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唐山地区福氏志贺菌超广谱β-内酰胺酶基因型和同源性的分析
目的 了解唐山地区福氏志贺菌的耐药特征,明确其所携带超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的基因型和菌株之间的相关性.方法 用纸片扩散法作ESBLs确证试验;对产ESBLs的菌株用微量肉汤稀释法测定其MICs;用PCR扩增ESBLs基因并测序;通过可变数目串联重复序列(VNTR)进行同源性分析.结果 用纸片扩散法检出具有ESBLs表型的19菌株,经琼脂稀释法检测,同样具有ESBLs表型.菌株对头孢曲松、头孢噻肟、头孢哌酮、哌拉西林、阿莫西林-克拉维酸和环丙沙星的不敏感率为95％～100％,对其他药物敏感率均在84％以上.其型别主要为CTX-M-14、CTX-M-3、CTX-M-57和TEM-1.同源性分析19株福氏志贺菌分为4个克隆系.结论 唐山地区儿童福氏志贺菌呈多重耐药,对第3代头孢菌素耐药性有增加趋势,所携带基因型主要为CTX-M-14,首次检出CTX-M-57基因型.唐山地区存在遗传紧密相关的福氏志贺菌流行克隆,也存在不相关克隆.
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绵阳地区79株结核分枝杆菌的基因型特征研究
以数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)为分子标识而建立的多位点数目可变串联重复序列分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)技术由于操作简便、特异性好、重复性高、分辨率强、数字化结果易于比较,已广泛用于各地结核分枝杆菌基因分型的研究.由于不同VNTR位点及其组合具有地区差异性,各国学者都致力于研究适合本地区的VNTR位点组合.本研究采用MLVA基因分型技术,选取国际上通用的15个VNTR位点,对绵阳地区的结核分枝杆菌进行了基因分型研究.
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日本结核分枝杆菌北京家族株的系统发生学与基因学特征
为评价目前在日本流行的结核分枝杆菌的基因结构特征,对从全日本结核病患者中分离到的237株北京家族株进行了系统发生学的研究.与之前来自于其他国家的报道不同,古老亚型菌株是日本的主要流行株.成簇分析建立在JATA-VNTR(日本防痨协会随机重复序列的可变数目)的基础上,这种方法可以描述日本结核分枝杆菌菌株的独特的VNTR方法,结果揭示了现代亚型菌株间没有地域来源的区别,具有高度的相似性.JATA-VNTR方法可能对在经常分离出古老亚型菌株的菌群中进行系统发生学研究是有价值的.
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川南地区汉族人群D1S80基因座多态性分析
目的：了解川南地区汉族人群D1S80位点群体遗传多态性。方法采用PCR结合聚丙烯酰胺PAGE电泳及高灵敏度银染技术，即Amp-FLP方法对川南地区120名汉族无血缘关系个体D1S80位点进行多态性分析。结果在所调查的120名无关个体样本中，观察到D1S80基因座有18个等位基因，基因频率分布在0.004166667～0.1958333333之间，杂合度为0.7869，个体识别力为0.87，非父排除率为0.8152，其基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡法则。结论D1S80基因座的PCR分型具有较好的准确性和灵敏度，为法医学个体识别和亲权鉴定、遗传病基因链锁分析等的研究及应用提供了川南地区有用的遗传信息。
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老年缺血性脑卒中患者eNOS基因VNTR多态性研究
目的 探讨老年缺血性脑卒中与内皮细胞型一氧化氮合酶(eNOS)基因变数串联重复序列(VNTR)多态性的关系.方法 选择老年缺血性脑卒中患者112例作为病例组,同期选择年龄与性别相匹配的健康志愿者或其他住院患者105例作为对照,通过PCR技术和聚丙烯酰胺电泳来确定其基因型.结果 病例组eNOS基因ab基因型的频率明显高于对照组(22.3% vs 12.4%,P＜0.05),a等位基因的频率也高于对照组(12.9% vs 7.0% ,P＜0.05).结论 ab基因型与老年缺血性脑卒中有相关性,a等位基因可能是中国老年缺血性脑卒中的独立危险因素.
