阅读框.核苷酸同源性比较结果显示JS15-1与GenBank上登录的其他鸽圆环病毒分离株的全基因核苷酸同源性为85.3％～97.1％,与比利时分离的Bel20株同源性高.不同鸽圆环病毒Rep基因同源性为92.1％～96.6％,Cap基因同源性为72.2％～99.4％.全基因遗传进化树显示JS15-1与之前的中国分离株处于不同的分支,而与Bel20的亲缘关系近,Rep基因进化树显示JS15-1与Bel20、PiCV/Japan/2010、lta4B位于同一分支,Cap基因进化树显示JS15-1与Bel20处于同一分支,亲缘关系近.氨基酸序列比较发现,JS15-1与Bel20在Rep蛋白存在6个氨基酸残基的差异,而Cap蛋白存在1个氨基酸残基的差异和1个氨基酸残基的插入.研究结果表明,JS15-1极可能来源于比利时,而且发生了变异.
关键词： 鸽圆环病毒(PiCV) 赛鸽 基因 遗传进化分析 -
广西壮族自治区2001年急性弛缓性麻痹病例中2株C4b亚型进化分支人肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析
目的 分析广西壮族自治区2001年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离到的两株人肠道病毒71型(Human Enterovirus Type 71,HEV71)VP1编码区的基因特征.方法 对2001年AFP病例中的非脊髓灰质炎肠道病毒(Non-Polio Enterovirus,NPEV)分离培养物,进行HEV71特异性逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcript-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)检测,对鉴定为HEV71的病毒分离物,随机选取其中2株进行VP1编码区核苷酸序列测定和分析.结果 在25份NPEV分离物中,有5份鉴定为HEV71核苷酸阳性,选取GX(Guangxi,广西)01-64和GX01-71株进行进一步分析.VP1编码区核苷酸序列分析结果显示,它们与基因C型4b亚型(Subgenotype C4b)进化分支参考株的相似性高,核苷酸序列相似性为95.2％,在遗传进化树中与C4b亚型病毒株同属一个分支.与1997～2008年国内HEV71流行株的氨基酸序列比对中发现,GX01-64和GX01-71株的第22位氨基酸、多肽SP(Synthetic Peptide,合成多肽)31～33以及CD4+T(Thymus,胸腺)细胞表位上的氨基酸发生了点突变.结论 广西壮族自治区早有HEV71感染的病例可以追溯到2001年,GX01-64、GX01-71株与国内1998～2003年所分离的C4b进化分支HEV71的亲缘关系很近,提示可能存在共同的祖先,并且它们的某些可能与抗原以及细胞表位有关的氨基酸序列发生了点突变.
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内蒙古小型兽类巴尔通体感染情况调查
目的 了解我国内蒙古部分地区小型兽类的巴尔通体(Bartonella)感染情况,为该地区人群巴尔通体感染的预防控制提供科学依据.方法 2012、2013年用夹夜法在内蒙古不同地区捕获小型兽类,无菌操作取鼠肝和脾,用聚合酶链反应(PCR)检测巴尔通体,对阳性产物测序,将所测核酸序列提交到GenBank,做相似性比较及序列分析.同时分别用肝和脾各30份样品分离培养巴尔通体,疑似菌株提取DNA,对gltA基因测序并根据序列进行系统发育分析,确定巴尔通体属种,并分析不同脏器、不同鼠种的阳性率.结果 2012年在内蒙古锡林郭勒盟二连浩特市共捕鼠8种117只,各鼠种均培养出巴尔通体菌,培养阳性率为56.41％(66/117),肝脏DNA直接PCR阳性率为57.26％(67/117),二者差异无统计学意义(P=0.945).30份肝样品培养阳性21份,30份脾样品培养阳性13份,二者差异亦无统计学意义(P=0.331).2013年捕获并培养分离小型兽类13种86只,有8种检出巴尔通体,培养阳性率为38.37％(33/86),其中达乌尔黄鼠高(75.00％),其次为五趾跳鼠(71.43％)和布氏田鼠(64.29％).经分析达乌尔黄鼠、五趾跳鼠与布氏田鼠的巴尔通体阳性率差异无统计学意义(P=0.883).序列分析表明内蒙古部分地区小型兽类中共检出4个巴尔通体种群:B.jaculi、B.grahamii、B.washoensis和B.vinsonii,有明显的宿主特异性.结论 巴尔通体在内蒙古部分地区小型兽类中广泛存在,存在对人群致病的风险,序列分析显示出巴尔通体基因型别的多样性,为内蒙古及我国北方其他地区巴尔通体的研究奠定了基础.
