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人巨细胞病毒无症状性感染者UL144基因多态性研究
为探究人巨细胞病毒(HCMV)无症状性感染者UL144基因多态性,本研究采用聚合酶链反应扩增HCMVDNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本UL144基因开放读码框(ORF),阳性结果进行双向DNA测序,通过生物信息学工具BioEdit、DNAstar、Mega5.0、GeneDoc等软件进行序列特征分析.结果显示,在50例HCMV-DNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本中,21例标本UL144基因扩增阳性,阳性率为42％,并完成测序.同源性比较显示核苷酸同源性为80.2％～100％,氨基酸同源性为77.8％～100％.种系进化树分析显示21例无症状性感染者DNA序列主要分为2个基因型,A型(10例,47.61％)和B型(11例,52.38％),未见其他基因型.Expasy数据库预测分析UL144基因编码产物重要功能基团,结果显示ASN、PKC、TNFR、NCD3G等翻译后修饰位点高度保守.与UL144 A型相比,UL144 B型在1-16和30-96氨基酸残基之间各增加了一个PROKAR_LIPOPROTEIN位点和ZF_CTCHY位点.与Toledo标准病毒株比较,UL144 A型的CRD1和CRD2区域高度保守,UL144 B型的CRD1和CRD2功能区变异较大,但跨膜区(transmembrane domain)和胞浆区(cytoplasmic domain)在UL144 A型和B型中均高度保守.UL144 A型和B型碱基变异未对UL144蛋白的预测等电点和二级结构造成较大改变.总之与HCMV显性感染者不同,HCMV无症状性感染者UL144基因型为A型和B型.
关键词： 人巨细胞病毒(HCMV) 无症状性感染 UL144 多态性 -
云南地区宫颈癌组织中人乳头瘤病毒18型LCR基因变异特征分析
研究云南地区人乳头瘤病毒18型LCR基因在宫颈癌组织中的变异特点,通过系统发生分析探讨HPV-18变异株的分子流行特征,并通过转录因子结合位点的预测分析LCR变异对病毒感染可能造成的影响.本研究提取了云南地区74例女性宫颈癌组织样本中的DNA,通过PCR、测序、序列比对,分析了9个HPV-18 LCR完整DNA序列的基因变异信息,并用Mega 7.0软件使用邻接法进行进化分析,使用JASPAR数据库对可能的转录因子结合位点进行预测.HPV-18 LCR序列中发现T7258A、C7529A、G7563A、A7567C、T7592C、A7670T、T7736G、C7764T、C7857T、A41G、C54T、A89C和T104C 13个核苷酸点突变,其中常见变异位点是T7592C,其次是C7857T,突变频率分别为100％和44.4％.9个HPV-18 LCR完整DNA序列分属于4个HPV-18 LCR变异体,进化树分析显示云南地区流行的HPV-18主要为A系变异体(8个A1亚系,1个A4亚系),HPV-18 LCR中T7592C、C7857T变异位于转录因子TBP、HOXA5的结合区域内.云南地区宫颈癌组织中主要流行的HPV-18为A系变异体,T7592C、C7857T是HPV-18 LCR中主要变异位点.
关键词： 人乳头瘤病毒18型(HPV-18) 长控制区 多态性 基因变异 宫颈癌 -
抑制素β基因多态性与孕妇子痫前期易感性及新生儿围生结局关联研究
目的 探讨抑制素β基因多态性与孕妇子痫前期易感性及新生儿围生结局关系.方法 选取子痫前期孕妇185例,另选同期正常孕妇120例为对照组.采用聚合酶链限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对该位点进行基因分型,比较各组基因型频率和等位基因频率的差异.观察两组孕妇妊娠结局.结果 抑制素β基因rs505922位点共检出CC、CT和TT等3种基因型.子痫前期组与对照组比较,基因型频率与等位基因频率差异有统计学意义(P＜0.05).子痫前期组内CT和CC基因型新生儿窒息、死亡率均高于TT基因型,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 抑制素β基因rs505922位点单核苷酸基因多态性与子痫前期密切相关,CT和CC基因型加重了子痫前期的程度,该位点可能是子痫前期孕妇发病的易感位点.
