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CYP4A11、CYP4F2基因多态性及其交互作用与代谢综合征的相关性研究
目的 分析CYP4A11基因(rs9332978,rs1126742)、CYP4F2基因(rs1558139,rs2108622)多态性与浙江省社区居民代谢综合征(MS)易感性的关系.方法 运用病例对照研究方法,确定277例MS人群和304名正常对照进行研究,应用TaqMan荧光探针方法检测4个位点多态性,使用SAS 9.2统计软件分析数据,并结合MDR 2.0分析软件分析基因-基因、基因-环境的交互作用,后用多因素非条件logistic回归模型估计MS危险因素及MDR模型中危险因素的危险度.结果 rs9332978 GG与AA+AG基因型的分布频率在病例对照组中差异有统计学意义(P=0.04).连锁不平衡分析显示:rs9332978和rs1126742两位点呈现较强的连锁不平衡(病例组D'=0.783,对照组D'=0.836)；但rs2108622和rs1558139两位点并不存在明显的连锁不平衡；连锁不平衡的两两位点组成的单体型在两组中分布差异均无统计学意义.MDR分析结果显示rs1558139、rs2108622两位点多态性存在交互作用.多因素logistic回归分析显示:rs9332978GG基因型、轻度体力活动与MS之间存在负相关,OR及95％CI值分别为0.32 (0.10～1.00)、0.70(0.49～0.99)；但未发现rs1558139、rs2108622交互作用对MS的影响差异有统计学意义.结论 rs9332978位点的GG基因型及轻度体力活动与MS的发生具有相关关系,可降低MS发生的危险性,可能是MS的保护因素；但rs9332978和rs1126742两个位点多态性在MS发生中可能不存在交互作用.
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多因子降维法分析基因-基因交互作用的应用进展
多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)是近年来发展的一种分析交互作用的新方法[1],"因子"即交互作用研究中的变量(如基因型或环境因素),"维"是指研究的多因子组合中的因子数(如基因型数目);该方法以疾病易感性分类(高危、低危)的方式建模,将研究中的多个因子看作一个多因子组合(基因型组合),这样就把高维的结构降低到单维两水平(即高危或低危),即为"降维",后,再通过交叉验证和置换检验来评估该单维的多因子组合识别和预测疾病的能力.
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CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C基因多态性与非瓣膜性心房颤动的关联研究
目的 研究浙江省汉族人群胆固醇酯转运蛋白基因TaqIB(CETP TaqIB)、心肌缓慢延迟整流钾离子通道(Iks)β亚单位基因S38G(KCNE1 S38G)和内皮型一氧化氮合酶基NT-786C(eNOS T-786C)遗传多态性与非瓣膜性心房颤动(房颤)易感性的关联.方法 选取非瓣膜性房颤患者147例,病区对照147例,采用聚合酶链反应.限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴定CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C遗传多态性的基因型和等位基因分布.结果 (1)CETP B1等位基因频率在非瓣膜性房颤组明显高于对照组,差异有统计学意义(OR=1.763,95%CI:1.247～2.492,P=0.002);(2)logistic回归分析:校正性别、年龄、高血压、吸烟、BMI等混杂因素之后,CETP TaqIB基因多态性在病例组和对照组之间差异具有统计学意义;(3)多因子降维法分析表明,CETP TaqIB、KCNE1 S38G和eNOS T-786C存在交互作用,3个基因多态性同时存在危险度优势比为CETP TaqIB单独存在时的1.849倍.结论 CETP B1等位基因是非瓣膜性房颤遗传易感性的独立危险因子.CETP B1等位基因、KCNE1 S38G等位基因和eNOS T-786C等位基因同时存在可能增加非瓣膜性房颤遗传易感性.
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基于多因子降维法模型的醛固酮合成酶基因多态性与饮酒指数对蒙古族人群高血压的交互作用
为10/10.多因素logistic回归分析显示CYP11B2基因、饮酒指数主效应差异均无统计学意义,交互作用有统计学意义(P=0.003),其OR值及95%CI为10.25(2.23～47.18),联合作用也有统计学意义(P<0.05).结论 CYP11B2基因T(-344)C突变型与饮酒行为可能协同影响蒙古族人群高血压的发生.
