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HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系
自1981年美国报告首例艾滋病(AIDS),HIV-I已在全球迅速传播和扩散.其主要原因是HIV-1的基因高度变异和多样性.全面并深入了解HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系有关方面的新进展,将有助于我们更好理解基因变异和进化在HIV-1感染、传播和致病性的影响作用,并给我们正在进行的药物和疫苗研究提供新的思路.
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北京人类免疫缺陷病毒1型阳性吸毒者env基因序列测定和亚型分析
人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)高度变异既是病毒自身特点决定的,也是适应环境和免疫逃逸的结果[1].一般来说感染的途径不同,HIV-1病毒的变异情况也不同.北京于1993年发现首例静脉吸毒感染HIV的吸毒者,2000年开始对吸毒人群进行哨点监测,2006年首次对流动人口中的吸毒者HIV-1毒株亚型进行测定,但关于北京吸毒人群HIV-1的毒株亚型及其分布仍知之甚少.
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一株高度变异的中国SV40分离株的全基因组序列分析
对SV40中国云南分离株YNQD38进行了全基因组核苷酸序列测定.覆盖了整个基因组的9个重叠的基因片段被扩增和测序,与其它SV40株进行了序列比对并基于全基因序列建立了遗传进化树.结果显示:基因组全长5125bp,基因组构成与其它SV40毒株相似,均有6个开放读码框架和1个调控区.YNQD38与已被证实高度保守的其它SV40比,全基因组核苷酸同源性仅为91.0%.在SV40的保守区VP1、VP2、VP3、小t抗原(t-ag)和部分大T抗原(不包括大T抗原C末端)区,YNQD38与其它SV40之间核苷酸同源性分别为90.7%~91.1%、 91.7%~92.0%、90.2%~90.8%、92.8%~93.3%、88.5%~89.7%.在SV40的可变区大T抗原C末端(T-ag-C)编码区,YNQD38同源性更低,仅为65.7%~74.3%.YNQD38发生在保守区的核苷酸变异多为无义突变,而发生在变异区的核苷酸变异多为有义突变.YNQD38的调控区缺少一个完整的72bp增强子,这种特别的调控区的结构以前未见报道.基于整个基因组构建的进化树显示该株病毒形成了一个独特的组.以上结果表明YNQD38是目前报道的SV40中变异大的一株,而且也是第一株被完整测序的SV40中国株.这个报道不仅为SV40中国株的基础研究提供了一个完整清楚的分子生物学资料, 还对这样一株高度变异的SV40能否成为人类致病因子进行了初步探讨.
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乙型肝炎病毒基因组高变区界定的初步研究
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在高保守区或高变区,并探讨前-前-S基因和前-X基因的存在方式.方法:自GenBank中按血清型搜索符合要求的HBV全基因组序列,并应用Vector 6.0版软件进行核苷酸序列同源性的分析和比较.结果:GenBank中搜索出28个adr血清型和22个adw血清型HBV病毒株全基因组,比较后发现2种血清型的核苷酸序列总一致率分别为76.6%和73.9%;adr血清型病毒株存有高度变异区和高度变异区,一致率分别为54.5%和92.1%;adw血清型基因组内部含有高度保守区,一致率为85.0%,不含有高度变异区.前-前-S区的存在是较为普遍的现象,而前-X区的编码具有adr血清型特异性特点,在某些病毒基因组中,因为存在A2608→C/T和C/A2733→T替换突变,导致其前-X基因编码区起始密码子突变,因此部分HBV基因组无前-X基因结构区.结论:HBV基因组内部可能存在高度保守区,前-前-S区的存在是一个重要的现象,而前-X编码区具有adr血清型特异性的特点.
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慢性HCV肝炎抗病毒治疗
慢性丙型肝炎病毒(HCV)是输血后肝炎发生的主要致病因子,由于在1993年前不能对献血员及血液制品进行HCV感染的筛选,因此之前有较多的接受输血及血液制品者感染HCV,由于HCV基因的高度变异和病毒对机体的免疫刺激能力不足,大约50%~80%发生慢性感染.慢性HCV肝炎虽然病情较慢性HBV肝炎轻或进展缓慢,一旦进展到肝硬化,疾病的进展速度和肝细胞癌的发生率较慢性HBV肝炎高,因临床常用的"保肝降酶"药物常不能有效的控制肝脏的炎症活动,而需要进行抗病毒治疗.当前对HCV肝炎抗病毒治疗唯一有效的药物是干扰素,但干扰素抗病毒治疗的疗效受多种因素的影响,为了提高和保证疗效,需要在治疗期间进行动态的观察.
