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人冠状病毒核酸检测方法的研究进展
冠状病毒属于套式病毒目(Nidovirales),冠状病毒科(Coronaviridae),冠状病毒属(Coronavirus,CoV)是病毒中的一个大家族,在多种生物中广泛分布,如鸟、禽、猪、狗、猫、蝙蝠和人[1]等.冠状病毒基因组为不分段的单股正链RNA,是RNA病毒中基因组大的病毒,基因组结构为:5'帽状结构-复制酶(rep)-刺突糖蛋白(S)-包膜蛋白(E)-基质膜糖蛋白(M)-核衣壳蛋白(N)-polyA尾3'.基因组中复制酶(rep)基因约占2/3,包含2个开放阅读框架:ORFla和ORFlb.2012年国际病毒分类命名委员会根据血清学特性和遗传学差异将冠状病毒分为α、β、γ(分别对应以前的1、2、3群)和δ(尚未正式命名)共4个群.
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2009-2015年甘肃省酒泉市流行性感冒病原学监测结果分析
目的 了解甘肃省酒泉市2009-2015年流行性感冒(流感)病原学特征和流行动态,为流感防控工作提供科学决策.方法 对2009-2015年度国家流感监测哨点医院采集流感样病例咽拭子标本,采用实时荧光定量聚合酶链反应进行流感病毒核酸检测及其型别和亚型鉴定,对部分核酸检测阳性样品进行病毒培养、分离和鉴定.结果 2009-2015年共检测流感样病例标本3332例,流感病毒核酸阳性率为21.54％,其中各型流感病毒核酸阳性数及构成比分别是甲型H1N1 277例(38.58％),甲型H3N2 224例(31.20％)和乙型217例(30.22％).7年间流感病毒检出率依次为28.60％、25.63％、18.25％、21.58％、18.23％、19.44％和20.60％,各年度阳性率差异有统计学意义(x2=25.51,P=0.000);0～、1 ～、5～、15～、25～和60～岁年龄组的阳性率依次为6.90％、15.85％、29.07％、23.96％、21.43％和14.29％,5～岁年龄组阳性率高,各年龄组流感病毒核酸阳性率差异有统计学意义(x2=74.51,P=0.000).流感病毒核酸阳性病例主要集中在10月至次年3月,病毒核酸检测阳性病例占总阳性病例的91.50％;分离到流感病毒105株,其中69株甲型H1N1,14株甲型H3N2,10株乙型B/Victoria,12株乙型B/Yamagata.结论 甘肃省酒泉市流感流行每年有1个高峰期,主要发生在冬春季,5～岁儿童感染率高,流行毒株在不同时间呈现型别优势且存在年度交替流行的特点.流感防控措施的重点时间在冬春季,建议加强5～岁组儿童的流感疫苗接种.
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山东省烟台地区发热伴血小板减少综合征疑似病例检测分析
目的 调查山东省烟台地区发热伴血小板减少综合征疑似病例新型布尼亚病毒(SFTSV)感染情况.方法 采用双重探针引物实时荧光定量-聚合酶链反应方法对发热伴血小板减少综合征疑似病例血清进行新型布尼亚病毒特异性核酸检测.结果 135份疑似病例血清样本中新型布尼亚病毒特异性核酸阳性81份,阳性率60.00％.发病第5～8天核酸检出阳性高；发病高峰主要集中在5-8月；人群年龄分布在37 ～ 87岁之间,以60 ～ 70岁年龄组发病数多,占总病例数的32.10％ (26/81)；92.59％ (75/81)的患者为农民；男女性别比为1.79:1.结论 烟台地区发热伴血小板减少综合征疑似病例存在新型布尼亚病毒感染.
