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吸烟与肝癌前瞻性研究的荟萃分析
目的:探索吸烟与肝癌发生的病因学联系. 方法:利用MEDLINE数据库及中国生物医学文献数据库检索1989年1月-2009年9月国内外公开发表的关于吸烟与肝癌关系的前瞻性研究文献,利用R软件及Meta程序包对检索结果进行荟萃分析. 结果: 纳入本次荟萃分析的文献共19篇,随访队列总样本量为3 023 558人,累计肝癌病例数为9 525人.与不吸烟者相比,吸烟者经Meta分析综合后的相对危险度(relative risk,RR)值及其95%可信区间(confidence interval,CI)为1.49(1.17～1.92),提示吸烟与肝癌呈中等程度相关;亚组分析显示,男女性别经Meta分析综合后吸烟的RR值及其95%CI分别为1.53(1.29～1.83)和1.70(1.17～2.48),差异均有统计学意义. 结论:吸烟与男女性肝癌之间存在病因学联系,是肝癌发生的危险因素之一.
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基于广义相加模型分析可吸入颗粒物对人群呼吸系统的短期健康效应
目的 了解宿迁市PM2.5、PM10对人群呼吸系统的短期健康效应.方法 收集宿迁市2016年空气污染数据、气象数据、医院呼吸系统疾病门诊量和居民因呼吸系统疾病死亡数据,利用R软件建立泊松分布广义相加模型,分析PM2.5、PM10对呼吸系统疾病每日门诊量和人群因呼吸系统疾病每日死亡数的短期影响.结果 2016年宿迁市PM10浓度对呼吸系统疾病日门诊量有影响,PM10浓度与滞后1天的呼吸系统疾病门诊量呈正相关,PM10每上升10μg/m3,医院呼吸系统疾病门诊量增加0.26%(95%CI:0.01%~0.51%);PM2.5浓度对日门诊量,PM2.5、PM10浓度对人群呼吸系统疾病死亡数影响均无统计学意义(P值均>0.05).结论 2016年宿迁市PM10浓度可能导致了人群呼吸系统疾病患病增加,PM2.5浓度对人群呼吸系统疾病患病增加尚无明显效应.
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应用R软件探讨灌南县2009-2016年手足口病发病季节性
目的 了解灌南县手足口病流行的季节性分布特征.方法 利用灌南县2009-2016年手足口病疫情监测资料,以发病日期转换为圆角,采用R软件,通过聚类分析法、集中度法、圆分布法等分析发病季节性.结果 2009-2016年报告手足口病3 969例,49.18％的病例发生在4-5月.8年间病例季节性分布的集中度M=0.511,角均数(95％CD为2.07(2.04～2.10)(P＜0.001),对应发病高峰日在5月1日(4月29日至5月3日).各年度发病高峰日差异有统计学意义(P＜0.05),2013年和2015年在12月或11月出现第二个发病高峰.结论 该县手足口病有较强的季节性分布特征,4-5月为发病高峰期,应在高峰期前采取针对性的防控措施.
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健康素养调查问卷数据整理的R软件实现
目的 以全国居民健康素养监测调查问卷(2016年版)为例,用免费开源的R软件,对问卷数据进行不同题型判分、各分量指标得分计算及素养判断、基本情况编码转换等数据整理,并提供完整的R代码.实践证明,使用R软件实现问卷数据整理过程的程序化及其可复制性,对于各级监测样本的数据复核与汇总合并有特别意义,对监测点的数据分析人员也具有参考价值.
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应用R软件对比两种手足口病发病预测模型的效果
目的 使用R软件对手足口病发病时间序列模型进行分析与对比,探索较佳的手足口病发病预测模型.方法 利用广州市2009-2013年手足口病月报告病例数作为建模数据,采用R软件中的Holt-Winter指数匀滑模型和季节性差分自回归移动平均模型(SARIMA)分别预测2014年12个月份的发病情况,将预测结果与2014年实际发病数进行比较.结果 对广州市2014年1-12月手足口病发病数进行预测,并将预测值与实际值进行比较,结果显示:采用Holt-Winter指数匀滑法和SARIMA预测结果的平均相对误差分别为-0.40和0.12.结论 SARIMA为较佳的预测分析模型,预测结果能较好地拟合广州市手足口病发病序列并进行短期的有效预测.
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单向有序分类资料的常见统计误用及R软件和SPSS软件正确实现过程
笔者查阅文献时发现,单向有序分类资料误用卡方检验较为常见.故笔者在本文中介绍了单向有序分类资料适用条件,举例指出单向有序分类资料误用统计分析的实例,并附以SPSS软件和R软件正确分析单向有序分类资料的过程,以期为医务工作者和科研人员提供借鉴.
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基于R软件的多组独立样本秩和检验的多重比较
目的 基于R软件实现Kruskal-Wallis秩和检验的多重比较.方法 本文结合实例数据,采用pgirmess软件统计包的kruskalmc函数,实现多组秩和检验的两两比较方法.结果 R软件的kruskalmc函数可显示基于默认检验水准α-0.05,完全随机化设计多个样本比较的秩和检验的两两比较结果.结论 通过R软件实现多组秩和检验的多重比较分析是一种简便可行的方法.
