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宫颈脱落细胞标本中人乳头瘤病毒16、18型E6基因的检测
观察宫颈脱落细胞标本是否能替代宫颈组织标本来检测HPV16、18型的感染。通过聚合酶链反应-限制性片段多态性分析，比较127例宫颈患者的单、双份宫颈脱落细胞和宫颈病变组织中HPV16、18型E6基因的检出率。发现单、双份宫颈脱落细胞标本中HPV16型E6基因的检出率分别为34.64%和40.73%；HPV18型的检出率为17.32和22.04%，存在差异。组织标本中HPV16、18型的检出率分别为41.73%和22.83%，与双份脱落细胞标本的检出率无明显差别。表明双份宫颈脱落细胞标本可替代宫颈组织标本检测患者宫颈组织中HPV16、18型感染情况。
关键词： 人乳头瘤病毒 宫颈脱落细胞 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 -
麻疹病毒H1和H2基因型快速鉴定方法的改进
目的 简化麻疹病毒H1和H2基因型快速鉴定方法的步骤,使之操作更加简单快速.方法 将逆转录-套式聚合酶链反应(Reverse Transcription-Nested Polymerase Chain Reaction,RT-nPCR)改进为一步法RT-PCR,使用原方法中的一对内引物,将扩增后的PCR产物用限制性片段长度多态性分析进行基因型鉴定,同时电泳检测也用较安全的荧光染料GeneFinder代替了有致癌性的溴化乙锭染色.结果 该研究中使用的已知为H1基因型的3株麻疹病毒,其核酸全部能被改进的一步法RT-PCR有效扩增,并且PCR产物被内切酶Sal Ⅰ有效切开,而且保持了原方法较好的敏感性和特异性.结论 改进的麻疹病毒H1和H2基因型快速鉴定方法是一种更加快速、简便又实用的基因定型方法.
关键词： 麻疹病毒 逆转录-聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 基因型 鉴定 -
限制性片段长度多态性分析方法应用于中国麻疹野病毒基因型别的鉴定
目的建立和应用麻疹野病毒基因型快速诊断方法,及时监测麻疹流行株基因型动态,尽早发现异型输入病例.方法应用一种适用于我国现流行麻疹野病毒的基因型别筛查、定型的分析方法,即逆转录-聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法(RT-PCR-RFLP),对吉林省2001～2003年分离到、经中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家麻疹实验室用脱氧核糖核酸(DNA)序列分析证实为H1基因型的9株野病毒进行验证.结果 9株麻疹病毒分离阳性株的RT-PCR-RFLP基因分型结果与核酸序列分析结果完全一致,均为H1基因型.并应用该方法对吉林省2003年分离的2株麻疹病毒进行基因型别鉴定,亦为H1基因型.同时对2001～2003年的46份麻疹病例的临床标本,应用新建立的RT-PCR-RFLP方法直接进行麻疹病毒核糖核酸(RNA)提取、RT-PCR反应及基因型别鉴定.46例临床标本经直接RT-PCR扩增后的31例RT-PCR阳性产物,经RFLP法酶切、电泳结果均为H1基因型.结论 RFLP分析方法是一种快速、简便又经济实用的中国麻疹野病毒基因定型筛查方法,对快速掌握麻疹病毒基因型流行动态及地理分布,以及麻疹野病毒的输入、变异情况,具有广泛应用的意义和价值.
关键词： 麻疹病毒 逆转录-聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 电泳 序列分析 -
中国麻疹病毒疫苗株与野毒株鉴别方法的建立
目的 研究建立一种简便快速的鉴别中国麻疹病毒疫苗株与野病毒的方法.方法 在血凝素(Hemagglutinin)蛋白基因(H基因)上,寻找能将中国麻疹病毒疫苗株区别于野毒株的限制性内切酶酶切位点,并在包含此酶切位点的基因片段上设计逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)引物,同时对所建立的RT-PCR方法进行敏感性和特异性实验证明,对RT-PCR产物利用限制性片段长度多态性分析方法(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)进行酶切鉴定.结果 该一步法RT-PCR方法比较敏感,至少能够检测4.64 TCID50(50%组织培养感染剂量,Median Tissue Culture Infective Dose)麻疹病毒.而非麻疹病毒RT-PCR结果均未见阳性条带,说明RT-PCR方法特异.PCR产物经Afl Ⅱ酶切作用后,中国麻疹病毒疫苗株沪191与长47PCR产物均能被切成两个片段,分别为287bp和151bp,2株麻疹野病毒代表株均不能被Afl Ⅱ酶切.结论 新建立的RT-PCR-RFLP是一种快速、简便的鉴别中国麻疹病毒疫苗株与野毒株的方法.