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复杂疾病病因研究中基因间交互作用分析:基于基因型传递不平衡的多因子降维法
介绍复杂疾病病因研究中分析基因-基因交互作用的一种新方法:基于基因型传递不平衡的多因子降维法(MDR-PDT).文中简述MDR-PDT的基本原理、步骤及特点,并结合研究实例说明其应用过程.MDR-PDT是原始MDR的扩展,可用于多种结构类型的核心家系资料分析基因-基因交互作用.结论 MDR-PDT具有非参数、无需遗传模式的特点,并能充分利用家系中多个家庭成员的信息,在复杂疾病病因研究中分析基因-基因交互作用具有良好的效能.
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应用多因子降维法分析基因-基因交互作用
目的介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用.方法简述MDR的基本步骤、原理及其特点,并结合研究实例说明在病例对照研究中如何应用软件进行MDR分析.结果相对于传统的统计学方法,MDR是一种无参数、无遗传模式的分析交互作用的方法,理论和实例研究均表明其分析交互作用具有较好的效能,目前已成功应用于散发性乳腺癌、心房颤动和原发性高血压等疾病的研究.结论 MDR能够应用于病例对照研究进行基因-基因交互作用的分析,且具有较传统的统计学分析方法无法比拟的优势.
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应用多因子降维法MDR分析基因-基因的交互作用
目的 介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法(MDR)分析基因-基因交互作用.方法 简述MDR的基本步骤、原理及其优缺点,并结合研究实例说明在病例对照研究中进行MDR分析.结果 相对于传统的统计学方法,MDR是一种无参数、无遗传模式的分析交互作用的方法,理论和实例研究均表明其分析交互作用具有较好的效能,目前已成功应用于散发性乳腺癌、心房颤动和原发性高血压等疾病的研究.结论 MDR能够应用于病例对照研究进行基因-基因交互作用的分析,且具有较传统的统计学分析方法无法比拟的优势.
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原发性肝癌影响因素的交互作用分析
目的 分析原发性肝癌影响因素间的交互作用.方法 采用配对病例对照研究,收集福州地区388例肝癌新发病例和388例对照,使用多因子降维法(MDR)分析因素间的交互作用.根据MDR模型结果,用多因素Logistic回归模型估计交互项及其他危险因素的危险度.结果 MDR佳模型为乙型肝炎病毒(HBV)感染、吸烟和饮酒的交互作用,该模型的检验样本平衡检验准确度为82.73%,交叉验证一致性为13/15.多因素Logistic回归分析显示,调整了肿瘤史、吃霉变食物和喝茶,HBV感染主效应[OR=5.722,95%CI(1.809,18.418)]和交互作用[OR=5.646,95%CI(1.655,19.259)]有统计学意义,联合作用也有统计学意义(P＜0.05).结论 在原发性肝癌发生过程中,HBV感染是主要因素,吸烟和饮酒是辅助因素,它们协同作用.
关键词： 肝肿瘤 多因子降维法 Logistic模型 交互作用 -
多因子降维法和Logistic回归交互效应分析对比研究
目的 比较多因子降维法(MDR)和Logistic回归在分析交互作用时的优劣,探讨MDR和Logis-tic回归在不同条件下的适用情况.方法 用MDR和Logistic回归实现不同条件下的交互作用分析.结果 MDR可用以发现高阶交互作用,但不能发现主效应;Logistic回归能很好地分析主效应,且在发现低阶交互作用(二阶交互作用)方面的能力比MDR更强大,但在分析高阶交互作用方面有着很大的局限性.结论 MDR和Logistic回归在分析交互作用时有各自的适用条件和优点,遇有交互作用分析要求时,二者的联合应用效果更佳.
