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中国人群瘢痕疙瘩家系与染色体 2q23 和 7p11 的连锁分析
目的 探讨中国人群瘢痕疙瘩家系是否与2q23和7p11存在连锁关系.方法 选择两个中国人群瘢痕疙瘩大家系,从中共选出51名成员,采集其外周静脉血样,提取基因组DNA;参照国外近相似研究的文献报道,在染色体2q23和7p11上,分别选取6个和4个微卫星标记,经多重PCR扩增,产物片断基因分型,再进行连锁分析.结果 在重组率θ=0时,这些微卫星标记的两点LOD值绝大部分都小于-2,排除连锁关系存在.结论 本研究首次发现了中国人群瘢痕疙瘩家系的易感基因位点不在染色体2q23和7p11上的遗传学证据,说明瘢痕疙瘩易感基因位点存在异质性.
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中国汉族瘢痕疙瘩家系易感基因位点的定位分析研究
目的 定位中国汉族瘢痕疙瘩家系的易感基因位点.方法 采集2个4代发病的中国汉族瘢痕疙瘩大家系51例成员的外周静脉血样.提取基因组DNA;假定Fas基因为该家系致病基因的候选基因位点.选取位于10q23.31上Fas基因周围共约10Mbp范围内与细胞凋亡障碍有关的已知基因相邻的微卫星标记D10S1687、D10S1765、D10S1735和D10S1562,对这些微卫星位点进行PCR扩增,产物片断基因分型,再进行连锁分析.结果 在重组率θ=0～0.5时,这些微卫星标记的两点LOD值绝大部分都小于1,排除连锁关系存在.结论 研究发现中国汉族瘢痕疙瘩家系易感基因位点不在染色体10q23.31区域.
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猪资源家系中肉质性状基因定位和遗传效应分析
目的研究和探讨猪肉质性状主基因的定位方法及定位区间方法以3头英系大白公猪和7头梅山母猪建立F2资源家系,随机选留屠宰147头F2代个体,获得肉质性状表型数据.对家系内所有个体1、2、3、4、6和7号染色体上的48个微卫星位点进行PCR扩增、判定基因型.利用线性模型小二乘法对肉质性状进行数量性状位点(QTL)区间定位,利用置换法确定显著性阈值.结果猪4号染色体(SSC4)上肌内脂肪QTL接近染色体显著水平,达到建议水平.SSC2、6和7上定位了肌肉含水量QTL,达到染色体显著水平(P＜0.05或P＜0.01).肌肉含水量QTL均有印迹效应,梅山和大白猪各有增效基因.结论QTL定位时,不同的资源群体,定位的结果有差异.
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一个先天性全白内障家系的致病基因定位及突变筛查
目的 确定一个中国人的常染色体显性遗传性全白内障家系的基因缺陷.方法 选取候选基因附近的微卫星多态性标记,对家系成员的基因组DNA进行连锁分析.对于提示连锁区域的候选基因采用直接测序法进行突变检测.结果 该家系的相关致病基因初步定位于染色体21q11.2-qter,对此范围内的CRYAA基因进行双向测序后,结果在基因编码区、启动子、外显子与内含子连接部均未检测到突变.对已报道的与先天性全白内障相关的GJA3基因和PITX3基因进行测序分析,在GJA3基因的外显子中发现存在2个单核苷酸多态性(SNP)(rs968566、rs11617415),其中rs968566为非同义SNP,rs11617415为同义SNP;发现PITX3基因的第2外显子中存在1个同义SNP(rs2281983),均存在于患者和部分正常亲属中,不与家系患者共分离.结论 该家系的致病基因突变不在CRYAA、GJA3和PITX3基因的编码区及其邻近区域,其致病突变基因有待进一步研究.
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一个先天性常染色体显性遗传性全白内障家系致病基因的定位分析
目的 对一个中国人先天性常染色体显性遗传性全白内障家系的相关致病基因进行定位分析.方法 收集一个先天性全白内障家系中10个成员的外周血样本,提取基因组DNA.应用PCR技术对已报道的与先天性白内障相关致病基因附近的微卫星多态性标记进行检测,使用Mlink软件对结果进行连锁分析,终绘制该家系各成员的单体型图,初步定位致病基因.结果 通过对15个微卫星位点的分析,发现在D21S212位点处存在连锁(大LOD=1.20,重组率θ=0),进一步检测该位点附近6个微卫星标记,经连锁分析确定致病基因位置.结论 该家系的相关致病基因初步定位于染色体21q11.2-qter,此范围内的CRYAA基因可能为其致病基因.本研究将对遗传性全白内障的发病机制提供有价值的信息.
