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陕西省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒A组4型的基因特征
阐明从陕西省2006～2010年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中分离的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4) VP1编码区的基因特征,探索其在我国流行的优势基因型及其与AFP病例之间的关系.本研究通过逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)对连续5年从AFP病例中分离的68株非脊灰肠道病毒(non-polio enteroviruses,NPEVs)进行分子定型,其中7株鉴定为CV-A4 (7/68,10.3％);使用特异性引物扩增CV-A4 VP1编码区并进行核苷酸序列测定分析和基因进化分析,将CV-A4划分为A(基因组1)、B(基因组2)和C三个基因型,其中C基因型又划分为C1(基因组3)和C2(基因组4)两个基因亚型.中国分离的CV-A4均位于第4基因组,属于C2基因亚型,提示其可能为中国大陆CV-A4的优势基因亚型;7株陕西CV-A4毒株依据分离年代的不同位于不同的三个小进化分支里,且和来自山东和吉林两省的邻近年份的CV-A4毒株位于同一小分支,提示7株陕西CV-A4分离株和它们存在共同进化和共循环.在无脊髓灰质炎时代应进一步加强监测CV-A4在AFP病例NPEV所占的比例和动态变化.
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吉林省急性弛缓性麻痹病例和健康人群中柯萨奇病毒A组4型的基因特征分析
目的 了解吉林省2006年和2008年急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例和健康人群中分离到的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus Group A Type 4,CVA4)的基因特征,探索特定血清型肠道病毒(Enterovirus,EV)与AFP病例之间的关系.方法 从75例AFP病例和60例边境地区健康人群中采集原始粪便标本,使用人横纹肌肉瘤(Human Rhabdomyosarcoma,RD)细胞和人喉癌(Human Laryngeal Carcinoma,Hep-2)上皮细胞进行病毒分离,阳性标本用EV组合血清进行中和试验鉴定血清型,未能定型的标本用EV VP4-VP2蛋白编码区引物通过逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)进行扩增,扩增阳性标本通过基因序列分析鉴定血清型.从中挑选CVA4扩增全长VP1编码区片段并进行核苷酸序列测定和分析,测序结果利用Bioedit软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析,用Mega软件建立基因进化树,进行基因亲缘关系分析.结果 使用RD细胞从AFP病例粪便标本中分离到5株CVA4,从健康人群粪便标本中分离到4株CVA4.这9株病毒用EV组合血清均无法定型,经过VP4-VP2测序的方法鉴定为CVA4.9株病毒VP1编码区的核苷酸和氨基酸同源性分别为88.3％～100％和98％～100％,与CVA4原型株CVA4/High Point(海波因特)/USA(美国)/1950的核苷酸和氨基酸同源性分别为83.3％～85.6％和97.7％～98.6％.其中4株来自AFP病例的病毒具有高度的基因同源性(99.6％～100％),这4株病毒与来自健康人群的病毒比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为88.3％～88.9％和98.0％～98.6％.在基因进化树上显示,这4株来自AFP病例的CVA4构成一个独立的分支.结论 基因进化分析表明,4株来自AFP病例的毒株VP1编码区的基因特征,与来自健康人群的毒株的基因特征显著不同.
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从手足口病病例分离的两株柯萨奇病毒A组4型毒株的VP4～VP2区基因特征分析
目的 研究2008年甘肃省从手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD)患儿分离的柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的VP4～VP2区特征.方法 采集门诊就诊的两例HFMD患儿的临床标本,接种人横纹肌肉瘤细胞(Human Rhabdomyosarcoma,RD细胞)分离病毒,然后对阳性病毒分离物使用逆转录-聚合酶链反应法扩增病毒VP4～VP2区,并进行核苷酸序列测定和分析,通过生物信息学的方法进行分子定型,后与其它16株基因数据库中登录的CVA4株构建亲缘进化树图.结果 使用RD细胞成功地从两例HFMD患儿的临床标本中分离到病毒,分子定型鉴定为CVA4.2株CVA4在VP4～VP2区核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为100%;与CVA4原型株High Point/USA/1948株的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.5%～85.8%和99.3%.在亲缘进化树图中显示,2株CVA4分离株位于独立的进化支中.结论 与基因数据库中登录的在日本、蒙古分离的CVA4株相比,从甘肃省2008年HFMD病例分离的两株CVA4,在VP4～VP2区核苷酸序列上差异很大.同源进化分析结果表明,甘肃省CVA4属于独立的进化支.
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深圳地区疱疹性咽峡炎疫情的柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析
目的 分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的VP1区遗传进化特征.方法 采用荧光定量反转录(RT)-PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)、CVA4、CVA6和CVA10进行检测,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析.结果 在2起疫情中共鉴定出6株CVA4病毒,均为GIb基因亚型.其中的2014年深圳CVA4病毒株与2012年深圳CVA4病毒株核苷酸的同源性仅为94.1％(变异率达5.9％);氨基酸的同源性为98.3％,共发现5个氨基酸突变aa22N-S、aa34T-A、aa63N-S、aa165A-D、aa200T-A.进化分析表明,2012年深圳CVA4病毒株与山东省KF150144株进化关系近;而2014年深圳CVA4病毒株与吉林省JQ715709株的进化关系近.结论 2014年深圳CVA4病毒株和2012年病毒株的VP1区存在较大的核苷酸变异,基因内部走势明显不同.
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中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
目的 分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律.方法 利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性.结果 纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F.与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9％～84.1％和92.5％～98.7％,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6％～100.0％和91.5％～100.0％.结论 针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病.
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深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
目的 对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(CVA4)的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析.方法 采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RT-PCR法检测样本总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVAl6)、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析.结果 引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒.同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株(AB268278)、以及台湾2008年分离株(AB571570)核苷酸同源性达94.1％～94.8％,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性低,为84.3％.在氨基酸序列上与台湾2006年分离株(AB571563)、吉林2006年分离株(JQ715709)同源性高,达99.3％;而与山东省2006年分离株(GQ253375)同源性低,为97.1％.相比深圳2009年分离株(HQ728260),共有6个氨基酸突变位点:N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株.结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大.
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引起深圳市一起疱疹性咽峡炎暴发的柯萨奇A4病毒的鉴定及其VP1区序列分析
目的 鉴定引起2012年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎暴发的病原体,并对鉴定的柯萨奇A4病毒(coxsackie virus A4,CVA4)的VP1基因进行全长的序列测定和遗传进化特征分析.方法 采集罗湖区某幼儿园疱疹性咽峡炎暴发期间患儿的4份咽拭子样本和1份粪便标本,采用荧光RT-PCR法鉴定CVA4病毒,对阳性样本采用RT-PCR方法扩增CVA4病毒VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和系统进化分析.结果 病原学检测结果显示,引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为CVA4病毒.同源性分析显示,引起深圳疱疹性咽峡炎的CVA4病毒SZ-SK12030005、SZ-SK12030007与山东省2010株(KF150144)进化关系近,核苷酸和氨基酸同源性分别为96.4％和99.5％;与2006年吉林株(JQ715708)的同源性低,核苷酸和氨基酸同源性分别为87.9％和96.6％.VP1区亲缘进化树显示CVA4-SZ-SK12030005和CVA4-SZ-SK12030007属于GⅠB亚型.结论 GⅠB型CVA4病毒是引起此次深圳市疱疹性咽峡炎疫情的病原体.
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柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析
目的 对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4) VP1区基因特征进行分析.方法 对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析.结果 云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B).与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型.结论 除CV-A4病毒的原型株High Point (AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主.不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广.
