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浅析药学学科中的信息化教育策略
在药学学科教学中,由于学科特性,传统教学方法单一,教学内容较为枯燥,难以有效调动起学生的学习兴趣,课堂氛围沉闷.而在药学学科教学中应用现代化信息技术,提升信息化教育水平,可以将沉闷的专业知识生动、形象地展现在学生面前,充分发挥学生主体能动性,提升教学成效.该文从药学信息化角度着手分析,优化课程设置,创新药学课程内容,为社会培养更多高素质人才.
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植物类中药寒热药性与有机成分单一化合物相关性的文献研究
目的:探寻化学成分与中药寒热属性的相关性.方法:利用现有文献提供的信息资料,通过文献检索收集植物药化学成分信息,利用化学信息学对资料进行整理,运用多种数据统计分析与挖掘方法分析化学信息数据,建立Logistic回归方程,对中药寒热属性进行判别.结果:以有机成分单一化合物建立的Logistic回归方程,可以对中药的寒热属性进行判别.结论:植物类中药寒热药性与有机成分有相关性.
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植物类中药寒热药性与有机成分化合物次级基团相关性的文献研究
目的:探寻植物类中药中有机成分化合物次级基团与植物类中药寒热属性的相关性.方法:利用现有文献提供的信息资料,通过文献检索收集植物类中药化学成分信息,利用化学信息学对资料进行整理,运用多种数据统计分析与挖掘方法分析化学信息数据,建立Logistic回归方程,对植物类中药寒热属性进行判别.结果:以有机成分化合物次级基团建立的Logistic回归方程,可以对植物类中药的寒热属性进行判别.结论:植物类中药寒热药性与有机成分具有相关性.
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中药化学成分抗菌活性化学信息学研究
目的:采用化学信息学方法,分析中药化学成分分子结构特征与其抗菌活性的构效关系.方法:采用Cytoscape 和ChemViz计算中药化学成分与目前临床使用的抗菌药物的二维化学结构相似度以及表征细胞渗透性的拓扑参数TPSA(Topolgical Polar Surface Area,拓扑分子极性表而积).继而计算8大类中药化学成分与已知抗菌药物的整体化学结构相似程度.结果:相比其他类别的中药化学成分,黄酮类化合物表现出与现有抗菌药物较好的结构相似度,适宜的细胞渗透性.结合其较好的药物安全性特点,提示这类化合物可作为进一步合成抗菌药物的优选先导化合物骨架结构来源.结论:化学信息学的应用有助于探究中药化学成分分子结构特征与其抗菌活性的构效关系,寻找合适的抗菌药物先导化合物骨架结构.
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"类代谢物"作为药物库设计和选择的标准
目前药物筛选库受限于预测"类药物"或"类先导物"理想药动学和结构标码的生物物理性质.然而,近来调查表明,为了进入细胞,多数药物需要溶质载体以正常转运自然产生的中间代谢物,很多药物还可能发生相似的相互作用.人代谢物组日益全面的概述使人们可以对"类代谢物"概念进行评价.我们利用有关的化学信息学分子标码空间比较了已知药物和库化合物与天然代谢物(内源分子)的相似性,其中,已知药物比多数库化合物与这些内源分子更类似.
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基于化学信息学方法预测药物靶点的研究进展
网络药理学与多向药理学等新兴学科的出现迫使科学家们重新认识与探索已有药物新的作用机制.药物靶点的预测对阐释药物分子作用机制和老药新用等领域都具有重大意义.本文结合近年来国内外多个课题组的研究成果,主要综述了当前几种基于化学信息学方法预测小分子潜在靶点的方法,包括基于配体结构特征的预测方法、基于蛋白结构特征的预测方法以及基于数据挖掘技术的预测方法,通过应用实例,说明这些方法的优势,并提出今后的发展方向.