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肾素-血管紧张素系统基因多态性与2型糖尿病患者癌症发生的相关性
目的 探讨肾素-血管紧张素系统的基因多态性与2型糖尿病患者罹患癌症的关系.方法 对1282例无癌症病史的2型糖尿病患者检测了血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)M235T、血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme,ACE) I/D和Ⅰ型血管紧张素Ⅱ受体(angiotensinⅡtype Ⅰ receptor,AGTR1)A1166C多态性.癌症终点事件诊断为在随访期间首次发生的致死性或非致死性癌症.癌症发生与基因变异的关联性应用Cox比例风险模型分析,并校正了常见混杂因素.结果 在11.7(四分位数间距:8.7 ～12.7)年随访期间,104例2型糖尿病患者(8.1％)罹患了癌症.罹患癌症的患者年龄更大、并多为男性.经年龄校正后,他们基线BMI、收缩压、总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇和肾小球滤过率比未罹患癌症的患者低;而腰臀围比、糖化血红蛋白和尿白蛋白/肌酐比值比未罹患癌症的患者高.Cox回归分析显示,校正基线混杂因素后,携带ACE Ⅰ/D DD基因型与癌症发生独立相关,与Ⅱ/ID基因型携带者比较,风险比为1.86(95％ CI1.03～3.38,P=0.036).结论 在中国2型糖尿病患者中,携带ACE Ⅰ/D DD基因型与癌症发生风险的增高显著相关.
关键词： 肾素-血管紧张素系统 多态性 癌症发生 2型糖尿病 -
KIM-1基因多态性与中国山东汉族人群糖尿病肾病的相关性研究
目的 探讨肾脏损伤因子(KIM-1)基因2个SNP位点与中国山东汉族人群糖尿病肾病(DKD)的相关性,为糖尿病肾病的早期预防提供理论依据.方法 收集2型糖尿病肾病(DKD)患者274例,健康对照(NC)个体248例.提取以上样品的全血基因组DNA,用聚合酶链式反应一限制性酶切片段长度(PCR-RFLP)多态性技术进行检测,对KIM-1基因启动子区的-416G＞C和-1454G＞A两个SNP位点的基因型频率、等位基因频率进行比较和分析.结果 健康对照组与DKD组的-416G＞C基因频率和基因型频率分布的差异有统计学意义(P=0.004,P=0.001).健康对照组与DKD组的-1454G＞A基因频率和基因型频率没有统计学差异.结论 -416G＞C位点的多态性与中国汉族人群DKD的发生有关,GG基因型可能增加DKD的发病风险.
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糖皮质激素受体遗传多态性与2型糖尿病相关性研究
目的 探讨糖皮质激素受体(GR)单核苷酸多态性与2型糖尿病(T2MD)易感性及人体体型的相关性.方法 采用病例-对照研究设计,从解放军总医院健康体检中心的体检患者中,募集40例T2MD患者和127例对照.结合三种不同的SNP位点选择方法,采用上海天昊生物科技有限公司的iMLDRTM多重SNP分型技术对入选SNP位点进行基因分型.采用非条件Logistic回归,校正年龄、性别、吸烟、饮酒后,分析基因型与T2MD易感性的关系.得到的阳性位点,进一步采用协方差分析,校正年龄、性别、吸烟、饮酒后,评价其与体重指数(BMI)和腰臀比(WHR)的相关性.结果 共选取14个SNP位点,其中rs10052957突变型在病例组中频率为零,故未纳入统计分析.所有的13个SNP位点在病例和对照组中的基因分型均符合Hardy-Weinberg平衡.rs9324924 TT基因型(OR [95％CI]=3.12[1.06 ～9.17],P=0.039)和rs9324921 AA基因型(OR [95％CI]=14.92[1.39～160.60],P=0.026)发生T2DM的风险较野生型增高,且两基因型的BMI[P=0.023 (rs9324924);P=0.002(rs9324921)]、WHR[P=0.033 (rs9324924);P=0.003(rs9324921)]也较野生型明显增高.结论 在本研究中,GR基因rs9324924、rs9324921与T2DM易感性和体型有关,其中纯和突变型T2DM发病风险明显增加,且更具有肥胖倾向.
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慢性淋巴细胞性甲状腺炎与HLA-A、-B和-DR关联的研究
慢性淋巴细胞性甲状腺炎(CLT)是一种自身免疫性疾病,甲状腺自身抗体的产生与常染色体显性遗传有关,近年其发生率猛增.HLA是人类白细胞抗原,具有高度多态性遗传性.已有人研究CLT与HLA的相关性.为了探讨福州地区CLT患者与HLA的相关性,本文用PCR-SSP方法研究CLT患者与HLAⅠ类抗原及Ⅱ类抗原基因多态的关系.
