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一种HCV靶向性M1GS核酶的构建及其体外活性
目的 构建对HCV基因组具有特异切割作用的新型靶向性核酶-M1GS.方法 针对HCV基因组的保守区(5'UTR)设计并合成一段引导序列,通过PCR扩增直接将该引导序列连接于大肠杆菌核糖核酸酶P的催化亚基(M1 RNA)的3'末端,从而构建一类靶向性M1GS核酶.结果 体外切割实验表明,所构建的核酶(MIGS-HCV/C67)对HCV 5'UTR具有明显的切割作用,切割的位点在靶序列67～68 nt之间,属于特异性切割.结论 构建了一种对HCV 5'UTR具有靶向切割活性的MIGS核酶,为胞内反义效应及动物模型内抗病毒效应的评价提供了实验材料,为新型抗HCV药物的研究奠定了基础.
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中国口服脊髓灰质炎减毒活疫苗安全性评估
目的 研究北京生物制品研究所(北京所)和中国医学科学院医学生物学研究所(昆明所)生产的口服脊髓灰质炎(脊灰)减毒活疫苗(OPV)减毒位点的基因特征,对比Sabin标准株,从基因序列的基础上研究OPV是否安全有效,从而为中国维持无脊灰状态OPV的使用和免疫策略提供科学依据.方法 随机选取生产的不同批次OPV,先进行病毒分离和扩增,用中和试验定型,分出Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊灰疫苗病毒,然后用聚合酶链反应(PCR)得到各型脊灰疫苗病毒的5'非编码区(5'NTR区)和VP1蛋白编码区基因核苷酸片段,测序后,与各型脊灰Sabin标准株进行比较分析.结果 两个所生产的OPV各型疫苗病毒的5'NTR区核苷酸序列与标准Sabin株各型别5'NTR区无差别,同源性为100%;VP1区核苷酸序列比较,北京所与昆明所OPV Ⅰ型VP1区与Sabin Ⅰ型VP1区核苷酸序列同源性为100%;北京所OPV Ⅱ型VP1区与Sabin Ⅱ型VP1区比较,有5个碱基变化,同源性为99.45%,昆明所OPV Ⅱ型VP1区与SAbin Ⅱ型VP1区比较,有6个碱基变化,同源性为99.34%;北京所与昆明所OPV Ⅲ型VP1区与Sabin Ⅲ型VP1区比较,都有2个碱基变化,同源性为99.78%.北京所与昆明所生产的OPV,3个型别的5'NTR区和VP1蛋白编码区基因核苷酸序列与标准Sabin株比较,所有神经毒力位点未发生变化,未发生毒力回复突变.结论 中国北京所和昆明所生产的OPV是安全有效的,应对如何停止使用OPV,如何用脊灰灭活疫苗取代OPV进行前期研究工作.
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HCV5'非编码区基因分型与病毒复制水平的分析
目的 研究丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)的基因分型与各基因型的病毒复制水平,为判断病情及抗病毒治疗提供参考.方法 收集未经抗病毒药物治疗的抗-HCV阳性血清标本60份,经逆转录聚合酶链反应(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)及核苷酸序列分析HCV的5'非编码区,对标本进行基因分型,并采用定量-PCR检测患者的血清HCV-RNA含量.统计学数据用Graphpad Prism 5.0和SPSS21.0软件进行分析.多组间的比较采用方差分析,两独立样本比较的t检验.结果 本研究人群中HCV各基因亚型的检出率依次为1b型48.3％(29/60)、3 a型23.3％ (14/60)、1a型16.7％ (10/60)和2a型10％(6/60),并检出一例2c亚型.HCV各基因亚型的血清平均病毒RNA含量的对数值log10(IU/ml)和标准差分别是:1a型5.46±1.19、1b型6.22±0.78、2a型5.47±0.65、3a型5.38±0.98 log10 (IU/ml).结论 本研究人群中1型HCV感染率显著高于2型和3型的感染率(P＜0.01).1b亚型组血清HCV-RNA含量显著高于1a、2a和3a亚型感染人群的血清HCV-RNA含量(P＜0.05).研究HCV准确的基因分型与血清HCV-RNA含量,有助于对各基因型丙型肝炎患者抗病毒治疗方案的制定.