关键词： 麻疹病毒 疫苗株 野毒株 逆转录-聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 -
HCMV-HIV 共感染患者 HCMV gN 基因型分析
目的：了解HIV感染者中人巨细胞病毒（ human cytomegalovirus， HCMV）糖蛋白N （ glycoprotein N， gN）的型别分布；探讨HCMV-HIV共感染对患者疾病进程的影响及不同gN基因型感染与获得性免疫缺陷综合征（ acquired immuno-deficiency syndrome，AIDS）发病和相关死亡的关系。方法对359例HIV感染者进行HCMV pp65抗原血症检测，利用HCMV gN（UL73）基因巢式PCR扩增HCMV活动性感染患者全血DNA，限制性核酸内切酶MboⅠ、ScaⅠ和SalⅠ对巢式PCR产物进行限制性片段长度多态性分析（ restricted fragment length polymorphism analysis， RFLP），队列随访研究不同型别HCMV感染与AIDS患者发病和死亡的关系。结果 HCMV pp65抗原血症检测发现，359例HIV感染者中HCMV活动性感染患者28例，对其中20例HCMV活动性感染患者的全血DNA样本进行PCR-RFLP分析，结果表明，HIV感染患者中HCMV gN基因型分布如下：gN-3a，4／20（20％）；gN-1，4／20（20％）；gN-4b，1／20（5％）；gN-4d，1／20（5％）；混合感染，10／20（50％）；在随访期内，HCMV UL73基因阳性的HIV感染者更易转变为AIDS患者（RR＝9．78），且gN-1和gN-4型感染者发病和相关死亡风险是其他基因型的4．6倍（P＜0．05）。结论 HCMV活动性感染可能会加速HIV感染者疾病进程，其中以gN-1和gN-4型HCMV活动性感染相对危险度高。
关键词： 人类免疫缺陷病毒 人巨细胞病毒 限制性片段长度多态性分析 -
RT-PCR-RFLP用于麻疹病毒疫苗株和H1基因型的分析
目的 建立RT-PCR-RFLP方法 用于天津地区2002-2008年流行的麻疹野病毒基因型研究.方法 采集疑似麻疹患者的尿标本和咽拭子,传代细胞分离病毒.提取病毒液中的RNA,用一步RT-PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein,N)基因C端594个核苷酸片段,扩增产物经Bcn I酶切后琼脂糖凝胶电泳进行限制性片段多态性分析(RFLP),同时与序列分析进行对比验证.根据结果 构建基因系统发生树进行亲缘关系和遗传距离分析.结果 2002-2008年189份标本,分离获得69株麻疹病毒,N基因C端RT-PCR检测全部阳性,RFLP分析H1a是优势流行亚型,占98.55%(68/69),仅1株(1.45%)为H1b基因亚型,分型结果 与序列测定完全一致.系统发生树分析显示H1a亚型毒株分为2个亚枝,变异范围为0.2%～3.8%,存在不同病毒株引起的传播链共循环.结论 基于Bcn I限制性内切酶的RT-PCR-RFLP方法 能够特异性区分A基因型、H1a、H1b基因亚型,具有快速、简便、准确和经济的优点,更适用于国内大规模麻疹病毒的监测.
关键词： 麻疹病毒 反转录-聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 基因型 序列分析 -
血管紧张素ⅡⅠ型受体基因A1166C位点基因多态性与肝硬化的关系
目的:建立多聚酶链式反应-限制性片段长度多态分析(PCR-RFLP)法检测血管紧张素ⅡⅠ型受体基因(AT1R)A1166C位点的多态性.方法:对50例血清抗HBs阳性的健康对照者及46例HBV感染后肝硬化患者的血管紧张素ⅡⅠ型受体基因A1166C位点基因多态性的多态性进行分析.根据血管紧张素ⅡⅠ型受体基因设计引物,在A1166C位设计DdeⅠ酶切位点,根据PCR产物酶切结果判断该位点为A或C.结果:两株纯合子与AT1R序列同源性在99%以上,并在A1166C位点出现预期变异;肝炎和肝硬化两组间A1166C位点无论是基因型还是等位基因均无显著性差异(P＞0.05).结论:PCR-RFLP的方法可用于AT1R基因A1166C位点基因多态性的检测,该位点的变异尚未显示其与肝纤维化有关.