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P2X7基因多态性与结核病易感性的关联性研究——Meta分析
目前,许多病例对照研究对P2X7基因多态性与结核易感性的关联性进行了探讨,但由于入选病例有限,造成了这些研究结果的不可信.本文应用主题词和关键词"gene"、"P2X7"、"tuberculosis"和"结核",检索了1998年1月至2009年8月MEDLINE、PUBMED、OVID及CBM disc数据库发表的有关文献,并辅以文献追溯的方法,手工检索相关的参考文献,试图通过Meta分析,探讨人群P2X7基因2个多态性位点与结核易感性的关系.结果显示,与1513A和-762T等位基因相比,P2X7基因上1513C和-762C多态性等位基因的合并OR值分别为1.43(95% CI为 1.21～1.69;P＜0.0001)和0.88(95% CI 为0.65～1.20;P=0.43).研究结果提示,人群P2X7基因1513多态性位点与结核易感性相关,而-762多态性位点与结核易感性不相关.
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CCR2、 CCL5、 CCR5和CCL1基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的关联研究
目的 探讨CCR2、CCL5、CCR5和CCL1的基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的关系.方法 收集353例汉族儿童结核病患者,以同期查体的400名儿童作为对照,采用病例对照研究,应用高通量MassARRAY技术对于CCR2、CCL5、CCR5和CCL1基因的SNP位点进行基因分型研究.结果 CCR2、CCL5、CCR5和CCL1基因SNP位点的等位基因、基因型以及单体型在结核病组和对照组的分布差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 CCR2、CCL5、CCR5和CCL1的基因多态性与中国汉族儿童结核病易感不存在相关性.
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人极低密度脂蛋白受体基因CGG重复序列多态性的检测
极低密度脂蛋白受体(VLDL-R)基因5'非编码区起始密码子上游19bp处存在CGG三核苷酸重复序列.文献报道,一般正常人中该基因CGG的重复次数为5～11次,呈多态性分布,且有民族差异.目前尚无我国人群的资料.为了解中国汉族人群VLDL-R基因CGG重复序列的分布情况,采用聚合酶链反应(PCR)、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染等技术,对湖北地区160例正常汉族人的该重复序列进行了分析,共检出重复次数分别为5、8、9及11的4种等位基因和5/5、5/8、8/8、8/9、9/9、5/9、8/11及5/11等八种基因型.VLDL-R基因CGG重复序列在中国汉族人及其他国家人群中的分布不尽相同.
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HLA-DQA1基因多态性与HBV感染结局相关
目的探讨中国汉族人群人类白细胞抗原(HLA)-DQA1基因多态性是否与乙型肝炎病毒(HBV)感染结局相关联.方法以213例HBV自限性感染者和420例慢性乙肝患者为研究对象,应用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)技术进行HLA-DQA1基因分型,用EPI和SPSS软件分析DQA1多态性的分布频率及其组间差异.结果 DQA1*0102在慢性乙肝组的分布频率显著低于HBV自限性感染组(15.47%比较20.42%,P＜0.05),而DQA1*0201在慢性乙肝组的分布频率显著高于HBV自限性感染组(10.48%比较6.10%,P＜0.05).调整性别、年龄等混杂因素影响的非条件logistic回归分析结果显示,与HLA-DQA1其他等位基因相比,携带DQA1*0102者降低慢性乙肝发生的风险(P＜0.05,OR=0.69,95%CI:0.49-0.96),而携带DQA1*0201者增加慢性乙肝发生的风险(P＜0.05,OR=1.77,95%CI:1.09-2.87).结论 HLA-DQA1基因多态性可能是影响HBV感染结局的重要宿主遗传因素.
关键词： 乙型肝炎 HLA-DQA1基因 多态性 -
CDKN2A/2B基因多态性与妊娠糖尿病相关
目的 研究CDKN2A/2B基因rs10811661的单核苷酸多态性(SNP),探讨其与妊娠糖尿病(GDM)的相关性.方法 选取鲁西南地区正常糖耐量孕妇(NGT) 100例、GDM患者120例、2型糖尿病(T2DM)患者100例作为研究对象,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP方法 检测CDKN2A/2B基因rs10811661多态性.结果 CDKN2A/2B基因rsl0811661的TT、TC、CC 3种基因型分布在NGT组与GDM组间有显著差别(P＜0.01),GDM组危险等位基因T分布频率显著高于NGT组(P＜0.05).3种基因型及等位基因分布在NGT组与T2DM组之间亦有显著差别(P＜0.05).结论 在鲁西南地区女性人群中,CDKN2A/2B基因rs10811661 T/C多态性可能与妊娠糖尿病有明显相关性.
