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1例Omenn综合征合并伯基特淋巴瘤报道
Omenn综合征是罕见的严重联合免疫缺陷疾病(SCID)谱中常染色体隐性遗传病.多数Omenn综合征患儿由RAGl/RAG2基因突变导致部分V(可变区)、D(高变区)、J(连接区)重组异常导致[1].该病的早期临床表现为红皮病、腹泻、反复严重感染、肝脾和淋巴结肿大,生长迟滞,常伴嗜酸性粒细胞与IgE升高,可伴血细胞减少.国外文献报道其发病率为1/50万~1/10万,Puzenat E[2]等报道男女发病比例约为1∶1[2].Omenn综合征的诊断除典型的临床表现与实验室检查外,主要依赖基因(RAG基因突变)检测.目前,国内文献报告甚少,现将我院2014年6月收治的1例Omenn综合征患儿的临床资料报道如下.
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人3型腺病毒六邻体高变区HVR1、HVR2、HVR5、HVR7的氨基酸修饰限制研究
传统腺病毒载体的局限性使得外源抗原以衣壳融合表达的方式在腺病毒载体上的应用越来越广泛,但是在人3型腺病毒(Adenovirus serotype 3,Ad3)载体六邻体高变区(Hypervariable region,HVR)改造过程中经常出现无法成功拯救病毒的情况,本研究主要根据对生物信息学预测的HVR1、HVR2、HVR5和HVR7中某些氨基酸进行删减或保留,通过构建重组Ad3载体pBRAd△E3GFP-mHexon,转染AD293细胞,验证Ad3载体在六邻体高变区的这些氨基酸进行修饰时对病毒拯救的影响,并由此获得高变区HVR1、HVR2、HVR5和HVR7在基因工程改造中应该保留的氨基酸的数据.这一研究结果为人3型腺病毒六邻体融合表达策略提供了操作依据,也为人3型腺病毒六邻体表达外源抗原表位,作为多价疫苗载体展示平台的应用奠定了基础.
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丙型肝炎病毒E2蛋白HVR1在体液免疫应答中的作用
丙型肝炎病毒(HCV)感染是肝硬化、肝癌的高危险因素,目前尚无HCV疫苗上市.HCV包膜E2蛋白能诱导机体产生中和抗体,是重要的候选疫苗成分.E2蛋白氨基末端由27个氨基酸残基组成的高变区1(hypervariable region 1,HVR1)含有多个线性中和抗体表位,变异频率极高[1],增加了HCV疫苗研制的难度.近年发现,除了HVR1含有中和抗体表位外,E2蛋白还存在其他的保守空间构象和线性中和抗体表位[2].
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丙型肝炎病毒传播分子流行病学诊断技术研究进展
丙型肝炎病毒( hepatitis C virus, HCV)感染是导致肝硬化和肝癌发生的主要病原体之一。 HCV的准种构成及病毒进化十分复杂,深入分析HCV准种构成是研究HCV传播机制的重要手段。 HCV 高变区( hypervariable region, HVR)是编码E1、E2/NS2的区域,该区域变异率很高,利用先进的测序技术和生物信息分析方法来分析HCV HVR准种构成,可深入了解HCV的传染来源、传播路径和进化程度。目前应用于HCV HVR准种分析的技术包括一代、二代和三代测序法及不同的生物学软件,国际上已广泛应用于HCV暴发调查溯源分析,尤其是医源性传播。当丙肝疫情发生时,通过新一代测序技术和生物学信息分析方法来进行病例溯源研究和传播路线分析,可为丙肝防控和治疗提供科学依据。
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1型登革病毒抗原表位嵌合人3型腺病毒六邻体重组病毒的构建及免疫学鉴定
目的:构建六邻体嵌入1型登革病毒( DENV1)抗原表位的人3型重组腺病毒,鉴定其抗原性。方法以人3型腺病毒骨架质粒pBRAdΔE3GFP为模板,overlap PCR在六邻体高变区HVR1插入DENV1的抗原表位,突变的六邻体片段克隆到穿梭载体,酶切后与线性化的3型腺病毒骨架质粒pBRAdΔE3GFP在大肠杆菌BJ5183同源重组,获得阳性重组腺病毒质粒pBRAdΔE3GFP-DENV1。线性化后转染AD293细胞拯救重组腺病毒rAdΔE3GFP-DENV1并大量培养。纯化后腺病毒免疫BALB/c小鼠,通过ELISA和Western blot检测小鼠的体液免疫应答。结果在人3型腺病毒六邻体成功插入DENV1抗原表位并包装出重组腺病毒,ELISA和Western blot结果显示小鼠免疫后能产生血清识别DENV1。结论成功构建六邻体HVR1嵌入DENV1抗原表位的重组腺病毒,为多价登革病毒疫苗的研究奠定了基础。
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福建西北林区人单核细胞埃立克体病分子流行病学调查研究
[摘要]目的 了解福建西北林区人单核细胞埃立克体病的存在情况.方法 评价以查菲埃立克体16S rRNA基因序列高变区构建引物进行的半套式PCR的敏感性和特异性,并用此种半套式PCR技术检测从福建武夷山市和宁化县采集的蜱类、野生动物内脏和血液及人群血液标本中的查菲埃立克体DNA,对有代表性的阳性标本的扩增产物进行克隆和序列测定,并与GenBank中注册的核苷酸序列进行同源性比较.