关键词： 发热伴血小板减少综合征 新型布尼亚病毒 核酸检测 -
2014年浙江省金华市涉禽场所A型流感病毒监测分析
目的 了解金华市涉禽场所A型流感病毒分布情况,评估人感染禽流感风险,为人禽流感防控工作提供科学依据.方法 选取全市155个涉禽场所,采集6类环境标本1445份,采用聚合酶链反应方法检测A型流感病毒,使用x2检验对检测结果进行分析.结果 全市10个县(市、区)A型流感病毒场所阳性率为50.97％,标本阳性率为26.44％.4类涉禽场所中,禽交易市场标本阳性率为33.94％,均高于规模禽养殖场、禽散养村和野生候鸟栖息地(均P＜0.01).6类环境标本中,其他类型(肺、肠等禽内脏废弃物)、禽宰杀加工清洗污水、禽宰杀加工器具涂抹物的阳性率均高于禽粪便、禽饮水、养禽笼具表面涂抹物(均P＜0.01).全市10个县(市、区)环境标本均有A型流感病毒检出,冬春季A型流感阳性率高于夏秋季(x2 =46.490,P＜0.01).城乡禽交易市场A型流感阳性率差异无统计学意义(x2 =0.040,P＞0.01).结论 金华市城乡禽交易市场、禽宰杀环节和冬春季A型流感病毒检出率较高,存在人感染风险.冬春季加强禽交易市场监管,落实检疫准入、消毒、休市、关闭等措施,推广禽类“杀白上市”模式,是降低人禽流感发生风险的关键.
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2010-2013年甘肃省白银市流感样病例监测哨点医院数据分析
目的 分析甘肃省白银市2010-2013年国家哨点医院流感样病例(ILI)监测结果,掌握本地区流行性感冒的流行趋势及病毒株变化特点,为制定防控措施提供依据.方法 收集哨点医院ILI就诊数、门急诊病例总数,采集ILI咽拭子进行核酸检测,使用Excel 2003和SPSS 19.0统计软件分析ILI分年度、诊室、年龄段分布及ILI核酸检测情况.结果 4年ILI就诊百分比(ILI％)比较差异有统计学意义(x2=193.678,P=0.000),ILI％高的年份为2013年,为1.58％,高的月份是12月,低在8月,就诊比例高诊室是儿内科急诊,占5.21％,年龄分布主要集中在15岁以下儿童,占65.03％;4年核酸检测阳性率比较差异有统计学意义(x2=154.680,P=0.000),阳性率高的是2012年,为26.37％;甲型H1N1型流感病毒构成比逐年上升(x2趋势=58.773,P=0.000);分月核酸检测阳性率比较差异有统计学意义(x2=646.743,P=0.000),阳性率高的是11月,为50.39％;5个年龄组核酸检测阳性率比较差异有统计学意义(x2=143.568,P=0.000),阳性率高的是15 ～ 24岁组,为36.04％.结论 白银市流感发病呈冬春季高峰且冬季流感来临较早,儿童和青少年是防控重点人群,甲型H1N1型流感近4年病毒活性逐年上升.
关键词： 白银市 流感样病例 流感样病例就诊百分比 核酸检测 分离鉴定 -
TaqMan探针实时荧光定量反转录-聚合酶链反应检测新布尼亚病毒L基因方法的建立与应用
目的 建立敏感、特异、实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(real time fluorescent quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,rRT-PCR)方法,用于新布尼亚病毒的核酸检测.方法 以新布尼亚病毒L基因为靶基因设计引物以及TaqMan探针,建立real-time RT-PCR方法,并对舟山市岱山县50份临床疑似患者血清、血浆、25份正常人群血清和从患者血清中分离到的2株病毒样本进行了检测鉴定,并验证了方法的特异性、敏感性和重复性.结果 建立的real-time RT-PCR具有良好的特异性,标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(R2 =0.999),低检出浓度为1拷贝/μl,重复性评估批内变异系数均＜1.0％.在103份检测标本中,50份临床病例血清血浆标本,30份为阳性,健康人群血清25份和28份鼠肺、鼠肾均为阴性,8份病毒分离培养血样中2份为阳性.结论 本研究建立的real-time RT-PCR方法具有较高的特异性、敏感性和重复性,可用于人与动物新布尼亚病毒核酸的快速检测、病毒分离培养的初步鉴定等.