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组胺脱羧酶基因多态性与糖尿病和冠心病关系
人类基因组是一个高度变异的体系,其计划的进展和实施标志着基因组多态性研究及其应用进入一个新的阶段.组胺脱羧酶是催化组氨酸脱羧生成组胺的关键酶,定位在第15号染色体的长臂2区1带至2区2带(15 q21-q22),其DNA完整序列是由单拷贝基因编码,编码区由12个外显子构成[1].它能增加毛细血管的通透性,刺激胃蛋白酶及胃酸的分泌[2],其催化产物组胺与过敏反应及支气管哮喘有关[3].
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复合套式PCR鉴定HIV亚型的基因分型方法
艾滋病目前已成为威胁全球人民生命健康安全的主要疾病之一[1,2].由于人类免疫缺陷病毒(HIV)的高度变异,不同亚型病毒的生物学特性及分子流行病学特征均有所不同[3,4],因此,能够快速、准确地检测HIV感染及对其进行基因水平的分型,将对搞清HIV各亚型在我国的分布、HIV生物学表型与基因型的关系等方面的研究提供资料.为此,笔者在分子生物学方法的基础上,改进研究出复合套式PCR直接鉴定HIV亚型的基因分型方法.现报告如下.
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聚肌胞联合聚乙二醇干扰素α-2b注射液治疗慢性乙型肝炎疗效研究
乙型肝炎病毒由于其基因的高度变异,不同基因型的HBV可表现为不同的生物学特性,包括病毒的复制能力和致病能力,也可影响患者对干扰素治疗的应答.
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基因多态性检测分析方法与疾病诊断
人类基因组是一个高度变异的体系,人类基因组序列草图仅仅基于少数个体的序列,它反映了基因组结构稳定的一面,并未反映不同群体和个体间的多态性.人类遗传基因多态性(gene inheritance polymorphism)在阐明人体对疾病、毒物的易感性与耐受性、疾病临床表现的多样性(clinical phenotype diversity)以及对药物治疗的反应性上都起着重要的作用.疾病基因多态性的研究不但可以揭示同一种疾病不同临床表型的实质,也可以为更具个体化的治疗打下基础.有关基因多态性在临床医学中的应用已日益广泛,包括临床医学的各个专业、各类疾病[1].
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人类免疫缺陷病毒感染与特异性细胞毒性T淋巴细胞反应
特异性细胞毒性T淋巴细胞是一种能直接杀伤病毒及抗细胞内感染的效应细胞。大多数细胞毒性T淋巴细胞为CD8细胞,其反应是控制人类免疫缺陷病毒感染的重要免疫反应,但细胞毒性T淋巴细胞不能完全清除人类免疫缺陷病毒,这与病毒在体内的高度变异及病毒攻击人体免疫系统导致免疫功能改变有关。
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丙型肝炎病毒的CLIP法基因分型
丙型肝炎病毒(HCV)基因组高度变异,已鉴定有6个主要基因型和100多个亚型.不同的HCV基因型对α-干扰素(IFN-α)的反应性不同,并表现为不同的慢性感染病程,因此确定HCV基因型具有重要意义.
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微流芯片在乙型肝炎病毒基因分型检测中的应用
乙型肝炎病毒(HBV)基因高度变异,根据全序列差异可将其分为A~H 8个基因型.HbV基因型呈一定的地域性分布,人类感染HBV后的疾病谱、肝脏病变程度以及治疗效应与HBV基因型存在一定的相关性[1,2].本文应用Caliper-1000微流芯片分析仪检测762例慢性乙型肝炎患者的HBV基因型.
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乙型肝炎病毒变异与重症肝炎关系探讨
乙型肝炎病毒(HBV)是一种高度变异的病毒,由于病毒变异后往往引起抗原性和致病性改变,所以认为HBV感染在临床上出现的不同疾病谱与病毒变异有关.
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深圳地区人类免疫缺陷病毒-1型AE重组毒株的分子流行病学研究
HIV的一个重要生物学特征是基因的高度变异.目前,世界上已发现的HIV可分为HIV-1和HIV-2两型,HIV-1型又可分为M(Main)组、O(the Outline)组和N(Non-M,Non-O)组.
