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2009年云南省柯萨奇病毒B5分离株A210/KM/09全基因序列分析
目的 分析柯萨奇病毒B5(CVB5)云南分离株A210/KM/09全基因序列及其遗传特性.方法 设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列.结果 CVB5 A210/KM/09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210/KM/09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5/CC10/10同源性高,其同源性分别为92.5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954/85/US、2000/CSF/KOR、03001N、CoxB5/Henan/2010、CVB5/SD/09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1％ ～ 92.5％和95.0％～ 97.3％;A210/KM/09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％ ～ 96.3％和85.3％～100.0％,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性低.基于CVB5全长VP1基因序列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型,D基因型可再分为D1～D4基因亚型.中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在D1、C2亚型.结论 A210/KM/09分离株为C4基因型.
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2014年山东省1株柯萨奇病毒B5分离株全基因序列分析
肠道病毒属于小RNA病毒科(picornaviridae)、肠道病毒属(enterovirus,EV).基于肠道病毒衣壳蛋白VP1序列,将人EV分为4个组:HEV-A、HEV-B、HEV-C和HEV-D,其中HEV-B包括所有的ECHO病毒、柯萨奇病毒(coxsackievirus, CV)B组(CVB)、CVA9、EV69以及近几年发现的一些新型别.目前,柯萨奇病毒B组有B1~B6血清型.
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浙江省2008年病毒性脑膜脑炎病原柯萨奇B组5型病毒VP1区基因变异分析
目的 研究浙江省2008年病毒性脑膜脑炎中分离到的柯萨奇B组5型病毒(Coxsackie Virus B5,CVB5)VP1区的基因特征,并与其他国家的分离株和CVB5原型株进行比较,探讨病毒VP1区的变异与病毒性脑膜脑炎流行的关系.方法 用人喉癌上皮细胞和人横纹肌肉瘤细胞对脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)和粪便标本进行病毒分离,对分离到的病毒株提取核糖核酸,再用逆转录-聚合酶链反应扩增CVB5 VP1区基因片段并进行序列测定,用DNA MAN和Bioedit等软件进行分析处理.结果 从浙江省2008年病毒性脑膜脑炎患者CSF和粪便标本中,分离到的5株CVB5,其VP1区的核苷酸长度均为735bp,未发现核苷酸插入与丢失.与浙江(Zhejiang,ZJ)/12/02株氨基酸同源性高为99.6%～100%,与法国等国外毒株的同源性为97.3%～99.6%,而与CVB5原型株的同源性只有96.3%.不同年份、不同地点分离的CVB5在进化树上显示在同一个分支上.结论 2008年引起浙江省病毒性脑膜脑炎的CVB5的VP1区变异较小,引起的病毒性脑膜脑炎在局部地区散发,未发生明显的流行.