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丙型肝炎病毒复制子的研究
0引言丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的感染是急、慢性肝病的主要致病因素之一,他的感染通常是亚临床的,或只出现轻微的症状,但大约80%的患者难以清除病毒,发展为慢性感染,从而更易演变为肝硬化和肝细胞肝癌,目前世界范围都大约有1.7亿人口感染了HCV[1],由于其高流行性、隐匿的病程和持续感染的诊断不足使得其成为严重的医学和社会经济学问题.病毒基因组约在10a以前就被鉴定出来,并且引起了对HCV基因结构、病毒蛋白结构和生化特征的研究.但由于HCV基因组表现出显著的序列变异,尤其是在E2包膜蛋白编码区的高变区,并且在全球范围内,HCV的基因型多达30个[2].
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乙型肝炎病毒蛋白表型定义初探
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分型方式,并根据病毒蛋白结构提出新的病毒蛋白分型方式.方法:自GenBank中按基因型搜索符合要求的HBV基因组序列,并应用Vector NTI suite 8.0版软件进行基因组核苷酸及各基因编码蛋白质序列比较,并利用软件分析前前-S基因、前-X基因和前-C基因的存在状态.结果:在GenBank中根据HBV基因型分型搜索出119个病毒株全基因组,比较后发现选择病毒株基因组核苷酸序列总阳性率和总一致率分别为95.7%和147.7%;选择病毒株编码的全C蛋白、全S蛋白、全X蛋白和多聚酶的总阳性率分别为98.6%、87.3%、57.2%和95.2%,总一致率分别为37.4%、24.1%、27.7%和43.5%.在病毒群中,33.61%的病毒株编码前前-S多肽,14.3%的病毒株编码前-X多肽,26.1%的病毒株不编码前-C多肽,94.1%编码前-X多肽的病毒株同时编码前前-S多肽.基因组1-700 nt一致率30.6%,1 103-1 653 nt一致率20.8%,为高变区;基因组1 654-1 950 nt的一致率为74.2%,为高保守区.4种病毒蛋白各有其相应的高变区和高保守区根据病毒蛋白前导性序列的变异情况提出新的分型方法,命名为蛋白表型.蛋白表型分7型,Ⅳ型为主要流行表型,占39.5%,V型和VⅦ型各占19.3%.亚洲HBV蛋白分型分布分散,Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅶ型所占比例均大于20%;欧洲Ⅳ型占58.3%,Ⅶ型占25.0%,Ⅴ型占13.9%.结论:在综合分析HBV基因组的基础上,初步划分出HBV基因组和病毒蛋白内部存在的高变区和高保守区提出蛋白表型的新概念,并综合展示基因核苷酸突变所导致的病毒蛋白的结构差异.
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乙型肝炎病毒基因组高变区界定的初步研究
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在高保守区或高变区,并探讨前-前-S基因和前-X基因的存在方式.方法:自GenBank中按血清型搜索符合要求的HBV全基因组序列,并应用Vector 6.0版软件进行核苷酸序列同源性的分析和比较.结果:GenBank中搜索出28个adr血清型和22个adw血清型HBV病毒株全基因组,比较后发现2种血清型的核苷酸序列总一致率分别为76.6%和73.9%;adr血清型病毒株存有高度变异区和高度变异区,一致率分别为54.5%和92.1%;adw血清型基因组内部含有高度保守区,一致率为85.0%,不含有高度变异区.前-前-S区的存在是较为普遍的现象,而前-X区的编码具有adr血清型特异性特点,在某些病毒基因组中,因为存在A2608→C/T和C/A2733→T替换突变,导致其前-X基因编码区起始密码子突变,因此部分HBV基因组无前-X基因结构区.结论:HBV基因组内部可能存在高度保守区,前-前-S区的存在是一个重要的现象,而前-X编码区具有adr血清型特异性的特点.
