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5-羟色胺受体相关基因的交互作用与抑郁症自杀行为的关联研究
目的 探讨抑郁症患者自杀行为与 5-HT1BR 基因(rs6298),5-HT2AR基因(rs6311、 rs6313)及5-HT2BR基因(rs765458)交互作用的关联.方法 提取281例伴随冲动性自杀行为的抑郁症患者(病例组) 和 281 名身心健康的对照者(对照组) 基因组 DNA,采取 TapMan 探针单核苷酸多态性(SNP) 基因分型的技术检测病例组及对照组所选取的位点基因型;采用 χ2 检验分析病例组和对照组的基因型和等位基因的分布差异;采用 Haploview 4.0软件实施单倍型和连锁不平衡分析,GMDR 分析基因-基因交互效应与自杀行为的关系.结果 5-HT2AR基因的rs6313 和rs6311 位点存在连锁不平衡(D'=0.756,r2=0.375),rs6313、 rs6311存在单体型.5-HT1BR 基因 rs6298,5-HT2AR基因 rs6311、 rs6313 及 5-HT2BR基因 rs765458交互作用,检验准确度为0.6182,CV值为10/10,差异有统计学意义(P<0.05).结论 5-HT2AR 基因的位点 rs6311、rs6313单体型与自杀行为可能存在关联. 5-HT1BR 基因 rs6298,5-HT2AR基因 rs6311、 rs6313 及 5-HT2BR基因 rs765458交互作用与抑郁症自杀行为可能存在某些关联.
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白细胞介素10基因多态性与儿童过敏性紫癜易感性的关系
目的 探讨白细胞介素10(IL-10)基因多态性与儿童过敏性紫癜(HSP)易感性的关系及HSP的发病机制,为诊断、治疗及判断HSP预后提供科学依据.方法 采用Massarray基因分型技术检测郑州市儿童医院2012年12月至2013年4月住院的112例HSP患儿(HSP组),其中包括39例紫癜性肾炎患儿(HSPN组)和184例健康体检儿童(健康对照组)的IL-10基因rs1800872、rs3024490、rs3790622、rs1518111、rs1554286、rs3024498等6个单核苷酸多态性(SNPs)的基因分布,并进行单倍型分析及连锁不平衡检验.同时检测HSP组与健康对照组儿童血清IL-10水平.结果 HSP组患儿IL-10水平高于健康对照组(P＜0.01).IL-10基因的6个SNPs位点在HSP组与健康对照组之间等位基因频率、基因型频率比较差异无统计学意义(P＞0.05).6个SNP位点所构建的单倍型中,ATCATA、AGCGCA单倍型常见,其次为ATTATA、CGCGCA和CTCATA单倍型.HSP组AGCGCA、ATCGCA、CTCATA单倍型频率显著高于健康对照组,差异有统计学意义(P=8.41e-012、0.003 536、1.30e-011).HSP组ATCATA、CGCGCA单倍型频率显著低于健康对照组,差异也有统计学意义(P =0.003 519、4.94e-005).在rs3790622位点,HSPN组与健康对照组比较,等位基因频率及基因型频率分布差异有统计学意义(P均=0.01).结论 HSP与血清IL-10水平有着密切关联.未发现IL-10基因多态性与HSP的发病存在相关关系.单倍型ATCATA、CGCGCA可能对儿童HSP的发生具有保护性作用.在rs3790622位点,T等位基因及CT基因型的存在可能是HSPN发病的保护因素.
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单核苷酸多态性
单核苷酸多态性指基因组内特定核苷酸位置上存在两种不同的碱基,且少一种在群体的频率不小于1%.由于其丰富、稳定、易实现分析的自动化,大规模的SNP鉴定和公共SNP数据库的建立已经开始.它作为一种全新的研究工具,希望利用它对复杂疾病基因进行大规模的连锁不平衡与相关分析,从而促进多基因疾病发病机理的研究和药物基因组学的发展.