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不同保存方法对川金丝猴粪便DNA提取效果的影响
目的:川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)是我国特有珍稀物种,其粪便作为一种非损伤性样品,为珍稀濒危动物的种群数量调查、遗传多样性评价、亲缘关系、系统进化等研究带来了很大便利,本研究试图建立高效、简便的粪便样品保存方法.方法:在现有珍稀濒危动物粪便样品保存方法的基础上,分别使用干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法保存川金丝猴的粪便样品,比较了不同保存方法的DNA提取效果,以及对mtDNA控制区片段的PCR扩增成功率和微卫星基因的PCR扩增效率.结果:干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法三种不同保存方法保存粪便1周时间后,提取的粪便DNA样本扩增mtDNA片段的成功率均为92％,微卫星基因的扩增成功率分别为79％、78％、80％;保存2个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为80％、76％和80％,微卫星基因扩增成功率分剐为65％、61％、67％;保存6个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为56％、52％和64％,微卫星基因扩增成功率分别40％、34％、46％.因此,随着保存时间的增长,三种方法的保存效率都将明显降低,但干燥-冷冻法得到的DNA样本扩增成功率相对较高.结论:粪便样品能够为川金丝猴的遗传多样性评价等相关研究提供有效信息,干燥-冷冻法保存能够更为有效的保证DNA的提取和基因扩增效率.
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常染色体显性遗传性先天性全白内障家系致病基因的排除性定位
目的：定位一个常染色体显性遗传性先天性全白内障家系的致病基因。方法收集一个常染色体显性遗传性先天性全白内障家系的资料，在已知先天性白内障致病基因和位点附近，选择9个微卫星标记，对此家系进行连锁分析，使用Mlink软件采用对数优势记分法（ LOD）计算LOD值。结果未发现所选微卫星位点与该家系疾病表型共分离，LOD值均为负值。致病基因与已知的先天性白内障7个候选基因不存在连锁关系。结论该家系的致病基因有待于进一步研究。
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肝豆状核变性的产前诊断:附3例家系报告
目的 筛查和确定肝豆状核变性(Wilson disease,WD)家系成员中的致病基因携带者与正常者,为进一步行产前诊断或产前遗传学诊断提供信息.方法 采用外周血及羊水细胞基因组DNA抽提,PCR-RFLP、测序、微卫星等方法对WD患者进行ATP7B基因常见突变点检测和3例产前诊断.结果 22个多子女WD家系,共生育子女47名,其中有28例患者,9例因患或高度疑似WD已故,10例表型正常.3个家系产前诊断2例杂合型,1例正常(另外1例孕5月待产).结论 对有先证者的肝豆状核变性的家系进行普查有助于降低发病率.产前诊断有助于WD患者以及携带者的优生优育.
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D13S301标记在Wilson病诊断的应用
肝豆状核变性病(Wilson disease,WD)是由于P型ATP7B酶缺陷引起的常染色体隐性遗传性疾病,分子生物学方法有助于鉴别WD患者家系中症状前患者和杂合子.此研究对62例WD患者及家属进行了微卫星D13S301位点分析和血清铜氧化酶活性测定.结果显示:62例患者中,10例(16%)和患者父母(92名)中4l例(45%)的血清铜氧化酶活性在(0.1～0.3)OD之间.经D13S301位点分析,在有同胞的17个WD家系中,3例同胞为WD患者(带型与先症者相同),6例为杂合子(带型来自父母一方),7例为正常人,1例未检测.提示对WD病患者家属进行微卫星D13S301位点分析有助于患者家庭成员的鉴别诊断.
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应用微卫星DNA标记对福建亚种猕猴遗传多样性的分析
目的 研究福建亚种猕猴的遗传多样性水平,为猕猴遗传质量监测方法提供基础资料.方法 采用20个微卫星DNA(SSR)标记技术,经基因组DNA提取、PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等,对28只福建亚种猕猴遗传多样性进行分析,用POPGENE 1.32等软件统计分析.结果 福建亚种猕猴20个微卫星位点共检测到等位基因200个,观察等位基因数(Na)为10.0000±3.1119;有效等位基因数(Ne)为6.8438±2.4905;期望杂合度(He)为0.8509±0.0564;观察杂合度(Ho)为0.4607±0.1247;香隆信息指数(Ⅰ)为2.0166±0.3463;多态信息含量(PIC)为0.8154±0.0665;显示检测的20个微卫星DNA位点均存在高度的遗传多态性,其中有17个位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01).结论 有效地分析了福建亚种猕猴群体的遗传多态性,为今后建立福建亚种猕猴遗传质量监测方法提供理论依据.
