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2009年云南省柯萨奇病毒B5分离株A210/KM/09全基因序列分析
目的 分析柯萨奇病毒B5(CVB5)云南分离株A210/KM/09全基因序列及其遗传特性.方法 设计针对CVB5引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列,利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列.结果 CVB5 A210/KM/09全基因组核苷酸序列长度为7 372 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210/KM/09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5/CC10/10同源性高,其同源性分别为92.5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954/85/US、2000/CSF/KOR、03001N、CoxB5/Henan/2010、CVB5/SD/09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80.1％ ～ 92.5％和95.0％～ 97.3％;A210/KM/09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％ ～ 96.3％和85.3％～100.0％,其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性低.基于CVB5全长VP1基因序列进行种系进化分析,可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型,其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型,D基因型可再分为D1～D4基因亚型.中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型,国外流行株主要聚集在D1、C2亚型.结论 A210/KM/09分离株为C4基因型.
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柯萨奇病毒 B3 KM06／2009株全基因组测序及其序列分析
目的：分析柯萨奇病毒B3（ CVB3） KM06/2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega 4.1、RDP3和SimPlot3.5.1等软件分析全基因序列。结果 CVB3 KM06/2009病毒株全基因组全长7401 bp个核苷酸（nt），5′端和3′端分别为743 nt和100 nt的非编码区，5′和3′非编码区间为一个6558 nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank 库中CVB3 Nancy 原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81.4％，氨基酸同源性为95.7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3 GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80.7％，氨基酸同源性为96.4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98.1％、89.7％和88.4％，氨基酸同源性分别为99.4％、98.1％和98.1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。 CVB3心肌毒力相关区域5′非编码区颈环结构Ⅱ RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3 KM06/2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06/2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。