关键词： 多聚酶链式反应 限制性片段长度多态性分析 纤维化 血管紧张素Ⅱ 血管紧张素Ⅱ受体 -
转化生长因子β1启动子区C-509T位点基因多态性与肝纤维化关系
目的:建立多聚酶链式反应-限制性片段长度多态分析(PCR-RFLP)法检测转化生长因子β1(TGF-β1)启动子区C-509T位点的变异并探讨其在肝纤维化中的作用.方法:根据TGF-β1启动子区基因设计引物,在C-509T位设计Bsu36 Ⅰ酶切位点,根据PCR产物酶切结果判断该位点为C或T.观察对象为慢性乙型肝炎患者50例,乙型肝炎后肝硬化患者46例.结果:测序显示本文两株纯合子与TGF-β1启动子区序列同源性在99%以上,并在C-509T位点出现预期变异;乙型肝炎和乙型肝炎后肝硬化两组都是以CT基因型为主,但是肝硬化组CC基因型(28.3%)高于TT基因型(19.6%),而肝炎组TT基因型(22%)高于CC基因型(4%),几组之间有显著性差异(P＜0.01).结论:本文建立的方法可用于TGF-β1启动子区C-509T位点基因多态性的检测,该位点CC基因型可能与肝纤维化有关.
关键词： 多聚酶链式反应 限制性片段长度多态性分析 纤维化 转化生长因子β1 -
p53基因第72密码子多态性与部分中国人瘢痕疙瘩关系的研究
目的 探讨p53基因第72密码子多态性分布与部分中国人瘢痕疙瘩易发性的关系.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态方法,检测60例瘢痕疙瘩组织和102例非瘢痕体质健康对照血液标本的p53基因第72密码子的基因型分布.结果 瘢痕疙瘩与非瘢痕体质患者血液标本p53基因第72密码子多态性分布无统计学意义(x2=2.910,P=0.233);两组Arg和Pro等位基因分布频率也无统计学意义(x2=0.882,P=0.348);中、日两国健康人群和瘢痕疙瘩人群的p53基因第72密码子多态性分布无统计学意义(x2=3.942,P=0.139;x2=3.260,P=0.196);对于肩背部瘢痕疙瘩,与Pro/Pro基因型相比,Arg/Arg基因型具有统计学意义(P＜0.01).结论 与非瘢痕体质患者相比,p53基因codon72部位多态性分布与中国部分人群瘢痕疙瘩发生无明显关系;但与其它基因型比较,Arg/Arg基因型可能对肩背部瘢痕疙瘩的形成具有影响,尚需进一步的研究调查p53基因codon72的多态性与不同部位瘢痕疙瘩发生的关系.
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中药材川贝母聚合酶链式反应法-限制性片段长度多态性分析的鉴别及应用研究
目的 应用中药材川贝母聚合酶链式反应法-限制性片段长度多态性分析的鉴别试剂盒,对北京市、天津市、长春市、吉林市等全国16个城市的70个样品进行真伪鉴定.方法 试剂盒法提取川贝母基因组DNA,进行PCR反应和RFLP鉴定,并应用2015年版《中国药典》方法进行比较和复检.结果 采用试剂盒法提取出的川贝母基因组DNA纯度良好,OD260/OD280值均在1.90～2.1之间,浓度能达到PCR的要求;对70份样品进行检测,正品川贝母37份,伪品33份,伪品率为47.1％.结论 试剂盒法提取核酸的纯度和浓度能满足PCR及RFLP的要求,对全国16个城市川贝母样品进行检测结果表明,市场上川贝母伪品率较高,有关部门应加强对中药市场的质量管理.
关键词： 川贝母 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性分析 -
川贝母DNA检测试剂盒的研制与评价
目的 研制川贝母DNA检测试剂盒,确定试剂盒组成及操作程序,建立一种简便、快速鉴定川贝母的分子生物学检验方法.方法 分别采用药典法(2010年版《中国药典》增补本)和试剂盒法提取川贝母基因组DNA,进行PCR反应和RFLP鉴定.结果 采用药典法提取出的川贝母基因组DNA的OD260/OD280值高为(1.57±0.05),而采用试剂盒法所提DNA的OD260/OD280值可达(1.73±0.10);两法PCR结果均在300 bp上方有单一明亮条带;RFLP鉴定图谱均在100 ～ 250 bp之间出现2条清晰条带.结论 试剂盒法较药典法更稳定,且核酸提取量及纯度都高于药典法,2种方法PCR及RFLP鉴定结果完全一致.川贝母DNA检测试剂盒特异性好、灵敏度高、稳定性强,适用于川贝母的快速检测.
