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MetaCCA在多元表型与基因型相关分析中的应用
过去十几年,全基因组关联分析( genome-wide association study, GWAS)在识别疾病的常见变异方面取得了巨大进展,但越来越多的研究[1-2]结果表明罕见变异在复杂疾病的发生发展中同样起着很大作用. 单位点分析的GWAS忽略了不同表型之间的相关信息,因此不能有效识别复杂疾病中的罕见变异. MetaCCA也称Summary statistics-based multiva-riate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis[3] ,是利用典型相关分析( canonical correlation analysis, CCA)的原理,对GWAS的汇总统计结果进行分析,以探讨多个疾病表型与基因型之间的关系,从而为研究疾病的发病机制提供依据[3-6]. 该文将重点介绍metaCCA的原理和实现,并探讨其在多元表型与基因型相关分析中的应用前景.
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传统加工方式对鹿茸氨基酸组成与促睾丸间质细胞分泌睾酮的影响
目的 分析传统加工方式对鹿茸氨基酸组成与促睾丸间质细胞分泌睾酮的影响.方法 采用高速氨基酸分析仪对12批鹿茸鲜品及传统加工品的氨基酸组成及含量进行测定,并测定各样品促进大鼠睾丸间质细胞的睾酮分泌量,进而应用多元统计分析对所获得色谱数据和活性数据进行处理.结果 鹿茸鲜品的17种氨基酸总含量和7种人体必需氨基酸含量高于传统加工品,其中含量较大的为甘氨酸(Lys)、丙氨酸(Ala)和谷氨酸(Glu);多元统计分析表明鹿茸鲜品与加工品在整体化学组成上存在显著差异,且谷氨酸既是特征性差异成分,又与促睾丸间质细胞分泌睾酮密切相关.结论 谷氨酸可作为鹿茸加工品质量控制的指标性成分之一.该研究结果为探究鹿茸传统加工方式科学内涵和品质特征评价提供了依据.
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多元统计分析方法在中药质量评价中的应用
介绍了各种多元统计分析方法的基本原理及其在中药质量评价中的应用进展.
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苏丹哈佳吉金矿床成矿物质来源的微量元素地球化学特征
通过对主要微量元素数据的多元统计分析,探讨了该地区金矿的成矿物质来源.结果表明,成矿物质主要来源于洋壳向陆壳俯冲时产生的增生楔,地幔主要提供热源,并有少量物质参与;有效区分了不同类型的矿石和围岩,并分辨出了具过渡性质的蚀变围岩;对稀土元素的分析表明,除氧化矿石外,其它矿石的成矿物质来源应该是一致的.
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基于现代医案多元统计分析黄疸病证治规律的研究
目的:研究黄疸病的证治规律.方法:以1949～2013年黄疸病医案为研究对象,运用频数、Logistic回归、Spearman秩相关等多元统计方法进行分析.结果:现代黄疸病的常见证型包括肝胆湿热、脾胃湿热、湿困脾胃等.通过Logistic回归分析发现证型与用药的关系,如针对肝胆湿热证的常用药物依次为泽兰、柴胡、茵陈、大黄等.通过Spearman秩相关发现用药剂量与黄疸指数相关度较高的中药有莪术、三棱等.结论:本研究挖掘了现代黄疸病医案中的证型与药物之间潜在规律,发现活血化瘀类以及具有活血通络药物的剂量随着黄疸上升而增加,为临床与科研提供一定的参考.
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医学统计专业多元统计分析教学实践:R软件与案例结合教学
目的:增强学生学习多元统计分析的兴趣,提高他们利用统计学方法及软件解决问题的能力.方法:运用案例与R软件结合的教学模式,采用综合性的多元考核方式.结果:三年来,学生(2011级~2013级)的多元统计学习兴趣随着R软件教学的增加而提高,每年学习兴趣得分差异有统计学意义(P<0.05);学生对R软件的学习兴趣也在提高,每年兴趣得分差异有统计学意义(P<0.05);学生科研能力得到提高,应用论文数量逐年增加.结论:结合案例与软件教学显著提高了同学们学习多元统计的兴趣和学习效果.
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临床医学研究中的统计知识概述(六)
12医用多元分析多元分析(Multivariate analysis)又叫多因素分析,或多变量分析、多元统计分析,在病因、诊断试验、防治效果、疾病预后、药物评价等方面被广泛应用.客观存在的多因素对观察结果影响的认识,较之单因素分析更全面和深入.因此它对提高研究水平有重要意义.