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假设检验的两类错误与 Monte Carlo 模拟
目的：掌握假设检验的两类错误是合理运用假设检验方法的关键所在，但由于其高度抽象性，想完全理解有一定的难度，本文通过比较直观的方法加深对假设检验两类错误的认识。方法采用了当前比较流行的Monte Carlo模拟方法，用模拟数据直观得出结果。结果模拟数据显示了假设检验的两类错误之间存在此消彼长的关系，以及两类错误与样本容量之间存在反向变化关系。结论模拟显示目前的假设检验方法在区分小差异方面还存在一定的不足，有待于进一步改进和完善。
关键词： 假设检验 两类错误 Monte Carlo模拟 R软件 -
随机系数发展模型与协方差模式模型在纵向数据分析中的应用及R实现
目的 应用随机系数发展模型与协方差模式模型分析社区卫生服务中心纵向数据,探讨纵向数据分析的问题,为社区随访数据处理提供科学方法.方法 使用R软件对社区卫生服务中心糖尿病重复测量数据分别拟合随机系数发展模型,协方差模式模型以及传统线性回归模型,并比较3种模型的分析结果.结果 随机系数发展模型和协方差模式模型的分析结果与传统线性回归模型不同,2模型较传统线性回归更多的考虑了数据的变异来源.随机系数发展模型与协方差模式模型变量的估计系数结果相近,2者在固定效应的估计上区别往往不是很大,2模型相比,信息标准统计相差也不大.随机系数发展模型倾向于解释组间随机效应,协方差模式模型更关注组内观测之间的联系.R软件nlme package相比于SAS proc mixed,其相应的结果比较与可视化的函数使用更为灵活方便,同时GLS函数提供更多的组内方差协方差模式以供选择.结论 随机系数发展模型与协方差模式模型都能较好的处理重复观测数据组内相关性的问题.2者处理组内相关性的出发点不同,如果强调组内观测之间的联系性,则选择协方差模式模型.相反,如果更关注组间的异质性,强调组间的随机效应,则选择随机系数发展模型.R软件nlme是比较完善的处理混合结构数据的分析包.
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基于蒙特卡洛算法的中医药特性研究及应用
用数据挖掘的方法分析了445味中草药的信息,发现其内容有缺失部分为功能主治 、性味 、采制等.借助蒙特卡洛算法,利用概率统计理论可以得到其余中药材性味与功能主治 、生长地 、植物形态的关联以及概率,通过比较相关已知内容,得出缺失的信息.由于信息量大,要先对信息特征进行数字化处理,用聚类分析的方法研究中药分布信息,通过使用SPSS软件中的聚类方法,比较中药各属性间的相似度,聚类得出适合的分类情况,之后通过聚类谱系图以及终聚类中心表分析出分布情况.后,找出主治呼吸道感染的止咳中药,及患者所处地点 、发病季节以及并发症状,筛选出符合治疗条件的中药,并根据药性及相关文献参考配制成止咳方案.
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有序多分类剂量反应资料Meta分析中原始研究参照组转换及软件实现
目的 介绍剂量反应Meta分析原始研究有序多分类资料参照组转换的方法.方法 以队列研究为例介绍参照组转换的原理,并结合实例数据,利用EXCEL与R两种软件分别独立实现参照组转换.结果 两种软件实现转换的结果一致,与原始数据再次分析结果相似.结论 在无法获取原始研究数据的情况下,利用EXCEL与R两种软件都能很好地解决有序多分类资料参照组转换的问题.
关键词： 剂量反应Meta分析 转换 Excel软件 R软件 -
附加轮廓线漏斗图的绘制在R软件中的实现
目的 介绍附加轮廓线漏斗图在R软件中的实现及应用.方法 对实例中的数据采用R软件“meta”扩展包的funnel()和trimfill()函数绘制附加轮廓线漏斗图,并判断缺失研究分布的区域.结果 通过观察附加轮廓线漏斗图,可以发现存在不对称,缺失数据分布在无统计学显著性区域,表明存在发表偏倚.结论 附加轮廓线漏斗图可以用来帮助判断漏斗图不对称是发表偏倚还是其他原因导致.
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在R软件中实现单个率的Meta分析
目的 介绍在R软件中实现单个率的Meta分析方法.方法 在R软件中加载Meta分析程序包,录入Meta分析数据,用实例数据进行Meta分析.结果 单个率资料的Meta分析要求率的分布服从正态分布,R软件提供了四种率的转换方法.对实例数据进行正态性转换后进行Meta分析,其合并率及95％可信区间与原文一致.结论 R软件可以实现对单个率研究结果的Meta分析,功能强大,实用性强.