关键词： Real-time RT-PCR 新布尼亚病毒 核酸检测 -
血液病毒六混样核酸检测无效结果分析
目的:在六混样检测的模式下,对核酸检测无效结果进行分析和探讨,以减少无效结果的出现.方法:对天津市滨海新区2012年2月20日-2015年4月30日的无偿献血者酶免检测合格的血液样本进行核酸检测,对于核酸检测出现的无效结果进行分析.结果:总测试数为77536,其中无效测试数为1154,无效测试率为1.49％.结论:核酸检测人员只有通过重视检测的质量控制和仪器日常维护保养,才能减少无效结果的出现,保证检测结果的及时有效.
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2013-2014年北京市门头沟区流感病原学监测
目的 通过对2013-2014年北京市门头沟区流感流行季病原学监测分析,明确门头沟区2013-2014年流感流行株、毒株变异情况以及流感病原学的特征,为流感疫情防控提供科学依据.方法 将流感样病例(ILI)的咽拭子标本进行流感病毒核酸检测,并利用狗肾细胞(MDCK)进行病毒分离检测,病毒分离后采用血凝试验方法(HA)判断是否有病毒存在,并利用实时荧光定量PCR法进行流感病毒型别的鉴定.结果 2013年10月-2014年4月共检测流感样病例(ILI)咽拭子标本452份,核酸阳性的标本为109例(核酸阳性率为24.11％),其中新甲型H1N1共31株、H3N2型34株、乙型BY44株.细胞分离到流感病毒83株(阳性率18.36％),其中新甲型H1N1共26株、H3N2型28株、乙型BY29株.结论 门头沟区流感病毒在2013-2014年新型H1N1、H3N2、乙型BY型别均有流行.
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核酸实验室温湿度控制、清洁消毒及防污染措施
核酸检测相对之前采用的酶联免疫吸附测定具有更高的灵敏度特异性，能有效缩短检测“窗口期”以及检测一些变异和隐匿性肝炎，大限度降低经血传播疾病的风险。为了保证检测结果的有效性，保证工作环境卫生、整洁，符合核酸试验要求，有效预防和控制对工作人员和实验环境造成的感染或污染，核酸实验室温湿度控制、清洁消毒及防污染措施就显得尤为重要。
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不同群体无偿献血者血液核酸检测结果的分析探讨
目的:探讨不同群体无偿献血者血液核酸检测(NAT)的结果.方法:对梧州地区55533例献血者NAT结果根据不同性别、年龄及居住地进行统计分析.结果:在55533例酶联免疫试验(ELISA)阴性的献血者中,检出核酸阳性62例,阳性率为0.11％.不同性别、年龄和居住地献血者核酸阳性率差异均有统计学意义(P<0.05).其中,男性献血者核酸阳性率较女性献血者高;核酸阳性率以45～<60岁年龄高,18～<25岁低;农村居民献血者的核酸阳性率较城市居民献血者高.结论:核酸检测技术能提高临床输血安全性.年轻人、女性、城市居民应为无偿献血重点招募人群.
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血站核酸检测工作的质量控制对策思考
在我国输血传播感染的血液检测中,核酸检测是一种新纳入的检测指标,对血液进行核酸检测能更好地控制血液检测的质量,大限度地避免输血感染等情况出现.通过分析在血站的检验工作流程中,核酸检测的质量控制方法和建议,为血站血液检测提供参考.
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无偿献血者乙型肝炎病毒酶免检测和核酸检测的结果研究
目的 探讨乙型肝炎病毒(HBV)酶免检测和核酸检测对无偿献血者的应用价值.方法选取2017年1-12月采集到的16787份血液样本,采用HBV酶免两种试剂检测及核酸检测方法进行筛查,筛选乙型肝炎表面抗原(HBsAg)酶免试剂单边阳性或灰区标本及HBV核酸筛查阳性标本做比较分析.结果共选取609份酶免阳性标本,其中有37份是阳性,阳性标准符合率为100％;通过对479份血清HBsAg酶免试剂检测单侧阳性或灰区标本进行统计分析,发现大多数单一酶免试剂检测阳性或灰区标本主要存在于B酶免试剂中,酶免结果灰区内的标本数量较多.通过对101份HBV核酸检测阳性标本进行统计分析,除了37份HBsAg酶免试剂双阳性标本核酸都为阳性外,另外64份HBV核酸检测阳性标本中血清酶免试剂反应大多数为阴性.结论通过对HBV酶免检测及核酸检测结果进行比较判断和观察,HBV酶免弱阳性或灰区并不能减少HBV漏检的发生,联合HBV核酸检测可以有效缩短HBV窗口期.