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中国汉族人群IL-1RA基因多态性及其与宫颈癌的相关性研究
目的研究位于白细胞介素1受体拮抗剂基因(interleukin-1 receptor antagonist,IL-1 RA)第2内含子中可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)多态性在中国3个汉族人群中的分布情况,并探讨其与宫颈癌的发生关系.方法采用PCR方法分别对3个汉族人群206例个体以及42例宫颈癌患者和45例对照进行多态性检测,扩增产物进行2%的琼脂糖电泳.结果 3个汉族群体的基因型以A1/A1和A1/A2为常见.等位基因以A1频率高,A2次之,群体间的差异是不显著的(P＞0.05).与美、英高加索人群相比,A1的频率明显偏高,A2明显偏低,而与非洲黑人相近.在宫颈癌患者和正常对照人群中,该多态位点的等位基因和基因型频率均无统计学意义(P＞0.05).结论 IL-1RA第2内含子中VNTR多态性在不同种族间的分布存在着明显的差异,但与中国东北地区宫颈癌的发生可能无直接相关性.
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鼠疫菌MLVA分型技术及其应用
鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)是鼠疫的病原菌,鼠疫曾在历史上引发3次世界范围的大流行,给人类和社会发展造成极其严重的影响.近年来,鼠疫仍在动物和人群间有散在流行,因此,世界卫生组织(WHO)已将其列为近20年来重新流行的急性传染病之一.鼠疫菌可分为4个古老的变种,即古老变种(Antiqua)、中世纪变种(Medievalis)、东方变种(Orientalis)及田鼠型(Microtus).根据生化特性以及地理区域的差异,中国的鼠疫菌分为18个生态型[1].随着分子生物学的发展,从基因的角度对鼠疫菌进行分型已成为可能.近年来,有很多分子生物学方法被用于鼠疫菌的分型研究,任何分子分型方法都是建立在病原菌一定的基因组结构特点上.由于指纹图谱的溯源优势使其得以有效推广也因此衍生出大量分型方法[2-3].但是,每种方法各有利弊,实验需综合考虑分型能力、重复性、结果解读、可操作性和经费预算等诸多因素.任何实验方法都是为了服务实验目的,传统的诊断方法存在许多弊端,例如:耗时、低通量、重复性差等缺点.分子分型以其高通量著称,实验结果易于重复,省时、省力,相对多位点序列分析(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)而言,多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)具有显著的低廉、省时的优势,因此,非常适合基层工作开展和普及.例如:核糖体分型(Ribotyping)、插入序列100(IS100)、限制性长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、PFGE、MIST、规律成簇的间隔短回文重复分析(CRISPRs)和MLVA[4-9]等,都已经获得了预期的结果.本文中,作者将详细介绍有关MLVA方法的原理、研究进展以及应用前景等.
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中国人群中C6orf37第二外显子VNTR多态性的研究
目的:证实C6orf37编码区VNTR位点,检测其多态性在中国人群中的分布特点,并寻找VNTR多态性检测的理想方法.方法:用RT-PCR及测序证实C6orf37编码区的VNTR位点,并用SSLP和DHPLC两种方法对166例中国人进行VNTR基因分型.结果:C6orf37基因的第二外显子区存在一个新的VNTR多态性位点,其核心序列为GGCGGCGACTTCGGC,编码5个氨基酸(G-G-D-F-G),重复3到5次.该位点存在3种等位基因:a(3次重复),b(4次重复),c(5次重复),6种基因型:a/a,b/b,c/c,a/b,a/c,b/c.在中国人群中的a、b、c等位基因频率分别为0.145,0.304,0.551.杂和度为0.583,多态信息含量为0.510.DHPLC与SSLP检测VNTR多态性的结果一致,但DHPLC具有快速、经济、高通量的特点.结论:C6orf37编码区存在一个高度多态性VNTR位点,DHPLC是大规模筛选VNTR多态性的理想方法.
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麻风菌基因分型及流行病学应用的研究
虽然麻风病在全世界不再是一个公共卫生问题,但是在一些国家和地区,麻风病的发现率仍旧没有明显下降.既往认为,麻风茵不能体外培养,缺乏对麻风茵的深入了解.基因组测序的成功,为麻风菌的分型提供依据.迄今为止,VNTR和SNP是麻风茵分型的基础,VNTR是由于核苷酸在复制过程中的滑动链错配引起,麻风茵的基因分型和麻风茵的地理分布和历史变迁有一定的关系,其中以VNIR为基础的地理分型和麻风病的短传播链有关,而且对于复发和再感染的鉴别具有积极意义.并探讨VNTR稳定性的意义.
