对福建省宁化林区鼠蜱类中斑点热群立克次体的检测

目的了解福建省宁化林区斑点热自然疫源地存在情况.方法用聚合酶链反应对该林区鼠、蜱类中感染斑点热群立克次体(SFGR)进行扩增.用限制性酶切片段长度多态分析(RFLP)法对分离株NH-97进行鉴定,并同已知的西伯利亚立克次体等国际标准株进行比较.结果从越原血蜱、金泽革蜱、微小牛蜱中扩增出SFGR特异的DNA片段,NH-97分离株的聚合酶链反应产物经PstI和RsaI酶切后发现它们的酶切图谱与西伯利亚立克次体246国际标准株相同.从社鼠、黄胸鼠脏器中扩增出康氏立克次体DNA片段.由不同来源批次的越原血蜱中扩增出近缘于日本立克体DNA片段和相关序列提示:可能是斑点热群立克次体新成员.结论福建宁化林区除存在西伯利亚立克次体外,还可能存在康氏立克次体、日本立克次体等多种斑点热群立克次体的疫源地.

细胞色素P450 2E1基因Rsa Ⅰ/Pst Ⅰ位点多态性与中国人肺癌易感性关系的Meta分析

肺癌是一种由环境与遗传因素相互作用引起的多因素疾病[1].暴露相同的环境因素,其结局不尽相同,说明不同个体对环境致癌物具有不同的易感性.代谢酶的多态性影响个体对肺癌的易感性,有报道称细胞色素P450 2E1(CYP 2E1)基因CYP2E1 Rsa Ⅰ/Pst Ⅰ变异对中国人肺癌发生起保护作用,携带c1/c2或c2/c2的个体发生肺癌的危险性与c1/c1个体相比明显降低[2-4].

多环芳烃相关代谢酶基因多态性与早产易感性的研究进展

早产的危险因素和潜在生物学机制较为复杂,大多数病例的发生受环境和遗传因素的共同影响.因此,在对早产影响因素的研究过程中,个体的遗传易感性是不可忽视的一个重要方面.基因多态性决定了个体对环境毒素的代谢能力,从而直接影响到毒物对机体毒性作用的大小.代谢酶基因多态性的检测,可能对早产发生机制的研究、发生风险的预测及预防措施的制定等方面具有一定的意义.近年来研究表明,多环芳烃暴露是早产发生的重要环境因素.细胞色素P450(CYP450s)和谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)是体内多环芳烃及许多其他外源性物质代谢的主要代谢酶系,其中CYP1A1、CYP2E1、GSTM1、GSTT1、GSTT2基因的基因多态性可能与早产风险有关.本文就上述代谢酶基因多态性与早产关系的研究进展进行综述.

MDM2基因启动子区309位点的多态性可抑制p53抑癌通路和加速肿瘤形成

Notch信号通路相关基因多态性与肺癌易感性的关联研究

目的 分析Notch信号通路相关基因单核苷酸多态性(SNP)与肺癌易感性的关系.方法 采用以医院为基础的病例-对照设计,选择2006年1月至2012年12月收集在福建、南京三所医院中,经组织病理学诊断的新发原发性肺癌患者1121例;选取同期在医院其他科室的健康探视人群(排除肿瘤患者及其直系亲属和慢性病住院患者)和社区健康人群1121名,采用统一的调查表收集研究对象基本信息.应用基质辅助激光解析电离时间飞行质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测9个SNP位点(Notch3 rs3815188、Notch4 rs915894、Notch4 rs520692、DLL1 rs1033583、JAG1 rs8708、JAG2 rs9972231、HEY1 rs1046472、HEY2 rs3734637、HES2 rs11364)的基因分型.采用χ2检验、非条件logistic回归模型分析各SNP位点多态性与肺癌的关联.结果 病例组和对照组的年龄分别为(58.70±10.73)、(58.98±10.85)岁.与HEY1 rs1046472 CC型基因型者相比,AC基因型携带者患肺癌OR=0.80,95% CI:0.66~0.97;与CC型相比,AC+AA基因型携带者患肺癌风险OR=0.81,95% CI:0.67~0.98.与携带HEY2 rs3734637 AA相比,AC基因型发生肺癌的OR=0.82,95% CI:0.67~0.99.分层分析中,Notch3 rs3815188、DLL1 rs1033583、JAG1 rs8708、JAG2 rs9972231、HEY1 rs1046472、HEY2 rs3734637、HES2 rs11364与肺癌发病风险存在关联(P值分别为0.041、0.030、0.043、0.003、0.004、0.026、0.038).logistic回归模型相乘交互作用发现,JAG1 rs8708与肿瘤家族史、JAG2 rs9972231与BMI存在交互作用,OR值分别为2.07(95% CI:1.21~3.52)、1.73(95% CI:1.21~2.47).结论 Notch3 rs3815188、DLL1 rs1033583、JAG1 rs8708、JAG2 rs9972231、HEY1 rs1046472、HEY2 rs3734637及HES2 rs11364均与肺癌的易感性相关.

