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基因芯片技术在乙型肝炎病毒基因分型检测中的应用探讨
目的:探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性.方法:查阅国际上主要的乙型肝炎病毒(HBV)基因分型诊断标准和现行技术,通过将基因芯片技术与目前用于HBV基因分型的技术方法进行对比,探讨利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断方法的可能性.结果:HBV的基因分型,既可通过全基因序列比对,也可通过片段基因序列比对,片段基因序列比对是实际工作中HBV基因分型的主要方法,现有报道的技术主要为型特异引物(SSP)PCR扩增法和PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法.基因芯片技术具有高敏感、高通量和能够平行检测DNA类型等特点,技术类型属于PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法.尚未见有应用基因芯片技术进行HBV基因分型检测的报道.结论:借鉴现有的PCR扩增型特异探针(SSO)杂交法,如微板核酸杂交-ELISA显色技术,理论上利用基因芯片技术建立乙型肝炎病毒基因分型诊断的方法是完全可能的,并且具有高效、快速和廉价等特点.
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新疆哈萨克族食管癌DNA甲基化差异基因的初步研究
目的 探讨新疆哈萨克族食管癌癌组织与癌旁正常组织间差异显著的DNA甲基化基因,初步建立哈萨克族食管癌患者特异的异常甲基化谱.方法 采用Illumina公司Human Metylation 450K磁珠芯片,对哈萨克族食管癌癌组织、癌旁正常组织各6例共12个标本进行全基因组甲基化检测,分析二者之间差异显著的甲基化基因,对具有显著差异的甲基化基因进行基因类型(Gene Ontology,GO)分析.结果 食管癌癌组织与癌旁正常组织间具有显著差异的DNA甲基化基因共40个,参与多个生物过程,如信号转导、细胞周期调控及细胞凋亡等.GO分析表明,基因CCND1,CCDC88C参与Wnt信号通路,DLL1参与Notch信号转导等.结论 差异显著的甲基化基因为深入研究哈萨克族食管癌的发生机制提供了理论依据.
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菌斑致龋的微生态学研究
目的 采用菌斑芯片技术和蛋白质组学研究手段,纵向、动态观察龋感人群在龋病发生前后菌斑中主要致病菌组成的改变,以及菌斑基质蛋白的差异,阐明细菌及菌斑基质蛋白在龋病发生、发展过程中的作用,进一步阐明龋病发生机理,从而为开展生态防龋打下理论基础.方法 采用口腔微生物芯片检测技术,分析菌斑内各菌构成比在龋病发生前后的改变.结果 完成龋病前后菌斑样本蛋白质组学的研究,寻找出差异蛋白质点与数据库对照,推断、确定出与龋病相关的细菌及功能性蛋白质.结论 菌斑中细菌相互作用会对一种细菌或者一组相关细菌生长、生物摸成员毒力特性造成明显影响,进而造成总体致病性发生改变.
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免疫相关基因在结核性肉芽组织中的表达变化分析
目的:研究免疫相关基因在结核性肉芽组织中的差异表达.方法应用基因芯片技术和生物信息学方法,采用多聚赖氨酸修饰玻璃载玻片进行接触式点样,制作包含626个人体免疫相关基因片段的cDNA芯片.
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基因芯片技术及其在生殖生物学中的初步应用
基因芯片技术发展简史基因芯片(genechip),又称为DNA微阵列(DNA microarray),简单的讲就是将大量靶基因或寡核苷酸片段有序、高密度地排列在玻璃片或膜等载体上形成的高密度的DNA微点阵[1].
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基因芯片技术及其应用
基因芯片技术是20世纪90年代初半导体技术和生物技术"联姻"的结晶,它是随着人类基因组计划的诞生而发展.它将半导体光刻的微缩技术与现代生物学研究中的样品制备、化学反应和定量检测等技术集成于硅芯片上,使得全部分析过程连续化、微型化和自动化,从而大大提高了基因组研究的精确度和效率[1].目前,基因芯片技术已逐步应用在分子生物学、基础医学研究、临床医学、新药开发和司法鉴定等诸多领域.
