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2010-2015年广州地区手足口病Cox A6,Cox A4和Cox A10的病原监测和流行分析
目的 了解引起广州地区手足口病(HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)、A组4型(Cox A4)和A组10型(Cox A10)的分子流行病学特征.方法 对2010-2015年收集的HFMD病例标本进行荧光定量PCR检测,以Cox A6、Cox A4和Cox A10的VP1部分基因序列进行同源分析和构建系统发育树.运用统计学方法对不同肠道病毒引起的HFMD流行特征进行描述性分析.结果 从广州地区HFMD患儿的12 054份临床标本中检出8945份肠道病毒阳性,其中2174份为Cox A6(24.30％),144份为Cox A4(1.61％),155份为Cox A10阳性(1.73％).Cox A6和Cox A10的主要感染人群为1～2岁幼儿,Cox A4为3～4岁幼儿,男性病例多于女性.HFMD发病时间集中于的4-10月.广州市肠道病毒Cox A6、Cox A4和Cox A10流行株与国内其他地区的流行株亲缘关系接近.结论 广州地区引起HFMD流行的优势病毒株包括EV71、Cox A16和Cox A6 3种肠道病毒,并呈交替或共同流行状态.Cox A4和Cox A10也是重要的病原体.应加强肠道病毒流行趋势的长期监测及深入研究,以掌握HFMD流行的变化趋势.
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手足口病柯萨奇病毒A10和A6型的分子鉴定及其VP1区3′端序列分析
目的 鉴定手足口病患儿咽拭子病原体柯萨奇病毒A10(CVA10)和A6(CVA6),并对其VP1编码区3'端序列进行分析.方法 合成对肠道病毒VP1区3'端序列具有较高特异性的兼并引物040-011,RT-PCR方法测定其VP1区3'端基因序列,通过BLAST程序比对,鉴定病毒的基因型；与GenBank中其他已知病毒基因型序列进行同源性分析,构建遗传进化树.结果 38例非EV71非CVA16引起的手足口病患儿咽拭子,5例检测到CVA10,1例检测到CVA6.在进化关系上CVA10与D基因型为密切,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.7％～94.2％、91.7％～100％；CVA6与2003～2009年报告的部分毒株核苷酸同源性为86.8％～90.2％,其中与2008年台湾EU908148的毒株同源性高；氨基酸同源性为85.2％～89.0％.结论 兼并引物040-011对CVA10和CVA6有良好的基因扩增特异性；引起手足口病的肠道病毒除EV71和CVA16外,CVA10和CVA6也是重要的病原；鉴于2008年芬兰和2009年山东省文登市CVA10引起的手足口病暴发,应加强对手足口病病原的检测和分型,以了解柯萨奇病毒在手足口病中的位置,掌握其遗传进化特征.
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2013～2014年杭州地区手足口病柯萨奇病毒A6型和A10型VP1基因特征分析
目的 了解2013～2014年杭州地区手足口病病原谱的分布,并对其病原基因特征进行分析.方法 采集2013年3月至2014年4月手足口病患儿标本l 340例,提取病毒核酸,通过逆转录和PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型.对柯萨奇病毒A6型(CA-A6)和A10型(CA-A10) VP1全长序列进行同源性比对分析,并构建系统进化树.结果 1 340例手足口病患儿标本中,肠道病毒检出阳性率为81.43％(1 090/1 340).其中,CV-A6阳性率为41.04％,取代EV-71 (14.48％)成为杭州地区检出阳性率高的肠道病毒;CV-A10检出率(8.51％)也高于CV-A16(3.81％),列于第三位.同源性比对及系统进化分析显示,2013～ 2014年的25株CV-A6病毒核苷酸同源性为89.0％～99.7％,主要分布于G、H基因亚型;15株CV-A10病毒核苷酸同源性为95.3％ ～ 99.9％,分布于F、G基因亚型.结论 2013～ 2014年杭州地区儿童手足口病的主要病原体发生重大变化,CV-A6病毒成为主要病原,CV-A10病毒也存在潜在威胁,需加强对其他肠道病毒的持续监测和分子特征分析.
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龙岩市手足口病柯萨奇A10型病毒VP1区基因特征分析
目的 对从龙岩市手足口病患者分离的其他肠道病毒柯萨奇A10型进行分子鉴定,并对其VP1区序列进行基因特征分析.方法 肠道病毒通用阳性未分型咽拭标本,用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离,对分离株的VP1区进行扩增并测序.通过BLAST程序比对,鉴定病毒的血清型.与GenBank中其他已知基因亚型的核酸序列进行同源性分析,构建遗传进化树.结果 55份未分型标本中,2株鉴定为CVA10病毒株.VP1区片段核苷酸序列长度分别为289 bp和290 bp,编码96个氨基酸.遗传进化分析显示,2株CVA10毒株为D组基因亚型.第93个氨基酸位点发生变异,由异亮氨酸(Ⅰ)取代缬氨酸(V).结论 龙岩市手足口病原除EV71和CVA16外,还包含CVA10等.应加强对其他肠道病毒引发手足口病的监测,掌握其流行及病毒遗传进化特征,为防控提供科学依据.