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应用VNTR分析方法对院内感染铜绿假单胞菌分子分型的研究
目的 探讨以多位点可变数目串联重复序列(VNTR)分析方法行多重耐药铜绿假单胞菌分子分型的效果.方法 选择2015年5月至2017年5月分离自本院13个病区的多重耐药铜绿假单胞菌78株,提取菌株DNA.在铜绿假单胞菌基因组中随机选择8个位点,以VNTR扩增物扩增菌株DNA,产物毛细管电泳.对扩增产物相对分子质量及菌株在不同位点的VNTR重复数进行计算,并实施聚类分析及同源性分析.结果 8个VNTR位点重复基序大小为7～128 bp,多态性指数为0.47～0.89,分布较为均匀;VNTR分析法将78株多重耐药铜绿假单胞菌分为5个群;6例患者不同分离株在8个位点重复数均一致.结论 在铜绿假单胞菌基因分型及溯源研究中VNTR分析法的应用价值高,可为控制院内感染提供依据及技术方法,需引起关注.
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MIRU-VNTR技术对源于河南的北京基因型结核分枝杆菌分型研究
目的:研究MIRU-VNTR技术对结核分枝杆菌北京基因型家族的分辨能力.方法:用检测RD105区缺失的多重PCR(DTM-PCR)方法对河南省源的结核分枝杆菌进行北京基因型鉴定.鉴定后的菌株检测基因分型方法VNTR-7和VNTR-16位点的分辨能力.结果:DTM-PCR获得98株结核分枝杆菌北京基因型家族菌株,VNTR-16和VNTR-7分辨率指数(Hunter-Gaston指数,HGI)为0.9983、0.9953,菌株的成簇率分别为3.1%、11.2%.结论:VNTR-16和VN-TR-7位点基因分型方法用于北京基因型家族的分析有较高的分辨能力,操作简便,适于结核病控制工作中北京基因型家族菌株占优势地区的分子流行病学研究.
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ApoB VNTR基因及其在心血管疾病诊断中的意义
人类ApoB基因上存在VNTR等位点,其串联重复单位的高度可变性为心血管疾病的诊断提供了重要的基因标志物.本文就ApoB VNTR基因的结构特点、检测方法及其在心血管疾病诊断中的意义等几个方面进行综述.
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河南汉族人群eNOS基因27bpVNTR、G894T多态性与冠心病的相关性研究
目的 探讨内皮细胞型一氧化氮合酶(eNOS)基因27bpVNTR,G894T基因多态性与冠心病(CHD)的相关关系.方法 运用PCR-RFLP方法对207例CHD患者和264例健康对照进行eNOS基因27bpVNTR,G894T多态性的检测分析,并进行基因型频率及等位基因频率的比较以及单倍型分析.结果 4a/4a基因型频率以及4a等位基因频率的分布在CHD组与对照组差异有统计学意义(P<0.05):GB94T多态的T等位基因频率在CHD组与对照组差异具有统计学意义(P<0.05).4a-G、4b-G两种单倍型组合在CHD组与对照组差异具有统计学意义(P<0.05).结论 提示27bpVNTR基因多态与冠心病相关,4a等位基因,T等位基因可能是河南汉族人冠心病发生的遗传性危险因子.4a-G可能是河南汉族人冠心病发生的风险单倍型,而4b-G可能对河南汉族人冠心病的发生具有某种保护作用.
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应用多位点VNTR分析进行铜绿假单胞菌院内感染溯源的研究
目的：应用多位点可变数目串联重复序列（VNTR）分析方法进行多重耐药铜绿假单胞菌分子分型，为由铜绿假单胞菌引发的院内感染的溯源和流行病学调研提供依据。方法从铜绿假单胞菌基因组中筛选12个VNTR 位点，设计合成引物；对98株多重耐药铜绿假单胞菌进行 PCR 扩增，产物毛细管电泳；根据产物大小计算各VNTR 位点的重复数，构建系统发育树，进行数据分析。结果12个位点的多态性指数（DI）为0．45～0．88，将98株铜绿假单胞菌分成5个群，88个基因型，同病区分离的菌株具有一定的同源性。结论多位点 VNTR 分析具有很高的分辨率，适用于铜绿假单胞菌基因分型和溯源研究，具有很好的应用前景。
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结核分支杆菌基因分型技术的应用研究进展
由于耐药菌株蔓延、HIV感染、流动人口骤增,全球结核病疫情雪上加霜,2005年新发感染结核患者900万,死亡160万[1].中国的结核病例数和死亡率已经位居各种感染性疾病之首.由于传统流行病学方法不能很好地揭示其传播规律,多种基因分型技术用于结核分支杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)的疫情监测、传染源追踪、传播途经查证、复发菌株鉴定、实验室交叉污染的检测等研究中.目前使用为广泛的是IS6110-RFLP、Spoligotyping和VNTR技术.