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白细胞介素-1B基因连锁不平衡分析与骨性关节炎发病率的关系
目的 探讨白细胞介素(IL)-1B基因中3个基因位点的连锁不平衡与骨性关节炎易感性的关联性.方法 采用病例对照研究,纳入300例青岛地区骨性关节炎患者和300例健康对照者,采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性(PCR-RFL)对IL-1B基因的-511C/T(rs16944)、+3954C/T(rs114363)和-31 C/T(rs1143627)位点进行单核苷酸多态分析,并测序验证酶切结果,通过连锁不平衡分析软件分析骨性关节炎组和对照组中3个IL-1B基因位点的连锁不平衡状态.结果 在骨性关节炎患者和对照组中,杂合子-511CT、+3954CT基因型与骨性关节炎高风险发病率相关,IL-1B基因3个位点间存在基因连锁不平衡,其中rs1143627与其他2个位点之间连锁不平衡程度在正常人群组和骨性关节炎组中差异有统计学意义(P=0.016).结论 相对于其他位点,rs1143627位点与其他位点间的连锁不平衡在骨性关节炎发生中是一个易感因素.
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中国人群白介素1受体相关激酶4基因多态性与脓毒症易感性的相关性研究
目的 探讨白介素1受体相关激酶4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK4)多态性位点与脓毒症发生风险及疾病严重程度的关联性.方法 采用Hapmap单倍型标签SNPs(htSNPs)策略和SNPstream分型方法,对255例脓毒症患者和260例对照个体进行分型.采用Logistic 回归分析,校正性别、年龄、吸烟和饮酒、慢性病状态、APACHEⅡ评分和脓毒症病因等混杂因素的影响,评价IRAK4多态性位点与脓毒症的发生风险,以及脓毒症性休克、死亡和多器官功能障碍的遗传相关性.结果 IRAK4基因在中国人群中共捕获6个htSNPs.rs4251431 G/T,rs4251460 A/C,rs4251513 G/C和rs4251545 G/A终用于分型研究.4个htSNPs位点在病例和对照组中的基因型分布均呈Hardy-Weinberg平衡状态.IRAK4多态性位点及单倍体与脓毒症的发生风险和疾病严重程度均无明显相关性.结论 在中国人群中,IRAK4基因多态性位点在脓毒症的发生、发展和病程转归中可能不发挥重要作用.
关键词： 白介素1受体相关激酶4 脓毒症 单倍型标签单核苷酸多态性 连锁不平衡 遗传关联 -
三种SNPs数据仿真方法的效能比较
目的 比较HAPGEN2、gs 2.0和GWAsimulator2三种方法在仿真单核苷酸多态性(SNPs)数据时的效能差异,为以后使用SNPs数据仿真方法提供指导. 方法 以真实人群SNPs数据作为原始数据,利用三种方法分别生成仿真数据,通过连锁不平衡模式和小等位基因频率评价仿真效能,并通过x2差异位点评价致病位点的设置效能. 结果 HAP-GEN2仿真连锁不平衡模式的能力优于gs 2.0和GWAsimulator2,gs 2.0和GWAsimulator2仿真小等位基因频率的能力近似且均优于HAPGEN2,三种方法均能良好的设置单致病位点. 结论 三种SNPs数据仿真方法均有优劣,用户可根据实际需求选择合适的仿真方法.
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复杂性疾病SNPs数据模拟的实现与效果评价
目的 探讨有效的复杂性疾病单核苷酸多态性(SNPs)数据模拟方法,为疾病发病机理的研究提供帮助.方法 运用HAPC-EN2软件实现复杂性疾病SNPs数据的模拟,利用GTOOL软件和R语言实现SNPs数据格式的转换,采用LD图以及x2检验对模拟效果进行评价. 结果 利用HAPGEN2以JPT+ CHB人群的22号染色体的500、1000、5000个SNPs位点为参照,分别生成了致病位点个数为3、5、8的模拟数据.模拟数据与相对应的参照数据的LD模式基本相似,致病位点的差异显著性较为明显. 结论 HAPGEN2是一种简单有效的SNPs数据模拟软件.
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人类基因组中的连锁不平衡方式
连锁不平衡(1inkage disequilibrium,LD)伴随突变的多态性出现,由于位点间重组,LD程度逐渐下降.对于一个特定群体而言影响LD的因素很多,一系列人口历史因素起着重要的作用.LD程度的度量,目前常用的两种配对检验方法为D'和r2.在染色体的部分区域存在一系列重组热点分割的单倍型块.目前LD主要应用于关联研究中以定位复杂的疾病基因.
