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联合SNaPshot和单倍型分析技术建立G6PD缺乏症单细胞基因诊断体系
目的 建立可有效监测污染和等位基因脱扣(allele dropout,ADO)的可靠的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症单细胞基因诊断体系. 方法 获取正常G6PD基因型个体及G6PD基因突变杂合子的单个淋巴细胞,在全基因组扩增(whole genome amplification,WGA)的基础上,应用多重SNaPshot技术检测25个已报道的中国人群G6PD基因突变位点,同时联合针对Xq28上6个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)位点的单倍型分析技术辅助分析结果. 结果 共检测60个正常和96个杂合子单淋巴细胞,WGA扩增效率为94.23％,成功扩增的WGA产物在后续基因检测的总扩增效率和总ADO率分别为89.37％和13.74％;8个基因位点的扩增效率和ADO率均有统计学差异(P总＜0.05);发生G6PD基因ADO的15例G6PD杂合子单淋巴细胞中,均未同时出现6个STR位点全部扩增失败或ADO现象;所有样本的STR位点检测结果除目的片段的信号峰外,均未出现其他峰信号. 结论 联合SNaPshot和单倍体分型技术所建立的单细胞G6PD基因诊断体系,在G6PD基因分型的同时,还可提示是否存在污染或ADO,大程度保证诊断结果的可靠性,减少误诊率,可望取代传统的性别选择,实现真正意义上的G6PD缺乏症植入前遗传学诊断.
关键词： 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 植入前遗传学诊断 全基因组扩增 单倍型分析 等位基因脱扣 -
子痫前期遗传易感性研究进展
子痫前期是常见且严重的产科并发症,至今发病原因不明,病理机制尚不完全清楚.大量的临床观察及实验研究提示,遗传因素在子痫前期的发生中起重要作用.近年来,随着一些新遗传研究手段的不断涌现,如全基因组扫描,连锁分析、单倍型分析等,使子痫前期遗传易感性方面的研究已取得了一定进展,确定了一些值得深入研究的染色体区域.目前,子痫前期易感基因的成功定位以及其确切遗传方式的明确,是非常具有挑战性的研究热点.
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YWHAE基因多态性与帕金森病的关联研究
目的:研究YWHAE基因多态性与中国汉族人群帕金森病之间的相关性.方法:采用TaqMan检测法对中国汉族人群258例帕金森病患者和260名正常对照YWHAE的3个位点(rs34041110,rs3752826,rs2131431)进行关联分析T,并使用SHEsis软件进行单核苷酸多态性分析,比较病例组和对照组等位基因频率,基因型频率及单倍型的差异.结果:我们发现YWHAE的三个位点基因频率,基因型频率两组间差异不明显(P＞0.05).rs34041110与rs3752826的LD分析其D'值r2均较大(D’=0.978,r2=0.875).但进一步对两位点的单倍型分析发现其各种组合均无统计学差异.结论:本研究结果提示YWHAE基因的三个位点与中国汉族人群帕金森病的发生不存在相关性.
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先天性脊柱骨骺发育不良家系COL2A1基因的突变
目的:报道1个涉及四代9例患者因患有常染色体显性遗传的先天性脊柱骨骺发育不良的家系COL2A1基因突变.方法:发现18个月的先证者未出现股骨头的继发性骨化中心.其父骨骼改变主要表现为椎骨椎体扁平、股骨颈结构不规则、股骨头骨化缺如、髋臼顶扁平和髋内翻.该家系的其他患者均有类似改变.在明确诊断为先天性脊柱骨骺发育不良后,对该家系进行12号染色体上5个微卫星标记物的单倍体分型.在确定COL2A1基因为疾病的候选基因后,对该家系所有患者及获得血样的正常成员进行该基因54个外显子和启动子的测序.同时对10名健康对照者的第23外显子测序.结果:所有患者COL2A1基因第23外显子的1510 G→A,使第504个氨基酸由甘氨酸→丝氨酸(G504S),但家系中健康者和无血缘关系的10名健康对照者均无此改变.结论:COL2A1基因第23外显子的1510 G→A的改变是该家系患者先天性脊柱骨骺发育不良的原因.该家系详细的影像学资料将扩大人们对Ⅱ型胶原病表型的认识.