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胃癌线粒体DNA拷贝量的变化
目的:通过比较线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)拷贝数在胃癌和癌旁胃黏膜组织间的差异,阐述mtDNA与胃癌发生的关系.方法:PCR分别扩增胃癌组织和癌旁胃黏膜组织各20例共40个样本的线粒体D-1oop两个高变区HV1(hypervariable region)和HV2;并以核基因组的β-actin作为定量标准物.聚丙烯酰胺凝胶电泳(po1yacrylamide ge1 electrophoresis,PAGE)银染比较mtDNA拷贝数在癌和正常组织间的差异.结果:HV1和HV2拷贝量(用β-actin标准化)在胃癌组织和癌旁组织间有显著的差异(P<0.01);其拷贝量与组织类型,癌组织浸润深度未发现有统计学联系(P>.05);而与核内一些重要的酶:碱性磷酸酶(AKP)、环腺苷酸磷酸二脂酶(cAMP-PDE)和环鸟苷酸磷酸二脂酶(cGMP-PDE)表达有一定关系(P<.05).结论:胃癌的发生与胃上皮细胞内mtDNA量的减少有着密切的关系.有望成为一种新的肿瘤分子标志物.
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北京汉族群体线粒体DNA高变区多样性研究
线粒体是存在于细胞质中的一种细胞器,线粒体拥有自身的遗传物质--线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA).人类mtDNA是由约16 569碱基对组成的呈母系遗传的闭合双链环状DNA,其中大部分为编码区.除编码区外,线粒体DNA还有一大小约为1100bp的非编码区(16024-16569,1-576),称为控制区(control region,CR)或D-环区(displace -loop,D-loop).
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吉林省流行麻疹野病毒的核蛋白基因特征
麻疹是由副粘病毒科麻疹病毒属的麻疹病毒引起的急性传染病[1,2].研究发现,在麻疹病毒的6个结构基因中,除了血凝素蛋白(H)以外,核蛋白(N)的基因变化较大,其中N蛋白序列的羧基端450个核苷酸的区域属于高变区.为此,我们对麻疹病毒的核蛋白基因的分子生物学进行研究,为预测和控制麻疹的发生提供科学依据.
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多抗原肽免疫血清体外阻断丙型肝炎病毒感染肝癌细胞株HepG2的初步研究
前期工作中,我们针对丙型肝炎病毒(HCV)高变区(HVR1:390~411aa)设计并合成了多抗原肽(MAP)序列,并用MAP免疫家兔后获得高效价(1∶40 960)免疫血清,证实其具有良好的免疫原性和反应原性[1].
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丙肝病毒高变区1相关基因免疫小鼠诱导细胞免疫反应的研究
目的:以真核质粒pcDN3.1(+)为载体携带丙肝病毒高变区1(HVR1)相关模拟表位DNA序列对小鼠进行基因免疫,观察其诱导细胞免疫反应的效果.方法:根据HCV HVR1模拟表位多肽序列,合成DNA序列,并将其连接到pcDN3.1(+)上,构建为pcDN3.1-SP.免疫中分别采用2种剂量pcDN3.1-SP(10μg和100 μg),以及10μg质粒中混合了非甲基化CpG基序(-CpG),以其作为佐剂增强免疫原性,并比较其与100μg剂量的免疫效果.杀鼠、收集血清、分离脾细胞;ELISA法检测小鼠体液中的抗体;脾细胞经混合肽刺激后,用流式细胞仪检测CD8+IFN-γ+细胞;用非放射性MTS法检测细胞增殖反应;以非放射性LDH法检测CTL反应.结果:混合肽体外刺激100μg和10μg-CpG基因免疫小鼠脾淋巴细胞后,T细胞增殖反应明显;脾淋巴细胞中CD8+IFN-γ+细胞增多;并能检测到明显的CTL反应,同时伴有较弱体液免疫反应.结论:合成的模拟表位中可能含有T细胞和B细胞表位;非甲基化CpG基序增强了DNA免疫效果.
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丙型肝炎病毒高变区序列变化及其临床意义
目的了解HCV慢性感染过程中高变区序列变化及其临床意义。方法对8例急性丙肝及20例慢性丙肝随访2年,相隔半年抽血,用逆转录多聚酶联反应及直接序列法分析不同时期HCV?HVR的序列变化。结果 28例丙肝的HVR序列均有不同程度的变化,92%变化的核苷酸导致相应氨基酸的变化,仅8%为同义替换,27个氨基酸的每年变化范围为1~20,平均8个(30%),HVR密码子中,以第一及第二变化为常见,分别为62%及31%。急性肝炎年基因位点为0.89×10-1,慢性丙肝年基因位点为2.31×10-1,两者有统计意义。年基因位点与HCV亚型无关。ALT反复波动者的HVR变异率明显高于ALT相对稳定者。结论在HCV感染过程中,HVR序列变化可能是HCV为逃避人体免疫系统作用的一种适应性反应,在HCV持续感染及肝炎发作中,可能也起着主要的作用。
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丙型肝炎病毒RNA高变区准种复杂性与干扰素疗效关系的初步探讨
目的 探讨丙型肝炎病毒高变区1(HCV HVRl)准种复杂性与干扰素疗效的关系,为临床选择应用干扰素抗病毒治疗的适应症及预测疗效提供理论依据.方法 采用基因芯片法进行HCV基因分型:采用聚合酶链反应一单链构象多态性分析(SSCP)进行HVRl准种复杂性检测.结果 治疗前HCV HVR1准种的SSCP条带数(复杂性)≤3者,经干扰素治疗后,HCV RNA阴转率为77.78%,>3者HCV RNA阴转率为21.43%,两者差异具有统计学意义(P<0.01);治疗有效组SSCP条带数为2.44±0.73,无效组为4.50±0.65,两者差异具有统计学意义(P<0.01)结论感染HCV基因型lb型的慢性丙型肝炎患者HVRl准种复杂性程度越高,对干扰素无应答的可能性越大,是预测干扰素疗效的一个重要因素.