关键词： Logistic模型 回归分析 多因子降维法 -
转化生长因子β3基因与骨形成蛋白4基因交互作用与唇腭裂的关联性
背景:课题组的前期研究发现中国汉族人群唇腭裂的发病与转化生长因子β3基因多态性无关联,但与骨形成蛋白4基因多态性有关.目的:探讨骨形成蛋白4T538C,转化生长因子β3C641A和G15572-之间的交互作用与唇腭裂发生的关联性.方法:纳入2007-03/2008-08在贵阳医学院附属医院口腔颌面外科以及百色市人民医院口腔科就诊的200例唇腭裂患者作为病例组,同时选取同时期的外伤和骨折患者200例作为对照.利用PCR-RFLP进行骨形成蛋白4T538C,转化生长因子β3C641A和G15572-的基因型检测,利用多因子降维法对基因分型结果进行交互作用分析.结果与结论:骨形成蛋白4T538C基因型和等位基因的分布在唇腭裂组和对照组之间均存在显著性差异(P < 0.05).转化生长因子β3C641A和G15572-两基因位点在两组之间差异无显著性意义(P > 0.05).交互作用分析显示,所有因子的交互作用模型均无显著性意义(P > 0.05).说明骨形成蛋白4T538C,转化生长因子β3C641A和G15572-在唇腭裂发病中不存在交互作用.
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应用Logistic回归与多因子降维法分析胃癌易感基因多态性
目的 应用Logistic回归与多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)分析胃癌易感基因多态性,为胃癌的早期诊断和预警奠定基础.方法 采用病例-对照研究,以中国西北476例汉族胃癌患者为病例组,361名非肿瘤、非消化系统疾病个体为对照组;通过候选基因策略,应用MassARRAY质谱平台分析与代谢、炎症相关的18个基因的37个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点;利用Logistic回归与MDR对基因分型结果进行分析.结果 Logistic回归分析显示,磷脂酶Cε1 (phospholipase C epsilon 1,PLCE1)_rs3765524[OR=1.341,95％ CI(1.003,1.792)]、还原型辅酶Ⅰ/Ⅱ醌氧化还原酶1[NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1,NQO1]_rs1800566[OR=0.615,95％ CI (0.418,0.903)]、X线修复交叉互补基因1(X ray repair cross complementing gene 1,XRCC1)_rs25487 [OR=0.688,95％ CI (0.490,0.967)]3个SNP位点的基因型分布与胃癌易感性显著相关(P＜0.05);MDR分析显示,PSCA _rs 10216533-XRCC1_rs25487[模型Ⅰ:OR=3.566,95％CI(2.614,4.863)]、MTHF_rs1801131-PSCA _rs2976392-CYP17A1rs6163-CYP19A1_rs4646-CYP19A1 _rs1902586-MMP2_rs243865[模型Ⅱ:OR=7.257,95％ CI(5.337,9.870)]、IL1B_rs16944-PSCA_rs10216533-CYP17A1_rs6163-NQO1_rs1800566-ENOSF1_rs2298581-XRCC1_rs25487[模型Ⅲ:OR=15.837,95％CI(11.252,22.289)]3个模型内部各位点之间具有显著交互作用(P＜0.0001).结论 PLCE1、NQO1、XRCC1、PSCA、MTHFR、CYP17A1、CYP19A1、MMP2、IL1B、ENOSF1等基因多态性与我国西北地区汉族人群胃癌发病风险相关;在胃癌的早期诊断与预警中应联合Logistic回归和MDR等方法,兼顾单因素与多因素交互的影响进行综合分析.
关键词： 胃癌 单核苷酸多态性Logistic回归 多因子降维法 -
河南省维生素D受体基因rs2222570和rs731236位点多态性与结核病的易感性
目的:探讨河南省人群维生素D受体(VDR)基因多态性和结核病易感性之间关系.方法:采用病例对照研究方法,病例组纳入260个结核病患者,并以年龄和性别相匹配纳入260名健康人作为对照组.采用PCR-SS-CP法对VDR基因位点多态性进行分析.应用SPSS 19.0对数据进行统计分析,SHEsis在线分析2个位点单倍体型和结核病发病的关联,MDR软件3.0.2分析基因和环境交互作用对结核病发病的影响.结果:VDR基因rs2222570位点多态性与结核病发病风险相关,野生型C/C降低了结核病发病50%的风险(校正OR=0.501,95%CI:0.343~0.709),并且该位点等位基因C在对照组中高于病例组(校正OR=0.632,95%CI:0.493~0.868);而VDR基因的rs731236位点突变基因型C/C增加结核病发病风险(校正OR=2.001,95%CI:1.838~2.191).VDR基因单倍体型CT、TT和TC与结核病发病相关[CT:OR(95%CI)=0.673(0.521~0.847),P<0.001;TT:OR(95%CI)=1.332(1.043~1.711),P=0.032;TC:OR(95%CI)=6.561(2.366~18.143),P<0.001].MDR结果表明VDR基因rs2222570和rs731236位点多态性、吸烟、结核病患者密切接触史4个因素交互作用增加了结核病发病风险[OR(95%CI)=7.619(2.201~26.354),P<0.001].结论:VDR基因多态性与结核病发病风险相关,且VDR基因rs2222570和rs731236位点多态性、吸烟、结核病患者密切接触史存在交互作用.
