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基于癌基因组图谱挖掘胃癌预后相关基因
目的 利用癌基因组图谱数据库中的大量胃癌基因组数据,在高频突变或肿瘤组织高表达的基因中挖掘与临床分化和预后相关的基因.方法 从癌基因组图谱数据集中下载胃癌基因组的突变数据,基因表达数据以及病例样本的临床信息资料.筛选并统计出现有害突变频率较高的基因,并比较这些基因在不同分化程度病例中的突变次数.同时利用DESeq2对基因表达数据进行差异表达分析,对于在肿瘤组织中高表达的基因做生存分析,使用Log-rank检验并做FDR校正,筛选出mRNA表达量与胃癌预后相关联的基因.结果 突变分析得到PIK3CA和APC的有害突变频率在不同分化程度的胃癌存在差异(Fisher's exact test:P＜0.05).差异表达分析得到2 040个在肿瘤组织中上调的基因,2 357个在肿瘤组织中下调的基因.生存分析得到8个对胃癌预后有影响的基因,1个为保护因素,7个危险因素.结论 本研究通过挖掘癌基因组图谱中的胃癌数据集,得到了ANGPT2、MMP10和WISP3等与胃癌分化及预后相关的基因,为接下来的研究提供了线索和依据,也为临床治疗提示了新的预后指标.
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利用TCGA数据集分析PPFIA3在三阴性乳腺癌中的表达及临床意义△
目的 初步探讨PPFIA3在三阴性乳腺癌患者中的表达及临床意义.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载三阴性乳腺癌患者基因表达及临床特征数据,分析PPFIA3表达与患者临床特征的关系及其对预后的影响.通过构建与PPFIA3相关的共表达网络,对共表达基因集进行KEGG信号通路富集分析.结果 PPFIA3在肿瘤组织中的表达水平明显高于癌旁正常组织(P﹤0.01);T3～4期、淋巴结转移患者的PPFIA3表达水平均高于T1～2期、淋巴结未转移患者(P=0.025、0.027).生存分析表明PPFIA3高表达的患者中位生存期明显短于PPFIA3低表达的患者(P=0.009).KEGG信号通路富集分析显示与PPFIA3共表达的基因参与肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂素活化蛋白激酶(MAPK)和雷帕霉素靶蛋白(MTOR)信号通路,氨基糖与核苷酸糖代谢等通路的信号转导.结论 PPFIA3可能通过TNF、MAPK、MTOR等信号通路参与三阴性乳腺癌细胞的增殖、转移等过程,在三阴性乳腺癌中,PPFIA3高表达提示预后不良,其可能作为预测三阴性乳腺癌患者预后的有效生物标志物.
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癌症基因组学相关数据管理与应用探析
目的：梳理美国癌症基因组图谱计划相关数据的收集、整理、组织、共享及应用情况，为建立及完善国家级大型的癌症基因组学相关数据开放资源提供参考。方法：系统调研TCGA计划的数据管理相关机构工作流程、数据共享利用等方面的解决方案和佳实践。结果：TCGA计划通过多中心合作，建立了组织样本采集、处理、质量控制、序列测定、特征分析、数据共享与研究应用等全链条的癌症基因组图谱数据管理流程，从所属癌症、数据类型、处理水平等角度对数据进行精细分类，并针对汇总数据和个体数据分别采取开放存取和受控访问两种共享机制，研究者利用其共享数据开展了相关癌症特征基因的突变、扩增和缺失以及受影响的信号通路等多方面研究。结论：癌症基因组图谱计划的实践探索可为大规模癌症基因组学相关研究计划的实施提供数据管理方面的经验与参考。
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利用TCGA及GEO数据集分析claudin11在胃癌中的表达及临床意义
[目的]研究claudin11在胃癌中的表达及临床价值,预测claudin11参与肿瘤发生发展的机制.[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(gene expression omnibu,GEO)数据库收集胃癌数据集,下载claudin11基因表达谱及临床信息.分析claudin11表达和临床病理学参数的相关性及对预后的影响.采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法预测claudin11的调控基因.[结果]在TCGA数据集中claudin11表达水平与年龄(P=0.031)、T分期(P=0.007)、有无淋巴结转移(P=0.039)、TNM分期(P=0.03)及分化程度(P＜0.001)相关.Claudin11高表达患者总生存期明显短于低表达患者(P＜0.001).Claudin11高表达样本富集了细胞黏附、紧密连接、细胞外基质、骨架蛋白调控等相关等基因集.[结论]Claudin11在胃癌中是一种不良预后因素,可以作为判断预后的标志物.