关键词： 丙型肝炎病毒 5'非编码区 HCV基因分型 血清HCV-RNA含量 -
肠道病毒71型非编码区结构与功能研究进展
肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)是婴幼儿手足口病的重要病原体之一,也是继脊髓灰质炎病毒之后的又一种非常重要且常见的嗜神经病毒.EV71非编码区(untranslated regions,UTRs)的某些位点突变或空间结构改变会影响病毒翻译和复制能力以及病毒对细胞组织的亲和力,甚至导致毒力发生变化.目前,EV71的致病机制尚不明确,非编码区的研究是必不可少的一部分,本文综述了近几年来关于EV71非编码区基本结构以及功能研究的新进展.
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线粒体融合基因2新变异位点A-35G与原发性高血压的相关性研究
目的:线粒体融合基因2(Mfn2)是一个与原发性高血压(EH)易感性相关的基因.本研究的目的是探讨该基因上游未编码区的单核苷酸位点变异与EH的相关性.方法:筛选健康正常血压(NT组)者342人和EH组患者366例.进行常规体检和血压、血脂及血糖等检查.提取静脉血DNA,设计引物进行PCR扩增后,进行测序.然后计算相关变异位点的等位基因和基因型在二组人群中分布的频率,并进一步分析其与EH的相关性.结果:SNPdb数据库检索表明A-35G是一个新的Mfn2启动子区的变异位点.该位点在NT组和EH组中基因型频率和基因频率均存在着明显的差别,即AA、AG、GG的频率分别为290(79.3％)/245 (71.5％)、8(2.2％)/9(2.7％)、68(18.5％)/88 (25.8％),A、G分别为588(80.1％)/499(73.0％)、144(19.7％)/185(27.0％).进一步按性别分组后显示:在男性NT组和EH组中基因型频率和基因频率也存在着明显的差别,即AA、AG、GG的频率分别为157 (79.3％)/143 (73.2％)、4(1.9％)/3(1.7％)、40(20.0％)/49(25.1％),A、G分别为588(80.1％)/499(73.0％)、144(19.7％)/185(27.0％).在女性NT组和EH组中基因型频率和基因频率不存在着明显的差别(P＞0.05).在经过年龄和性别调整后进行相关性分析发现A-35G、体质指数、身高和体重与EH发病明显相关.结论:A-35G是一个新的Mfn2启动子区的变异位点,基因频率和基因型频率在EH和男性EH组中明显高于正常对照组.相关性分析表明该变异也与EH的发病存在明显相关.因此,A-35G可能是EH发病的独立危险因素.
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bax5'UTD的克隆
目的克隆bax的5'非编码区(5'UTD),构建相关的表达载体.方法通过引物设计和条件优化,采用PCR方法克隆出目的基因,构建载体后利用酶切与测序进行鉴定.结果克隆基因产物酶切结果与理论预测值一致,测序未出现一个碱基突变.结论bax5'UTD克隆成功,为进一步研究bax转录调控提供了载体资源.
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丙型肝炎病毒5'utr分型和C区基因分型结果的比较
目的比较丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)不同基因分型方法的一致性.方法采用5'非编码区(NCR)型特异性引物分型法和核心区型特异性引物分型法分别对95例和其中的31例HCV RNA阳性患者的血清样本进行基因分型,分析不同分型方法的灵敏度和稳定性异同.结果两种分型方法的一致性达到93.5%,对于混合感染的发现能力C区分型较强,稳定性无差异.结论C区分型方法更加精确.