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2007-2013年出入境人群丙肝实验室检测结果分析及检测流程探讨
目的 了解酶联免疫吸附实验检测丙肝(HCV)的可信区间,探讨针对出入境人群有效的抗-HCV检测流程.方法 收集四川、广东、云南、辽宁、深圳等国际旅行卫生保健中心2007-2013年出入境体检者的部分血清样本183份,用ELISA、免疫印迹、RT-PCR的方法分别进行检测,对3种方法检测的结果进行分析比较.结果 免疫印迹试验共检出确认阳性152例,不确定2份,阴性29份;ELISA法阳性且确证结果为阳性的样本为152例,ELISA阳性确证不确定为2份,ELISA阴性确证阴性为29份,外籍人士和中国籍人士核抗原、NS3-1、NS3-2、NS4、NS5阳性率分别进行比较,显示差异无统计学意义.丽珠试剂在S/CO值≥6时,阳性预测值为100％,丽珠试剂S/CO比值＜3时,无确证为阳性的标本;采用荧光定量PCR检测183份样本的核酸含量,阳性共134例,阴性49份.结论 ELISA试剂检测S/CO值≥6时与WB确证阳性结果有较高的符合性,外籍人士和中国籍人士HCV阳性免疫印迹条带分布无明显差异,抗-HCV结果能部分反映HCV复制状态,但抗-HCV并不与HCV RNA结果平行或同步.根据本研究的数据分析,绘制出适用于出入境检验检疫机构的HCV检测流程图.
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诺如病毒核酸检测及病毒基因序列分析
[目的]通过对国境口岸输入性感染性腹泻暴发病例的快速检测、排查和病原基因序列分析,为病人的诊断、治疗和口岸突发疫情的处置提供依据,保障国境口岸的卫生安全.[方法]利用分子生物学技术,通过粪便样本的核酸(RNA)提取、聚合酶链反应(RT-PCR)、凝胶电泳分析以及基因序列测定、基因序列分析等过程,对造成群体腹泻的病原种类进行确认.[结果]9份送检的腹泻病人粪便样本中均检测到诺如病毒特异性核酸片段.经基因序列分析,确认检测到的诺如病毒基因型属基因组Ⅰ(G I).确认造成马耳他籍船舶"蓝海探索"号暴发腹泻病例的病原为诺如病毒.[结论]通过核酸检测等技术手段,可快速确认传染病病原种类,为疫情控制、保障国境口岸的卫生安全提供技术支持.
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蜱类携带粒细胞无形体的核酸检测及核酸序列分析
目的 了解蜱类自然感染粒细胞无形体(anaplasma phagocytophilum)的状况,为人粒细胞无形体病的预防、控制提供技术支持.方法利用分子生物学技术,通过对野外采集的蜱类样品的核酸(DNA)提取、聚合酶链反应(套式PCR)、凝胶电泳分析以及核酸序列分析等,对蜱类携带的粒细胞无形体进行确认.结果在大连地区采集的长角血蜱(Haemaphysalis longicornis中检测到粒细胞无形体.序列分析结果表明,与GenBank数据库中已注册的粒细胞无形体核酸序列有高度的相似性(97％～99％).结论我国大连地区存在蜱粒细胞无形体感染.应加强对该地区蜱类的监测和控制,防止因蜱类叮咬导致人粒细胞无形体病的暴发流行.