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五个C57BL/6J小鼠生产群的微卫星检测及遗传学质量分析
目的 了解和分析国内5个C57BL/6J小鼠生产群的遗传质量状况,为生产单位对其进行遗传质量控制和管理提供依据.方法 用本实验室筛选出的分布于17条常染色体和X染色体上的42个富含多态性的微卫星位点,通过PCR扩增和STR扫描的方法 对北京、上海和南京三个地区5个单位提供的C57BL/6J小鼠进行遗传学质量分析.结果 上海和南京地区2个单位C57BL/6J小鼠在42个微卫星位点均呈现单态性.北京地区的3个群体中,京1群体的3号动物在D15Mit105 位点上呈现群内多态性,并且该群体动物在D10Mit3位点与其余的4个群体呈现群间多态性.京 2群体的8号动物在D14Nds1位点、6号动物在D2Nds3位点呈现群内多态性.京3群体的1号动物在D7Mit238位点呈现群内多态性.结论 上海和南京地区C57BL/6J小鼠遗传一致性良好,而北京地区的3个主要生产单位的C57BL/6J均存在遗传差异,需引起有关生产和使用单位注意.
关键词： C57BL/6J小鼠 微卫星标记 多态性 遗传学质量 -
中国人22q11区微卫星多态性及在法洛四联症/肺动脉闭锁基因诊断中的应用
目的 检测中国人22q11区微卫星多态性、法洛四联症/肺动脉闭锁(TOF／PA)病人22q11区基因的缺失以及缺失片段与疾病表型之间的关系。方法 选取5个微卫星DNA标记D22S420、D22S941、D22S944、D22S311、D22S306，分析了50例正常人与10例TOF/PA患儿及其父母的等位基因片段，并进行家系分析。结果 2／10例(20％)TOF／PA病人存在22q11区基因缺失，均为母源性缺失；没有基因缺失的病人与存在基因缺失的病人的临床表现没有明显差异。结论 TOF/PA中2／10(20％)存在基因缺失，缺失片段的有无与疾病的严重程度无明显相关，这些结果尚需更多样本的研究加以证实。
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微卫星标记技术及其在疟原虫遗传多态性研究中的应用
微卫星标记是以1～6个碱基为重复单位组成的简单串联重复序列,其广泛存在于各类真核生物基因组中,一般为散在分布的中等程度重复序列,具有数量多、多态性高、共显性遗传、选择中性和可重复性好等优点,近年来常用于研究生物的遗传多态性.本文简述了微卫星标记技术基本原理、优点和检测方法及其在疟原虫遗传多态性研究中的应用.
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播散性浅表光线性汗孔角化病致病基因的定位
目的对播散性浅表光线性汗孔角化病(DSAP)的致病基因进行定位.方法收集一个DSAP家系成员的血样抽提基因组DNA,选用12号染色体长臂上已知致病区域的7个微卫星标记进行基因扫描,并用LJNKAGE软件(5.1 Version)对基因分型结果进行连锁分析.结果连锁分析结果发现本家系在微卫星标记D12S79的两点大LOD值为5.15(θ=0.00).结论DSAP致病基因位于12号染色体的长臂上.
关键词： 播散性浅表光线性汗孔角化病 家系 微卫星标记 基因扫描 连锁分析 -
基于微卫星DNA标记分析福建猕猴与河南猕猴的遗传多样性
目的 应用微卫星DNA标记分析福建猕猴与河南猕猴的遗传多样性. 方法 采用14个微卫星DNA标记技术对福建猕猴与河南猕猴遗传多样性进行分析,经基因组DNA提取、PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳等,用POPGENE 1.32等软件统计分析. 结果 14个微卫星位点均存在高度的遗传多态性,共检测到了等位基因166个,其观察等位基因数(Na)在5～15个,平均为10.071 5个;有效等位基因数(Ne)为3.604 6～11.878 8;杂合度(H)为0.735 7～0.932 5;香隆信息指数(Ⅰ)为1.395 7～2.557 8;多态信息含量(PIC)为0.675 0～0.909 5.以14个微卫星标记为测度,福建猕猴的Ne、H、I和PIC的平均值均低于河南猕猴. 结论 本研究有效地分析了福建猕猴与河南猕猴两群体的遗传多态性,为今后建立两种群遗传质量监测方法提供理论依据.
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一家系先天性秃发的基因定位
目的:通过定位克隆或定位后选克隆技术识别先天性秃发的致病基因.方法:将家系成员外周血基因组DNA,利用微卫星标记技术,对文献报道过的与毛发和外胚层发育有关的5,6,7,8,17,18号染色体进行基因组扫描,采用Genescan和Genotyper软件进行基因分型,采用Linkage软件包进行连锁分析,初步确定致病基因所在的染色体的位置.结果:未发现与5,6,7,8,17,18号染色体连锁的微卫星标记.结论:先天性秃发可能具有基因异质性.
