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肺结核患者肺组织微生物组特征研究
目的 探讨肺结核患者肺部病灶坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物组基本特征.方法 选取2016-2017年首都医科大学附属北京胸科医院10例临床及病理确诊为肺结核患者的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织标本,通过显微切割技术分别获得FFPE组织的坏死区、肉芽肿区和正常肺区.采用高通量测序的方法,检测其微生物组特征.结果 肺结核患者肺部切除标本中主要的微生物类群(门水平,相对丰度＞1％)有Proteobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、TM7和Bacteroidetes.在门水平上,坏死区、肉芽肿区和正常肺区的微生物群落组成未见差异.在属水平上,主要有7个类群(相对丰度＞1％):坏死区、肉芽肿区、正常肺区相对丰度Ochrobactrum分别为(50.70±6.76)％、(56.18±7.50)％、(61.31±7.95)％;Sphingomomas分别为(7.50±2.07)％、(7.69±1.29)％、(3.81±2.08)％;Corynebacterium分别为(5.39±2.39)％、(5.23±1.39)％、(7.43±3.56)％;Brevundimonas分别为(1.67±0.42)％、(1.75±0.67)％、(2.09±0.34)％;Brevibacterium分别为(2.38±2.23)％、(2.60±2.60)％、(2.29±0.64)％;Sphingobacterium分另别为(0.72±0.31)％、(0.78±0.26)％、(1.20±0.38)％和Enhydrobacter分别为(1.25±1.28)％、(0.31±0.19)％、(0.67±0.80)％.基于Bray-Curtis距离的Adonis分析结果表明,在属水平上,坏死区和正常肺区,肉芽肿区和正常肺区中微生物群落组成差异有统计学意义(F值分别为3.94和4.76,P值分别为0.005和0.002).Mycobacterium的相对丰度非常低,主要存在于肺结核病灶的坏死区[(0.81±1.92)％].配对样品检验结果表明Mycobacteri um的相对丰度在坏死区[(0.81±1.92)％]和肉芽肿区[(0.01±0.01)％]、坏死区和正常肺区[(0.01±0.02)％]中差异有统计学意义(Z值分别为2.10和-2.37,P值分别为0.036和0.018).结论 结核病患者肺部自坏死区、肉芽肿区到正常肺的组织变化中,Sphingomonas、Enhydrobacter、Kocuria和Mycobacterium的相对丰度整体呈下降趋势,而Ochrobactrum和Sphingobacterium的相对丰度总体呈上升趋势.肺结核患者肺部菌群的变化特征可能与肺结核的发病有重要关系.
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外暴露组与呼吸道、 皮肤过敏性疾病
变态反应是由多种遗传和环境因素相互作用导致的复杂疾病.然而,过去几十年间变态反应发生率的增加是由同期的环境变化所致.目前,研究者认为变态反应性疾病的发生、 发展和恶化都可通过暴露组学加以解释,即从妊娠开始个体所接受的特异性和非特异性外部环境的暴露总量(外暴露组)及其对器官和细胞水平的影响(内暴露组).在研究深入的外暴露环境因素中,室内和室外空气变应原和空气污染物在变应原的炎性反应发病机制和变态反应性疾病的临床表现中发挥关键作用.气候变化、 城市化和生物多样性的丧失会对主要的空气变应原和空气污染物的来源、 排放和浓度造成影响,这将是现今和未来数十年变态反应患者的健康和生活质量所面临的严峻的挑战之一.雷暴相关性哮喘是一个由多种环境因素作用引起的变态反应的生动例子,也可作为了解呼吸道过敏发病机制的体内模型.环境或生活方式引起的肠道和皮肤微生物组异常是变态反应性疾病的关键介质.更好地了解外暴露组对变态反应发展的影响对于敦促患者、 卫生专业人员和政策制定者采取行动以减轻环境变化的影响,并适应环境变化具有重要意义.