关键词： 胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关的基因表达汇编 claudin11 预后 -
高通量数据分析DNA损伤诱导转录样蛋白4在脑多形性胶质母细胞瘤中表达及临床意义
目的 探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制.方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeqV2数据,以及GBM样本数据集GSE7696的系列矩阵数据.应用Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归分析方法确定DDIT4L的预后价值,采用基因集富集分析方法分析DDIT4L相关的信号通路.结果 DDIT4L高表达是提示GBM术后患者预后不良的独立因素,其高表达与烟酸-烟酰胺代谢、组氨酸代谢、氮代谢、苯丙氨酸代谢相关通路增强有关.结论 DDIT4L高表达的GBM患者预后不良,可能通过对GBM中的烟酸-烟酰胺、组氨酸、氮或苯丙氨酸代谢的调节而发挥促肿瘤作用.
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骨形成蛋白2在脑多形性胶质母细胞瘤中的表达及临床意义
目的 分析人多形性胶质母细胞瘤(GBM)中骨形成蛋白2(BMP2)表达的预后意义和可能的相关信号机制.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取GBM标本的RNASeqV2数据,从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM样本数据集GSE7696的表达谱数据.利用单因素Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归法确定BMP2表达与GBM患者预后的关系.利用基因集富集分析方法预测BMP2相关的基因通路.结果 低表达BMP2是GBM术后患者预后不良的独立因素.BMP2低表达富集了干扰素α反应的相关通路.结论 GBM组织中BMP2低表达预示患者预后不良,其作用机制可能是干扰素α反应基因异常.
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利用TCGA数据集分析AKT3在胃癌中的表达及临床意义
目的：研究AKT3在胃癌中的表达情况，预测并探讨AKT3参与肿瘤发生发展的可能机制及临床价值。方法从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集胃癌数据集，下载AKT3基因表达谱资料及临床信息资料。分析AKT3表达与胃癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响。采用基因集富集分析（GSEA）方法预测AKT3的调控基因。结果 AKT3表达水平与肿瘤浸润深度（P=0.001）、TNM分期（P=0.049）、分化程度（P<0.001）相关，肿瘤恶性程度越高，AKT3表达越高。AKT3高表达患者总生存期明显短于低表达患者（P<0.001）。AKT3高表达样本富集了细胞黏附、骨架蛋白调控、紧密连接、TGF?β通路等基因集。结论在胃癌中，AKT3高表达是一种预后不良因素，可以作为预测患者转移发生、判断预后的有效生物标志物。
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乳腺癌组织中CD151mRNA和蛋白表达的临床病理学意义
目的 探讨CD151 mRNA和蛋白在乳腺癌中的表达及临床病理学意义.方法 采用免疫组织化学染色检测CD151蛋白在乳腺癌组织中的表达情况,用统计学方法分析CD151表达与临床特征的关系.结果 CD151蛋白在乳腺癌组织高表达,在正常乳腺导管上皮几乎不表达.在乳腺癌组织,CD151蛋白的高表达与淋巴结转移、ER、PR、HER2和分子分型密切相关.结论 CD151乳腺癌,尤其是在Luminal B型和TNBC型,可作为评估乳腺癌转移潜能和预后的重要指标.
