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人巨细胞病毒无症状性感染者UL144基因多态性研究
为探究人巨细胞病毒(HCMV)无症状性感染者UL144基因多态性,本研究采用聚合酶链反应扩增HCMVDNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本UL144基因开放读码框(ORF),阳性结果进行双向DNA测序,通过生物信息学工具BioEdit、DNAstar、Mega5.0、GeneDoc等软件进行序列特征分析.结果显示,在50例HCMV-DNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本中,21例标本UL144基因扩增阳性,阳性率为42％,并完成测序.同源性比较显示核苷酸同源性为80.2％～100％,氨基酸同源性为77.8％～100％.种系进化树分析显示21例无症状性感染者DNA序列主要分为2个基因型,A型(10例,47.61％)和B型(11例,52.38％),未见其他基因型.Expasy数据库预测分析UL144基因编码产物重要功能基团,结果显示ASN、PKC、TNFR、NCD3G等翻译后修饰位点高度保守.与UL144 A型相比,UL144 B型在1-16和30-96氨基酸残基之间各增加了一个PROKAR_LIPOPROTEIN位点和ZF_CTCHY位点.与Toledo标准病毒株比较,UL144 A型的CRD1和CRD2区域高度保守,UL144 B型的CRD1和CRD2功能区变异较大,但跨膜区(transmembrane domain)和胞浆区(cytoplasmic domain)在UL144 A型和B型中均高度保守.UL144 A型和B型碱基变异未对UL144蛋白的预测等电点和二级结构造成较大改变.总之与HCMV显性感染者不同,HCMV无症状性感染者UL144基因型为A型和B型.
关键词： 人巨细胞病毒(HCMV) 无症状性感染 UL144 多态性 -
人巨细胞病毒无症状性感染者UL146基因特征分析
目的 研究人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)UL146基因序列在无症状性感染者中的多态性.方法 采集47例HCMV DNA阳性无症状感染者尿标本,采用聚合酶链反应(PCR)扩增UL146基因全序列,阳性扩增产物测序后,运用生物信息学软件进行序列特征分析.结果 47例无症状HCMV感染者尿沉渣标本中,17例标本UL146基因扩增阳性.序列分析显示:无症状HCMV感染者UL146基因核苷酸变异率为0～42.5％,氨基酸变异率为0～67.7％,突变遍布整个基因;与Towne株相比,其信号肽序列(signal sequence)及羧基末端(C-terminal)变异较大;种系进化树分析显示,17例无症状HCMV感染者UL146基因分布在G1、G8、G9和G11四个型别中,未见其他基因型.分析翻译后修饰位点显示,四个型别修饰方式差异较大,但其重要功能区ELRCXC趋化因子区呈现高度保守性.二级结构预测提示,其活性蛋白均以无规卷曲居多,四个型别等电点和分子量大小不尽相同.结论 HCMV无症状性感染者UL146基因在核苷酸序列和氨基酸结构层面均高度变异,但重要功能区高度保守,其基因型于无症状性感染者中的分布,与既往显性感染的研究结果不存在明显差异,但以G1、G8、G9、G11四个型别为主.
关键词： 人巨细胞病毒(HCMV) 无症状性感染 UL146 多态性
