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大肠杆菌肽脱甲酰基酶的表达、纯化及活性检测
肽脱甲酰基酶(peptide deformylase,PDF)是原核生物生长、代谢、繁殖必不可少的关键酶,而在人类和其他哺乳动物中不发挥明显作用,因而被视为新一代广谱抗生素药物筛选的理想靶点.早被发现并进行研究的是大肠杆菌的PDF,但其体外活性非常低且不稳定,20世纪90年代以来人们一直在对不同金属离子形式的PDF进行研究,以获得既稳定活性又高的PDF.
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多株幽门螺杆菌肽脱甲酰基酶基因克隆及序列比较
目的为开发以幽门螺杆菌(Hp)肽脱甲酰基酶为靶位的新药,首先考察该基因的保守性. 方法从我国不同地区分离、选择多株Hp,培养并提取细菌DNA,设计特异引物以PCR方法扩增其肽脱甲酰基酶基因(def),并克隆到pGEM T-Easy载体中,转化大肠杆菌,提取质粒鉴定重组质粒并测序. 结果经序列比较,发现def基因有高度保守性,在重要的基序点未发生变异. 结论本研究为以肽脱甲酰基酶作为靶位筛选药物提供了依据.
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新一代广谱抗生素药物筛选靶点肽脱甲酰基酶的研究进展
肽脱甲酰基酶(peptide deformylase,PDF)存在于所有原核生物中,是其生长、代谢、繁殖必不可少的关键酶,但不存在于人类与其他哺乳动物细胞内,因而被视为新一代广谱抗生素药物筛选的理想靶点.现介绍PDF的结构、功能、理化性质以及作为药物筛选靶点的优良特点,此外,还简单介绍该酶与其抑制剂相互作用机制和以该酶为靶点新药研究进展.
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肽脱甲酰基酶抑制剂LBM-415的研究进展
]肽脱甲酰基酶(PDF)作为细菌蛋白质合成过程中的关键酶之一,是一种较理想的抗微生物药物作用靶点.随着PDF晶体结构和作用机制的阐明,PDF抑制剂的研究已经成为近年来抗菌领域研究开发的热点.LBM-415(原名NVP-PDF-713)是一种已经进入临床研究的PDF抑制剂,研究表明其对多种病原菌均有显著的抑制活性.现就其合成方法、药理作用、药动学等方面的研究进行综述.
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Actinonin与肽脱甲酰基酶作用模式的分子动力学模拟研究
目的:研究actinonin与脱甲酰基酶的相互作用模式,阐述基于actinonin进行特异性人肽脱甲酰基酶(HsPDF)抑制剂设计思路。方法使用分子动力学模拟和MM/GBSA自由能计算等方法来研究各种肽脱甲酰基酶(PDF)与actinonin的相互作用模式,定量描述PDF关键残基与actinonin的结合自由能。结果在与actinonin结合方面,HsPDF作为PDF1A的代表,与PDF1B和PDF2比较,存在3个明显差异:与HsPDF的motif 1相互作用较强,与motif 2较弱,而与PDF1B和PDF2的motif 1相互作用较弱,而与motif 2相互作用较强;与HsPDF的Leu131和Met145相互作用较强,而这些相互作用在 PDF1B和PDF2是不存在的;与HsPDF的Trp207存在很强的结合自由能,而与PDF1B和PDF2在相同位置的残基相互作用较弱。结论利用分子动力学模拟的方法,研究actinonin与PDF的相互作用模式,阐述HsPDF与其他类型PDF在活性位点的差异,为基于actinonin的特异性HsPDF抑制剂的设计提出了思路。
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作用于细菌蛋白质合成的全合成抗菌剂研究进展
肽脱甲酰基酶抑制剂和噁唑烷酮类抗菌剂是近年来新型全合成抗菌药的研究热点,它们都作用于细菌蛋白质的合成.本文综述了这两类抗菌剂近年来结构修饰及构效关系的研究进展,为进一步的新药研究提供参考.