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艾滋病疫苗及中西医治疗
1艾滋病疫苗的研究艾滋病疫苗的研究一直是HIV分子生物学研究的中心,由于HIV感染的特点和所致疾病的严重性,减毒或活疫苗均不在考虑之中,基因工程亚单位疫苗以及其他温和病毒如痘苗病毒为载体的重组活疫苗以及多肽疫苗是主要选择,尽管世界研制疫苗有数千人,花费数千万美元,但到本世纪末还不可能制成有效临床应用的疫苗,其主要原因:①HIV基因的高度变异,特别是作为疫苗研究主要候选抗原的外膜蛋白gP120,其氨基酸序列与差异性在不同地区分离的毒株可达20%,用单一毒株gP120免疫得到只是针对该株亚型特异性中和抗体.
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CYFRA21-1在头颈鳞癌诊断中的应用
鳞癌占头颈部恶性肿瘤的首位,CYFRA21-1是近年来报道的用于头颈部鳞癌诊断的一种新的肿瘤标记物,其血清水平检测对头颈部鳞癌的早期诊断、疗效评估、预后监测等具有重要意义.1 生物化学特性CYFRA21-1是角蛋白19(Cytokeratin 19,CK19)的片段,角蛋白构成细胞骨架的主要成分,所有细胞角蛋白都具有高度保守的α-螺旋杆状区域、高度变异的氨基和羧基末端区域.
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上海地区不同类型乙肝患者HBV基因分型与DNA水平
乙肝病毒(HBV)为双链DNA病毒,其基因序列高度变异,现已确认A~H 8种基因型.研究表明,HBV基因型与患者的临床表现、治疗应答、预后判断均有一定关系.目前,关于某地区乙肝患者HBV基因型与HBV-DNA水平、肝病严重程度之间关系的研究较少,其研究结果也不完全相同.
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病毒性乙型肝炎基因分型研究进展
乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)属嗜肝病毒DNA病毒,基因组长约32Kb,为双链环状DNA.主要引起急、慢性肝炎、肝硬化和肝癌,其基因序列高度变异,HBV基因类型与疾病发生、发展、治疗有着密切的联系.本文就病毒性乙型肝炎基因分型研究进展做一综述.1 病毒基因型常见类型及分布目前HBV基因分为A-I9种基因型[1].不同亚型地理分布反映起源位置和感染人群的迁移[2],各地区HBV优势基因不同预后也不相同[3].我国HBV基因型以B、C型为主[4],[5].北方城市以C型流行为主,由北至南,基因B型感染率逐渐增高.少数民族D型有较高的感染率,西藏、新疆以D型为主[6],[7].江苏省儿童感染HBV的优势株为C基因型[8].
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广州地区汉族群体mtDNA HV I 区多态性
人类线粒体DNA(mtDNA)是一个闭合的、环状的双链DNA分子,大小为16569 bp,包含一个约1.1 kb长的非编码区(noncoding region).由于其具较高的复制错误率和较低的修复能力,mtDNA分子,特别是在非编码区具有较高的多态性.mtDNA分子具有母系遗传、高拷贝数(1000~10000个拷贝/细胞)[1]等特点,非编码区的两个高度变异的区域HVRI(hypervariable region I)和HVRⅡ(hypervari-able regionⅡ)已作为法医学个体识别非常有用的遗传标记,特别是对微量的、降解的、无法进行核DNA分型的生物样品,如毛干的DNA分型,人类遗骸的个人认定[2~4].
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诺如病毒检测技术新进展
诺如病毒(Norovirus NoV)又称诺瓦克病毒(Norwalk-like viruses),属杯状病毒科诺如病毒属,是引起病毒性胃肠炎的重要病原体[1].NoV是美国学者Kapikian于1972年通过免疫电镜技术首先在发生于美国俄亥俄州诺瓦克镇暴发腹泻疫情患者粪便中发现的病毒颗粒[2].NoV为单股正链RNA病毒,是一组形态相似、抗原性略有不同的病毒颗粒.由于目前不能进行细胞培养和没有动物模型不能进行中和试验,NoV目前无法进行经典的血清分型[3-5].该组病毒极易变异,此后在其他地区又相继发现并命名了多种类似病毒,统称为诺如病毒.由于NoV遗传的高度变异,在同一时期和同一社区内可能存在遗传特性不同的毒株流行.NoV抗体没有显著的保护作用,尤其是没有长期免疫保护作用,极易造成反复感染[6].大多数感染者在1~3天后好转,但小孩、老人和低免疫力低下者可能导致严重脱水[7].