佛山顺德区居民IL6及IL10单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性的关联分析

目的 分析广东顺德地区居民IL6及IL10单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性的关联.方法 选择2010年10月至2012年10月就诊于佛山顺德区两家医院患者.病例组纳入标准:原发性肝癌;顺德本地居民或在顺德当地居住10年及以上.对照组纳入标准:与病例组患者同期在同院于耳鼻喉科、普外科和体检科就诊的病例;顺德本地居民或在顺德当地居住10年及以上;依据病例组患者的性别、诊断时年龄(±3岁)进行1:1匹配.共收集病例和对照组对象各306例.采用问卷对患者进行调查,内容包括:人口学特征、原发性肝癌状况调查等.并采集静脉血后提取DNA,选择SNP位点并检测基因型.采用拟合优度χ2检验验证对照组人群基因型分布是否存在Hardy-Weinberg平衡;采用多因素条件logistic回归模型分析rs1800796、rs1800871和rs1800872位点基因多态性与原发性肝癌遗传易感性的关系.结果 病例组和对照组的男性均为264例,女性均为42例,年龄分别为(55.84±11.49)和(55.83±11.67)岁.对照组的IL6(rs1800796)、IL10(rs1800871)和IL10(rs1800872)基因型频率符合Hardy-Weinberg平衡(P值均>0.05),即研究人群具有代表性.调整吸烟史,进食鱼生史,饮酒史,慢性乙肝感染和肝癌家族史等因素后,与携带IL10(rs1800872)位点AA基因型相比,携带CC基因型的个体患肝癌的风险增加2.02倍(OR=3.02,95%CI:1.21~7.56);与携带AA+AC基因型相比,携带CC基因型的个体罹患肝癌风险增加1.89倍(OR=2.89,95%CI:1.19~7.04).IL6(rs1800796)单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性的关联无统计学意义(P>0.05).结论 携带IL10(rs1800872)CC基因型个体罹患原发性肝癌风险增加.

中国汉族人群PPARγ2基因Pro12Ala多态性与2型糖尿病关联的Meta分析

目的 探讨中国汉族人群过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(peroxisome proliferatoractivated receptor-γ2,PPARγ2)基因Pro12 Ala多态性与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)易感性的关联.方法 系统检索PubMed、中国生物医学文献数据库、中国期刊全文数据库及万方数据库文献,检索时间范围为1990年1月至2011年6月,收集关于中国汉族人群PPARγ2基因Pro12Ala多态性与T2DM易感性关联研究的所有文献,共检索到29篇文献,对各研究结果进行异质性检验和效应值合并,同时进行敏感性分析.结果 共纳入21篇文献,累计T2DM患者3870例,对照3333名.总体研究人群中T2DM组和对照组合并的Ala等位基因频率分别为4.13％(320/7740)、4.56％(304/6666);纳入的各研究结果间同质性较好(x2=25.96,P=0.17).T2DM组与对照组(PA+AA)/PP基因型频率合并OR(95％CI)值为0.96(0.81～1.14)(P=0.64).剔除大的权重研究文献及较大Ala等位基因频率研究文献后,同质性较好(x2值分别为24 23、16.87,P值均＞0.05)；OR(95％CI)值分别为1.01(0.84～1.21)和1.07(0.89 ～ 1.28),P值均＞0.05.结论 PPARγ2基因Pro12Ala多态性与我国汉族人群T2DM易感性无关联.

