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甘肃省瓜州县一起由埃可病毒30引致的无菌性脑炎疫情病原学分析
对2015年6～8月发生在中国甘肃省瓜州县一起病毒性脑炎疫情进行病原学诊断及其分子特征研究.采集74例病例样本132份(脑脊液14份,咽拭子25份,血清66份以及粪便27份).对血清与脑脊液标本经ELISA IgM检测初步排除乙脑病毒、单纯疱疹病毒、流行性腮腺炎病毒和腺病毒感染之后,采用实时荧光PCR法对所有标本进行人类肠道病毒核酸检测,阳性者使用HEp-2和RD细胞进行病毒分离,并对分离株进行全长VP1区核苷酸序列测定及其分子特征分析.结果发现:132份标本中人类肠道病毒核酸检测阳性72份,71份分子定型结果为埃克病毒30(E-30);从29例病例的46份样本分离到E-30;甘肃瓜州E-30的全长VP1区核苷酸序列的同源性高达99.2 ％～100.0％,进化树图显示其与中国2011年以后的E-30分离株属同一个分支.E-30是引起本次甘肃省瓜州县局部地区病毒性脑炎暴发的病原,且属于中国正在流行的ECHO30进化分支中近期流行簇.
关键词： 病毒性脑炎 埃可病毒30型(Echo30) VP1区 序列分析 -
浙江省2008年病毒性脑膜脑炎病原柯萨奇B组5型病毒VP1区基因变异分析
目的 研究浙江省2008年病毒性脑膜脑炎中分离到的柯萨奇B组5型病毒(Coxsackie Virus B5,CVB5)VP1区的基因特征,并与其他国家的分离株和CVB5原型株进行比较,探讨病毒VP1区的变异与病毒性脑膜脑炎流行的关系.方法 用人喉癌上皮细胞和人横纹肌肉瘤细胞对脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)和粪便标本进行病毒分离,对分离到的病毒株提取核糖核酸,再用逆转录-聚合酶链反应扩增CVB5 VP1区基因片段并进行序列测定,用DNA MAN和Bioedit等软件进行分析处理.结果 从浙江省2008年病毒性脑膜脑炎患者CSF和粪便标本中,分离到的5株CVB5,其VP1区的核苷酸长度均为735bp,未发现核苷酸插入与丢失.与浙江(Zhejiang,ZJ)/12/02株氨基酸同源性高为99.6%～100%,与法国等国外毒株的同源性为97.3%～99.6%,而与CVB5原型株的同源性只有96.3%.不同年份、不同地点分离的CVB5在进化树上显示在同一个分支上.结论 2008年引起浙江省病毒性脑膜脑炎的CVB5的VP1区变异较小,引起的病毒性脑膜脑炎在局部地区散发,未发生明显的流行.
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浙江省2009年无菌性脑膜炎病原柯萨奇病毒B组1型的VP1区基因特征分析
目的 分析浙江省2009年无菌性脑膜炎病原柯萨奇B组1型病毒(Coxsackie Virus Group B Type 1,CVB1)VP1区基因特征.方法 对疑似患者的脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)和粪便标本,采用人横纹肌肉瘤细胞和人喉癌上皮细胞进行病毒分离与中和试验( Neutralization Test,NT),对VP1区基因作逆转录-聚合酶链反应扩增及序列分析,并与国内外相关毒株进行同源性与系统进化比较.结果 从疑似患者CSF和粪便标本中分离到阳性分离物,经血清NT鉴定为CVB1.3株CVB1分离株的VP1区均为834个核苷酸,编码278个氨基酸,与浙江省2008年及山东省2006年的CVB1分离株高度同源,而与标准株(M16560-CONN5)、澳大利亚株、法国株及我国2005年之前的山东省分离株存在明显差异.基因进化树显示,浙江省2009年CVB1分离株[ZJ(Zbejiang,浙江)-19-09、ZJ-36-09和ZJ-27-09]位于独立的进化分枝.结论 引起浙江省2009年无菌性脑膜炎小范围流行的病原为CVB1,其VP1区与近年中国大陆的CVB1高度同源,存在着在中国大陆内CVB1循环的可能性.