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育龄期女性生殖道高危型HPV感染与微生物组成关联分析
目的:探索高危型HPV感染的阴道微生物菌群结构与无HPV感染的不同.方法:纳入HPV阳性人数48人,阴性人数50人,采用荧光定量PCR技术扩增测定阴道中常见的15种微生物的相对丰度,采用Metastats方法比较组间差异.结果:根据阴道微生物菌群中的优势菌种可以将菌群结构分为CSTⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四种菌型,HPV阳性人群的菌型结构与阴性人群不同(x2=28.569,P＜0.001),差异具有统计学意义.其中主要变化为以惰性乳酸杆菌为主的Ⅲ型比例降低而以非乳酸杆菌为主的Ⅳ型比例增多.Met-astat组间差异分析表明HPV阳性组惰性乳酸杆菌相对丰度下降,加德纳杆菌、布鲁杆菌、人型支原体、解脲脲原体以及无乳链球菌的相对丰度上升(P＜0.05),差异具有统计学意义.主成分分析结果亦提示,两组人群阴道常见15种微生物组成有显著差别.结论:育龄期女性生殖道高危型HPV感染与其生殖道微生物菌群结构之间具有联系,应进一步开展微生物组学研究,阐明HPV与阴道菌群之间的相互作用,为HPV的预防提供理论依据.
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肠道微生物组及其在中药药理毒理研究中的应用
微生物组是一新兴研究领域，其研究涉及人类健康、农业、生物能源和环境等领域。其中，肠道微生物组是近年研究的热点。已有研究表明，肠道菌群与消化道疾病（炎症性肠病）、代谢性疾病（2型糖尿病）、心脑血管疾病（帕金森征）等有关。中药常作为补益药而长期大量服用，其口服进入胃肠道后，肠道菌群可影响中药药理和毒理作用。本文主要综述了微生物组的基本概况、常用的检测技术及其与何首乌所致肝毒性、黄芩直接作用于肠道、泽泻所致肾毒性及小柴胡汤所致肺炎等为代表的几种毒性作用间的关系。
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下呼吸道微生物组在慢性阻塞性肺疾病发生发展中的作用
下呼吸道微生物组与呼吸系统疾病的关系正在成为研究热点.慢性阻塞性肺疾病患者与正常人群下呼吸道微生物组存在差异,烟草、药物会影响微生物组的稳定,微生物组的异常可能会影响气道慢性炎症的进展,稳定期与急性加重期慢性阻塞性肺疾病患者下呼吸道微生物组存在差异.
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暴露组学的概念与应用
暴露组学作为基因组学的补充是指从妊娠开始贯穿整个人生的环境暴露(包括生活方式因素).暴露源包括外源(污染、辐射、饮食等)和内源(炎症、感染、微生物等).继全基因组关联研究(GWAS)之后发展的全暴露组关联研究(EWAS)的目的是对在未知方式下暴露的评估.EWAS方法通过比较患者和健康受试者暴露组的分析结果,确定有效的生物标志物,进而利用这些生物标志物来阐明暴露-效应关系(生化流行病学)、暴露和人体动力学来源(暴露生物学),以及作用机制(系统生物学).“自下而上”和“自上而下”的方法在识别个体暴露上都具有科学价值.“自上而下”法用于揭示人类疾病的未知暴露源,而“自下而上”法是用于分析外暴露以及建立干预与预防的方法.生物标志物不仅可以用于研究外暴露,也可以用于研究内暴露.内暴露组学采用组学的方法进行研究,如基因组学、蛋白质组学、表观基因组学、代谢组学、转录组学、加合物组学等.人类生命早期暴露组学(HELIX)项目是近期启动的描述欧洲人群的早期暴露以及揭示组学标志物和儿童时期健康关系的第一次尝试.该文介绍了其研究方法、工具、思路及其重要意义,同时总结了暴露组学从概念到应用可能面临的挑战.
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妊娠期相关器官微生物菌群变化研究进展
妊娠期间,孕妇体内发生了巨大的生理变化以适应胎儿生长发育的需要,其肠道及阴道的微生物菌群构成也发生了相应的变化,这些变化通过影响母体的新陈代谢,进而促进胎儿各脏器的分化、发育及成熟.肠道微生物菌群在妊娠中所发挥的作用是当下感兴趣的话题之一,有报道称妊娠晚期孕妇出现的体质量增加、胰岛素抵抗与肥胖者的肠道微生物菌群相似.近来,有关妊娠期女性阴道微生物菌群也日益受到关注,与未孕女性相同,乳酸杆菌属亦是妊娠期女性阴道内的优势菌属,但阴道内微生物菌群构成与妊娠结局相关性仍需进一步研究.近有报道称胎盘同样携带着微生物菌群,胎盘的微生物菌群和早产密切相关,这也提示孕妇体内微生物菌群构成对妊娠来讲至关重要.