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案例式教学法在《医用多元统计分析与计算机应用》课程中的研究与实践
为了加强多元统计分析思维能力的训练，提高学生分析和解决医学研究实际问题的能力，以学生学习成长为中心进行教学改革，通过在医用多元统计分析与计算机应用课程中采用案例教学方法的改革与实践，达到了预期的教学目的和效果。
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高效液相色谱法结合多元统计分析用于苍术药材的质量评价
目的:测定3种苍术药材中7个主要成分(白术内酯Ⅲ、Ⅱ、Ⅰ及(4E,6E,12E)-十四癸三烯-8,10-二炔-1,3-二乙酸酯、苍术素、β-桉叶醇、苍术酮)的含量并进行多元统计分析,以实现对苍术药材的质量评价.方法:采用CAPCELL PAK C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,5μm),以0.1％磷酸水-甲醇为流动相梯度洗脱,流速1.0 mL· min-1,检测波长220 nm(0～28 min,检测白术内酯Ⅲ、白术内酯Ⅱ)、270 nm(28～40 min,检测白术内酯Ⅰ、(4E,6E,12E)-十四癸三烯-8,10-二炔-1,3-二乙酸酯)、203 nm(40～50 min,检测苍术素、β-桉叶醇)、220 nm(50～77 min,检测苍术酮),柱温25℃;茅苍术样品中β-桉叶醇含量测定以0.1％磷酸水-甲醇(20∶80)为流动相等度洗脱,检测波长203 nm.采用主成分分析法(PCA法)和正交偏小二乘判别分析法(OPLS-DA法)对含量测定数据进行分析.结果:含量测定方法学验证结果良好.茅苍术中7个成分(白术内酯Ⅲ、Ⅱ、Ⅰ及(4E,6E,12E)-十四癸三烯-8,10-二炔-1,3-二乙酸酯、苍术素、β-桉叶醇、苍术酮)的含量范围分别为0.010～0.145、0～0.014、0.031～0.281、0.379～1.073、2.227～3.756、17.14～32.15、0.002～3.730 mg·g-1,北苍术中7个成分的含量范围分别为0.045～0.708、0.017～0.592、0.101～1.360、0.095～2.340、0.432～7.059、0.303～7.031、2.070～8.487mg·g-1,关苍术中7个成分的含量范围分别为0.198～0.773、0.124～0.944、0.515～0.899、1.590～2.277、0.115～2.094、0.090～0.175、10.71～17.98 mg·g-1,个别样本中白术内酯Ⅲ、Ⅱ及β-桉叶醇的含量低于定量限或检测限,茅苍术样本中白术内酯Ⅱ含量低于定量限,仅有1个样本可定量(0.014 mg·g-1).采用PCA对含量测定结果进行分析,PCA得分散点图显示苍术药材被明显分为4组,其中组1和组4均为北苍术,组2为关苍术,组3为茅苍术,表明PCA能实现茅苍术、北苍术和关苍术的有效区分.在PCA的基础上进行OPLS-DA分析,筛选出苍术素和β-桉叶醇是区分3种苍术的关键差异成分.结论:本研究所建立的含量测定方法可以用于苍术药材中7个成分的定量分析,PCA和OPLS-DA可用于区分茅苍术、北苍术和关苍术,并揭示区分3种苍术的关键差异成分,为苍术药材质量控制和评价提供科学依据.
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甲酸结合不同真菌诱导形成的人工沉香质量评价研究
目的:建立气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术的沉香指纹图谱,结合多元统计分析评价甲酸结合不同真菌诱导白木香生产人工沉香品质.方法:采用GC-MS联用技术建立40批沉香指纹图谱,使用《中药指纹图谱相似度评价(2004 A版)》软件建立共有模式,计算图谱相似度,标定共有峰.峰面积归一化法计算170～270 min总峰面积与0～100 min总峰面积两区间的比值.正交偏小二乘法(OPLS-DA)对样品进行分组,变量权重(VIP)结合相关系数(P(corr))筛选差异性组分.自动质谱退卷积定性系统(AMDIS)结合保留指数(RI)对共有组分和差异组分进行鉴定.结果:10批天然沉香指纹图谱相似度为0.821～0.888,30批人工沉香与天然沉香生成的对照图谱相比相似度在0.307～0.960之间.40批沉香按峰面积比值0.65分为3组:天然沉香、人工沉香1和人工沉香2,且全谱碎片信息、共有组分和差异组分相对峰面积的OPLS-DA分析结果一致.10个共有组分和14个差异组分中,白木香醛等对天然沉香的分组呈正相关;愈创木醇等对人工沉香1分组呈正相关;角鲨烯、5,8-二羟基-2-(2-苯乙基)色酮等对人工沉香2分组呈负相关.结论:指纹图谱相似度、两区间总峰面积比值结合多元统计分析结果,可以快速判断人工诱导沉香品质,为沉香药材的全面质量评价提供参考依据.