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肝细胞癌组织核因子E2相关因子3表达变化及意义
目的 探讨核因子E2相关因子3(NFE2L3)在肝细胞癌发生、发展中的作用.方法 选取肝细胞癌患者44例,采用免疫组化两步法检测肝癌组织及癌旁正常组织NFE2L3表达,分析肝癌组织NFE2L3表达与患者临床病理参数的关系;分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库肝细胞癌数据集中371例份肝癌组织和51例份癌旁正常组织中NFE2L3差异表达情况.结果 肝癌组织与癌旁正常组织NFE2L3阳性表达率分别为70.45％(31/44)、15.91％(7/44),肝癌组织NFE2L3阳性表达率明显高于癌旁正常组织(P<0.05).肝癌组织NFE2L3阳性表达与肿瘤组织分化程度、患者是否合并乙肝相关(P均<0.01),与患者年龄、性别、是否合并肝硬化、肝功能分级及TNM分期均无关(P均>0.05).TCGA数据库肝细胞癌数据集分析显示,肝癌组织NFE2L3表达显著高于癌旁正常组织,log2FC(肝癌组织与癌旁正常组织差异表达倍数)=0.750121651,AveExpr(NFE2L3平均表达值)=2.336727847,P<0.01.结论 NFE2L3可能作为促癌因子参与肝细胞癌的发生、发展.
关键词： 肝细胞癌 核因子E2相关因子3 临床病理特征 癌症基因组图谱 -
胃癌组织 ATP1 A2的表达及机制探讨
目的：观察胃癌组织ATP酶α2亚基（ ATP1A2）表达情况，探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱（ TCGA）数据库下载并预处理胃癌RNASeqV2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编（ GEO）数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据，通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例，通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据，将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序，按33％、67％者将数据三等分，低于33％者为低表达，高于67％者为高表达，两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系，比较低、中、高表达者中位生存时间，利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中，ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例；不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关（P均＞0．05），与T分期、N分期、pTNM分期及组织分化程度有关（P均＜0．05）；ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36．9和26个月，三者间比较P＜0．01。 GEO数据集纳入的300例胃癌患者中，ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例；不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、pTNM分期及Lauren分型均有关（P均＜0．05）；ATP1A2高表达者的中位生存时间为31个月，较低表达和中表达者中位生存时间明显延长（P＜0．01）。 ATP1A2高表达富集了黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等相关的基因通路（P＜0．05或＜0．01）。结论胃癌组织中ATP1A2高表达，其高表达预示患者预后不良；ATP1A2高表达导致黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等基因通路异常可能是其作用机制。
关键词： 胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 ATP酶α2亚基 -
弥漫大B细胞淋巴瘤分子遗传学研究进展
弥漫性大B细胞淋巴瘤是成年人发病率较高的中高度恶性淋巴瘤,具有明显分子遗传和免疫表型异质性.通过国际预后指数对弥漫性大B细胞淋巴瘤进行预后评价的临床体系存在一定局限性,不能反映肿瘤发生过程中存在的分子生物学异质性.全基因组测序和转录组测序可鉴定遗传驱动因子,筛选驱动肿瘤生长的原癌基因,有助于分析该基因的功能并优化预后.本文就弥漫性大B细胞淋巴瘤的基因表达谱和预后模型的研究进展作一综述.
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MLLT10在肝细胞肝癌中的表达及临床意义
目的 探讨MLLT10的表达水平在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及临床意义.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对MLLT10在HCC癌组织及癌旁正常组织中的表达水平进行分析,分析MLLT10的表达水平与HCC患者的年龄、性别、血清甲胎蛋白(AFP)、肿瘤TNM分期、病理分级、整体生存率和无进展生存率的关系.结果 MLLT10在HCC癌组织中的表达水平高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05).性别、肿瘤TNM分期和病理分级与HCC癌组织MLLT10的表达水平有关(P<0.05).年龄和血清AFP水平与HCC癌组织MLLT10的表达水平无关(P>0.05).MLLT10高水平表达HCC患者的整体生存率和无进展生存率均低于MLLT10低水平表达者,差异有统计学意义(均P<0.05).结论 MLLT10可能参与HCC的发生和发展,有望成为检测HCC的肿瘤标志物和预后判断因子.
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miR-197在肝细胞肝癌组织中的表达及临床意义
目的 探讨microRNA-197(miR-197)在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及临床意义.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)中提取有关HCC的miR-197基因表达谱和相关临床特征及预后信息,利用SPSS统计学软件分析miR-197在HCC癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,分析miR-197与HCC患者临床特征及预后的相关性.结果 miR-197在HCC癌组织中的表达量低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05).TNM分期与HCC癌组织miR-197表达水平有关(P<0.05).性别、年龄、病理分级、血清AFP水平与HCC癌组织miR-197表达水平无关(P>0.05).miR-197高表达组HCC患者的整体生存率高于miR-197低表达组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 miR-197可参与HCC的发生发展过程,有望被作为早期诊断HCC的生物标志物.