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龙岩市手足口病病原体柯萨奇B5病毒基因特征分析
目的 了解龙岩市手足口病病原体柯萨奇B5病毒(Coxsackie virus B5,CVB5) VP1区基因特征及变异情况.方法 对2011年采自确诊手足口病患者的Real-time RT-PCR法检测肠道病毒通用引物阳性而肠道病毒71型(enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇病毒A16型(Coxsackie virus A 16,CVA16)阴性未分型样品,经RD细胞分离肠道病毒.从培养上清中提取RNA核酸,经RT-PCR法初步鉴定病毒型别.应用187/222引物对扩增病毒株的VP1区,回收产物经克隆、筛选后测序.采用ClustalX、Mega5.0进行核苷酸及氨基酸序列同源性分析和进化树构建. 结果 104份未分型样品中分离到3株CVB5.3株CVB5分离株VP1区长度为330～357个核苷酸,编码110～119个氨基酸.3株间的核苷酸同源性为97％～99％,氨基酸同源性为84％～99％.比较推导的氨基酸序列,FJLY2011126h株VP1与另外2株龙岩分离株相比有18个位点差异,核苷酸序列287～288位发生插入突变,第290、291、338、339位发生颠换,与2010年长春株JN695051的同源性高(核苷酸同源性95％～98％,氨基酸同源性84％～99％). 结论 2011年福建省龙岩市手足口病患者中存在CVB5感染,病毒与2005年法国株和国内山东、长春、昆明、浙江病毒株属同一型别.
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柯萨奇病毒A16型VP1区基因变异和进化分析
目的 分析2010~2011年本院分离的2株柯萨奇病毒A16(Cox16)VP1区核苷酸(氨基酸)变异和进化特征,探讨CoxA16基因变异与临床特征的相关性.方法 选取CoxA16所导致的手足口病患儿的咽拭子标本,采用RT-PCR法扩增其VP1区3'-端核苷酸序列(约400 bp),所得序列与近几年中国内地和1951~2010年世界范围流行的CoxA16分离株进行核苷酸序列比对,并分析VP1区氨基酸的变异.结果 本研究中2例患儿均有典型的手足口病表现:发热,双手、足红色皮疹和口腔黏膜散在的疱疹,其中分离出JN2011-B11的患儿有轻微肝功能损害.此2株CoxA16均属于B1b基因型,与2008年中国株(QH0549T)的同源性高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.0%和99.1%.近11年中国内地CoxA16 VP1区C-端氨基酸序列变异很小,仅在225、235和266三个位点出现.资料显示世界范围内2001年后的流行株以B1a和B1b为主.结论 近11年来,中国内地CoxA16毒株VP1区基因的变异程度较低,核苷酸变异率为4%~12.7%.本研究所分离的2株CoxA16毒株核苷酸和氨基酸同源性均较高,达97.7%和96.8%.该病毒基因变异与临床特征的相关性尚有待于进一步验证.
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深圳地区疱疹性咽峡炎疫情的柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析
目的 分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的VP1区遗传进化特征.方法 采用荧光定量反转录(RT)-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)、CVA4、CVA6和CVA10进行检测,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析.结果 在2起疫情中共鉴定出6株CVA4病毒,均为GIb基因亚型.其中的2014年深圳CVA4病毒株与2012年深圳CVA4病毒株核苷酸的同源性仅为94.1％(变异率达5.9％);氨基酸的同源性为98.3％,共发现5个氨基酸突变aa22N-S、aa34T-A、aa63N-S、aa165A-D、aa200T-A.进化分析表明,2012年深圳CVA4病毒株与山东省KF150144株进化关系近;而2014年深圳CVA4病毒株与吉林省JQ715709株的进化关系近.结论 2014年深圳CVA4病毒株和2012年病毒株的VP1区存在较大的核苷酸变异,基因内部走势明显不同.
