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中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15组基因多态性的PCR-SBT分型研究
为了研究中国北方汉族骨髓供者HLA-B*15等位基因的分布特征,探讨其可能对临床供体选择的影响,从中华骨髓库陕西分库内随机抽取815名已知低分辨分型结果中国北方汉族骨髓供者,采用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对其中206例HLA-B*15阳性样本和另外附加17例样本进行HLA-B位点DNA测序分析,并应用同源模建分子模拟技术对所有结果模拟出三维结构,用计算机软件Swiss-PdbViewer比较模拟结构间的差异大小.结果表明:随机抽取的815例样本HLA-A、B、DRB1基因分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,HLA-B*15基因频率为0.1379,总共检出16种HLA-B*15等位基因,分属7种血清学特异性,以B*1501、B*1511、B*1502和B*1518为主,频率分别为0.0485、0.0215、0.0178和0.0160,累计频率构成比占全部B*15的75.11%,其余12种B*15等位基因频率均<0.0100.19例HLA-B*15,一测序分析表明,其中10例中低分辨水平上的纯合子中仅4例为真正意义上的B*15xx,-纯合子,且均由各自优势基因构成.三维结构模拟分析发现同一血清型中既存在结构差异微小的等位基因,如B*1501、1505、1507、1525、1527、1532(RMSD≤0.02 nm),也存在差异较大的等位基因,如B*1502、1511、1521之间以及B*1503、1546之间(RMSD均为0.29 nm),而一些分属不同血清型的等位基因之间结构却近似(RMSD值≤0.02 nm).结论:本研究应用PCR-SBT,首次取得了中国北方汉族样本量大的高分辨水平HLA-B*15基因多态性分布特征,这将有助于临床患者寻找合适供者,并为移植免疫及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据,且对于临床选择适供者,像HLA-B*15这样血清学特异性及基因亚型高度多态性的家族进行准确的高分辨分型是必要的.
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等位基因频率在鉴别模棱两可HLA基因型中的应用价值分析
本研究探讨采用等位基因频率直接鉴别模棱两可HLA基因型的应用价值.应用聚合酶链式反应(PCR)-测序分型方法(SBT)对658名汉族供者HLA-A、B、DRB1基因进行测序分型,并分别采用PCR-序列特异性引物法(SSP)和杂合性歧义引物分离法(HAPRs)对其中的模棱两可标本进行精确分型,进而利用等位基因频率计算真基因型的相对概率并与真实结果进行比对.结果表明:222个HLA-A,238个HLA-B和107个HLA-DRB1基因的模棱两可标本中,真基因型的相对概率高于95%的比例分别为99.5%(221/222)、95.8%(228/238)和97.7%(104/107);与PCR-SSP和HAPRs分型结果相比,3个基因座的吻合率分别为100%(222/222)、99.6%(237/238)和99.1%(106/107),仅有B*3501/5501和DRB1*1201/1504不同,其相对概率值分别为40.3%和2.1%.结论:在大规模供者HLA基因的PCR-SBT分型中,应用等位基因频率直接鉴别模棱两可基因型的方法不仅具有较高的准确率和可信度,而且更加经济、简便、快捷,但在移植前供、患者HLA基因的确认试验中必须慎重应用.
关键词： HLA基因型 模棱两可HLA基因型 等位基因频率 PCR-SBT -
脐血HLA-A位点PCR-SBT分型的研究
目的建立HLA-A位点等位基因的PCR-SBT高分辨分型方法,探讨DNA测序技术在脐血库样本HLA分型中的应用价值. 方法利用PCR产物直接测序,对广州脐血库保存的547份脐血样本进行HLA-A位点2、3、4外显子的序列分析,由分型结果得出基因频率,与中华(上海)骨髓库北方人群、上海地区人群及德国白种人进行比较. 结果采用PCR-SBT分型方法并结合分析软件确定了全部样本的HLA-A基因型,广州地区人群HLA-A等位基因以A*110101(30.8%)为常见,其后依次是 A*24020101/02L(16.18%)、A*0207(11.88%)、A*3303(9.42%).A*110101在广州汉族人群中出现的频率明显高于中华(上海)骨髓库北方人群,而A*010101、A*3001明显低于后者;在HLA-A2亚型人群中,A*020101在广州、上海两地汉族人群中的频率明显低于德国白种人,而广州汉族人群中A*020101与A*0206均明显低于上海汉族人,但A*0203明显高于后者. 结论基于核酸序列测定的HLA分型技术能够直接、准确、快速地进行高分辨分型,将有助提高无亲缘关系供者脐血移植的临床效果.改进实验条件、升级分型软件,可以降低试剂成本和节约时间.