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基于毛细管电泳的金黄色葡萄球菌MLVA分型
目的 建立基于毛细管电泳的MLVA分子分型方法,对食源性金黄色葡萄球菌进行分子分型研究.方法 选取8个管家基因的可变数目串联重复序列(VNTR),利用毛细管电泳技术进行MLVA分子分型.结果 建立了基于毛细管电泳的MLVA分子分型方法,利用该方法对89株食源性金黄色葡萄球菌进行分型,获得46个MLVA分子型.结论 基于毛细管电泳的金黄色葡萄球菌MLVA分子分型方法省时、省力,对操作人员的技术水平要求不高,尤其在处理突发事件时,显现出绝对的优势.
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应用RFLP-VNTR分型进行父权鉴定1例
爱父树鉴定委托,经常规血清学方法鉴定,相对父树概率为95.55%为慎重起见又应用限制性片段长度多态性(RFLP)技术检测D2S44、D10S28、D4S163、D4S139、D17S79可变数量串联重复顺序单位(VNT),结果有3个位点可以排队与涉嫌人胎儿与的父子关系,现报告如下:
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5-HTT VNTR多态性与偏头痛关系的系统评价
背景5羟色胺(5-HT)在偏头痛的发病机制中起着重要作用,但是研究5-HT转运体(5-HTT)基因多态性和偏头痛关系的单个遗传关联研究的结果却不一致.目的使用系统评价方法评价5-HTT可变数目串联重复序列(VNTR)多态性和偏头痛的关系.方法 广泛检索中英文数据库以发现合格研究,使用随机或固定效应模型计算合并比值比(OR值),使用Q检验评估研究之间异质性,Egger's(埃格)检验和漏斗图评估发表偏倚.以家族为基础的关联研究则进行描述性分析.结果 总共4个研究纳入meta分析,发现在所有人群中,5-HTT VNTR Stin2.12等位基因或12/12基因型增加了偏头痛的发病风险(Stin2.12等位基因:OR:1.34,95％CI:1.09～1.64,P=0.006; 12/12基因型:OR:1.55,95％CI:1.17～2.05,P=0.002).结论 现有证据表明,5-HTT VNTR多态性(主要是Stin2.12基因型)增加了偏头痛的发病风险,该结论需大样本研究进一步验证.
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HSP65-MUC1 VNTR2融合蛋白的表达、纯化及其抗肿瘤作用
目的:通过基因工程手段在大肠杆菌中表达HSP65-MUC1 VNTR2融合蛋白、鉴定和纯化,并研究其在动物体内的肿瘤生长抑制活性.方法:通过PCR获得结核分支杆菌HSP65基因,以重叠PCR获得人MUC1基因VNTR的2个重复序列,构建原核重组表达载体HSP65-MUC1 VNTR2-pET28a(+),在大肠杆菌BL21(DE3)中利用IPTG诱导表达;利用单克隆抗体(mAb)进行Western blot鉴定,以Q柱和凝胶过滤纯化获得纯化蛋白.通过建立转染人MUC1基因的B16黑色素瘤小鼠肿瘤模型,在C57BL/6小鼠体内研究HSP65-MUC1 VNTR2融合蛋白的肿瘤生长抑制活性.结果:获得的结核分支杆菌HSP65基因和人MUC1基因VNTR区的2个重复片段,经测序证明分别与GenBank中结核杆菌HSP65基因和人MUC1基因的VNTR完全相符;构建的原核表达载体HSP65-MUC1 VNTR2-pET28a(+)可稳定的可溶性表达HSP65-MUC1VNTR2蛋白;经Q柱和凝胶过滤纯化,纯化的目的蛋白纯度达95%以上;利用鼠抗人MUC1 mAb对表达蛋白进行验证,结果阳性;小鼠肿瘤预防免疫实验表明,实验组小鼠抑瘤率大于对照组,且具有明显性差异.结论:成功地利用原核表达系统实现了对HSP65-MUC1 VNTR2蛋白的可溶性表达,并对其体内预防实验进行了初步研究,证明该融合蛋白能明显抑制表达MUC1的肿瘤生长.为进一步评价其作为肿瘤疫苗可能性的研究打下了基础.
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中国的炭疽杆菌DNA分型及其地理分布
炭疽广泛分布于中国各地,特别是西部地区,并经常造成人畜疾病.在一项合作研究中,用多位点VNTR分析(MLVA)对从1952～1998年自中国主要地理流行区域分离的病人、病畜和土壤等来源的炭疽杆菌进行了基因分型.MLVA分析结果揭示了21种新的基因型,其等位基因组合在以前世界范围分离物的研究中未曾发现.此外,分离物的分群显示,A3b组是地理上广泛分布的基因组,说明该组可能是中国的"地方流行株".而来自古丝绸之路重要贸易中心新疆的大量分离株其基因型特别分散.