高维肺癌病例-对照研究资料的随机森林降维分析

目的 探讨随机森林算法在肺癌高维病例-对照资料分析中的应用效果.方法 选取500例医院来源肺癌患者作为病例组,以517名社区来源对照人群作为对照组,每名研究对象均常规采集静脉抗凝血5 ml,位点基因型通过GoldenGate定制芯片平台分型,经筛选获得399个SNP位点,先利用随机森林算法进行降维,再用传统的logistic回归对降维后的变量进行分析,并采用受试者工作特征曲线(ROC)曲线下面积(AUC)分析多个SNP位点与肺癌的遗传易感性.结果 经随机森林算法筛得50个平均重要性得分高且错误率低的变量,其中环境变量(吸烟、年龄分组、性别)的重要性得分均位于前20,分别为4.05、3.12、1.16;在调整3个环境变量后,经阳性结果错误率(FDR)法进行多重性校正,结果仍有统计学意义的SNP位点有6个(FDR-P＜0.05),而如果直接采用传统logistic回归分析,则无法发现有统计学意义的SNP位点.对于2个ROC曲线(分别为只包含环境变量模型ROC曲线、包含环境变量和SNP位点模型的ROC曲线)AUC(分别为0.6491±0.0172、0.6811±0.0166)的似然比检验结果表明,6个SNP位点与肺癌的关联性有统计学意义(X2=43.82,p=3.6×10-11).结论 利用随机森林算法先剔除高维数据的噪声位点,再利用logistic回归分析,可提高检验效能,优于直接利用logistic回归分析.

补肾活血化痰法治疗多囊卵巢综合征20例临床观察

多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)是多因性发病、临床表现多态性的内分泌失调综合征.以月经失调、排卵障碍、雄激素过多、高胰岛素和胰岛素抵抗为主要特征.临床主要表现为月经稀发或闭经、不孕、多毛、痤疮、肥胖、黑棘皮症等,育龄妇女发病率为5%～10%~([1]).本研究从中医整体观念出发,采用补肾活血化痰法治疗本病20例,取得较好疗效,现总结如下.

川白芷种质的RAPD遗传标记研究

目的:对川白芷生长过程中不同形态的4个类群及杭白芷进行基因组DNA多态性分析,试图从分子水平为其栽培及种质鉴定提供依据.方法:以40个10碱基随机引物进行RAPD分析.结果:共扩增出314个条带,其中多态性条带96条,占31%.结论:川白芷叶柄颜色的不同与是否抽薹无明显的相关性,而产地的差异对遗传变异的影响大于因其叶柄颜色不同所造成的影响.

川贝母转录组中SSR位点信息分析

目的:通过分析川贝母转录组简单重复序列标记(SSR)信息,为其分子标记辅助育种及种质资源保护提供技术支撑.方法:采用Illumina HiSeq2000技术平台对川贝母鳞茎及叶片进行高通量测序,采用MISA对Unigene进行SSR位点分析.结果:从转录组得到44 973条,Unigene中共检测到3 817个SSR位点,分布于3 367条Unigene序列中,出现频率为8.49％,平均每10.37 kb序列出现1个SSR位点.其中重复类型多的为三核苷酸和二核苷酸,所占比分别为56.51％和27.06％.三核苷酸重复基序CCG/CGG所占比率大,其次为二核苷酸重复基序AG/CT.6种SSR重复类型的重复次数主要集中于4～12次,24.55％ SSR的序列长度＞20 bp.结论:川贝母SSR位点出现频率较高,类型丰富,多态性较高,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建及分子辅助育种提供了丰富的候选分子标记.

TGF-β1基因多态性与类风湿关节炎肺间质病变及中医证候的关联性研究

目的:探讨转化生长因子-β1 (TGF-β 1)基因单核苷酸多态性(SNP)与类风湿关节炎肺间质病变(RA-ILD)发病及中医证侯的关联.方法:收集符合纳入标准的RA-ILD患者共280例,同时选取在性别、年龄方面匹配的352例健康人群作为正常对照组.采用Sequenom基因分型实验技术对TGF-β1基因的2个SNPs位点rs10417924、rs4803455分型,并对基因型和等位基因与中医证侯之间的关联进行分析.结果:在位点rs10417924,RA-ILD组CT基因型频率和T等位基因频率显著高于正常对照组(P=0.000,P=0.006);在rs4803455,RA-ILD组AC基因型频率和A等位基因频率显著低于正常对照组(P=0.000,P=0.013).证候方面:在rs10417924,肺肾气阴两虚证病例组CT基因型频率和T等位基因频率显著低于非肺肾气阴两虚证组(P=0.021,P=0.041).在rs4803455,肺肾气虚证病例组AC基因型频率显著高于非肺肾气虚证组(P=0.008),肺脾气虚证病例组A等位基因频率显著低于非肺脾气虚证组(P=0.045),肾阳虚证病例组AC基因型频率显著低于非肾阳虚证组(P=0.037).结论:TGF-β 1基因SNPs位点rs10417924可能是RA-ILD的风险位点,而rs4803455可能具有保护性作用.rs10417924可能与RA-ILD肺肾气阴两虚证相关,rs4803455可能与肺肾气虚证、肺脾气虚证和肾阳虚证相关.