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湖南籍汉族人群HLA-DM多态性分析
HLA-DM位于HLA-Ⅱ类基因区的DQ/DP位点之间,参与HLA-Ⅱ类抗原提呈外源性抗原的过程,并有一定的多态性.有文献报道HLA-DM与类风湿性关节炎[1]、糖尿病[2]等自身免疫性疾病相关.本文用PCR/SSO的方法对湖南籍汉族人群进行HLA-DM的DNA分型,以了解DM多态性在湖南人群中的分布情况,现将结果报告如下.
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辽宁地区汉族人群FOXP2基因核苷酸多态性研究
目的 研究辽宁汉族人群FOXP2基因多态性分布特征及其连锁不平衡关系.方法 采用PCR-限制性片段长度多态方法(PCR-RFLP)结合直接测序法时140名辽宁汉族健康人群的FOXP2基因5个单核苷酸多态性(SNPs) rs923875、rs2396722、rs1852469、rs17137124及rs31456031进行分析.结果 FOXP2基因rs923875的等位基因A、C的频率分别为0.368和0.632；rs2396722的等位基因C、T的频率分别为0.551,0.449；rs1852469的等位基因A、T的频率分别为0.464,0.536；rs17137124的等位基因C、T的频率分别为0.621和0.379;rs1456031的等位基因C、T的等位基因频率为0.547和0.453.5个SNPs的基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律.与其他种族人群相比,5个SNPs的等位基因频率在不同种族间存在显著差异.rs2396722与rs923875之间D’值为0.336,rs2396722与rs17137124之间D’值为0.379.结论 FOXP2基因的5个SNPs在辽宁地区汉族人群中均有多态性,多态性分布具有种族差异.rs2396722与rs923875,rs2396722与rs17137124在辽宁汉族人群中存在中等程度的连锁不平衡.
关键词： FOXP2基因 限制性片段长度多态性 单核苷酸多态性 连锁不平衡 基因型 -
婴幼儿佝偻病VDR基因ApaI、BsmI位点多态性与连锁不平衡分析
目的 探讨婴幼儿佝偻病患者维生素D受体(VDR)基因ApaI、BsmI位点多态性分布特征及连锁不平衡关系及其与佝偻病的遗传易感因素.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对56例佝偻病患儿和76例健康对照儿进行VDR基因ApaI、BsmI位点多态性的检测,分析两组VDR基因型和等位基因频率及两位点间连锁不平衡的关系.结果 两组VDR基因ApaI、BsmI位点基因型频率分布比较差异均无统计学意义(P＞0.05).VDR基因ApaI、BsmI 位点等位基因频率在两组人群中的分布差异均无统计学意义(P＞0.05).ApaI与BsmI二位点连锁不平衡系(D'=0.230,r2=0.01).结论 VDR基因ApaI、BsmI位点的多态性与维生素D缺乏性佝偻病无明显关系,且两位点不存在连锁不平衡关系.
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广东省氡辐射地区人群hOGG1基因5'侧翼区多态性单体型分析
目的 探讨8-羟基鸟嘌呤DNA糖苷酶1(hOGG1)基因5 '侧翼区多态性单体型在广东省氡辐射地区汉族人群中的分布及其遗传特征.方法 采用HaploView软件分析本研究前期筛查确证的广东省氡辐射地区汉族人群中hOGG1基因5'侧翼区目的片段(-1721 nt ～+164 nt)中8个多态性位点-1493 G＞A、-1455 G＞A、-1293 A＞T、-1187 C＞A、-834 G＞C、-337 C＞A、-323 G＞A和-18 G＞T的群体遗传学特征、连锁不平衡和单体型分布.结果 研究对象hOGG1基因5'侧翼区目的片段(-1721 nt～+164 nt)8个多态性位点中,除-1293 A＞T和-337 C＞A外,其余6个位点基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05);8个多态性位点在该人群中均不存在变异纯合基因型,其杂合度分别为-1493 G ＞A(0.081)、-1455 G＞A(0.017)、-1293 A ＞T(0.361)、-1187 C＞A(0.140)、-834 G＞C(0.017)、-337 C＞A(0.468)、-323 G＞A(0.017)和-18 G ＞T(0.065);连锁不平衡分析结果表明,仅-1493 G＞A与-18 G＞T呈较强的连锁不平衡关系.本研究构建了广东省氡辐射地区汉族人群中4种多态性单体型,其中主要的野生单体型(H1)频率为87.4％,其余3种为变异单体型(H2 ～ H4),频率为9.3％.结论 阐明了广东省氡辐射地区汉族人群hOGG1基因5'侧翼区多态性单体型分布及其群体遗传特征.