关键词： HLA-A分型 PCR-SBT 脐血库 无亲缘关系供者脐血移植 -
湖南北部汉族人群MICA/B基因多态性研究
目的 研究MICA/B等位基因在湖南北部汉族人群中的分布特点.方法 采用PCR-SSP(PCR-sequence-specific primers)方法和PCR-SBT(PCR-sequence-based typing)方法对95名无亲缘关系的个体进行MICA/B基因分型.结果 在湖南北部汉族人群中共检测到11个MICA等位基因,频率高的依次为MICA *010 (28.95％)、MICA *008∶01(20.53％)和MICA* 002∶01(15.79％)；共检测到5种STR(short tandem repeat)型别,其中MICA* A5 (37.89％)和MICA* A5.1(21.05％)频率高.在湖南北部汉族人群中共检测到10个MICB等位基因,以MICB* 005∶02/010常见(58.42％),其他较常见的等位基因有MICB* 002∶01(10.00％)、MICB* 008 (7.89％).在湖南北部汉族人群中,单倍型MICA* 004-MICB* 004∶01与MICA* 010-MICB* 005∶02/010具有显著的连锁不平衡.将MICA/B基因在湖南北部汉族人群中的分布与该基因在其他人群中的分布进行比较,显示MICA/B基因的分布在不同人群之间存在差异.结论 湖南北部汉族人群有自己独特的分布特征.
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应用PCR-SBT方法检测CD36相关基因变异的研究
CD36为一种血小板上的特异性抗原，又称glycoprotein Ⅳ(GPⅣ)，是血小板反应(thrombospondin)受体[1]。CD36基因变异会导致CD36抗原的缺失，此类人群若有输血、怀孕、造血干细胞移植等免疫因素就可能产生anti-CD36抗体[2-3]，导致血小板输注无效，输血后紫斑，各种免疫性血小板减少等临床症状；另外也有研究指出CD36基因变异与高血脂症、感染疟疾及胰岛素耐受性有关联[4]；近来在CD36基因剔除的小鼠中研究发现，血小板可经由CD36接受微颗粒(microparticles)的刺激而活化，CD36缺乏血小板被微颗粒活化的能力会降低，因而使止血时间延长[5]。
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人类白细胞抗原E基因全长序列测定及两个新等位基因的鉴定
背景:人类白细胞抗原E是非经典的人类白细胞抗原I类分子,目前的多态性分析研究主要针对其第3外显子人类白细胞抗原E*01:01及人类白细胞抗原E*01:03进行区分,然而其全基因序列测定方法及新等位基因报道尚不多见.目的:利用中国深圳地区无偿献血正常个体建立人类白细胞抗原E基因全长序列测序分型方法,鉴定人类白细胞抗原E基因全长序列新的等位基因.方法:提取研究对象外周血DNA,根据IMGT/HLA数据库中公布的人类白细胞抗原E基因序列,在保守区设计全基因扩增及测序引物,利用高保真反应体系对人类白细胞抗原E全长序列进行扩增,随后测序、拼接、序列确认及基因定型.结果与结论:①成功建立了人类白细胞抗原E的全基因扩增及测序分型方法,发现了两个人类白细胞抗原E新等位基因——人类白细胞抗原E*01:01:01:06与人类白细胞抗原E*01:01:01:07,获得了WHO人类白细胞抗原命名因子委员会的命名;②人类白细胞抗原E*01:01:01:06与其接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比,突变位点在5'-启动子区的NT-26(G->T),人类白细胞抗原E*01:01:01:07与其接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比,突变位点在3'-非翻译区的NT3345位(T->C);③结果提示,中国人群中人类白细胞抗原E全基因序列多态性数据有待填补,试验建立的方法为该项研究提供了关键的技术.