中医肝证情绪测量及与5-羟色胺转运体基因多态性相关的研究

目的:探讨4种中医肝病证候情绪特征及与5-羟色胺转运体(5-HTT)基因多态性的相关性.方法:采用Beck焦虑量表、Beck抑郁量表对203例肝气郁结证、肝火上炎证、肝气虚证、肝阳上亢证患者及90例健康人对照进行情绪测量.运用多聚酶链式反应技术(PCR)检测5-HTT启动子区(5-HTTLPR)基因多态性在4种中医证型中的分布频率,并与健康人对照组比较.结果:4种中医肝证患者Beck焦虑量表、Beck抑郁量表测值积分均显著高于健康人对照组(P＜0.01);Beck焦虑量表测值肝火上炎证显著高于肝气郁结证和肝气虚证(P＜0.01);Beck抑郁量表测值肝气郁结证和肝气虚证显著高于肝阳上亢证组(P＜0.01,P＜0.05).肝火上炎证、肝阳上亢证患者5-HTTLPR SS基因型频率显著高于健康人对照组(P＜0.05,P＜0.05);肝火上炎证患者S等位基因频率亦显著高于健康人对照组(P＜0.01).结论:5-HTTLPR多态性SS型个体可能是肝火上炎证和肝阳上亢证的易感人群,且该人群具有明显的焦虑情绪特征.

肝气郁结证、肝火上炎证与5-HTT、TPH基因多态性相关研究

目的:探讨肝气郁结证、肝火上炎证与五羟色胺转运体(5-HTT)、色氨酸羟化酶(TPH)基因三种多态性的相关性.方法:运用多聚酶链式反应技术(PCR)检测50例肝气郁结证、50例肝火上炎证患者与90例健康对照者三种基因多态性的分布频率.结果:肝火上炎证患者5-HTT启动子区多态性(5-HTTLPR)的SS(short/short)基因型和S(short)等位基因频率分别为72%和85%,健康对照者SS基因型和S等位基因频率分别为49%和71%,两组之间比较差异有显著性(P＜0.05).肝气郁结证患者5-HTTLPR的SS基因型和S等位基因频率分别为58%和74%,与健康组比较差异无显著性.5-HTT内含子2可变数串联重复序列(VNTR)多态性和TPH基因A218C多态性各基因型和等位基因频率在肝气郁结证、肝火上炎证患者组与健康人组中均差异无显著性(P＞0.05).结论:5-HTTLPR多态性SS型个体可能是肝火上炎证的易感人群.

G蛋白β3亚单位基因多态性与胸痹心痛患者情志因素的关联性分析

目的 了解G蛋白β 3亚单位(GNB3)基因多态性与胸痹心痛患者情志的关系.方法 用聚合酶链反应和限制性片段内切酶的方法检测27例胸痹心痛伴抑郁患者、40例胸痹心痛不伴抑郁患者及20例健康对照组的GNB3基因C825T多态性,用Zung量表评定抑郁.结果 胸痹心痛抑郁发生率显著高于正常对照组(P＜0.05),胸痹心痛抑郁组的GNB3基因825TT基因型及T等位基因频率高于胸痹心痛不抑郁组,差异有显著性(P＜0.05或P＜0.01).结论 GNB3基因多态性与胸痹心痛情志有一定的关联,尤其是GNB3 825T等位基因在胸痹心痛抑郁情志的发生中可能起重要作用.

