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高通量数据分析DNA损伤诱导转录样蛋白4在脑多形性胶质母细胞瘤中表达及临床意义
目的 探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制.方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeqV2数据,以及GBM样本数据集GSE7696的系列矩阵数据.应用Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归分析方法确定DDIT4L的预后价值,采用基因集富集分析方法分析DDIT4L相关的信号通路.结果 DDIT4L高表达是提示GBM术后患者预后不良的独立因素,其高表达与烟酸-烟酰胺代谢、组氨酸代谢、氮代谢、苯丙氨酸代谢相关通路增强有关.结论 DDIT4L高表达的GBM患者预后不良,可能通过对GBM中的烟酸-烟酰胺、组氨酸、氮或苯丙氨酸代谢的调节而发挥促肿瘤作用.
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胃癌组织 ATP1 A2的表达及机制探讨
目的：观察胃癌组织ATP酶α2亚基（ ATP1A2）表达情况，探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱（ TCGA）数据库下载并预处理胃癌RNASeqV2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编（ GEO）数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据，通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例，通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据，将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序，按33％、67％者将数据三等分，低于33％者为低表达，高于67％者为高表达，两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系，比较低、中、高表达者中位生存时间，利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中，ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例；不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关（P均＞0．05），与T分期、N分期、pTNM分期及组织分化程度有关（P均＜0．05）；ATP1A2低、中、高表达者中位生存时间分别为70、36．9和26个月，三者间比较P＜0．01。 GEO数据集纳入的300例胃癌患者中，ATP1A2低、中、高表达者分别为99、102、99例；不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、pTNM分期及Lauren分型均有关（P均＜0．05）；ATP1A2高表达者的中位生存时间为31个月，较低表达和中表达者中位生存时间明显延长（P＜0．01）。 ATP1A2高表达富集了黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等相关的基因通路（P＜0．05或＜0．01）。结论胃癌组织中ATP1A2高表达，其高表达预示患者预后不良；ATP1A2高表达导致黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等基因通路异常可能是其作用机制。
关键词： 胃癌 癌症基因组图谱 人类肿瘤相关基因表达汇编 ATP酶α2亚基 -
利用GEO数据集分析USP51在胃癌中的表达及临床意义
目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值.方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,只保留临床资料和生存信息完整的患者病例,共收录胃癌患者295例.分析不同USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性,以及对胃癌预后的影响.采用基因集富集分析方法分析和预测受USP51调控的相关基因.结果:USP51表达水平与胃癌患者年龄、T分期、pTNM分期及Lauren分型均有关(P均＜0.05),与胃癌患者性别及N分期无关(P均＞0.05).随着USP51表达程度的增加,胃癌患者总生存时间(overall survival,OS)明显缩短(P＜O.001).USP51高表达富集了黏着斑通路、钙离子信号通路、细胞黏附分子和细胞外基质等相关的基因通路(P＜0.05,FDR＜ 0.25).结论:在胃癌中,USP51高表达是一种预后不良因素,推测其可以作为判断胃癌患者预后的有效生物标志物以及治疗靶点.
关键词： 胃癌 人类肿瘤相关基因表达汇编 USP51 预后