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闽南地区HLA-B27基因亚型与强直性脊柱炎相关性研究
目的 对闽南地区人群中HLA-B27阳性标本进行回顾性调研及分型检测,探讨闽南地区HLA-B27亚型分布情况,分析HLA-B27亚型与强直性脊柱炎(AS)的相关性.方法 采用PCR SBT(测序法)基因分型技术,对流式细胞术(FCM)检测为阳性的186例标本进行HLA-B* 27基因分型.结果 186例HLA-B27阳性(FCM法)标本中,再用PCR-SBT法检测,HLA-B* 27基因型均为阳性;而基因亚型分布,174例为B*27∶04亚型,占93.5％,有8例B*27∶05亚型,占4.3％,B*27∶15亚型2例,占1.1％,另外B* 27∶06和B* 27∶07各1例,均占0.5％.186例中有103例确诊为AS患者,其中98例为B*27∶04亚型,占95.1％,3例为B* 27∶05亚型,占2.9％,B* 27∶07和B* 27∶15亚型各1例,均占1.0％.结论 闽南地区HLA-B 27阳性的强直病患者以B* 27∶04为主,其次为B* 27∶05.AS患者与其他B27基因携带者,在亚型分布上没有明显的差异.
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PCR-SBT法分析内蒙古地区鄂温克族人群HLA-DPB1等位基因型别
目的:调查内蒙古鄂温克族人群人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)DPB1基因多态性.方法:采用SBT(sequecing-based-typing)法.结果:在所检测的DPB1等位基因中,共检出20个等位基因,其中频率高的是DPB102012(24.4%),其次是DPB10402(22.6%),DPB10401(20.2%),DPB10501(10.7%),其余等位基因频率均低于5%.结论:内蒙古地区鄂温克族人群中HLA-DPB1分布特征有独特性,为本民族的人类学及疾病相关性研究提供依据.
关键词： 遗传多态性 HLA-DPB1基因 鄂温克族 PCR-SBT -
内蒙地区蒙汉族儿童过敏性紫癜HLA-A、B关联基因的探讨及测序分析
探索内蒙地区蒙、汉族儿童过敏性紫癜(AP)与HLA-A、B等位基因的关联性及易感基因是否有基因突变位点.在祖籍三代居住内蒙地区,无血缘关系,无与异族通婚史及其他免疫性疾病史和家族史的蒙、汉族人群中,分别选择儿童AP蒙族56例、汉族50例为病例组,正常健康儿童蒙族66名、汉族96名为对照组.引入PCR-SSO技术,分析HLA-A、B等位基因的多态性,并将易感基因进一步做SBT高分辨分型及DNA序列分析.结果显示:(1)蒙古族病例组HLA-A*11和HLA-B*15基因频率均较对照组明显增高(P<0.05 OR1,其95%可信区间内均不包含1,EF0),高分辨后,前者均为A*1101,后者主要是B*1501,其余为B*15**.而HLA-B*07和HLA-B*40基因频率均较对照组明显降低(P<0.05 OR<1,其95%可信区间内均不包含1,EF0); (2)汉族病例组HLA-A*26、HLA-B*35基因频率均较对照组明显增高(P<0.05 OR1,其95%可信区间内均不包含1,EF0),高分辨后,前者均为A*2601,后者主要是B*3503,其余为B*35**.蒙汉族病例组均未发现基因突变位点.由此可得出HLA-A*11和HLA-B*15可能是内蒙地区蒙古族儿童AP发病的2个遗传易感基因; 而HLA-B*07和HLA-B*40为其保护基因; 而HLA-A*26和HLA-B*35为汉族儿童AP发病的遗传易感基因.