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极谱分析方法在食品卫生监测领域中的应用与探讨(综述)
自1922年捷克斯洛伐克的海洛夫斯基等人发现极谱波,[1]并在1929年与日本工程师合作生产出第一台极谱仪后,众多的电化学工作者对其进行机理探讨和理论方面的研究,由此逐渐形成了经典的极谱分析法,海洛夫斯基本人也荣获诺贝尔奖。1958年海洛夫斯基被邀请到中国多个城市讲学,从此引发了我国大量的理化分析工作者的跟进性研究,并在极谱催化波的研究方面取得了突破性进展,而且大量应用于实际工作之中。[2]由于经典的极谱分析法操作较为费时费力,一段时期内有被淘汰的趋势,随着集成电路和芯片技术的发展,极谱仪也发生了革命性的突破,先是单板机示波极谱仪的问世,接着是单板机微机化极谱仪的改进,以至发展到完全化的微机极谱仪。采用这些先进性的仪器后,极谱分析方法变得既快速又简单,并形成了现代意义上的极谱分析法。
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组织芯片技术研究进展及应用
现代科学的发展,有两类产品的使用,或者叫发明应用,对现代人类有着划时代的贡献.其一是微处理器使我们的生活方式发生了根本变化,它是计算机和许多家电等相关产品的心脏,它改变了我们的整个经济、文化生活,影响了整个人类社会发展.已经进入每一个家庭,给人类带来了巨大的财富;另外一类产品--生物芯片给人类带来的影响可能更大.
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结核分支杆菌株水平鉴定技术及其研究进展
结核分支杆菌菌株分型对结核病流行病学调查和监测、传染源的发现、传播途径的阻断以及发病机制的研究都极为重要.结核分支杆菌的分型方法,主要分为非核酸法和核酸法.非核酸分型方法即传统分型方法,多是在细菌表型特征的基础上认识细菌的,包括生化分型法、血清分型法和噬菌体分型法.但由于结核分支杆菌分离株具有高度同源性,通过常规的生化试验和血清学方法是无法鉴别的,所以,对于结核分支杆菌,唯一可用的传统的菌株鉴定方法只有噬菌体分型法.随着分子生物学理论和技术的飞速发展,1980年以后,逐步建立了一些根据核酸序列进行菌株鉴定的高度特异的基因分型方法,即核酸法.主要包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、DNA指纹图谱分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、聚合酶链反应(PCR)酶切分型、随机扩增多态性(RAPD)DNA、DNA序列分析以及基因芯片技术等等.随着上述方法的应用,使结核分支杆菌的菌株分型进入了一个全新的领域,也进而使结核病流行病学的研究取得了很大的进展,现将对上述各分型方法综述如下.
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悬浮芯片技术在生物医学领域中的应用
Luminex悬浮芯片技术是美国Luminex公司在20世纪90年代中期开发的一种多功能的液相芯片分析平台,也称xMAP (flexible multiple-analyte profiling)、多功能悬浮点阵(multi-analyte suspension arrays,MASA)或液体芯片(liquidchip).它有机地整合了有色微球(color-coded microspheresor beads)、激光技术、新的高速数字信号处理和计算机技术,集中了分子生物学、免疫学、高分子化学、激光物理学、微流体学和计算机科学等多门学科,使得Luminex悬浮芯片技术的检测特异度和灵敏度得到了前所未有的发展.
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基因芯片技术及其在食品检测中的应用
1996年,Schena等[1]首次制出世界上第一块基因芯片,并证实了基因芯片的实用价值和应用潜力;基因芯片一出现即引起科研学术界的广泛关注,并日益成为遗传作图、DNA测序、基因表达、突变检测、基因诊断等基因分析重要的技术平台.
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基因芯片在乙型肝炎的基因诊断中的应用
基因芯片利用芯片技术中信息的集成化和平行处理原理,在一张芯片固定成千上万个探针同时进行实验,因而具高效、愉效、多参量等特点,把基因芯片技术用于疾病的诊断,其优点有以下几个方面:一是高度的灵敏性和准确性;二是快速简便;三是可同时检测多种疾病.本研究应用基因芯片对乙型肝炎病毒感染者血清标本进行了检测.1.材料与方法:于2001年3月采集深圳市卫生防疫站门诊体检人员乙型肝炎感染者血清标本20份,保存于-20℃冰箱,待检.乙型肝炎基因芯片试剂由博道公司提供.ScanArray 5000扫描仪购自基因公司.核酸提取方法:取裂解200 0644l加待检血清100 μl,混合均匀,然后加入等量的酚-氯仿-异戊醇,混匀后13 000 r/min,离心5 min;取上清加等量冷异丙醇,再加tRNA 1.5 μl,混匀后13 000 r/min,离心5 min;弃上清,和75%乙醇洗沉淀,13 000 r/min离心5 min,干燥后加5 μl纯水即可.
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利用基因芯片检测二异氰酸甲苯酯所致小鼠基因表达
接触二异氰酸甲苯酯(TDI)可引起过敏反应,包括接触性皮炎、哮喘、刺激和咳嗽等,但TDI及其他许多化学物诱导过敏反应的分子机制尚不十分清楚.我们采用基因芯片技术研究了二异氰酸甲苯酯诱导的过敏反应的基因表达情况.