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生化信息学在药物创新过程中的重要作用
现代药物创新过程中产生大量实验数据,如基因序列信息、化学结构数据、生物活性指纹数据、基于基因或蛋白质等的微阵列(microarray)表达谱数据等.这些数据来源不同,类型不一,数量庞大,如何从中获取对药物研发人员有指导价值的信息是当前生物信息学和化学信息学工作者面临的难题之一.虽然生物学信息和化学信息有各自不同的特点,但它们之间可能存在某些相关性,只有将两类数据综合分析,才有可能发掘更多有价值的信息.生化信息学研究的是生物信息学与化学信息学的整合.本文讨论药物创新过程中如何整合并分析生物学数据和化学数据,为药物创新研究提供全面的信息学支持.
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化合物类药性的虚拟判断方法研究
目的为组合化学库设计和先导化合物快速确定提供依据.方法结合新近报道的文献资料进行分析述评.结果与结论以化合物的理化性质和结构特征为依据,介绍了各种类药性虚拟判断方法的研究进展.
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化学信息学--药学教育的"新基石"
化学基础课是药学专业教学汁划的重要组成部分,是药学专业学习和发展的基石.早在19世纪初,化学课就被系统地纳入药学专业的课程体系之内,标志着药学教育的化学模式开始形成.随着现代化学理论与技术的发展,其在药学教育中所发挥的作用越来越大.
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系统化学生物学在中药谱效关系研究中的应用展望
中药谱效关系是当前中药研究的前沿课题,其在中药质量控制和疗效评价中起着重要作用.谱效关系研究方法中,药效评价方法及其与化学指纹图谱的联系是必须解决的关键问题之一.现行药理学评价指标多是总体宏观指标,与化学指纹图谱数学关联度不高.系统化学生物学研究对象及内容和中药谱效关系结合紧密,而系统化学生物学中的小分子化合物对生物大分子的调控作用即体现为药效,化学信息学和化学计量学的发展为精确表述它们的关系拓宽了思路.通过对中药谱效关系研究的分析,指出将系统化学生物学方法运用到中药谱效关系研究中,旨在为谱效关系研究开辟更加广阔的道路.
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ChemAxon软件包在计算机辅助药物设计课程中的应用
ChemAxon是一种基于Java的跨平台药物信息学综合软件包，是全球领先的专业性化学软件。主要介绍ChemAxon包中的常用的功能及应用，通过实际案例的使用与分析，探索其在药学专业中通过对其功能的使用和实践。在课程中，该软件可以加深学生对于计算机辅助药物设计中小分子信息处理的理解与使用，从而提高学生的综合能力。
关键词： ChemAxon化学软件 计算机辅助药物设计 化学信息学 -
新药研发中的化学信息学课程教学体会
通过在复旦大学药学专业开设化学信息学课程的教学实践，讨论如何以专题的形式引入化学信息学的相关内容，以化学、生物学、信息学等重要软件的学习应用为载体，将信息能力的培养贯穿于新药研发的全流程，帮助学生在化学、生物、信息、医学领域内掌握一定的相关技能，为进一步的发展开阔视野，提高科研能力和科学素养。
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药学学科中的信息化教育
简述药学信息化教育的意义，初步探讨了药学信息学所涉及的内容，并从药学信息学角度出发，提出了如何调整药学相关课程的设置及内容，以适应信息化的教育需要，培养高信息素养的专业人才。
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代谢组学及其研究策略和分析方法进展
代谢组学,研究生物体系受到内在和外在因素刺激产生内源性代谢变化的一门科学,在近短短几年内取得了迅速发展,发表的相关科学文献和综述的数量急剧上升,但目前对代谢组学的认识和研究仍处于初期发展阶段.代谢组学主体上属于系统生物学范畴,本文基于代谢组学的复杂性、整体性和动态反应性等特点,总结代谢组学的基本概念、目标层次和解析策略,并就代谢组学生物分析策略、数据分析技术现状、发展趋势以及相应可能机制的探讨和面临的挑战等热点问题进行了简要评述.
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自然科学领域信息学研究进展
领域信息学是在各个基本学科的发展、对信息及信息处理的需求急剧增长的基础上,以及计算机技术与网络技术飞速发展的同时应运而生的.笔者主要介绍目前自然科学领域中较受重视的三门信息交叉学科:化学信息学、生物信息学、医学信息学的概念、研究现状和发展趋势.