关键词： 手足口病(HFMD) 柯萨奇病毒A10型 VP1 基因特征 -
2011年龙岩市手足口病例肠道病毒通用引物核酸阳性未分型样本病原分析
目的 了解龙岩市大量判定为其他肠道病毒(EV)感染的手足口病(HFMD)样本的病原组成.方法 对龙岩市2011年经Real-time RT-PCR检测判为未分型EV感染的104份HFMD咽拭子样本经RD细胞分离培养后以RT-PCR法检测EV、EV71、CoxA16,对仍不能分型的样本以187/222引物进行扩增,对扩增产物进行纯化回收、克隆、测序,并用Blast程序在线比对判定型别.同时对培养物进行Real-time RT-PCR检测EV、EV71、CoxA16.任一法检出培养物阳性即判为阳性.结果 104份样本中检出EV阳性88份(84.62％),包括29份EV71,4份EV71+CoxA16,3份CoxB5,2份CoxA10,50份仍未能分型.结论 Real-time RT-PCR检测未能分型的HFMD病例中,相当部分(37.18％)还是由EV71所致,临床不应该随意排除该类病例EV71感染的可能,同时还包含CoxB5和CoxA10病毒.
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一起由CVA10引起的手足口暴发疫情的病原分子特征分析
目的 了解2012年北京市某幼儿园手足口病暴发疫情的病原分子特征.方法 采集病例咽拭子标本,利用RD细胞和Hep-2细胞进行病毒分离.RT-PCR扩增肠道病毒VP1区基因序列,生物信息学方法鉴定基因型别并进行种系发生分析.结果 13例患者样本中有11件为非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CVA16)肠道病毒阳性,其中9例患者咽拭子鉴定为柯萨奇病毒A10型(CVA10),2例样本基因分型失败.9份咽拭子样本分离出7株CVA10毒株.VP1区基因序列分析表明:本起疫情分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.8％ ～ 100％,99.7％ ～ 100％.与2009年山东CVA10分离株VP1区核苷酸和氨基酸的同源性分别为94.8％ ～ 96.3％,98.3％ ～ 99.3％,与2010年法国CVA10分离株及CVA10原型株(Kowalik株)VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为72.6％ ～ 78.1％,91.1％ ～93.3％.结论 本起手足口暴发疫情由CVA10毒株引起.该毒株与山东2009年CVA10分离株亲缘关系较近.
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福州市柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析
目的 了解福州地区流行的柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的VP1区基因特征及种系进化分布.方法 采集临床诊断为手足口病患者的咽拭子或肛拭子样本,通过real-time PCR法确定样本的肠道病毒型别.选取部分CV-A10的临床样本,利用RD细胞进行病毒分离,RT-PCR扩增肠道病毒的VP1基因片段,并进行序列测定,利用DNAStar和MEGA 5.1软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析并构建亲缘进化树.结果 检测出的1 951份肠道病毒阳性样本中,肠道病毒71型(EV-A71)、柯萨奇病毒A16型(CV-A16)、CV-A10的阳性率分别为24.1％,16.7％,9.4％,不同肠道病毒阳性率差异有统计学意义.福州市CV-A10型各分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0％～99.9％和97.7％～100.0％,与CV-A10原型株(Kowalik株)的同源性分别为76.4％～76.7％和91.9％～93.3％.亲缘进化树的分析结果显示福州地区CV-A10分离株属于D亚型.结论 CV-A10是引起福州地区手足口病的常见病原体之一,本次分离到的CV-A10病毒株均属于D基因型.
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引起手足口病的柯萨奇病毒A10型云南分离株的VP1基因遗传特征分析
目的 分析云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿标本中柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)病毒VP1区基因特征.方法 采集2012-2014年云南省HFMD患者粪便和咽拭子标本,用细胞培养法分离病毒,提取病毒RNA,用RT-PCR法进行病毒VP1区基因序列测定,用基因分型方法鉴定病毒的血清型和基因型别.按文献选择CV-A10各基因型的代表株,用MEGA 5.0软件构建CV-A10基因进化树并分析核苷酸和氨基酸的同源性.结果 2012-2014年云南省共采集到21 761份HFMD病例的临床标本,对其中的2 578份标本进行病毒分离,共分离到608株病毒,其中17株为CV-A10.它们之间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)同源性分别为94.30％～100.00％和98.04％～ 100.00％,与原型株(Kowalik,AF081300)的nt和aa同源性为76.23％～ 76.71％和91.18％～92.65％.基因进化分析表明CV-A10云南分离株为C基因型,它们又分为两个进化分支.结论 CV-A10是除EV-A71和CV-A16外引起手足口病的重要病原之一,和国内报道一样,云南省流行的CV-A10为C基因型,2012-2014年有两个进化分支在云南共同流行.