关键词： 先天性脊柱骨骺发育不良 常染色体显性遗传 COL2A1基因 单倍型分析 序列分析 -
中国汉族人群中YWHAE基因与帕金森病的相关性研究
目的 探讨YWHAE基因多态性与中国汉族人群帕金森病(PD)之间的相关性.方法 采用TaqMan检测法对中国汉族人群258例PD患者(病例组)和260例健康体检者(对照组)YWHAE的3个位点(rs1873827、rs12452627、rs1532976)进行关联分析和单核苷酸多态性分析,比较病例组和对照组等位基因频率、基因型频率及单倍型的差异.结果 两组间 YWHAE的3个位点基因频率、基因型频率比较差异无统计学意义.rs1873827与rs12452627 的LD分析其D'值较大(D'=0.933).进一步对两位点的单倍型分析发现其各种组合间差异均无统计学意义.结论 研究结果提示YWHAE基因的3个位点与中国汉族人群PD的发生不存在相关性.
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DIO2基因单核苷酸多态性与精神发育迟滞相关性研究
目的 探讨DIO2基因多态性及单倍型与精神发育迟滞的相关关系.方法 本研究以344个汉族精神发育迟滞患者及其亲属组成的家系为研究对象,在DIO2上选择了3个合适的SNPs作为标记,利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法完成基因分型.应用FBAT软件对多态位点及可能组成的单倍型与精神发育迟滞的关系进行分析.结果 单个位点家系关联性分析结果提示:rs225015、rs225014和rs225012位点各等位基因从亲代传递给患病子代没有观察到显著性(P>0.05).多态性位点间的连锁不平衡检验显示:3个位点rs225015、rs225014和rs225012均具有较高的连锁不平衡(D′>0.8).单倍型分析结果显示:3个位点构成的单体型GTG在附加遗传模型(Z=2.226,P=0.026019)和隐性遗传模型(Z=2.651,P=0.008023)与MR相关.结论 DIO2基因可能与精神发育迟滞的易感性有关.
关键词： 精神发育迟滞 DIO2基因 单个位点家系关联性分析 单倍型分析 -
两例疑为X连锁型视网膜色素变性家系的单倍型分析研究
目的应用遗传连锁分析方法对X连锁型视网膜色素变性家系进行分析,定位其致病基因的所在位点.方法选取已知X连锁视网膜色素变性候选基因附近的短串联重复序列多态性标记(short tandem repeat polymorphism, STRP),即在RP2、RP3、RP6、RP23和RP24处分别选取具有高信息量的微卫星位标,对2例疑似为X连锁型视网膜色素变性家系进行遗传连锁分析;通过对家系成员的单倍型分析,并进行两点法连锁分析,确定其致病基因所在染色体的大致位置.结果 2例家系在DXS 993处得到的大LOD值分别为:1.18和1.03;在DXS 1068处得到的大 LOD值分别为:0.58和-2.69;在DXS 1214处得到的大LOD值分别为:-2.33和-2.45;在DXS 8051处得到的大LOD值分别为:-2.34和-2.51;在DXS 8043处得到的大LOD值分别为:-2.23和-2.62.结论 ZCF家系的致病基因,可能不在RP3、RP6、RP23或RP24位点;而对于FYJ家系,我们则怀疑致病基因位于RP2位点,但也不排除与RP3连锁;用遗传连锁分析方法对确定致病基因所在染色体的范围起到重要的作用.