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多因子降维法分析基因与环境因素交互作用的研究
目的 探讨多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)在筛选糖尿病的基因与环境危险因素交互作用时的用法以及MDR的优缺点,并与传统的Logistic回归做比较.方法 通过模拟研究确定MDR所适用的样本量大小,实例分析采用针对糖尿病的病例对照研究数据,分别用MDR方法、Logistic回归进行分析,将两种结果进行对比进而对两种方法作出评价.结果 模拟实验结果表明MDR在分析1阶交互作用时效能不如Logistic回归,但随着样本量的增大,两种检测方法效能趋于一致；在分析高阶交互作用时,MDR所表现出的效能高于Logistic回归,而且在分析2阶交互作用中,样本量200时MDR已经表现良好,当样本量为300时,MDR显示了微弱的优势.实例分析中MDR的优模型为174G/C和是否总胆固醇和总甘油三酯同时偏高之间的交互作用,预测准确率为0.5822,交叉验证一致性为8/10,置换检验有统计学意义(P=0.021).结论 MDR在分析小样本、高维度数据中表现良好,可有效的分析糖尿病基因与环境的交互作用.
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基于多因子降维法对基质金属蛋白酶在侵袭性牙周炎中作用的分析
目的：基于多因子降维法研究筛选优的MDR模型，分析侵袭性牙周炎发病因素间的交互作用。方法采用MDR软件分析来源于宿主的基质金属蛋白酶（ MMP）-1、MMP-8及MMP-13及牙周袋探针深度（ PD）多个因子之间的交互作用，筛选多变量组合的佳作用模型。结果经拟合，产生了1～6阶不同的交互情况下的模型。六阶模型经检验样本置换检验后第一、二、五阶模型有明显的统计学意义（ P＜0.05）。其中第五阶，包含PD、MMP-1和MMP-8在内的3个因素组合的模型，其训练集平均精度为0.92，测试集平均精度为0.87，十重交叉验证一致率为10/10，为优的MDR模型。结论第五阶交互作用模型为优的MDR模型；MDR在分析小样本、高维度数据中表现良好，可有效分析侵袭性牙周炎发病因素间的交互作用。
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自杀行为中5-HT基因和GAD1基因的交互作用
目的 初步探讨5-羟色胺受体2C(5-HTR2C)基因、单胺氧化酶A(MAOA)基因和谷氨酸脱羧酶(GAD1)基因多态性与自杀行为的关系,并分析基因-基因之间的交互作用.方法 对中国人群中21例有自杀行为史病例样本和50例健康对照者进行基因型分型;采用多因子降维法进行交互作用分析.结果 对照组符合哈温平衡(HWE)检验,病例组中5-HTR2C位点不符合HWE检验(P<0.05),经过性别矫正检验显示与自杀行为正相关;两组的5-HTR2C基因型频率差别有统计学意义(χ2=6.18,P=0.04);病例组和对照组MAOA、GAD1基因型频数差异均无显著统计学意义(P>0.05).在MDR模型分析得到优模型组合为rs5953210-rs769391位点构建的交互模型OR=20.19,95%CI 4.19~97.38,P<0.01,交互作用显著.结论 5-HTR2C基因rs3813928、rs518147位点多态性可能与自杀行为存在关联,与GAD1基因rs3749034、rs769391位点和MAOA基因rs5953210、rs979605位点无关联.在MDR模型中,5-HTR2C基因与MAOA基因在自杀行为发病中具有显著交互效应,可增加自杀行为的发病风险.