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良性家族性婴儿惊厥基因定位研究
目的对一良性家族性婴儿癫痫家系进行基因定位研究.方法按文献报道,选取10对微卫量标记进行连锁分析,包括D16S401,D16S420,D16S3060,D16S3062,D16S3068,D19S226,D19S249,D19S875,D19S915及D19S930.共采集到3家系32例成员的血样,包括全部15例患者.PCR总反应体积为10μl,γ-32PATP标记引物,6%聚丙稀酰胺凝胶恒功率100W电泳3～5h,上样体积2μl.一80℃冰箱放射自显影6～8h.LINKAG5.1软件包,计算两点间的连锁关系.结果大LOD值在D19S249为0.71,D19S875为0.26,D16S3068为0.27,D16S420为0.15.按LOD3.0为标准判断,未发现紧密连锁关系.结论中国BFIC家系与文献报道的意大利及法国BF-IC家系可能有不同的基因位点.
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常染色体显性遗传先天性核性白内障一家系致病基因的初步定位
目的 初步定位一个显性遗传性先天性核性白内障家系的致病基因.方法 在已知与先天性白内障相关的致病基因附近选择合适的微卫星标记,基因组PCR扩增后进行基因分型,由LINKAGE软件处理,对该家系进行连锁分析.结果 在22q的D22S258、D22S315、D22S1163显示大LOD值2.11(重组率θ=0).单倍型分析提示致病基因位于D22S1174～D22S270大约18.5 Mbp的遗传距离.结论 该家系的致病基因定位于22q11.2～22q13,该范围内的CRYBB1、CRYBB2、CRYBB3、CRYBA4为其可能致病基因.
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一中国家系常染色体显性遗传性后极性白内障CRYAB基因突变分析
背景 约50％的先天性白内障与遗传因素有关,常见的遗传方式是常染色体显性遗传(AD).迄今为止,已证实AD性先天性白内障(ADCC)相关的候选基因位点39个及相关基因26个,确定先天性白内障的致病基因及突变位点是治疗的前提.目的 对1个3代AD性后极性白内障中国家系的致病基因进行分析,确定其发病的遗传学基础.方法 于2009年6-12月由山西省眼科医院收集1个中国汉族ADCC家系,家系的19名成员中共8例后极性白内障,11名表型正常.在获得所有受试者的知情同意后,对该家系成员进行临床检查,采集家系所有成员外周静脉血各8 ml并提取DNA.对微卫星标志物进行PCR扩增及其等位基因的检测,并在染色体1 q21-25、1p22.3、2q33-36、11 q22.1-23.21、7q11-12、21q22.3、22q11.2-12.1的区段内分别选取21个多态性微卫星标志物进行连锁分析,计算对数优势(LOD)值;对可能致病的候选基因外显子进行扩增和测序验证突变基因;对新发现的突变用PolyPhen2软件进行突变致病性预测,预测范围值按渐增的风险程度定为0～1.结果 该家系3代中各代均有后极性白内障患者,共8例,各代患者中男女发病机会均等,符合AD发病特征.连锁分析结果显示,在微卫星标志物D11S3178处大LOD值为4.06(θ=0).单体型分析表明,该致病基因位于D11S4176 ～ D11S908区域内.对编码区的测序结果表明,CRYAB基因的第2个外显子有1个错义突变(c.209T＞C),导致其编码的晶状体蛋白第70位的亮氨酸被脯氨酸替代(p.Leu 70 Pro).PolyPhen2软件分析测试结果表明,该新突变引起所编码的蛋白质结构和功能的损害预测分值为0.996.结论 CRYAB基因为该家系中遗传性先天性后极性白内障的致病基因.
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一特殊表型的常染色体显性遗传先天性白内障家系致病基因的筛选与鉴定
背景 遗传因素是先天性白内障的主要致病因素之一,致病基因的筛查是研究先天性白内障发病分子机制的重要步骤. 目的 明确一结晶样晶状体混浊的先天性常染色体显性遗传白内障(ADCC)家系的致病基因. 方法 收集山西省榆社县一个四代先天性结晶样混浊白内障家系22名成员,其中患者10例.在获得知情同意后,该家系成员进行家系调查以确定遗传方式.经裂隙灯显微镜检查和常规眼科临床检查确定表型.采集其中17例家系成员的外周静脉血5 ml并提取DNA,ADCC的17个已知致病基因周围选取22个荧光标记的微卫星,通过对微卫星标志物的扩增和基因型分析对该家系进行基因两点连锁分析,并计算对数优势评分(LOD)值.对筛选的候选基因进行直接测序分析. 结果 该家系患者晶状体混浊表型非常类似,家系分析表明为四代垂直遗传,符合单基因ADCC的特点.基因连锁分析提示,该家系与微卫星D2S325位点和D2S2358位点连锁,大LOD值分别为1.20(θ=0)和0.22(θ=0),位于此区域内的CR YGD基因测序后发现一个已经报道的错义突变c.C70A(p.P23T). 结论 CRYGD基因P23T突变是该家系结晶样晶状体混浊的致病原因.