关键词： 川贝母 DNA检测试剂盒 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性分析 鉴定图谱 -
乙型肝炎病毒C基因启动子变异检测方法的建立
目的 建立乙型肝炎病毒(HBV)C基因启动子(BCP)变异的限制性片断长度多态性(RFLP)检测方法,更好地了解BCP变异的发生与乙型病毒性肝炎(乙肝)的病情、预后以及治疗的影响.方法 结合引物设计软件Primer Premier 5.0,选定保守区域,设计了2对佳引物,建立了HBV BCP变异检测PCR-RFLP的实验方法.结果 对34例不同乙肝患者进行BCP变异检测发现:肝硬化(LC)组和慢性乙型肝炎(CHB)组中发生变异的例数明显高于无症状感染者(Asl)(χ2值分别为6.39和3.98,P＜0.05).并且HBeAg(-)组发生变异的例数明显高于HBeAg(+)组(χ2=4.60,P＜0.05),结论该方法操作简便、敏感度与特异性高、结果可靠,并可用于较大范围调查该变异株的流行情况,为临床进一步诊断和治疗提供了科学的依据,同时对人们进一步了解HBV BCP变异的发病机制具有重要意义.
关键词： 乙型 肝炎病毒 C基因启动子变异 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 -
基于16S rDNA序列分析研究根腐病三七根内可培养细菌的多样性
目的 分析根腐病三七根内可培养细菌的多样性.方法 用牛肉膏蛋白胨培养基分离根腐病三七根内的细菌,经细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA后,分别用Rsa Ⅰ和Hin6 Ⅰ限制性内切酶对扩增产物进行酶切,结合限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法和DNA测序技术,对分离自根腐病三七根内的细菌进行初步鉴定.结果 根腐病三七根内的细菌分属于8个类群,依占总菌数的比例分别是芽孢杆菌属Bacillus 22.47％、无色杆菌属Achromobacter 5.62％、寡养单胞菌属Stenotrophomonas 5.62％、类芽孢杆菌属Paenibacillus 4.49％、鞘氨醇杆菌属Sphingobacterium 1.12％、苍白杆菌属Ochrobactrum 1.12％、不动杆菌属Acinetobacter 1.12％及肠杆菌科的一些属58.43％.结论 泛菌属和芽孢杆菌属是根腐病三七根中的两大优势细菌类群.
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青海省2011年麻疹病毒基因型分析
目的 分析西宁市2011年麻疹病毒流行株的基因特征.方法 用Vero/slam细胞从发热伴出疹病例的咽拭子标本中分离出麻疹病毒,采用逆转录-聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(Reverse Transcription -Polymerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism,RT - PCR - RFLP)方法 ,检测毒株.结果 应用H1基因型麻疹野病毒RT - PCR - RFLP方法 ,对麻疹毒株进行鉴定,其RT - PCR阳性产物经Sal I酶切后被切成2个片段,分别为408个和159个核苷酸,显示该病例由H1基因型麻疹病毒引起.结论 2011年分离到的5株麻疹毒株均为H1基因型麻疹病毒,与中国其它地区的流行情况一致,无新型及传人性的其它亚型出现.
关键词： 麻疹病毒 限制性片段长度多态性分析 H1基因型 -
IL-1B+3953等位基因2多态性与中重度成人牙周炎遗传易感性的相关性分析
目的探讨白细胞介素-1β(IL-1β)基因IL-B+3953等位基因2多态性与中重度成人牙周炎遗传易感性的关系.方法采用病例-对照研究方法和聚合酶链反应、限制性片段长度多态性分析(RFLP)的方法检测124例中重度成人牙周炎(AP)患者和172例正常对照的IL-1B+3953的基因型.结果中重度成人牙周炎组IL-1B+3953等位基因2阳性基因型出现的频率为28.23%,对照组为13.95%,两组差异有显著性意义(x2=8.32,P=0.0029,OR=2.425,95%CI=1.35～4.34).结论 IL-1B+3953等位基因2阳性基因型可能与中重度成人牙周炎易感性有关.