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基因芯片技术快速检测水中常见致病菌
致病菌污染饮用水可导致多种疾病的暴发与流行,严重威胁着人类的健康.因此,若想有效控制介水传染病的发生,致病菌的快速检测是关键.传统的细菌检测方法,操作繁琐、且需要数天才能得到结果.核酸探针杂交技术也存在特异性或敏感性的问题.常规PCR 1次只能检出1种致病菌,对水中分离的未知菌,或有多种细菌污染的样品则显得无从下手.为了实现对水中致病菌的快速检测,我们建立了以基因芯片技术为基础的水中常见致病菌的检测与鉴定技术.
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蛋白质组学与中医证实质研究
21世纪是生物学世纪,生物科学已成为科学的前沿,而分子生物学又是生命科学的带头学科,重组DNA技术、基因芯片技术、蛋白芯片技术在基础医学和临床医学领域的应用与开发,人类基因组计划(HGP)的实现,蛋白质组学的研究等等,正日新月异地改变人类对医学传统的认识,极大地促进了生命医学的发展.相比之下,随着基因组、蛋白组时代的到来,中医自身面临着的存在与发展的形势却日趋严峻.中医学发展具有里程碑意义的张仲景、金元四大家、叶天士时代所构建的中医基础理论,在现代医学面前却因其裹足不前而面临着巨大的冲击和挑战.
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基因芯片技术在病毒学研究中的应用现状
随着科学技术的迅猛发展,生命科学研究正由结构基因组时代逐渐转向功能基因组时代.到目前为止,已有600多株病毒、100多种细菌和真菌的全基因组被破译,人类和多种动植物基因组计划也相继完成.现有的大量的基因组信息为研究不同基因在生命过程中所扮演的角色提供了可能.但是由于传统的技术已不能适应处理如此巨大信息的需要,建立新型研究分析方法显得尤为迫切.被美国科学促进会列为1998年度自然科学领域十大进展之一的基因芯片技术正是在这种需求下得到了飞速发展.
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DNA甲基化检测技术与应用前景
表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下,通过DNA甲基化和组蛋白修饰等调控基因表达的一门遗传学分支学科.它不仅对基因表达、调控、遗传有重要作用,而且在肿瘤、免疫等许多疾病的发生和防治中具有重要意义.DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及肿瘤发生中起着重要作用,是目前研究热点之一.DNA甲基化是在DNA甲基转移酶催化作用下,利用S-腺苷甲硫氨酸提供甲基,在CpG二核苷酸中胞嘧啶嘧啶环的五号碳原子上加上甲基的共价修饰过程.在哺乳动物基因组的某些区域,CpG密度很高,形成所谓的CpG岛.它通常位于基因的启动子区或第一外显子区.DNA甲基化能关闭某些基因的活性,去甲基化则可诱导基因的重新活化和表达.
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用基因芯片技术研究乙醇对肝星状细胞增殖及其CYP450亚型表达的影响
乙醇可经细胞色素P450 2El(cytochrome P450 2E1,CYP2E1)代谢为乙醛,并产生脂质过氧化产物,引起肝损伤,并可通过肝细胞中过量表达的CYP2E1激活肝纤维化发生的关键细胞--肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)[1].但乙醇能否直接激活HSCs及其可能的机制报道甚少.
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高脂饮食对GK大鼠动脉组织蛋白酶S表达的影响
糖尿病患者的心血管事件发生率及病死率是非糖尿病患者的2~4倍,而动脉粥样硬化是大血管病变的主要病理基础.我们早期采用基因芯片技术发现,糖尿病大鼠动脉壁组织蛋白酶S(Cat S)的基因表达显著上调[1],提示Cat S在糖尿病促进动脉粥样硬化进程中可能发挥着重要作用.
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基因芯片技术及其在药学领域的应用
1 引言1995年,Schena[1]在
杂志上发表文章,他把拟南芥菜植物的cDNA文库中的48个cDNA用PCR方法扩增后,把PCR产物固化在玻璃片上,制成基因芯片(DNA microarray,也称DNA芯片).然后从拟南芥菜的不同组织中提取mRNA 反转录得到带荧光标记的cDNA,把不同组织来源的 cDNA混合后与玻璃片上的DNA进行杂交,用荧光双通道扫描系统对杂交点的荧光信号进行扫描分析,得到了拟南芥菜不同组织中基因的表达情况.自Schena的成功报道后,短短四﹑五年时间,有关基因芯片技术的研究与应用的报道已大量出现在多种新闻与学术媒体中.