灯盏花转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究

目的:通过对灯盏花转录组中SSR位点信息的分析,设计SSR引物,为开发新的SSR标记奠定了基础.方法:利用MISA工具筛选灯盏花转录组测序获得的52 060条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;Primer3设计SSR引物,随机选取36对引物对13株采自不同地方的灯盏花进行多态性扩增分析.结果:灯盏花转录组搜索到3 639个SSR位点,分布于3 260条unigenes上,SSR位点出现频率是6.99％.其中,二核苷酸重复是主要的类型,占总SSR的34.41％,其次是单核苷酸和三核苷酸重复基元,分别占总SSR的31.41％,30.04％.二核苷酸重复基元中以AT/AT和AC/GT为优势重复基元,占总SSRs的28.71％,三核苷酸重复基元以AAT/ATT为主,占7.94％.随机选取36对引物进行PCR扩增,其中34对(94.44％)扩增出清晰、可重复的条带,19对(52.78％)表现出多态性差异.利用UPGMA作图,将13个材料分为2类.结论:灯盏花转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记.

虎耳草属植物SSR分子标记的开发及应用

为了开发虎耳草属基因组SSR分子标记,该研究基于Illumina MiSeq高通量测序平台对虎耳草属植物混合样本进行基因组测序,利用MISA程序识别和定位SSR位点,利用Primer 3软件对搜索到的SSR位点两端设计引物.随机合成120对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对25种虎耳草属植物基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析.结果显示,在测序拼接后获得的1881979条序列中,共搜索到587256个SSR.针对2～6个核苷酸为重复基元的SSR位点设计引物,经过逐级筛选,获得17对多态性高、容易扩增的引物,在25种虎耳草属样品中共扩增出2687个多态性条带,每对引物扩增的多态性条带平均为158个,通用率为88.0％ ～100％.利用开发的SSR标记对虎耳草属25种植物进行聚类分析,物种间关系与根据传统形态学特征分类的结果存在差异.本研究为虎耳草属植物分类学关系提供了分子证据,所开发的SSR引物具有较高的种间通用性和多态性,为研究该属植物的遗传多样性奠定了基础.

迟发性运动障碍与SODVal9Ala多态性的关系及柴胡桃仁胶囊治疗其疗效观察

目的 探讨迟发性运动障碍(tardive dyskinesia,TD)与超氧化物歧化酶(superoxide dismutase,SOD)第9位密码子从缬氨酸到丙氨酸的错义突变(Val9Ala,T1183C)多态性关系及柴胡桃仁胶囊治疗TD的疗效.方法 应用异常不自主运动量表(abnormal involuntary movement scale,AIMS)评定TD严重程度,阳性和阴性症状量表(positive and negative symptoms scale,PANSS)评定患者精神症状.将入组TD患者119例(TD组),与TD患者一般状况严格相匹配慢性精神分裂症患者129例(非TD组),健康人148名(正常组),应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析TD组、非TD组及正常组Val9Ala基因分布频率,并观察柴胡桃仁胶囊治疗TD患者36例12周的疗效.结果 正常组、TD组和非TD组在SOD Val9Ala基因型上差异无显著性(P＞0.05);在等位基因分布频率上差异无显著性(P＞0.05);对不同基因型的TD患者的AIMS总分进行了比较,基因型为TT与CT的患者AIMS总分间差异无显著性(P＞0.05);柴胡桃仁胶囊对CT杂合子疗效显著优于TT纯合子(P＜0.05).结论 柴胡桃仁胶囊能有效缓解TD症状,疗效可能与SOD的基因型有关;9Ala可能是TD发生的保护因素.

少腹逐瘀胶囊联合逍遥丸治疗青春期多囊卵巢综合征40例

多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)是育龄妇女常见的内分泌疾病,而PCOS症状在青春期就有不同程度的表现.PCOS发病具有多因性,临床表现呈多态性,以雄激素过多和持续无排卵为主要临床特征.应该重视青春期PCOS的早期诊断及早期治疗,有效地防止近期和远期并发症的发生~([1]).该病发病机制至今尚未阐明~([2]).西药对其治疗尚不令人满意,中药治疗PCOS取得了一定的效果.笔者采用少腹逐瘀胶囊联合逍遥丸治疗青春期多囊卵巢综合征40例,疗效明显,现报道如下.

栀子柏皮汤加味治疗多囊卵巢综合征1例

多囊卵巢综合征是一种发病多因性,临床表现呈多态性的内分泌综合征.其发病原因至今尚未阐明.近年中医报道治疗此病多有从脾肾阳虚,痰滞胞宫辨证者.我们于近几年接诊的、经现代医学确认此病的患者,多为知识型的青年女性.她们或学业不顺,或工作紧张,渐致精神焦虑而引发月经不调继则月经稀发,终因不孕或闭经前来就诊.