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江苏地区骨髓库志愿者HLA-B*15组基因多态性研究及临床意义
目的:调查江苏骨髓库志愿者HLA-B*15等位基因的分布特征,研究其可能对临床供体选择的影响以及相关疾病.方法:利用聚合酶链反应-碱基序列直接测序(PCR-SBT)方法对3 238例江苏人群HLA-B位点的2、3、4外显子序列进行分型,计算HLA-B*15等位基因频率,并与不同人群进行比较.结果:本研究中检出的21种HLA-B*15等位基因有:B*1501(B62),B*1502(B75),B*1503(B72),B*1505(B62),B*1507(B62),B*1508(B75),B*1510(B71),B*1511(B75),B*1512(B76),B*1513(B77),B*1517(B63),B*1518(B71),B*1521(B75),B*1525(B62),B*1527(B62),B*1529(B15),B*1532(B62),B*1535(B62),B*1546(B72),B*1558(B62),B*1568(B35).其中以B*1501(4.69%)常见,其次为B*1511(2.55%),B*1502(2.10%),B*1518(1.34%),B*1527(1.27%).结论:在江苏汉族人群中HLA-B*15等位基因水平表现出丰富的多态性,利用其分布特点,为临床移植供者选择和HLA相关疾病分析提供了依据.
关键词： HLA-B*15基因 PCR-SBT 基因频率 基因多态性 -
HLA新等位基因HLA-B*35∶155的确认
目的 发现和认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因.方法 应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B*35∶03∶01,51∶01∶01在112位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对于B* 35、B*51的序列特异性SSSP引物测序,确认与同源性高的HLA等位基因序列的差异.结果 测序结果表明该等位基因与其同源性高的等位基因B*35∶03∶01的差异是在第2外显子112位的C＞T,其突变导致密码子CGG＞TGG,结果造成B*35∶03∶01氨基酸序列中14位的精氨酸(R)变为色氨酸(W).结论 该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B* 35∶155.
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江西地区强直性脊柱炎患者HLA-B27基因PCR-SBT分型研究
目的 探讨江西地区人群HLA-B27亚型分布情况,分析HLA-B27亚型与强直性脊柱炎(AS)的相关性.方法采用PCR-SBT(测序法)高分辨率基因分型技术,对HLA-B27 PCR-SSP(序列特异性引物-聚合酶链法)低分辨基因检测阳性的97例AS确诊患者标本和2013年1-12月本实验室检测的1001名江西省造血干细胞志愿捐献者中22名HLA-B27携带者进行HLA-B27基因高分辨率分型.结果97例HLA-B27阳性的AS确诊患者标本中,进一步采用PCR-SBT高分辨率分型检测,其中81例为B27*04亚型,占83.51%,其余16例为B27*05亚型,占16.49%;造血干细胞志愿捐献者检出22例HLA-B27携带者,HLA-B27亚型分布为:1例B27*02亚型,1例B27*03亚型,15例B27*04亚型,1例B27*06亚型,4例B27*07亚型,未发现B27*05亚型.结论江西地区的AS患者HLA-B27基因亚型以B27*04为主,其次为B27*05.健康人群B27基因携带者与AS患者在主导亚型分布上没有明显的差异,但在亚型种类上存在差异.
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江西地区人群HLA-DRB1的PCR-SBT分型研究
目的 调查江西地区人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB1的基因多态性及其分布特点,为江西地区提供完整准确的遗传学数据.方法 应用PCR-SBT(polymerase chain reaction sequence-based typing,聚合酶链反应-直接测序)法对江西地区汉族人群中1002名健康、 无关个体进行HLA-DRB1基因高分辨分型.结果 1002份样本中检出HLA-DRB1的基因型191个,基因型比例高为DRB1*0901/DRB1*1501,占样本量的4.391%;检出等位基因27个,比例高的等位基因及对应频率分别为:DRB1*0901(11.028%).结论 江西地区汉族人群HL A-DRB1基因具有中国汉族人群共有的遗传特征,但也有本地区自身的分布特点.