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江苏汉族人群FⅧ基因内微卫星DNA多态性研究及其在基因诊断中的应用
为研究江苏地区汉族人群FⅧ基因内微卫星DNA CA-13、CA-22的多态性,并探讨其在血友病甲基因诊断中的应用价值,我们用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法,分别检测了86名(131条X染色体)和74名(109条X染色体)江苏汉族人CA-13、CA-22的长度多态以及三个血友病甲家系成员这两个微卫星的长度变化.结果发现CA-13、CA-22分别有7种、4种等位片段,多态信息量(polymorphism information content,PIC)分别为0.5149、0.5202.用这两个微卫星进行家系连锁分析,两个家系得到诊断,并检出一名携带者.本研究表明微卫星标记CA-13、CA-22具有高多态性,联合应用这两个微卫星,理论上可使家系完整的血友病甲携带者检出率及产前诊断率达77%.利用微卫星标记进行连锁分析有望成为一种高效的血友病甲携带者检出及产前诊断的新方法.
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Ghrelin基因多态性与2型糖尿病的相关性
目的 探讨ghrelin基因多态性与2型糖尿病之间的关系.方法 进行ghrelin基因C408A和G346A的多态性分析,同时进行生化指标和临床参数的检测.结果 正常对照组(NGT组)C408A基因型CC、CA、AA的基因型频率分别为75.4%、24.0%及0.6%.2型糖尿病组(DM组)中CC、CA及AA的基因型频率分别为70.8%、28.2%及1.0%.NGT组CC基因型者总胆固醇水平明显高于CA+AA基因型者(P＜0.05);DM组CC基因型者血尿酸水平明显高于CA+AA基因型者(P＜0.05).在所有的受试者中未发现G346A多态性存在.结论 Ghrelin基因C408A分布与等位基因频率没有明显的差异;本组人群中未发现ghrelin G346A多态性存在;CA08A多态性与总胆固醇和尿酸水平相关.
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P73基因多态性与宫颈癌遗传易感性的关系及Meta分析
目的 探讨抑癌基因P73第2外显子的两个单核苷酸多态性(G4C14-A4T14,G4A)与宫颈癌遗传易感性的关系.方法 采用PCR-CTPP技术结合直接测序法检测皖南地区汉族人群218例宫颈癌患者和220例正常对照者P73基因多态性,分析P73基因多态性与宫颈癌发生的相关性,同时对世界不同群体的相关研究进行Meta分析.结果 在病例组和对照组中P73基因G4C14-A4T14多态位点基因型和等位基因分布差异无统计学意义.PCR-CT-PP技术检测结果与PCR-直接测序法一致.Meta分析结果显示,AT等位基因与亚洲人群宫颈癌发病显著相关(P＜0.05).结论 多个研究结果Meta分析显示P73基因G4C14-A4T14多态性可能与亚洲人群宫颈癌发病相关联,等位基因A4T14患宫颈癌的风险增加.
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Ⅱ相代谢酶基因多态性联合烟酒习惯对肝癌易感性的影响
目的 探讨Ⅱ相代谢酶(GSTM1、EPHX1)基因多态性和烟酒习惯及其相互作用与肝癌的关系.方法 采用多重PCR、PCR-RFLP对广西地区105例肝癌患者及151例健康对照的GSTM1、EPHX1基因型进行检测,并调查研究对象的烟酒习惯.结果 GSTM1缺失基因型频率在病例组与对照组中分别为64.76%和50.99%(P＜0.05);EPHX1 Tyr/Tyr、Tyr/His、His/His三种基因型频率在病例组分别为27.62%、21.90%和50.48%,对照组则分别为21.19%、34.44%和44.37%,两组间无差异.GSTM1缺失基因型与吸烟、饮酒因素在肝癌的发生中有交互作用,OR分别为3.13(95% CI:1.48～6.61)和4.27(95% CI:1.82～10.02);吸烟者EPHX1基因型为His/His的个体发生肝癌的危险性增加,其OR为2.99(95% CI:1.29～6.91).结论 GSTM1是肝癌的遗传易感因素,Ⅱ相代谢酶基因多态和烟酒习惯的联合在肝癌的发生中起交互作用.