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引起吉林省2011年手足口病流行的肠道病毒71型VP1区基因的特征
目的 分析引起吉林省2011年手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71 )VP1区基因的特征.方法 对2011年分离自吉林省8个市(州)HFMD病例的35株EV71分离株的VP1编码区基因进行RT-PCR扩增及序列测定,应用Bioedit和MEGA 4.0软件对VP1基因进行同源性和基因亲缘关系分析.结果 吉林省201 1年的35株EV71分离株均属于C4a基因亚型;其VP1区基因的核苷酸序列同源性在95.9％～100％之间,分属于3个进化枝,形成3个传播链,与2008年安徽阜阳株亲缘关系近,VP1区基因核苷酸序列同源性达97.6％～99.3％,与2007年的北京株和2003年的浙江株亲缘关系相对较远;2011年吉林省各市中,既存在3个EV71传播链共流行的市,同时监测到2个EV71传播链共流行的市,还发现3个只有单一EV71传播链的市,每个传播链均在5个市流行传播.结论 2011年在吉林省内,3个C4a基因亚型EV71的传播链同时循环传播引起HFMD的流行,未发现优势传播链.
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2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析
目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性.方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树.对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性(Mantel检测).结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染(咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41％和15.69％),其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 : 1和2.0 : 1.VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系(均有P＜0.05).结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点.
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湖北2013年部分柯萨奇A16型肠道病毒VP1基因分子特征分析
目的 全面研究和了解2013年湖北省柯萨奇A16型的VP1基因特征,分析CVA16型病毒在我省的基因型别及分子进化分析.方法 对2013年湖北省21株CVA16病毒流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析.结果 2013年湖北省21株CVA16型病毒流行株的VP1区核苷酸序列全长均为891 bp,VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为90.0％～100.0％和96.3％～100.0％.VP1区基因系统进化分析表明,湖北CVA16流行株主要位于ligeage1和3分支上,分属于B1a和B1b基因亚型.结论 2013年湖北省21株CVA16型流行株主要为B1b基因亚型,其次为B1a基因亚型,在同一地区有两种基因亚型的CVA 16病毒同时存在,在不同的地区存在同一种亚型的CVA16病毒.
关键词： 柯萨奇病毒CVA16型 VP1区 基因特征 -
湖北肠道病毒EV71型流行株VP1基因以及蛋白结构特征分析
目的 全面研究和了解2011年湖北省肠道病毒71型的VP1基因及蛋白结构特征,分析EV71型病毒在湖北省的基因型别,探讨该型病毒在全省的地理分布特征.方法 对2011年湖北省8个区市的20株EV71流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及系统进化分析,并对VP1蛋白序列的亲水性、柔韧性等二级和三级结构进行分析.结果 2011年湖北省EV71型流行株的基因亚型为C4a亚型,其VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性较高,分别为96.5%～98.7%和98.3%～100%.VP1蛋白特征分析发现该区主要免疫表位均没有发生变异且存在较多亲水性区域.二级结构以无规则卷曲为主,其次为β片层.蛋白质同源建模未发现不同毒株间VP1蛋白三级结构差别.结论 2011年湖北省EV71型流行株与我国其它地区的毒株有较高同源性,且存在一定的地理区域聚集性特征和遗传多样性特点.同时综合多种方法预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品和防治EV71感染提供理论基础.
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2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究
目的 全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨该型病毒在我省的地理分布特征及传播特征.方法 对2010年福建省9个设区市的50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析.结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891 bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4％～100％,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3％～100％,与2008年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性高,核苷酸序列同源性为97.1％～99.3％,氨基酸序列同源性为98.7％～100％;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型.结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异；福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析.
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福州市柯萨奇A6型流行情况及VP1区基因特征分析
目的 了解福州市柯萨奇病毒A6型(CoxA6)的流行情况及VP1区基因特征及种系进化分布.方法 采集临床诊断为手足口病患者的咽试子或肛拭子标本,通过real-time PCR法选取部分重症患者柯萨奇病毒A6型阳性标本,采用RD细胞分离病毒,RT-PCR扩增VP1基因片段并测序,利用DNAStar和Mega 5.1软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析并构建亲缘进化树.结果 检出的3 237份肠道病毒阳性样本中,肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)、CoxA6的阳性率分别为22.0％、14.4％、23.9％,不同肠道病毒阳性率差异有统计学意义(P＜0.05).福州市CVA6型分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3％～100％和97.4％～100％,与原型株CV-A6/Gdula的同源性分别为81.6％～83.5％和94.1％～95.7％.进化树的分析结果显示,福州市CoxA6分离株属于D基因型.结论 CoxA6是引起福州市手足口病的主要病原体之一,本次分离得到的CoxA6病毒株均属于D基因型.