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1例手足口病患者及其密切接触者的病原检测与序列分析
目的 对山东省济宁市手足口病患者及其接触者标本进行病毒分离以及基因组序列测定与分析,捕捉病毒在传播过程中的变异情况.方法 使用RD细胞分离病毒,通过8对位于保守区的首尾重叠的全序列扩增引物进行扩增和序列的测定与拼接,并对全基因序列以及氨基酸序列与肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)各亚型标准株进行同源性分析以及遗传进化分析.结果 自1例患儿及其密切接触者各分离得到1株EV71分离株,分别命名为SDJN2015-01和SDJN2015-01.1;同源性分析显示分离到的两株病毒与C4a亚型株EU703813同源性高;遗传进化分析显示两株病毒同属于C4a亚型.序列比对发现,两株病毒共存在12个核苷酸的差异,导致6个氨基酸的差异,分别为VP1区K98E(全编码区为K663E)和A133T(A698T)以及2C区D48N(D1159N)、V126I(V1237I)、I238V(I1349V)和N314Y(N1425Y).结论 SDJN2015-01和SDJN2015-01.1株同属EV71C4a亚型,其与C4a亚型标准株EU703813具有高度同源性;两株病毒间在VP1和2C区产生的氨基酸的变异对病毒毒力以及感染能力是否有影响有待进一步研究.
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引起河南省一起病毒性脑炎暴发的柯萨奇病毒B5的鉴定及其序列分析
目的 鉴定2011年引起河南省漯河地区一起病毒性脑炎(VE)暴发的病原体,并对分离的柯萨奇病毒B5(CVB5)进行基因特征分析.方法 采集漯河地区病毒性脑炎暴发期间29例患者的5份咽拭子、21份粪便和14份脑脊液,采用实时荧光RT-PCR方法分别检测总肠道病毒(PE)、EV71及CA16病毒核酸.所有标本均进行病毒分离培养,对其中5例患者的2份粪便和3份脑脊液的阳性分离产物进行VP1和5′-UTR区核苷酸序列测定及亲缘进化分析.结果 实时荧光RT-PCR结果显示,所有临床标本EV71和CA16病毒核酸检测均为阴性,咽拭子、粪便和脑脊液的PE核酸检测阳性率分别为60.0％(3/5)、61.9％(13/21)和85.7％ (12/14).咽拭子、粪便和脑脊液病毒分离率分别为20.0％(1/5)、25.0％(5/21)和29.0％ (4/14).VP1和5′-UTR区核苷酸序列BLAST分析及分子分型结果显示为CVB5,对其中5株分离毒株进行VP1全长基因分析显示彼此之间核苷酸同源性为97.9％ ～ 99.5％.与其同源性近的毒株是2010年引起长春手足口病暴发的CVB5分离株CC10/10/Changchun,核苷酸同源性为97.1％～98.1％.与2010及2012年河南省平顶山地区的脑炎分离株COXB5/Henan/2010和03001N/HN/CHN/2011/CB5的同源性分别为89.0％～89.6％和91.8％～92.5％.VP1区遗传进化树显示此次分离株为基因型D,且与长春株成一簇.结论 导致此次病毒性脑炎暴发的病原体为肠道病毒CVB5,优势基因型的变迁可能与此次暴发相关.
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青岛市柯萨奇病毒A12型VP1区基因特征及相关重症手足口病临床表现
目的 了解2011—2016年柯萨奇病毒A12型(CV-A12)青岛分离株的基因特征及所致重症手足口病临床特点.方法 人横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞和人喉癌(human laryngeal carcinoma,Hep-2)细胞分离自2011—2016年青岛地区儿童手足口病及部分疱疹性咽峡炎和流感样病例咽拭子标本中非EV-A71、非CV-A16毒株,半巢式反转录PCR扩增肠道病毒部分VP1序列,结合序列分析鉴定CV-A12毒株;对全部CV-A12分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定,以MEGA7.0软件进行遗传进化及分子特征分析;收集CV-A12所致重症手足口病临床资料并分析其特征.结果 青岛市手足口病、疱疹性咽颊炎和儿童流感样病例中CV-A12分离率分别为0.3％(18/6798)、1.2％(2/169)和0.1％(1/676).CV-A12感染所致手足口病在2013年及以前以轻症病例为主(84.6％,11/13),2013年以后以伴有神经系统症状的住院重症病例为主(100％,5/5).VP1区遗传进化分析显示,全球CV-A12分为A、B两个基因型,2011—2016年青岛地区毒株均属于B基因型且88.9％(16/18)位于B2亚型;2013年后致手足口病重症病例毒株均为B2亚型B2b分支毒株.结论 CV-A12是青岛儿童手足口病、疱疹性咽颊炎和流感样疾病的病原之一;B2亚型毒株为近年来青岛CV-A12主要流行毒株,其感染所致手足口病能导致神经系统损害.