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人体微生物组与母胎健康研究进展
妊娠是一个典型而复杂的生理过程.为确保母亲及胎儿的健康发育,妊娠期妇女的激素水平、免疫调节、代谢水平等会发生系列相关变化.人体微生物组与这些生理过程密切相关.随着微生物组的研究方法与策略在不断更新,妊娠期孕妇机体(肠道、阴道、口腔等)、胎儿及其附属物和新生儿微生物组的特点与影响因素不断被揭示,微生物菌群失调及特定的微生物群与妊娠并发症的关系也逐渐被研究.同时科学家们期望通过研究人体微生物组的变化来实现对一些疾病的控制和治疗.现阶段的研究改变了大家对生命初始微生物作用的一贯认识,为探索母胎整个发育时间点微生物菌群变化与健康的关系提供了线索.
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关注菌群微生物组与益生菌
菌群和微生物组可作用于个体生长发育、免疫、营养、代谢等方面,其与感染性疾病、肠道慢性炎症性疾病、过敏性疾病、自身免疫疾病以及肥胖和糖尿病等代谢性疾病有密切关系.菌群和微生物组已经成为全世界的热点,正在改变和更新人们对人体菌群的认识.益生菌是指一定数量的能够对宿主健康产生有益作用的活的微生物,其在临床上的应用也越来越广泛.关于益生菌的概念、作用机制、药理学及药物动力学特点及安全性等也在不断地更新.
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病毒组与人类疾病
病毒组(virome)是指人体内所有病毒的基因组,包括感染宿主细胞的病毒、感染人类体内其他生物体的病毒以及经进化后整合到人类基因组中的病毒残余物.它数量庞大,拥有地球上变异速度快的遗传物质.病毒组对宿主的影响非常复杂,单纯作为病原体感染的观点已不能诠释与病毒相关人类疾病的发生与发展.相反,可以认为病毒组是人类基因组甚至转录组中的一部分,它们在一些特定组织或分化发育阶段的异常表达具有重要的生理意义.
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微生物组与动物疫病防控
微生物组研究的发展推动了人类不断探索人体微生物群与疾病之间的相关性.然而,微生物组学在动物疫病防控中的研究尚处于起步阶段.本文对动物疫病防控领域中微生物组研究所发挥的6个作用进行了阐述:揭示疾病与菌群的相关性,鉴定新发病原体,确立有益于维持机体健康生长的菌群,筛选疾病防控的新药物和新制剂,开发新疫苗或改进疫苗的使用效果,提出更简单有效的防控措施.
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人体微生物群与微生物组
随着微生物群(组)研究的兴起,人体微生物组对机体健康或疾病作用的探索一度呈井喷之势,但研究技术及分析方法仍处于起步阶段,需进一步深入.本文对微生物群和微生物组的概念进行了解释,阐述了人体微生物群与机体的相互作用模式,概括了微生物群与人体有关疾病的关系,提出了人体微生物组研究中的6个关键问题,并对未来的发展方向进行了展望.
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慢性呼吸道疾病患者呼吸道微生物群研究进展
过去认为健康人肺部是无菌的，对疾病状态下呼吸道菌群的研究依赖传统培养技术。近年来，DNA测序技术应用于呼吸道标本的微生物检测，发现健康肺部存在复杂的微生物群。越来越多的证据表明，呼吸道微生物群在多种慢性呼吸道疾病发生和发展过程中扮演重要角色，与哮喘、慢性阻塞性肺病等疾病的临床表现、急性加重及预后相关。通过比较急性加重期与稳定期患者的呼吸道标本微生物群，形成了新的疾病假说，阐释了慢性呼吸道疾病急性加重的微生物学基础。未来对微生物测序数据的深度挖掘及基于临床问题的研究，有望为慢性呼吸道疾病的治疗提供新的靶点。
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呼吸道疾病与细菌组学
1背景在医学领域,随着高通量测序等生物技术的发展,人们越来越认识到在人体体表和肠腔器官拥有丰富的微生物群落一微生物组,参与人体免疫调节、食物消化、维生素合成等一系列生命活动.而众多疾病的发病机制涉及到微生物群落的组成和行为的改变,如胃肠道炎症性疾病、AIDS相关的机会性感染、呼吸系统疾病、某些肿瘤等.人体微生物组拥有数量惊人的微生物数量(人体细胞数量10倍之多)及基因数量(人体基因的100多倍).目前,微生物组与临床疾病研究主要集中在炎症性肠病、糖尿病、过敏性疾病等.随着非培养生物分子生物技术等发展,人们认识到健康的肺部并非无菌,而呼吸道的微生物组群与多种呼吸道疾病有着特殊的关联.