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浙江省2002年2例柯萨奇B5病毒VP1区基因特性分析
目的:研究2002年浙江省病毒性脑膜脑炎病原CoxB5病毒VP1区的基因特征.方法:用Hep-2和RD两种细胞对患者脑脊液和粪便标本进行病毒分离,提取病毒RNA,再用RT-PCR扩增病毒VP1区基因片断,对纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNAMAN和Bioedit软件进行分析处理.结果:两株CoxB5病毒的VP1区核苷酸长度均为 849 bp,二者核苷酸同源性为 98.7%,氨基酸同源性达 100%.结论:浙江省两株CoxB5病毒为同一性状毒株,它们的亲缘关系与侵犯中枢神经系统的CoxB5的原型株AF-114383CoxB5(Swend-16-1998)为接近.但这两株CoxB5毒株与欧美国家相比,核苷酸同源性仅为 79.3%～81.5%,氨基酸同源性为 96.82～97.53%,核苷酸序列有了 18.5%～20.7% 的变异,与国外报道的CoxB5株之间存在一定的差异.这两株病毒与安徽明光市2001年从无菌性脑膜脑炎病人粪便中分离到的两株CoxB5病毒MG-18-2001和MG-39-2001在同一小分枝上,核苷酸同源性达 98.5%～98.9%,氨基酸同源性达 99.29%～99.65%.
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福州市手足口病病原构成及肠道病毒71型VP1基因特征分析
目的 探讨福州地区手足口病(HFMD)病原谱构成及肠道病毒71型(EV71)的基因特征.方法 采集临床诊断为手足口病患者的咽拭子或肛拭子标本1 235例,通过real-time PCR法确定所有标本的肠道病毒型别.获取EV71型分离株,并对VP1基因片段进行测序,利用DNAStar和Mega 5.1软件进行核苷酸、氨基酸同源性分析并构建系统发生树.结果 共检测出932份肠道病毒阳性标本,其中EV71、柯萨奇A16型(CoxA16)和其他肠道病毒的阳性率分别为34.5％ (426/1 235)、9.8％(121/1 235)、31.2％ (385/1 235).40株EV71型分离株的VP1基因核苷酸同源性为91.0％ ～100.0％,氨基酸同源性为95.0％～100.0％.40株病毒基因在系统发生树上与C4基因亚型为相近,属于C4a基因亚型.结论 EV71是引起福州地区手足口病流行的主要病原体,EV71型病毒株均属于C4a基因亚型,与同期中国大陆EV71参考株基因型相似.
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2012年-2014年深圳市罗湖区肠道病毒引发聚集性疫情流行病学和病原学分析
目的 了解深圳市罗湖区肠道病毒引发聚集性疫情的特点,为制定有效的防控措施提供科学依据.方法 收集2012-2014年辖区肠道病毒引发聚集性疫情相关信息,采用描述性流行病学方法进行统计分析,并收集疫情患者样本,通过real-time PCR进行肠道病毒病原学检测,同时对肠道病毒阳性样本VP1基因片段进行分析,比较进化关系.结果 2012-2014年辖区共报告肠道病毒引发的聚集性疫情35宗,占同期全部聚集性疫情的18.9％(35/185).聚集性疫情全部发生在托幼机构,多发生于3月-6月.35宗疫情中25宗实验室检测肠道病毒阳性,其致病病原体包括CoxA4(36.0％)、CoxA5(4.0％)、CoxA10(8.0％)、CoxA16(28.0％)、EV71 (24.0％).结论 托幼机构是肠道病毒相关疾病防控的重点场所,防控关键时期是每年3月-6月,辖区主要流行的肠道病毒为CoxA4、CoxA16和EV71.