关键词： 肝癌 谷胱甘肽硫转移酶M1 微粒体环氧化物水解酶 多态性 烟酒习惯 -
土家族和回族人群27个Y-STR基因座的遗传多态性及与其他13个民族的聚类分析
目的 调查研究湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的遗传多态性和其他13个群体间的遗传关系,探讨其法医学和群体遗传学研究的应用价值.方法 用STRtyper-27Y复合扩增体系分别对391名湖北土家族和377名甘肃回族无血缘关系的男性个体的27个Y-STR基因座进行扩增,应用3500XL遗传分析仪进行基因分型,采用Mega6. 0和SPSS19. 0软件进行群体间的AMOVA分析、聚类分析和多维标度分析.结果 湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的基因多态性普遍较高,共检出383和368个单倍型,单倍型多态性在0. 256 9(DYS438)~0. 937 6(DYF387S1)和0. 460 5(DYS391)~0. 967 2(DYS385ab),适合应用于法医学个体识别和亲权鉴定;15个群体间存在差异,遗传距离在0. 000 2~0. 222 2,群体间聚类分析和多维度分析结果与民族起源和迁徙史基本相一致.结论 湖北土家族和甘肃回族人群的27个Y-STR基因座的基因多态性普遍较高,适合应用于法医学个体识别和亲权鉴定中.
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GNB3、ADD1和ADRB2基因多态性可能与高原肺水肿发病无关
目的 探讨G蛋白B3亚基(GNB3)、β-内收蛋白(ADD1)及B2肾上腺素受体(ADRB2)基因多态位点与高原肺水肿的易感相关性.方法 用PCR-RFLP和AS-PCR法检测148例高原肺水肿患者和158例正常对照者的GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因m1042713位点,进行基因关联研究.结果(1)高原肺水肿患者GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点的3种基因型频率分布与对照组间无差异;(2)对rs5443、rs4961和rs1042713位点进行单倍型分析,8种单倍型组合(小基因频率>1%)在两组间的频率分布无差异.(3)联合基因型分析亦未发现有意义的基因型组合.结论 GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点可能不参与中国汉族高原肺水肿的发病.
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绝经前后妇女载脂蛋白E基因多态性及血脂代谢的分析
为探讨绝经期妇女载脂蛋白E(ApoE)基因多态性的分布情况,以及载脂蛋白E基因多态性对绝经期妇女血脂代谢的影响.选取104例绝经后妇女及92例绝经前妇女,采用聚合酶链反应--限制片段长度多态性技术(PCR-RFLP)来分析ApoE的基因型,并按常规酶法及免疫法测定血脂和载脂蛋白及脂蛋白(a). 结果显示E3/3基因型及ε3等位基因频率在两组人群中均为高,且在绝经后组中E3/2频率较普通人群明显低 ,在绝经后组中胆固醇(TC)甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、载脂蛋白B(ApoB)及脂蛋白(a)(Lp(a))均显著高于绝经前组(P＜0.05,P＜0.01)且在绝经后组中ε4携带者TC,LDL-C,ApoB明显高于ε3携带者(P＜0.05). 表明载脂蛋白E基因多态性对绝经期妇女血脂的代谢有一定的影响.
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转录因子7类似物2基因多态性与新疆维吾尔族人群2型糖尿病遗传易感性的关系
目的：探讨新疆地区维吾尔族人群转录因子7类似物2（TCF7L2）基因多态性与2型糖尿病的关系。方法采用病例-对照研究设计，以经确诊的819例2型糖尿病患者作为病例组，选取731例健康个体作为对照组。收集研究对象血液标本5mL，提取基因组DNA。应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析质谱技术（ MAL-DI-TOF）进行多态性检测，用logistic回归计算OR（95％CI）值，比较不同基因型与2型糖尿病患病风险的关系。结果病例组TCF7L2基因rs7901695位点的TC和CC基因型频率，C等位基因频率显著高于对照组（P＜0.05）。未发现TCF7L2基因与环境因素的交互作用与2型糖尿病相关联。结论 TCF7L2基因rs7901695多态性位点可能与新疆维吾尔族人群2型糖尿病具有相关性，而rs7085532多态性位点可能与新疆维吾尔族人群2型糖尿病无相关性。