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KIF18A在肺腺癌中的诊断和预测价值
目的 研究KIF18A在肺腺癌中的诊断和预测价值.方法 通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和郑州大学第一附属医院临床标本的分析,探讨KIF18A表达在预测肺腺癌患者预后中的作用.采用Kaplan-Meier分析研究KIF18A的表达水平与肺腺癌患者的生存时间之间的关系.采用多变量Cox回归模型研究KIF18A的表达水平能否独立判断肺腺癌患者的预后.结果 通过对TCGA数据库的分析和临床组织标本的检验显示,KIF18A在肺腺癌中的表达量比在正常肺组织中高.Log-rank生存分析显示,KIF18A表达量高的患者总体存活率较低.KIF18A的高表达与患者的性别、临床分期、肿瘤分期和远处转移相关.多变量Cox回归模型分析显示,KIF18A的表达水平是肺腺癌患者总体生存状态的独立预测因子.结论 KIF18A在人肺腺癌中高表达,并且其表达水平是肺腺癌患者总体生存状态的独立预测因子.
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利用TCGA数据库分析GRB2在肝细胞肝癌中的表达及临床意义
目的 分析GRB2在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,进而预测GRB2与HCC发生发展的关系.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)中选取HCC中GRB2的基因表达谱及相关临床和病理资料,分析GRB2在HCC癌组织和癌旁组织中的表达情况以及HCC癌组织中GRB2表达量与HCC患者临床特征及预后的关系.结果 GRB2在HCC癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05).GRB2表达水平与HCC临床病理分级、TNM分期、血清甲胎蛋白(AFP)水平相关,HCC临床病理分级、TNM分期、血清AFP水平越高,GRB2表达量越高(P<0.05).COX多因素分析显示GRB2高表达和TNM分期是影响HCC患者预后的独立危险因素.结论 GRB2可作为促癌基因在HCC患者的肿瘤组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标.
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利用TCGA数据库分析Calpain-9在结肠癌中的表达及临床意义
目的:研究Calpain-9在结肠癌中的表达以及临床价值,预测Calpain-9在结肠癌发生发展中的作用.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)下载结肠癌数据集,获得Calpain-9基因表达谱和临床信息.分析Calpain-9在结肠癌中表达的情况,其表达和临床病理学参数的相关性以及对预后的影响.用基因富集化分析的方法预测Calpain-9在结肠癌中调控的通路.结果:在TCGA数据集中,Calpain-9在肿瘤组织中低表达,其表达与组织学类型相关.Calpain-9低表达的患者总体生存期明显低于Calpain-9高表达的患者.Cox多因素分析提示T分期、M分期、Calpain-9表达状态是影响结肠癌患者预后的独立因素.Calpain-9低表达的样本富集到DNA复制、细胞周期等基因集.结论:Calpain-9可以作为抑癌基因在结肠癌中发挥作用,有望成为判断结肠癌预后的指标或者是治疗靶点.
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利用TCGA数据库分析miR-196b在结直肠癌患者中的临床表达特征并探索miR-196b的体外抗5-FU作用
目的:研究微小RNA(miR)-196b在结直肠癌患者中的表达及其临床意义,探讨过表达miR-196b的结直肠癌细胞对5-氟尿嘧啶(5-FU)的敏感性.方法:在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)公共数据库下载结直肠癌患者miRNA测序数据及其对应的临床病理资料,运用SPSS 17.0分析miR-196b在结直肠癌患者中的表达水平以及临床特征;采用瞬时转染的方法在人结直肠癌HCT116细胞中过表达miR-196b,并用MTS法分析过表达miR-196b的细胞对5-FU药物敏感性的变化.结果:miR-196b高表达与结直肠癌患者淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05),与年龄和性别等无相关性.淋巴结转移和远处转移是直肠癌患者生存的独立影响因子(P<0.05),miR-196b的表达水平与患者生存状况无关.过表达miR-196b的HCT116细胞在不同浓度的5-FU作用下,细胞存活率均明显高于对照组(P<0.05).结论:miR-196b可能是结直肠癌患者肿瘤分期和淋巴结转移的分子标志物,并可降低结直肠癌细胞对5-FU的敏感性.