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贵州省17例手足口病肠道病毒71型分离株全基因组序列分析
目的 分析我国贵州地区17株肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株的基因特征及遗传进化情况,探讨本地区EV71病毒的分子流行病学特点.方法 收集2013至2015年贵州省各地区手足口病住院患儿咽拭子样本,提取其病毒核酸,利用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增其全基因组后进行测序,测序结果 利用DNAMAN8.0软件进行编辑及拼接,然后将病毒基因组序列分别与基因库中其他EV71基因组序列进行Blastn比对,应用MEGA5.2软件中的Neighbor-Joining法构建系统进化树.结果本研究成功分离扩增出17株EV71病毒全基因组序列,其基因组全长均为7405 bp,编码2193个氨基酸.毒株间存在的12处氨基酸位点差异将17株分离株划分为10种氨基酸序列,不同序列与临床类型尚未表现出规律性和相关性.17株EV71分离株间VP1区、5′非翻译区(5′untranslated region,5′UTR)及3′非翻译区(3′untranslated re-gion,3′UTR)核苷酸同源性均较高,其全基因组与A、B、C基因型及柯萨奇病毒A组16型(Coxsakievirus A 16,CA16)代表株进行同源性比较显示其与EV71 C4a亚型代表株同源性高,为95.3%~98.1%,与CA16代表株同源性低.17株分离株基于全基因组、VP1区及5′UTR核苷酸序列构建的遗传进化树显示17株分离株自成一簇,与C4a亚型代表株聚在同一大分支上,不同区域构建的进化树亲缘关系远近存在差异.结论 2013至2015年贵州地区流行的EV71毒株基因型为C4a亚型,与国内其他地区流行的EV71基因型一致,暂未出现抗原转变及新亚型毒株输入,但存在着碱基及氨基酸改变,需动态监测;17株EV71分离株氨基酸序列差异与疾病严重程度尚未表现出相关性.
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肠道病毒71型山东临沂分离株3D区遗传进化分析
目的 构建肠道病毒71型(EV71)山东临沂分离株3D区的系统进化树,进行遗传进化分析,探讨3D区与神经毒力的关系.方法 于2009-2010年在山东省临沂市人民医院采集手足口病(HFMD)患儿的粪便标本和咽拭子标本107份,进行EV71的分离;用Bioedit和MEGA 4对EV71山东临沂分离株SDLY1、SDLY11、SDLY48、SDLY96、SDLY107的3D区进行序列分析,参比序列选自GenBank.结果 3D区的系统发生树分析结果显示,5株临沂分离株在发生树上比较集中,SDLY11、96、107的3D区同源性高,与CoxA16原型株G-10的系统发生关系较近,与EV71原型株BrCr/70的系统发生关系较远;3D区碱基构成比和氨基酸构成比分析显示,含量高的碱基为A(29％),含量高的氨基酸为亮氨酸(＞10％);基因序列比对和氨基酸序列比对分析结果显示,碱基突变较多,但大多为静默突变,临沂分离株与CoxA16 G-10之间的氨基酸突变中有很大一部分是赖氨酸与精氨酸之间的突变,在SDLY107的3D区发现了3个特有的氨基酸突变:N37S、K142R、G261E.结论 EV71山东临沂分离株3D区的进化可能与CoxA16 G-10有关,突变N37S、K142R、G261E可能与EV71的神经毒力有关.