关键词： 成人牙周炎 白细胞介素 多态性 限制性片段长度多态性分析 -
结核分支杆菌与非结核分支杆菌快速鉴别的实验研究
目的探讨提供一种从菌种水平快速检测和鉴别分支杆菌的方法.方法应用三对分别对应于分支杆菌(分子量65 000)表面抗原、结核分支杆菌插入序列IS6110及人类β-珠蛋白基因的部分序列的特异性寡核苷酸引物对受试菌种及临床标本中的DNA进行多重PCR扩增,其扩增产物分别为439 bp、268 bp及123 bp,并对439 bp进行BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶消化,同时,将135例临床标本进行培养、涂片,和多重PCR联合限制性片段长度多态性分析(mPCR-RFLP)检测.结果mPCR-RFLP方法可将12种受试的标准菌种分别区分到种及亚种水平.本方法在临床实验中亦体现出较高的灵敏性及特异性.结论mPCR-RFLP分析是对结核分支杆菌与非结核分支杆菌进行菌种分类鉴定的一种快速有效的方法.
关键词： 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性分析 结核分支杆菌 非结核分支杆菌 -
上海地区部分乙型肝炎患者乙型肝炎病毒基因型分析
目的 研究上海地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布情况.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)检测136例HBV DNA阳性的上海籍HBV感染者的基因型.结果 136例HBVDNA阳性的HBV感染者中基因型B 43例,占31.6%,基因型C 92例,占67.6%,基因型D仅有1例,未发现基因型A、E、F.结论 上海地区存在HBV基因B、C、D型,基因型A、E、F是否存在仍需扩大样本作进一步深入研究.
关键词： 乙型肝炎病毒 基因型 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性分析 -
2型神经纤维瘤病NF2基因的突变分析
目的:探讨中国人常染色体显性遗传2型神经纤维瘤病的基因突变和分子诊断.方法:应用基因测序和限制性片段长度多态性分析技术,对1例经临床与病理诊断为2型神经纤维瘤病家系及100名无血缘关系正常人NF2基因编码区的17个外显子及其邻近内含子序列进行突变检测和分析.结果:家系中的所有患病者存在内含子13剪接供体位点(1446+1位)g→a的杂合性碱基点突变,而正常人和家系中未患病者无此突变,并排除了该位点基因多态性的可能.结论:该突变为国内外新发现的NF2基因内含子13剪接供体位点突变,突变导致的剪接异常影响了Merlin蛋白的生物学功能,使其失去对正常神经细胞生长的调控,导致2型神经纤维瘤病的发生.
关键词： 2型神经纤维瘤病 基因突变 限制性片段长度多态性分析 -
甘肃省甘南、定西两地耐异烟肼、利福平结核分枝杆菌散在分布重复单位基因分型
结核病是当今全球范围内对人类具威胁的传染性疾病之一.针对其致病菌——结核分枝杆菌的分子流行病学,目前已建立多种基因分型技术,如IS6110-限制性片段长度多态性分析(RFLP),间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycot)acterialinterspersed repetitive unit,MIRU)基因分型技术等~([1]).
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血清淀粉样蛋白A1基因多态性与冠心病的相关性
目的 研究血清淀粉样蛋白A1(SAA1)基因多态性及与冠心病的关系.方法 采用聚合酶链反应.限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)等,分析183例冠心病患者和152例健康人对照组的SAA1基因多态性.结果 2组均检出了SAA1的3种等位基因和6种基因型,分别为1.1、1.3、1.5和1.1/1.1、1.1/1.5、1.1/1.3、1.3/1.3、1.3/1.5、1.5/1.5.对照组等位基因1.5频率显著高于冠心病组(P<0.005);冠心病组1.1/1.1基因型频率显著高于对照组(P<0.05),而1.5/1.5型显著低于对照组(P<0.05).冠心病组内不同基因型间TG和LDL-C的水平有显著性差异.1.1/1.1型的TG和LDL-C水平较高,HDL-C值低;而1.5/1.5型的TG低,HDL-C值却高.结论 SAA1的等位基因1.1可能与TG和LDL-C水平的升高有一定的关系,可促使冠心病的发生;而等位基因1.5则可能对心血管有一定的保护作用.
关键词： 血清淀粉样蛋白A1 限制性片段长度多态性分析 冠心病