关键词： 结直肠癌 癌症基因组图谱 微小RNA-196b 5-氟尿嘧啶 抗药性 -
KIF20 A基因在肝癌细胞及组织中的表达及临床意义
目的：探讨KIF20A在肝癌细胞系、肝癌组织及癌旁组织中的表达，并分析其临床意义。方法：采用RT-PCR和 western blot 检测正常永生化肝细胞 LO2和肝癌细胞 QGY7701、HCC9810、QGY7703、HepG2、SMMC7721、Huh7及Hep3B细胞内KIF2OA mRNA和蛋白的表达水平，同时检测KIF20A mRNA和蛋白在5对肝癌组织及相应癌旁组织的表达情况；通过癌症基因组图谱（ TCGA）分析KIF20A表达与肝癌患者肿瘤分级和生存预后的关系。结果：KIF20A mRNA和蛋白在肝癌细胞中表达水平高于正常永生化肝细胞LO2中的表达，在肝癌组织中的表达水平高于配对癌旁组织（ P<0.05）；通过TCGA分析发现，KIF20A mRNA的表达与肝癌肿瘤分级及生存预后有关。结论：KIF20A在人肝癌细胞和肝癌组织中高表达，其高表达与肝癌肿瘤分级和不良预后有关。
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过氧化物酶1在卵巢上皮性浆液性肿瘤中的表达及其临床意义
目的:检测过氧化物酶1(peroxiredoxin 1,PRDX1)在卵巢上皮性浆液性癌中的表达,探讨并预测PRDX1参与肿瘤发生发展的机制及其临床意义.方法:采用免疫组化SP法检测55例卵巢上皮性浆液性乳头状癌、11例卵巢上皮性交界性肿瘤、21例卵巢上皮性良性肿瘤以及15例正常卵巢组织中PRDX1的表达情况,利用单因素和多因素Cox回归模型分析其与卵巢上皮性浆液性乳头状癌临床病理参数及预后的关系.从癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集374个卵巢癌样本,并对PRDX1进行基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA).结果:PRDX1以胞浆着色为主.PRDX1在卵巢上皮性浆液性乳头状癌中的阳性率(96.36％)明显高于卵巢上皮性交界性肿瘤(72.72％)、卵巢上皮性良性肿瘤(57.14％)及正常卵巢组织(20％)(P均＜0.05).在卵巢上皮性浆液性乳头状癌中,PRDX1表达随FIGO分期增加而增加(P＜0.05),PRDX1为影响卵巢上皮性浆液性癌预后的独立危险因素(P＜0.05).基因富集分析发现PRDX1高表达样本富集到氧化磷酸化基因集,PRDX1低表达样本富集到Wnt信号通路、ErbB信号通路、Notch信号通路、癌症信号通路、黏附桥接等基因集.结论:PRDX1参与调控肿瘤Wnt、ErbB、细胞黏附、氧化应激等信号通路,其表达与卵巢癌的发生、发展及预后相关,可作为卵巢癌预后的标记物.
关键词： 卵巢上皮性浆液性肿瘤 过氧化物酶1 免疫组织化学 癌症基因组图谱 预后 -
利用癌症基因组图谱对乳腺癌患者CDH1基因突变分析
目的:应用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析乳腺癌中E-钙黏蛋白(CDH1)基因突变情况.方法:从TCGA数据库收集乳腺癌数据集1098例,按照CDH1是否发生突变分为未突变组(986例)和突变组(112例),统计患者临床信息,应用cBioPortal网站对数据集进行突变分析、基因共表达分析及生存期等分析.结果:在1098个病例中,CDH1突变112例(占10.4%),其中Q23*突变多,共6例,P127Afs*41、R63*突变各有4例,E243K、R335*及X722_splice缺失各3例, N166Mfs*49、Q195*、X646_splice缺失各2例,另有72个病例突变位点各不相同.结论:乳腺癌患者的CDH1基因突变有较高发生率,占比10.1%,Q23*、P127Afs*41、R63*、E243K、R335*、X722_splice、N166Mfs*49、Q195*、X646_splice等突变频率较高,这些突变有可能为研究乳腺癌的发病及诊治提高新的思路.