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下关市120名初中生手机微生物污染状况
手机作为一种通讯工具,在给日常生活带来方便的同时,手机上滋生的微生物也可能给健康带来危害.青少年作为手机消费的一大主体,但其免疫系统发育尚不完全,手机上的微生物更易对其健康造成损害.本文以初中生使用的手机为调查对象,了解手机细菌污染情况,以期将手机可能对初中生造成的健康危害降至低.
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生殖道微生物组在妇科疾病中的研究进展
生殖道作为与外界相通的腔道,其微生物组的变化与女性健康密切相关.本文就生殖道微生物组在妇科疾病中的研究进展做一综述,以了解正常女性生殖道微生物组的组成,生殖道微生物组与人乳头瘤病毒感染、细菌性阴道病、盆腔炎性疾病、性传播感染及妇科肿瘤的关系,为相应妇科疾病的防治提供新的思路.
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肠道微生物失调促进肿瘤发生
多项研究证实肠道微生物群作为环境因素在肿瘤的发生中发挥重要作用.肠道微生物促进肿瘤发生的机制包括影响免疫功能、刺激炎症反应、诱导DNA损伤、产生促癌代谢物和激活肿瘤信号.肿瘤的微生物治疗前景广阔.
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肠道微生物与相关疾病的研究进展
人体肠道内存在着数以亿计的肠道微生物,统称为肠道微生物组,是人体物质代谢的重要环节.近一些研究表明,肠道微生物组与人体健康有着密切的关系.肠道微生物稳态的改变可能与包括内分泌系统疾病、心血管疾病、消化系统疾病、肿瘤和中枢神经系统疾病在内的多种疾病相关联.例如,在婴儿哺乳期溶解性肠杆菌A可抑制1型糖尿病的发生;肠道微生物组比例失调会中断辅助性T淋巴细胞(Th)1、Th17的免疫反应,导致免疫耐受缺失,也会增加患结肠肿瘤的风险等.随着对肠道微生物组与疾病关系的深入研究,将会为疾病防治提供新的思路.
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PDCA循环管理模式提高微生物标本采集、运送质量的效果
目的 研究PDCA循环管理模式在提高微生物标本采集、运送质量方面的临床应用价值.方法 选取2015年1～6月该院微生物实验室的300例微生物标本进行研究,对其采集质量、运送质量进行调查与分析,包括59例血标本,132例痰标本,84例尿标本和25例粪标本;2015年7～12月在标本采集、运送过程内实施PDCA循环管理改进,制订临床医生采集、运送标本管理制度,对全院采集、运送、检验人员进行定期规范培训,每月定期进行考核,对采集、运送过程内发生的问题进行分析,并制订相应解决措施,保证检验质量.结果 管理前微生物检验标本不合格率为23.3％(70/300),不合格标本因素为不准确方法采集后标本污染和送检不及时、非标准痰液和标本污染且未及时送检、未按规范方法进行采集后污染、标本未及时送检;其中非标准痰液构成比高[57.2％(40/70)].实施管理后,血标本、痰标本、尿标本、粪标本内微生物检验不合格率均低于管理前,差异有统计学意义(P<0.05).结论 在微生物标本采集、运送工作中实施PDCA循环管理,能有效优化标本采集与运送流程,保证采集、运送与检验质量.
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肠道微生物组的研究方法进展
微生物遍布于人体所有与外环境相通器官,尤以肠道微生物数量众多,对人体有着非常重要的生理意义.但因其种类繁多、体型微小,增加了对其全面、深入认识的难度.随着分子生物学、基因组学、生物信息学等学科的兴起,大大促进了微生物组研究技术的发展.微生物组研究的重点:一是多样性,包括分离、鉴定种类及定量;二是活性,即微生物在其所处环境中起何种功能作用.围绕这一主题,微生物组研究方法可概括为传统检测方法、构建基因文库法、遗传指纹图谱技术、分子杂交技术和DNA测序技术等.
