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2010-2015年广州地区手足口病Cox A6,Cox A4和Cox A10的病原监测和流行分析
目的 了解引起广州地区手足口病(HFMD)的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)、A组4型(Cox A4)和A组10型(Cox A10)的分子流行病学特征.方法 对2010-2015年收集的HFMD病例标本进行荧光定量PCR检测,以Cox A6、Cox A4和Cox A10的VP1部分基因序列进行同源分析和构建系统发育树.运用统计学方法对不同肠道病毒引起的HFMD流行特征进行描述性分析.结果 从广州地区HFMD患儿的12 054份临床标本中检出8945份肠道病毒阳性,其中2174份为Cox A6(24.30％),144份为Cox A4(1.61％),155份为Cox A10阳性(1.73％).Cox A6和Cox A10的主要感染人群为1～2岁幼儿,Cox A4为3～4岁幼儿,男性病例多于女性.HFMD发病时间集中于的4-10月.广州市肠道病毒Cox A6、Cox A4和Cox A10流行株与国内其他地区的流行株亲缘关系接近.结论 广州地区引起HFMD流行的优势病毒株包括EV71、Cox A16和Cox A6 3种肠道病毒,并呈交替或共同流行状态.Cox A4和Cox A10也是重要的病原体.应加强肠道病毒流行趋势的长期监测及深入研究,以掌握HFMD流行的变化趋势.
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手足口病患儿柯萨奇病毒A4的鉴定及其5'UTR-VP4-VP2区序列分析
目的 分析2009年北京市西城区手足口病患儿柯萨奇病毒A4 (CoxA4) 5'UTR VP4-VP2区进化特征,探讨其与国内外其他地区CoxA4分离株的关系.方法 提取病毒RNA,进行半巢式RT-PCR扩增肠道病毒(EV) 5'UTR-VP4-VP2区.通过测序和Blast比对确定EV型别；并对其进行序列和进化分析.结果 共鉴定出两株CoxA4,Genbank登录号为JQ429434和JQ429435.进化分析表明,CoxA4包括3个进化树分支:原型株AY421762位于独立的分支,其余CoxA4构成两个基因型(Ⅰ型和Ⅱ型),每个基因型包括两个亚型(A和B).在5' UTR-VP4-VP2区,两株CoxA4核苷酸序列同源性为96.00％；它们与原型株、基因Ⅰ型及Ⅱ型毒株序列同源性分别为87.00％～88.00％,85.00％～87.00％,92.00％～98.00％.两株CoxA4与其他中国株均位于基因Ⅱ型分支上.结论 北京市西城区CoxA4株与我国近年CoxA4流行株在5'UTR-VP4 VP2区具有较高的同源性,且进化关系密切.
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手足口病柯萨奇病毒A2、A4和A5型SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
目的 建立一种快速、灵敏、特异的SYBR GreenⅠ实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法,以期用于检测柯萨奇病毒A2、A4和A5型. 方法 根据3种病毒vp1基因保守序列设计特异性引物,建立并优化SYBR GreenⅠ rRT-PCR方法.分别构建3种病毒的vp1部分基因的重组质粒作为病毒的体外转录标准品,分别以100～109和102～105倍稀释的标准品、其他6种肠道病毒、两种呼吸道RNA病毒及以临床诊断为手足口病的临床标本为模板,经过优化SYBR Green Ⅰ rRT-PCR反应条件,建立标准曲线和溶解曲线对其灵敏度、重复性、特异性进行评价,分析其临床应用中的效果. 结果 成功建立了3种柯萨奇病毒的SYBR GreenⅠ荧光定量rRT-PCR方法及定量标准曲线,方法的灵敏度为101copies/μ1质粒标准品,变异系数均＜2％,与柯萨奇病毒A组6、10、16型,肠道病毒EV71型,诺如病毒,轮状病毒,麻疹病毒和乙型流感病毒均无交叉反应.检测84份手足口病临床标本,阳性率分别为36.9％ (CVA4)、8.33％ (CVA5)和7.14％ (CVA2),经测序验证符合率为100％. 结论 建立的检测柯萨奇病毒A2、A4和A5型的SYBR GreenⅠ rRT-PCR方法具有良好的灵敏度、重复性和特异性,可用于手足口病病原体的分型检测.
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四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型基因特征分析
目的 分析四川省德阳市柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)的基因特征.方法 对2014-2015年德阳市手足口病咽拭子标本进行病毒分离和核苷酸测序,VP1区序列与世界各地的CV-A4参考株序列构建进化树并分析基因特征.结果 德阳市5株CV-A4分离株之间,VP1区核苷酸序列一致性91.5％ ～ 96.8％(推导氨基酸序列一致性97.7％ ～ 99.3％);同CV-A4原型株(High Point)比较,核苷酸序列一致性≥84.0％(推导氨基酸序列一致性≥97.0％);进化树分析显示,德阳市CV-A4分离株均为G1B基因亚型,分别与云南、上海和浙江分离株有较近的亲缘关系.G1B基因亚型内的平均核苷酸遗传距离为10.4％.结论 德阳市CV-A4为G1B基因亚型,为中国大陆的优势基因亚型;VP1区核苷酸变异较大,形成不同的进化分支并在德阳市循环传播.
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2009-2015年青岛市手足口病病原中柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析
目的 阐明2009-2015年引起青岛市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原之一柯萨奇病毒A4型(CV-A4) VP1编码区的基因特征.方法 用荧光RT-PCR法对青岛市2009-2015年HFMD患者的咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16 (CV-A16)型和肠道病毒71 (EV-A71)型检测,以半巢式反转录PCR扩增非EV-A71,非CV-A16型肠道病毒VP1区部分基因序列,结合序列分析鉴定CV-A4血清型.对全部CV-A4阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定.用MEGA 5.0软件进行遗传进化及分子特征分析.结果 青岛市2009-2015年7 967份HFMD患者的咽拭子标本中共分离到CV-A4 39株,分别占各年度肠道病毒总构成比的0.18％ (1/541)、0.21％ (2/944)、0.29％ (2/681)、1.37％ (4/292)、2.25％ (12/534)、0.75％ (7/928)和1.86％ (11/591).遗传进化分析显示,94.87％ (37/39)的青岛地区CV-A4分离株位于C2b亚型,5.13％ (2/39)位于C1亚型;青岛C2b亚型病毒株VP1区核苷酸一致性为90.7％～ 100.0％,氨基酸一致性为96.9％～100.0％.结论 CV-A4不是引起HFMD的优势病原,C2b亚型毒株是青岛市CV-A4的优势流行株,同时伴有C1亚型毒株的流行.