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应用分子生物学测序技术对血小板抗原HPA-3进行基因分型
目的 利用分子生物学测序技术聚合酶链反应直接测序方法(PCR-SBT))对血小板抗原(HPA)-3系统进行基因分型.方法 采用本研究合成的引物,应用分子生物学测序技术对101名随机血小板捐献者进行HPA-3基因分型,随机抽样20个标本进行聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)基因分型作为平行对照,质控DNA进行验证.结果 终选取61℃的为理想退火温度.采用合成的引物对4份质控标本作HPA-3基因分型:与Innotrain提供的结果完全一致.101名随机汉族血小板志愿捐献者HPA基因频率为HPA-3a 0.520、HPA-3b 0.480;随机抽样20个样品与Inno-train公司的HPA-SSP分型结果一致.结论 所建立的HPA基因PCR-SBT分型技术分辨率高,正反向引物测序结果一致,都可以精确分型,可以弥补PCR-SSP不足.
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重庆地区汉族人群HLA-DRB1等位基因多态性研究
目的 了解中国重庆地区汉族人群人类白细胞抗原HLA-DRB1基因多态性及其分布特点.方法 应用自行建立的聚合酶链式反应-测序为基础的分型方法(PCR-SBT)对190例重庆地区汉族人群进行HLA-DRB1基因分型和多态性分析.结果 共检测出13种HLA-DRB1等位基因,20种等位基因型.其中,HLA-DRB1*09:01(29.1％)等位基因频率高,其次为HLA-DRB1*04:05(12.2％)、HLA-DRB1*08:03 (9.3％),基因频率低的是HLA-DRB1*12:01、HLA-DRB1*12:02、HLA-DRB1*14:05和HLA-DRB1*15:02,各占1.26％.此外,检出的20种HLA-DRB1等位基因型在男女性别间无显著差异.结论 成功建立并优化了HLA-DRB1的PCR-SBT基因分型方法；重庆地区汉族人群HLA-DRB1等位基因呈现多态性,为群体遗传和疾病关联的研究提供了可靠的遗传学数据.
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序列分析鉴定HLA新等位基因HLA-B*4078
人类白细胞抗原(HLA)是人类复杂的免疫遗传系统,具有显著的群体和地区间差异.HLA作为一种移植抗原,在器官移植和骨髓移植中起着重要的作用~([1]).新的HLA等位基因的不断发现,不但可以在帮助患者找到更适宜的供体,减少发生排斥反应的危险,提高移植的成功率,而且还可以广泛用于法医鉴定,人类种族迁移等相关研究.
关键词： 等位基因 HLA-B*4078 PCR-SBT 点突变 -
人类白细胞抗原新等位基因B*46∶01∶18的确认及家系调查
目的 鉴定一个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)B位点的新等位基因,并调查其家系遗传情况.方法应用聚合酶链反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B* 46∶01∶01,B* 15∶25∶01在384位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因.用针对B*46、B*15的组特异性测序引物,确认与同源性高的HLA等位基因序列的差异,并对先证者家系进行调查.结果 测序结果证实,该等位基因与其同源性高的等位基因是B*46∶01∶01,两者的差异是在第3外显子384位的G＞T,密码子104由GGG变为GGT,但是两者编码的氨基酸序列中104位仍然是甘氨酸(G).家系调查结果显示该新基因遗传自父亲.结论 该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B* 46∶01∶18,是在广西壮族人群中发现的新等位基因.