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丙型肝炎5'非编码区末端快速基因扩增方法的建立及应用
目的建立快速获得丙型肝炎(HCV)基因组5'非编码区(5'UTR)真末端序列的分子生物学方法.方法逆转录后利用末端聚合酶(TDT)进行加尾反应,再利用套式聚合酶链反应(PCR)扩增出目的末端基因的cDNA片段,A-T克隆,用限制性内切酶片段长度多态性分析(RFLP)与PCR鉴定重组子,全自动序列分析仪测定插入子序列.结果 cDNA末端快速扩增技术(RACE)获得5株HCV5'UTR克隆,包括3株全长克隆和2株缺失克隆.2株缺失克隆,一条在5'末端缺失53个碱基,另一条缺失144个碱基.结论 RACE技术快速、有效、实用,可有效获得丙型肝炎病毒基因组的5'非编码区末端序列.
关键词： 丙型肝炎病毒 5'非编码区 序列分析 cDNA末端快速扩增 -
肠道病毒71型基因组5'非编码区序列分析
目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)基因组5 '非编码区(5'UTR)序列特征,探讨基因组中引起神经毒性作用的候选位点.方法 从手足口病患者的粪便标本中分离EV71,运用一步法逆转录聚合酶链反应扩增8个病毒株的5 'UTR区,运用DNAstar和MEGA 4软件进行序列分析.结果 8个病毒株5'UTR区核苷酸为741 ～745 nt,核苷酸序列同源性介于97.0％～99.9％,8个病毒株的5'UTR区与C4亚型的同源性高.序列比对发现,在5'UTR区第265 nt及703 nt处出现了核苷酸的突变(G265A,G703T).遗传进化分析显示,8个病毒株序列与C4亚型的亲缘关系为密切.结论 此8个病毒株为C4亚型,核苷酸突变(G265A,G703T)可能与EV71的致神经毒性作用有关.
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中国南部和西南地区HCV感染的基因型分布特征
目的 了解中国南部和西南地区HCV感染基因型分布特点.方法 用丙型肝炎病毒(HCV)5'非编码区ABC复合酶切分型的方法,对49例广州和重庆HCV感染者进行基因分型,并对检出的6a型产物进行测序.将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性分析.结果 49例样品中共检出4例6a型,序列分析表明这4例样品都具有6a型特征性,即第-145位的CA插入,并与6a型参考序列同源性高.分型结果表明,34例广州样品中,1b型25例(72.53%)、2a型5例(14.71%)、3b型1例(2.94%)、6a型2例(5.88%)、1b和2a混合型1例(2.94%);15例重庆样品中1b型8例(53.33%)、2a型1例(6.67%)、3a型1例(6.67%)、3b型3例(20.00%)、6a型2例(13.33%).结论 广州和重庆两个城市的基因型分布都以1b型为主,并首次在广州检出6a型感染,但感染率低于2a型;而重庆则为2a、3a、3b和6a型等多种基因型分布的特点,说明我国南部和西南地区HCV基因型分布与中国大陆其他地区的流行模式存在差异,这可能与其地理位置及静脉药瘾者的迅速增多有关.
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BamH Ⅰ酶切位点变异区域性分布在HCV 1b型5'非编码区的研究
目的研究丙型肝炎病毒(HCV)1b型5'非编码区BamHⅠ酶切位点变异的区域性分布.方法对来自中国4个不同地区的64例HCV 1b基因型血清样品进行5'-NCR扩增后,分别用Mbo Ⅰ、BamH Ⅰ限制性内切酶酶切分析,比较不同地区变异株分布的差异.结果测序证实中国HCV 1b基因型在117位有BamH Ⅰ酶切位点.64例血清样品中,BamH Ⅰ单切点变异株,华南7例(28%),东北1例(10%),华北1例(11.1%),西南0例;Mbo Ⅰ及BamHⅠ切点均无的变异株,西南8例(40%),华南2例(4%),东北1例(10%),华北0例.结论证实HCV 1b型BamH Ⅰ变异具有区域性分布特点,华南地区和西南地区变异较多,华北和东北变异较少.而这一变异是否与干扰素治疗耐药有关,尚有待于进一步研究.