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幽门螺杆菌肽脱甲酰基酶基因的表达、纯化与活性检测
目的高效表达幽门螺杆菌肽脱甲酰基酶(PDF)蛋白.方法以PCR方法克隆肽脱甲酰基酶基因(def),构建了融合表达载体pET-32a-def,在宿主菌BL21中进行了诱导表达.结果重组产物获高效表达,部分产物以可溶状态存在,经纯化后具有肽脱甲酰基酶活性.结论为PDF特性分析及PDF抑制剂筛选奠定了基础.
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肽脱甲酰基酶:新一代广谱抗菌药物靶位
自从20世纪初发现青霉素以来,抗生素家族日益壮大,并且成为治疗感染性疾病的有效的手段.但长期应用中,细菌耐药的问题也逐渐被越来越多的人关注.近10年来,细菌耐药的情况更是日益严重.而传统的抗生素筛选方法,因其筛选出的抗菌药物与现有药物结构的相似,不能从根本上解决耐药性的迅速产生.因此,新型抗菌药物的发展已迫在眉睫.随着分子生物学的发展和基因组学的深入研究,从基因水平寻找新抗生素成为可能.
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以大肠埃希氏菌肽脱甲酰基酶为靶点的高通量筛选模型的建立
本文用PCR法从大肠埃希氏菌K-12中克隆出肽脱甲酰基酶(peptide deformylase,PDF)基因,通过测序确证与文献报道的pdf基因序列完全一致.将pdf连接到原核蛋白表达载体pET-30-a(+)上,并转化到大肠埃希氏菌BL21(DE3)菌株中,IPTG诱导表达.过量表达的PDF酶用Q Sepharose HP离子交换柱和Superdex 75纯化得到高纯度Ni-PDF.应用荧光测试仪PolarFluostar检测PDF对底物For-Met-Ala-Ser的水解活性,PDF酶的已知抑制剂放线酰胺素(actinonin)为阳性对照,通过优化酶反应条件,建立了以PDF为靶点的高通量药物筛选模型.
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肽脱甲酰基酶及其抑制剂的研究进展
细菌的耐药性问题日益严峻,给临床治疗带来极大困难.研发新型抗耐药菌药物,寻找新的靶点成为目前的研究热点.肽脱甲酰基酶(peptide deformylase,PDF)是细菌蛋白质合成过程中的一种关键酶,普遍存在于大多数病原体中,且易于进行体外检测,是一个较理想的靶点.本文简单介绍了PDF的结构、催化机制,系统归纳了近年来PDF抑制剂结构修饰及构效关系方面的研究进展.构效关系研究表明具有较强抑制作用的PDF抑制剂多为拟肽类化合物.在PDF抑制剂的筛选中,其选择性应得到重视.
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基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究
目的 通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶(Peptide deformylase,PDF)的小分子抑制剂.方法 从PDB(Protein Data Bank)数据库中获得与肠球菌(Enteroccous faecium)PDF序列相似性高的肺炎链球菌PDF的X-射线衍射晶体结构,应用Sybyl7.3软件中的Surflex-Dock对我室微生物天然产物数据库(Microbial Natural Products Database,MNPD)中约15000个样品进行虚拟筛选;采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛选获得的部分高得分化合物对PDF酶的抑制作用和抗菌活性.结果 应用Surflex-Dock虚拟筛选获得得分达5.17及以上的命中化合物651个,经综合分析,挑选出其中5个化合物进行进一步的体外生物学活性研究,结果表明,1个化合物(spergualin)有一定的PDF抑制活性和抗菌活性,其它4个化合物仅有弱活性或无活性.结论 发现化合物spergualin具有一定的PDF抑制活性和抗耐药表皮葡萄球菌活性.证实了计算机虚拟筛选与实物筛选相结合可明显提高PDF酶抑制剂的筛选效率.