关键词： 手足口病(HFMD) 肠道病毒71型(EV71) 3D区 遗传进化分析 -
扬州市戊型肝炎病毒基因特征分析
目的 分析扬州市戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的基因特征.方法 采用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-nested polymerase chain reaction,RT-nPCR)法筛选人抗戊型肝炎(hepatitis E,HE)病毒抗体免疫球蛋白m(immunoglobulin m,IgM)阳性血清和猪肝组织样品,套式RT-PCR扩增HEV RNA ORF2片段基因并测序,DNA Star MegAlign比对核苷酸构建距离矩阵和系统发生树.结果 筛查并扩增6株基因4型HEV病毒,核苷酸同源性89.9％～99.3％,与基因4型参考株的同源性为85.8％～94.6％,与其他基因型的同源性为79.1％ ～ 89.2％,遗传进化显示扬州市6株病毒分在3个基因亚型分支上,与基因2型和3型的遗传距离大于基因1型.结论 扬州地区人源和猪源HEV同源性高,HE的传染源是猪的可能性大.
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2株乙型脑炎病毒的E基因的克隆与序列分析
目的 对2009年分离自四川省崇州与内江地区的2株乙型脑炎病毒的E基因进行序列测定与分析,了解其序列特征与遗传变异情况.方法 采集猪场流产死胎脑组织与蚊虫样品12份,用BHK-21细胞分离培养出2株乙型脑炎病毒,命名为JEV-CZ1株和JEV-NJ1株.针对乙脑疫苗株SA14-14-2基因组252-2509区段设计1对引物,扩增出分离株主要抗原基因E基因并测序,与不同国家及地区的乙脑毒株进行E基因核酸序列及推导氨基酸序列的同源性比较与进化树分析.结果 测序分析的E蛋白基因片段长1 500 bp,编码500个氨基端残基.JEV-CZ1株与广泛使用的减毒疫苗株SA14-14-2的E基因核酸序列与推导氨基酸序列的同源性分别为87.6%和97.2%,JEV-NJ1株与SA14-14-2株的E基因核酸与氨基酸序列的同源性分别为99.5%与99.2%.JEV-CZ1株与疫苗株SA14-14-2株在E蛋白3个结构域中有15个氨基酸的差异,JEV-NJ1株有3处差异.其中JEV-CZ1株在E138位的氨基酸为Glu,符合强毒特征.通过基因遗传进化分型显示,JEV-CZ1株为基因Ⅰ型,JEV-NJ1株为基因Ⅲ型,且2株病毒与以往四川分离的毒株遗传关系较近.结论 此次研究的分离株具有较强的地域性,遗传变异不大,且与疫苗株有较高的同源性.
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浙江省鼠形动物巴尔通体的遗传进化分析
目的 分析浙江省鼠形动物中巴尔通体分子遗传进化关系,为巴尔通体人群感染的预防控制提供科学依据.方法 用夹夜法在浙江省不同地区、不同季节捕获鼠形动物,无菌操作取鼠肝和脾,用PCR和分离培养检测巴尔通体,对部分阳性产物测序,提交到GenBank,用CLUSTAL W进行匹配,然后用PAUP 4.0 beta 10软件构建系统关系,分析其遗传进化关系.结果 我们分别从黑线姬鼠、黄毛鼠、褐家鼠、黑腹绒鼠、社鼠、臭鼩鼱、东方田鼠、黄胸鼠和大林姬鼠中检测到巴尔通体特异DNA片段,浙江首次从黑线姬鼠脾中分离出一株巴尔通体.遗传进化分析显示我们检测到的巴尔通体与Bartonella rattimassiliensis以及对人类有致病性的B.grahamii的遗传关系近.结论 浙江省鼠类中广泛存在巴尔通体感染,而且携带人类致病性巴尔通体,存在人群感染风险.
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扬州市乙型肝炎病毒B基因型前S基因特征分析
目的 分析扬州市乙型肝炎病毒B基因型前S基因特征和基因突变.方法 扩增HBV B基因型前S基因并测序, Clustal W比对构建距离矩阵,MegAlign比对突变位点.结果 扬州6株病毒全部在HBV B基因型分支上,同源性:97.2%~98. 6%,与同基因型参考株的同源性:92.8%~100%,与其他基因型参考株间的同源性为:78.1%-86.2%.前S基因与参考序列AF121244比对后发现存在缺失和突变现象,YZ07发现有4个突变位点,YZ06有3个突变位点,YZ01有1个突变位点,6例样本有3例发生突变,YZ02、03、04与参考序列比对未发现突变.结论 扬州市HBV B基因型间的同源性高,流行的地域性明显,6株病毒前S基因有7个突变位点,低病毒载量毒株突变位点多于高病毒载量毒株.