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GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性
目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.
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我国汉族正常人群CD89基因5'调控区及非转录区SNP多态性分布特征及其与日本人群的比较
目的我国汉族人群FcαRl基因5'-UTR区3个SNPs多态性颁的特征及将其与日本人群进行比较.方法提取368例正常广东汉族人基因组,DNA扩增FcαRl基因5'-UTR相关区域并直接测序鉴定基因型.结果①我国汉族人群FcαRl基因5'-UTR区3个SNPs多态性:-114位点TT基因型常见(52.7%),CC基因型分布少(7.3%),-27位点TT(85.1),CC(1.4%),+56位点TC基因型常见(51.4%),CC基因型分布少(12.0%);②等位基因分布频率:-114位点T(72.7%)、C(27.3%);+56位点T(62.4%)、C(37.6%)及-27位点T(91.8%)、C(8.2%);③主要单倍型:TTT(61.9%)、CTC(27.2%)和TCC(7.9%).结论与日本人群比较,我国汉族人群FcαRl基因5'-UTR区-114T/C及+56T/C无论是基因型,还是等位基因频率分布,差异均无显著性.
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广东汉族妇女细胞色素P450 1A1基因多态性检测分析
目的探讨广东汉族妇女细胞色素P450 1A1(CYP1A1)基因的多态性分布规律.方法采用等位基因特异性扩增和PCR-RFLP技术,对160例广东汉族正常妇女的CYP1A1基因多态性进行了检测.结果 CYP1A1基因7号外显子A4889G多态位点A,G等位基因频率分别为75.0%和25.0%.AA,AG,GG基因型分布频率分别为57.5%,35.0%,7.5%;CYP1A1基因3′端非翻译区的MspⅠ多态位点m1及m2等位基因的频率分别为65.0%及35.0%.m1m1,m1m2,m2m2基因型分布频率分别为42.5%,45.0%,12.5%.广东汉族妇女CYP1A1基因A4889G多态与MspⅠ多态存在连锁不平衡关系(χ2=23.394,P<0.005).结论广东汉族妇女CYP1A1基因多态分布与日本人相近,与欧美人不同.广东汉族妇女CYP1A1基因两位点多态存在连锁不平衡关系.
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ATM基因rs664982位点单核苷酸多态性与食管癌易感性研究
目的 研究共济失调毛细血管扩张征突变(ATM)基因rs664982位点单核苷酸多态性与患食管癌易感性之间的关系.方法 采用测序技术对183例食管癌患者(食管癌组)及125例体检健康者(对照组)进行ATM基因单核苷酸多态性分型检测；应用非条件Logistic回归统计分析ATM rs664982单核苷酸多态性与食管癌的相关性；利用SHEsis软件分析rs664982和rs664143连锁不平衡性及其单体型与疾病的相关性.结果 食管癌组吸烟者及有肿瘤家族史者所占比例高于对照组(P＜0.05)；ATM rs664982基因型与性别、年龄、饮酒在食管癌组与对照组相比无统计学差异(P＞0.05),ATM rs664982基因型与吸烟、肿瘤家族史在食管癌组与对照组相比有统计学差异(P＜0.05)；与基因型C/C比较,T/T基因型可增加食管癌发病风险,C/T基因型可降低发病风险；rs664982和rs664143没有强的连锁不平衡性.结论 不同种族人群存在不同的ATM基因多态性,这可能是导致不同种族人群食管癌发病率和临床表现存在显著不同的因素之一.
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AGT基因rs1926723、rs699及rs4762多态性与肺血栓栓塞症的相关性研究
目的 探讨中国汉族人血管紧张素原(AGT)基因3个常见变异位点rs1926723、rs699和rs4762与肺血栓栓塞症(PTE)易感性的关系.方法 将确诊的95例PTE患者作为PTE病例组,均来自无血缘关系的汉族人群;163例健康人作为对照组.采集上述人员空腹静脉血0.5 mL,用BioChain全血基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA,紫外分光光度计定量.挑选AGT基因中次要等位基因频率(MAF)>0.05的3个常见单核苷酸多态性位点(rs1926723、rs699和rs4762),经聚合酶链反应(PCR)-Sanger法测序验证,比较两组人员各位点基因型及等位基因分布频率的差异,通过Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性及单倍型与PTE的相关性.结果 AGT基因rs1926723(C/T)及rs699(A/G)位点在PTE病例组和对照组间的分布均存在显著性差异(P<0.05);rs1926723中TT基因型及rs699中GG基因型与PTE的发生呈负关联,OR(95%CI)分别为0.484(0.289～0.810)和0.463(0.263～0.816);调整年龄、性别混杂前后,rs4762(G/A)位点在PTE病例组和对照组间的分布均无显著性差异(P>0.05).PTE病例组和对照组中T-G-G单倍型的分布存在显著性差异[P<0.05,OR(95%CI):0.493(0.342～0.710)].结论 AGT基因rs1926723及rs699位点的变异与PTE相关,rs1926723中TT基因型携带、rs699中GG基因型携带及单倍型T-G-G携带可预示较低的PTE发病风险.