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中国北方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原-A、B、DRB1基因和单倍型高分辨水平的多态性研究
目的 从高分辨率水平研究中国北方汉族人群人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigens,HLA)-A、B、DRB1基因和单倍型的多态性.方法 采用聚合酶链反应-测序分型方法(Polymerase Chain Reaction-Sequence Based Typing,PCR-SBT)对631名随机北方汉族个体的HLA-A、B、DRB1基冈进行序列分析,进而采用大似然性方法计算等位基因和单倍型的分布频率.结果 30个HLA-A等位基因中,频率高于0.05的5种常见等位基因A*1101、A*2402、A*0207、A*0201和A*3303的频率总和为69.26%;64个HLA-B等位基因中,频率高于0.05的4种常见等位基因B*4001、B*4601、B*5801和B*1502的频率总和为38.11%,41个DRB1等位基因中,频率高于0.05的7种常见等位基因DRB1*0901、DRB1*1501、DRB1*1202、DRB1*0701、DRB1*0803、DRB1*1101和DRB1*0405的频率总和为59.98%.499条A-B、659条BDRB1和2 426条A-B-DRB1单倍型中,分别有38、39和31条单倍型频率高于0.005,其频率总和分别为59.82%、53.69%和32.38%,A*0207-B*4601、B*4601-DRB1*0901和A*0207-B*4601-DRB1*0901分别为其主要单倍型.结论 中国北方汉族人群高分辨水平的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型的多态性数据可作为人类学、法医学、移植配型和疾病相关性研究和应用的参考数据.
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广东汉族人群HLA-B*15等位基因分布
目的 了解广东献血者汉族人群HLA-B*15等位基因的多态性.方法 从1691名广东汉族献血者中采用中/低分辨分型获得带有HLA-B*15基因型466例样本,进一步应用PCR-SBT技术进行测序分型,获得广东汉族人群B*15高分辨分型结果.应用PyPop软件计算HLA-B* 15各等位基因频率,同时与其他人群资料进行比较.结果 共检测到16种已知HLA-B*15等位基因,其中以B*15:02(64.75％)常见,其次为B*15:01(13.26％),B*15:25(4.554％),B*15:27(4.158％),B*15:12(3.960％),这5种等位基因占B*15等位基因家族的90.69％.在B*15等位基因家族中,表达B75抗原的等位基因B*15:02、B*15:11和B*15:21共占67.92％,但表达B62抗原的B*15等位基因多态性强,共检出6种等位基因.结论 广东汉族人群中HLA-B*15等位基因表现出高度的多态性及其特有的分布特征.
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四川骨髓库汉族人群KIR及其HLA配体的相互关系研究
目的 了解杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)及其HLA配体在四川骨髓库汉族人群中的基因频率分布和配对情况,探讨KIR和HLA的相互关系.方法 随机选择四川骨髓库汉族街头无关捐献者标本286(人)份,采用聚合酶链式反应-序列特异性引物扩增(PCR-SSP)做KIR基因检测；采用聚合酶链式反应-直接测序分型法(PCRSBT)测定HLA-A、B、C等位基因.结果 所检测个体均具有结构基因3DL2、3DL3、2DL4和3DP1；共发现29种KIR基因型,ID为1和2的基因型多见,频率分别为47.55％(136/286)和14.69％ (42/286).HLA-C1和HLA-C2的频率分别为85.15％ (487/572)和14.85％ (85/572)；携带Bw4表位的HLA-A、-B的频率分别是20.78％ (119/572)、31.99％ (183/572).所有个体均含有抑制性KIR/HLA-C配受体对,含有1、2和3对配受体对的频率分别是77.27％ (211/286)、15.04％ (43/286)和7.69％ (22/286).在KIR/HL4-Bw4配受体对中,仅含有3DL1+ HLA-Bw4的频率为44.76％ (128/286),仅含有3DS1+ HLA-Bw4的频率为2.80％( 8/286),同时含有3DL1+ HLA-Bw4和3DS1+ HLA-Bw4的配受体对的频率为25.17％ (72/286),另外有27.27％ (78/286)的个体无KIR/HLA-Bw4配受体对.结论 四川骨髓库汉族人群KIR基因及其KIR/HLA配受体对的分布具有自身特点,抑制性KIR/HLA配受体对占优势.