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惠州市手足口病病原构成及肠道病毒71型VP1基因序列分析
目的 探讨引起本地区手足口病病原谱构成及其肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)的分子特征,为手足口病的综合防治提供科学依据.方法 采集501例临床表现为手足口病感染者的标本及其相关临床资料,通过real time RT-PCR方法确定肠道病毒型别,对EV71型分离株进行VP1片段测序,测序结果利用DNAStar软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega 5.0软件构建系统发生树.结果 通过real time RT-PCR特异性检测发现,EV71、Cox A16和其他肠道病毒的阳性率分别为56.69％ (284/501)、10.38％(52/501)、13.17％ (66/501).测序结果表明12株EV71分离株之间的VP1基因核苷酸同源性为97.9％～99.6％,氨基酸同源性为99.3％ ～ 100％.构建系统发生树表明,12株病毒基因与C基因型代表株与C4基因亚型为相近,并且可进一步划分为C4a进化枝.说明本研究的12株病毒皆属于EV71病毒C基因型、C4a亚型.结论 EV71和CoxA16是本地区手足口病的主要病原体,因此加强EV71和Cox A16的监测特别是EV71的检测,有助于更好地预防和控制手足口病.EV71型惠州分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全一致.
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2015-2016年湖南省手足口病CV-A6型肠道病毒VP1区基因特征及病毒亚型分析
目的 了解湖南省2015-2016年引起手足口病的CV-A6型肠道病毒病原学特征,为手足口病科学防控提供依据. 方法 对2015-2016年湖南省手足口病哨点医院和地市级疾控中心上送的其他肠道病毒阳性标本进行CV-A6核酸检测,选择有代表性的标本进行CV-A6 VP1区全长序列扩增和测序.运用Seqman和MEGA 5.2软件对获取序列与从GenBank下载的CV-A6 VP1区全长序列进行遗传进化分析. 结果 共对281份非EV-A71和非CV-A16肠道病毒阳性标本进行了CV-A6核酸检测,142份标本检测结果为CV-A6阳性,阳性率为50.53％,对不同地区和不同年份的有代表性的69份标本进行VP1区全长序列测定,60份测序成功,病毒型别均为CV-A6的D1亚型. 结论 湖南省存在引起手足口病的非EV-A71和非CV-A16的CV-A6肠道病毒感染,其基因型别为D1亚型,与我国其他地区流行的病毒亚型基本一致.
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广西大化县和周边地区Ⅰ型VDPVs的发现及研究
目的 对广西大化县疫苗相关的脊髓灰质炎病例(VAPP)进行病例个案调查,对疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(VDPV)进行跟踪监测,并对儿童人群进行免疫力评价.方法 粪便标本用RDa和L20B细胞进行脊髓灰质炎病毒分离和中和试验鉴定分型,然后进行VP1区序列测定.儿童血清分别用ELISA及中和试验检测脊髓灰质炎病毒抗体.结果 从10 050病例分离到Ⅰ型VDPV,VP1区变异率为1.4%;从周围6名健康儿童分离到6株VDPVs,VP1区变异率为1.6%～2.2%.周围儿童血清脊髓灰质炎病毒IgG阳性率为77.4%,Ⅱ型脊髓灰质炎病毒中和抗体活性显著高于Ⅰ、Ⅲ型.结论 VDPV发生在脊髓灰质炎疫苗免疫缺失儿童,VDPVs发生了短暂的循环.当地儿童Ⅰ、Ⅲ型脊髓灰质炎病毒血清中和抗体活性较低,应提高儿童OPV免疫覆盖率以防止VDPVs的潜在危害.
关键词： 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 疫苗相关脊髓灰质炎病例 VP1区 中和抗体 -
福州市柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析
目的 了解福州地区流行的柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的VP1区基因特征及种系进化分布.方法 采集临床诊断为手足口病患者的咽拭子或肛拭子样本,通过real-time PCR法确定样本的肠道病毒型别.选取部分CV-A10的临床样本,利用RD细胞进行病毒分离,RT-PCR扩增肠道病毒的VP1基因片段,并进行序列测定,利用DNAStar和MEGA 5.1软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析并构建亲缘进化树.结果 检测出的1 951份肠道病毒阳性样本中,肠道病毒71型(EV-A71)、柯萨奇病毒A16型(CV-A16)、CV-A10的阳性率分别为24.1％,16.7％,9.4％,不同肠道病毒阳性率差异有统计学意义.福州市CV-A10型各分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0％～99.9％和97.7％～100.0％,与CV-A10原型株(Kowalik株)的同源性分别为76.4％～76.7％和91.9％～93.3％.亲缘进化树的分析结果显示福州地区CV-A10分离株属于D亚型.结论 CV-A10是引起福州地区手足口病的常见病原体之一,本次分离到的CV-A10病毒株均属于D基因型.