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满洲里口岸蜱类携带斑点热群立克次体的核酸检测及核酸序列分析
目的 了解中俄边境地区蜱类自然感染斑点热群立克次体(Rickettsia japonica)的状况,为蜱传斑点热的监测和检测提供技术支持.方法 采集鼠类寄生蜱,研磨后提取蜱DNA,利用PCR扩增斑点热群立克次体Omp A基因,对阳性产物进行序列分析.结果 在满洲里地区,鼠类体表采集到的蜱类样本,均为全沟硬蜱(Ixodes persulcatus),从8只蜱中检测到斑点热群立克次核酸.序列分析结果表明,其中12号标本中检出的斑点热立克次体与GenBank数据库中已注册的斑点热群立克次核酸序列有高度的相似性(98％～99％).结论 应加强对内蒙古满洲里地区蜱传斑点热的监测和检测,防止蜱传疾病的发生.
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珠海口岸1例输入性疟疾的诊断与分析
疟疾是经按蚊叮咬或输入带疟原虫者的血液而感染疟原虫所引起的虫媒传染病[1],也是热带及亚热带地区常见的热带虫媒传染病之一[2].疟疾的临床特点为周期性、规律性发作的寒战、高热和出汗,长期多次发作后,可致贫血和脾肿大,其中恶性疟病程凶险,病死率较高.大约80％的疟疾病例发生在非洲.
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茂名市首例甲型H1N1流感病例的实时荧光RT-PCR检测
[目的]对茂名市首例甲型H1N1流感病例进行病毒核酸检测,为甲型H1N1流感疫情的防控提供参考.[方法]采用实时荧光逆转录PCR法对采集的病人咽拭子标本进行甲型H1N1流感病毒核酸检测.[结果]共采集病人2份咽拭子标本,其中1份咽拭子标本的实时荧光RT-PCR检测结果显示H1及N1的RT-PCR反应体系扩增曲线有明显对数增长且Ct值分别为25.21(H1)和25.07(N1),为甲型H1N1流感病毒核酸阳性;另1份咽拭子标本则呈阴性.后采集第3份咽拭子标本连同第1分标本送广东省疾控中心复检,结果2份标本的甲型H1N1流感病毒核酸检测均为阳性.[结论]这名病人为福建省第2例甲型H1N1流感病毒感染者的密切接触者,由于及时采用灵敏度高,特异性强,检测时间短的实时荧光逆转录PCR方法检测,快速确诊了病例,为疫情的控制争取了时间,防止了2代病例的出现.
关键词： 甲型流感 H1N1亚型 实时荧光RT-PCR 核酸检测 -
深圳湾口岸甲型H1N1流感染疫嫌疑人咽拭子样本检测结果及影响因素分析
[目的]了解深圳湾口岸甲型H1N1流感染疫嫌疑人咽拭子样本采集情况,分析影响检测结果的因素,探讨如何进一步提高样本阳性检出率,为今后口岸疫情防控工作提供参考.[方法]对2009年5-7月份从深圳湾口岸入境的789例甲型H1N1流感染疫嫌疑人的流行病学调查、现场医学检查、咽拭子样本采集及实验室检测等情况进行统计分析.[结果]流行病学调查因素及专业体格检查情况对咽拭子样本阳性检出率影响较大.[结论]准确、全面的流行病学调查,结合专业、细致的医学检查,规范的样本采集,科学的检测手段有助于提高样本阳性检出率.
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血清学与核酸检测在无偿献血血液传染性疾病筛查中的作用
目的:探讨血清学与核酸检测在无偿献血血液传染性疾病筛查中的作用.方法:收集无偿献血血液标本1800份,采用酶联免疫吸附试验检测血液样本中的HBsAg、HCV抗体、HIV抗原/抗体以及梅毒螺旋体抗体,核酸检测技术检测血液样本中的HBV-DNA、HCV-RNA、HIV-RNA.结果:血清学检测发现乙肝阳性率0.83％,丙肝阳性率0.44％,艾滋病阳性率0.28％.核酸检测发现,乙肝阳性率0.56％,丙肝阳性率0.28％,艾滋病阳性率0.11％.结论:对血液样本进行两遍酶联免疫吸附试验和一遍核酸检测试验能够在较大程度上确保血液样本的安全性.