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家族性高甘油三酯血症家系的候选基因位点连锁分析
目的 对一个家族性高甘油三酯血症(familial hypertriglyceridemia,FHTG)家系进行遗传连锁定位及基因突变分析.方法 32名家系成员,其中12例为高甘油三酯血症(hypertriglyceridemia)患者.应用短串联重复(short tandem repeat,STR)片段微卫星标记物对其中的22名成员进行了16个与脂代谢有关的候选基因和(或)位点的遗传连锁分析和单倍型分析,并对其中的两个候选基因APOA2和USF1直接测序以筛查突变.结果 APOA5、LIPI、RP1、APOC2、ABC1,LMF1、APOA1-APOC3-APOA4、LPL,APOB、CETP、LCAT,LDLR,APOE等候选基因位点与该家系表型不连锁,Lod值均小于-1.0(θ=0).遗传连锁分析提示位于1q23.3-24.2染色体区域,疾病表型在D1S104至D1S196之间(遗传间距为5.87 cM)存在连锁,其中D1S194两点间大Lod值为2.44(θ=0).对APOA2和USF1基因的序列分析未发现致病突变.结论 排除了上述候选基因为本家系的致病基因;提示在1q23.3-1q24.2染色体区域可能存在一个新的与FHTG相关的基因.
关键词： 家族性高甘油三酯血症 候选基因 遗传连锁分析 单倍型分析 -
多座位标记单倍型与强直性脊柱炎的关联研究
目的研究5个强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)家系在HLA附近的多座位标记单倍型与AS之间的关联关系.方法选择位于HLA区域D6S276两侧的11个微卫星标记作精细连锁分析,采用Cyrillic软件作单倍型分析.结果精细连锁分析显示D6S276的大Lod值达3.8821,位于该标记两侧的D6S1691和D6S1618的Lod值均大于1.50;单倍型分析显示5个家系的重组与交换频率达14.0%,其中D6S1691、D6S276、D6S1618与AS紧密关联.结论 D6S1691-D6S276-D6S1618区域可能存在AS的易感基因位点,家系中与AS紧密关联的单倍型可作为症状前诊断的重要依据.
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北京地区汉族人群PPARGC1A基因启动子变异筛查及与2型糖尿病的关联研究
目的 分析中国北京地区汉族人群过氧化物酶体增殖物激活受体辅激活因子1α(promoter of peroxisome proliferators-activated receptor-γ coactivator 1α,PPARGC1A)基因启动子中的变异位点分布,并探讨其与2型糖尿病(type 2 diabetes,T2DM)的关联.方法 应用二步法,首先基于小群体(n＝216,104例T2DM患者和112名糖耐量正常对照者),通过Sanger法测序扫描识别PPARGC1A基因启动子变异;然后应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性技术,在更大人群样本进行验证(n＝1546,732例T2DM患者和814名糖耐量正常对照者).所有受试者均测定空腹血糖、胰岛素、血脂、身高、体重、腰围、血压.通过Logistic回归进行关联分析,Haploview软件计算连锁不平衡和单倍型分析.结果 Sanger法测序分型筛查共识别5个多态性位点,根据杂合度终纳入-2120T/C (rs3755857),-1999C/G(rs2946386)和-1437T/C (rs2970870)位点进行基因分型.3个位点的次要等位基因在T2DM患者组和对照组间分布的差异无统计学意义.基于Mantel-Haenszel固定效应模型合并两个群体的OR值,调整年龄和性别因素,发现-1999C/G (rs2946386)的C等位基因增加T2DM的风险1.18倍(P=0.03,OR=1.18).Permutation校正后,未发现3个位点构建的单倍型与T2DM存在显著关联.结论 PPARGC1A基因启动子中-1999C/G (rs2946386)多态性的C等位基因与T2DM风险存在微效关联,PPARGC1A启动子突变可能不是T2DM发生的主要危险因素.
关键词： 2型糖尿病 过氧化物酶体增殖物激活受体辅激活因子1α 筛查 单倍型分析
