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西藏部分地区12株藏族人群C/D重组型乙型肝炎病毒全基因序列分析
为了解藏族人群中流行的乙型肝炎病毒(HBV)基因型及基因重组状况,收集藏族人群HBsAg阳性样本,提取HBV DNA并用巢氏PCR的方法扩增HBV全长序列,测序后用DNAstar软件拼接全基因序列,进一步利用MEGA6和Simplot软件进行序列同源性和系统进化分析.应用该方法获得12株藏族人群HBV全基因序列,分析结果显示12株样本为C/D重组型,其中9株样本的重组位点位于nt750,3株样本的重组位点位于nt 1526,以此可分为两种重组方式,分别命名为C/Da和C/Db;从总体序列同源性来分析12株样本均属于C基因型,且与现有的C1-C15亚型的核苷酸差异均大于4％,与C1亚型为接近.从地理分布来看,C/Da来自西藏中部和北部的拉萨市、阿里和林芝地区,C/Db均来自西藏南部的山南地区,提示两种重组型C/Da和C/Db在西藏地区的地理分布具有一定规律.研究结果可为西藏地区特殊HBV基因重组、基因特征分析、病毒进化研究以及当地乙肝防控提供参考.
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2009年广州人肠道病毒EV71型分离株重组分析
对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点.P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027 bp)处存在EV71亚型C4Shanghai-FJ713137与CVA409-HQ728260型间重组.该分离株与中国大陆目前优势株流行趋势一致,是广州首例发生型间重组且由C4亚型及CVA4型发生重组.
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两株田间重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定、进化分析及其致病性研究
为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒 (PRRSV2) 田间毒株重组特征, 本研究对两株分离物 (HENXX-8、HENJY-2) 进行全基因测序、进化分析及毒力测定, 并对其全基因序列进行重组分析.结果显示, 两个毒株均属于PRRSV 2, 两者与其代表株VR-2332的核苷酸相似性分别为85.6％、85.7％;与高致病性PRRSV (HPPRRSV) 毒株JXA1、TJ和WUH4株分别为85.7％85.8％、85.4％85.5％;与经典毒株CH-1a、HB-2 (sh) 分别为84.7％85.7％、84.5％85.7％;而与所有NADC30类毒株均在90.0％以上.全基因、ORF5及Nsp2序列进化分析结果均显示两个分离物与国内报道的类NADC30毒株遗传距离较近, 同处于一个分支.全基因组重组分析结果表明, 两个分离毒株存在明显重组现象, 且重组模式均以类NADC30毒株为骨架病毒, 与HP-PRRSV毒株发生重组.但重组对象不同:HENJY-2是由类NADC30毒株与TJ株发生重组;而HENXX-8则是由类NADC30毒株与WUH4、TJ株发生3毒株间重组.由于重组部位序列缺乏特异性分子标志, 因此无法确定与类NADC30发生重组的是HP-PRRSV还是其减毒的疫苗毒株.两株分离物的重组部位与早期分离毒株HENANHEB、JL580等有所不同, 均未涉及到ORF5基因, 而是集中在Nsp1Nsp2以及ORF2aORF3区域, 主要发生在病毒基因组的靠5#端 (307 000bp) 和3#端 (11 00013 000bp) 处.对部分重要基因的核苷酸相似性分析结果显示, 两个分离株的ORF2a、ORF3基因与HP-PRRSV毒株相似性高, 表明重组病毒的这两个基因可能来自HPPRRSV毒株.致病性试验结果表明, 参考毒株HENXC-4的毒力略高于分离毒株HENXX-8, 主要表现在体温升高、日均增重降低和肺部病变上.但两个分离物均未引起发病猪死亡.以上结果表明, 目前PRRSV2在田间的基因重组事件存在随机性, 提示不同毒株在田间的存在会加剧PRRSV重组事件的发生和流行、毒株类型更加复杂, 从而增加了临床防控难度.因此, 慎重使用活疫苗并持续监测活疫苗毒株在田间的变异动态, 对更好防控本病具有一定的临床指导意义.
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腺病毒7型河南分离株全基因序列测定及重组分析
目的 了解腺病毒7型河南分离株(hAdV35/Henan/2010)全基因特征及与其他腺病毒之间的进化重组关系.方法 设计39对全长引物,采用RT PCR方法扩增河南分离株腺病毒全序列,用DNASTAR中的SeqMan拼接全序,运用BioEdit进行序列剪齐,运用Mega4.0分析基因组编码蛋白hexon、fiber、E4和penton区域氨基酸与核苷酸的同源性,并与其他腺病毒序列绘制进化树,运用Simplot软件进行序列重组分析. 结果 hAdV35/Henan/ 2010基因组全长35 234 bp,与其他腺病毒相比,基因组氨基酸和核苷酸同源性为68.0％～99.8％和46.5％～99.5％.不同编码区hexon、fiber、E4和penton的核苷酸同源性分别为72.4％～95.4％、74.1％～97.0％、55.7～92.7％和69.9％～99.3％.进化树分析显示河南分离株与腺病毒7型疫苗株同属一支,与腺病毒3型进化分支近,Bootsacn分析显示与B亚属腺病毒在多个区域发生重组,尤其与腺病毒3在hexon区域高度重组. 结论 hAdV35/Henan/2010与B族腺病毒亲缘关系较近,与hAdV3在hexon区域存在重组.
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一株引起病毒性脑炎的柯萨奇B组5型病毒全基因组分析
目的 对一株病毒性脑炎病原柯萨奇病毒B5 (coxsackievirus B5,CV B5)分离株KMA2/YN/CHN/2010的全基因组及其遗传特性进行分析.方法 对297份病毒性脑炎患者脑脊液在RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR移步法分段扩增CV-B5全长基因,经测序和拼接后,利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件进行分析.结果 通过分离获得一株阳性分离株,经鉴定为CV-B5 KMA2/YN/CHN/2010株,其基因组全长为7 395 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白.与其他CV B5病毒分离株的全基因组的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6％～98.8％和93.1％～98.1％;KMA2/YN/CHN/2010与其他CV-B5株在各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.0％ ～ 100.0％和88.8％～ 100.0％.其中与A210/KM/09株同源性高.进化分析发现CV B5分4个基因型,KMA2/YN/CHN/2010属于C基因型.通过重组分析发现KMA2/YN/CHN/2010可能为重组株.结论 KMA2/YN/CHN/2010与其他中国株一样同属于C基因型.