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IBDVvp2基因高变区序列测定与进化分析
本实验采用来源于江苏地区的六株不同鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)毒株,应用RT-PCR法对vp2基因高变区进行了扩增,构建重组质粒pMD18T-vp2,测序.与有代表性的IBDV毒株VP2基因高变区序列进行比较分析,以ClustalX软件进行序列比对,得到基因序列及氨基酸序列同源性,IBDVY3、P2G、P8G、SZ、Y5和W04(6株)IBDV与D6984(荷兰)的同源性达到99.0%以上,与其它一些超强毒株(very virulentIBDV,vvIBDV)的同源性也达到了97.8%以上,并在关键氨基酸位点符合vvIBDV特征,采用Phylip3.5软件分析作出进化树,其结果从分子水平说明六个毒株均为vvIBDV,与欧洲和日本的超强毒株有较近的亲缘关系,而与美洲株的较远,从而为IBDV分子流行病学研究和疫苗的研制提供了科学依据.
关键词: 鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV) VP2基因 高变区 超强毒株 -
传染性法氏囊病病毒野毒株的致病性及其vp2基因比较
对4个IBDV野毒株的致病性和它们的vp2基因高变区序列同时做了比较分析.结果表明,4个IBDV毒株在致病性程度上存在较大差异.其中有一个是真正的超强毒,即GX8/99,其他几个虽然达不到真正超强毒的毒力,但也比经典的标准毒的致死性高得多.在vp2基因高变区,这4个IBDV野毒株与超强毒参考株HK46同源性很高,在DNA水平为96.8%~99.5%,在氨基酸(aa)水平为96.6%~100%.而与疫苗毒D78有很大差异,分别只有91.7%~93.6%和91.8%~93.2%.说明IBDV毒株的vp2基因高变区确实与其致病性有一定关系.特别是SD-1/97、SD-3/98、JS-30/99株之间及其与HK46在DNA和aa水平的同源性高达98.4%和98.6%以上,SD-3/99、JS-30/99株之间及其与HK46的氨基酸同源性为100%.然而,致病性特别高的GX8/99株病毒与其他3个野毒株及HK46在DNA和氨基酸水平的同源性相对较低,在DNA和aa水平的同源性只有96.8%~97.2%和96.6%~97.9%.相对于国内的流行毒株和香港超强毒参考株HK46,GX8/99株在致病性和VP2高变区都已发生了一定的变异.
关键词: 传染性法氏囊病病毒(IBDV) 致病性 VP2基因 高变区 -
尸体残骸mtDNA序列测定异常1例
本文报道1例白骨化尸体残骸mtDNA两个高变区域(hypervariable region Ⅰ/Ⅱ, HVR Ⅰ/Ⅱ)中HVR Ⅱ检出异质性.1 案例资料1.1 样本及DNA提取下水道中白骨化尸骸1具(包括股骨、颅骨、毛发)和疑为死者母亲的血痕,要求进行尸源认定.股骨、颅骨、毛发参照文献[1]的方法,血痕采用有机法提取DNA.
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人类线粒体DNA异质性及其与法医学的关系
1 人类线粒体DNA (mitochondrial DNA, mtDNA)的结构及特点人类线粒体DNA存在于人类几乎所有的组织、细胞中,为环状双链DNA,大小为16569bp.1981年Anderson等[1]采用测序技术测定了人完整的mtDNA序列.mtDNA由编码区和非编码区构成,编码区包括37个基因,非编区也叫控制区(control region,CR),由1,122bp(16024-16569nt及1-576nt)组成,包括一个复制起点、两个转录起点及置换环(displace-mentloop region-D环区),其中D环区及复制起点附近的16024-16365nt及73-340nt两个区域为多态性高发区,称为高变区1(hypervariable region Ⅰ,HVⅠ)及高变区2(hypervari-able regionⅡ,HVⅡ).这两个区域的高度多态性使得个体间具有高度的差异性,因而可以用来作个人识别.