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网络Meta分析在R软件中的实现
目的 介绍网络Meta分析方法及其在R软件的实现.方法 以实例说明,采用R软件lme()函数,通过对来自5个预防人类免疫缺陷病毒感染者发生复合鸟分支杆菌感染事件随机对照研究的3种药物和安慰剂进行直接和间接比较,进行网络Meta分析.结果 直接和间接比较结果表明,所有药物较之于安慰剂均可以减少人类免疫缺陷病毒感染者出现复合鸟分支杆菌事件发生,克拉霉素和阿奇霉素较之于利福平均可以减少人类免疫缺陷病毒感染者出现复合鸟分支杆菌事件发生;而对无直接比较证据的克拉霉素与阿奇霉素,间接比较结果显示两者差异无统计学意义.结论 合并多个干预措施效果和没有所有干预措施直接比较证据时,采用网络Meta分析方法合并直接和间接比较结果是一种正规的方法.
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医学统计专业多元统计分析教学实践:R软件与案例结合教学
目的:增强学生学习多元统计分析的兴趣,提高他们利用统计学方法及软件解决问题的能力.方法:运用案例与R软件结合的教学模式,采用综合性的多元考核方式.结果:三年来,学生(2011级~2013级)的多元统计学习兴趣随着R软件教学的增加而提高,每年学习兴趣得分差异有统计学意义(P<0.05);学生对R软件的学习兴趣也在提高,每年兴趣得分差异有统计学意义(P<0.05);学生科研能力得到提高,应用论文数量逐年增加.结论:结合案例与软件教学显著提高了同学们学习多元统计的兴趣和学习效果.
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基于R-Shiny的Cox回归模型列线图绘制工具的开发实现
目的 开发出一个能提供图形用户界面(GUI)的Cox回归列线图绘制工具.方法 应用R语言和Shiny开发框架,构建B/S架构的Web应用.将R语言下Cox回归预测列线图的绘制代码封装为可视化的Web应用程序.结果 所开发的工具能提供可视化图形用户界面的Cox回归列线图绘制方式,且能根据需要选择数据集和自变量.封装了所有软件代码,提供了可用鼠标进行选择操作的图形界面,用户不需要学习R语言语法,也不需要在R源代码中进行更改就可使用,绘制列线图准确无误.结论 该工具界面友好、简单易用,绘图结果正确,能为临床科研工作者带来便利.
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再现性研究及其在疟疾流行病学研究中的应用
目的 在我国流行病学研究中推广再现性研究这一概念,为其他研究者提供一个新的数据分析过程和结果展示策略.方法 以疟疾为例,阐释再现性研究的定义、用法以及意义,并利用其常见实现方式R编程语言中的knitr包进行实例演示.结果 公开有关疟疾的建模数据和编程,进行疟疾时间序列分析的再现性研究,从而可建立更加精准的疟疾ARIMA模型.结论 再现性研究可为我国流行病学证据的有效性验证提供思路,推进再现性研究在人群疾病和人类健康中的应用.
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剂量反应关系Meta分析在R软件中的实现
目的 介绍如何利用R软件中实现剂量反应关系的Meta分析.方法 拟通过实例数据的演示,在R软件中,先利用Metafor程序包进行探索性二分类Meta分析,在得出意义结果的基础上再利用dosresmeta程序包进行剂量反应的Meta分析,并绘制非线性(和)或线性剂量反应曲线 结果 R软件分析结果显示:饮酒是结直肠癌的危险因素,剂量反应关系的非线性检验P值处于临界水平(0.046).非线性剂量反应模型显示:相对于低饮酒量(0g/天),每日饮酒20 g、40 g、60 g发生结直肠癌的相对危险度为:1 (0.93～1.1)、1.3 (1.13 ～ 1.4)、1.5 (1.26～ 1.9);线性剂量反应模型显示:在低饮酒量(0g/天)的基础上,每增加12 g,发生结直肠癌的危险增加8％,非线性或线性剂量反应曲线图形基本相似.结论 R软件可以实现剂量反应关系的Meta分析,功能强大,实用性强.
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基于Bootstrap抽样的EM估计缺失数据多重填补方法在公共卫生调查数据中的应用及其R实现
目的 探讨基于Bootstrap方法的EM估计在缺失数据多重填补中的应用及R中进行缺失数据分析.方法 应用R中的epicalc统计包和Amelia Ⅱ统计包分析男性健康调查缺失数据,通过Bootstrap法进行放回抽样,用EM算法对产生的m个抽样个体进行迭代分析,后运用R中的“plot”和“disperse”函数对观察值和缺失值的分布,迭代初值的收敛性进行探讨.结果 当迭代次数m=5时,男性健康数据的多重填补观察值与缺失值的分布接近,且所有迭代初值均收敛.结论 基于Bootstrap抽样的EM算法得到的多重填补数据集对实际观察数据集具有较好的代表性,可以用于对缺失数据集的预测.
关键词： Bootstrap方法 期望最大化 缺失数据分析 R软件 -
应用R软件metaplus程序包实现Meta分析
R软件是一款具备强大的数据处理和图形绘制功能的免费软件,其在Meta分析中的应用日趋广泛.R软件中有meta、metafor、metaplus等程序包可实现Meta分析.本文以实例对R软件metaplus程序包实现Meta分析的过程和结果进行展示.
关键词： metaplus程序包 Meta分析 R软件 离群值检测