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6号染色体微卫星标记与哮喘表型的连锁不平衡研究
目的探索6号染色体的有关微卫星标记与哮喘表型的关系.方法对20个哮喘同胞及核心家系成员分别测定支气管反应性、总IgE、皮肤挑刺试验和外周血嗜酸性粒细胞的测定,并以此为哮喘的表型,与分布于6号染色体的16个微卫星标记进行连锁不平衡分析.用ETDT软件软件系统完成所有连锁不平衡分析.结果在4种不同表型下,只有D6S1610位点与特应症的皮肤挑刺试验的连锁不平衡关系具有显著性意义.结论 6号染色体短臂D6S1610附近可能存在特应症的易感基因.
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Megsin基因3个多态性位点与亚洲人群IgA肾病易感性关联的Meta分析
目的 通过Meta分析评估亚洲人群Megsin基因3个多态性位点(rs1055901、rs1055902和rs2689399)与IgA肾病易感性的关联.方法 通过中国知网、维普、万方数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed、Web of Science和Google学术数据库数据库,电子检索关于亚洲人群Megsin基因rs1055901、rs1055902和rs2689399多态性位点与IgA肾病相关性的研究,检索年限为1960年1月1日开始至2016年5月2日.采用Stata12.0软件计算合并比值比(OR)和95％置信区间(CI),并进行敏感性及发表偏倚分析.结果 终纳入6篇文献(含9项研究),包含2 179例IgA肾病患者和1 769例健康对照.Meta分析结果显示,Megsin基因rs1055901、rs1055902多态性位点与亚洲人群IgA肾病易感性无明显关联.然而,Megsin基因rs2689399位点与亚洲人群IgA肾病易感性呈显著负相关(G和C:OR=0.754,95％CI 0.592～0.961,P=0.022;GG和CC:OR=0.506,95％CI0.287～0.892,P=0.019;GG和GC+CC:OR=0.551,95％CI 0.316～0.961,P=0.036).结论 Megsin基因的rs2689399位点的G等位基因、GG基因型可能是亚洲人群IgA肾病的保护因子.
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TIMP-3启动子区-1296T/C、-915A/G基因多态性与汉族人群动脉粥样硬化性脑梗塞的关联分析
目的 探讨基质金属蛋白酶抑制剂-3 (tissue inhibitor of metalloproteinase-3,TIMP-3)基因启动子区-1296T/C、-915A/G位点基因多态性与动脉粥样硬化性脑梗塞的关系.方法 对485例动脉粥样硬化性脑梗塞和525名健康体检者进行研究,采用DNA直接测序法分析TIMP-3基因启动子区-1296T/C、-915A/G多态性,同时用ELlSA法测定血清TIMP-3水平.结果 脑梗塞组和健康对照组之间基因型和等位基因频率比较差异均有统计学意义(x2=5.227和5.869,P值为0.022和0.015),-1296T/C与-915A/G之间存在完全连锁不平衡关系(D'=1.0,r2=0.991).脑梗塞组患者48 h内血清TIMP-3为(248.90±97.10)pg/mL,对照组为(200.17±79.70) pg/mL,两组比较差别有统计学意义(t=2.098,P=0.039).结论 TIMP-3基因启动子区-1296T/C、-915A/G两位点存在连锁不平衡关系,且两位点的多态性与中国汉族人群动脉粥样硬化性脑梗塞遗传易感性有关,TIMP-3基因多态性可能是中国人群动脉粥样硬化性脑梗塞高危人群筛选的标志和干预靶点.
关键词： 基质金属蛋自酶抑制剂3 单核苷酸多态性 连锁不平衡 脑梗塞
