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急性脑梗死与D1S1677、D2S441、D4S2364 miniSTR基因座多态性的相关研究
目的 探讨miniSTR基因座D1S1677、D2S441、D4S2364与急性脑梗死的相关性.方法 应用荧光标记多重PCR扩增技术同时扩增3个基因座.310遗传分析仪进行毛细管电泳,用基因收集和分析软件进行数据信息的收集并确定基因型.用直接计数法计算等位基因频率,应用SPSS统计软件对病例组和对照组的各基因座的各个等位基因间进行卡方检验,计算OR值,并对有意义的OR值进行假设检验.结果 基因座D1S1677的等位基因11在病例组和对照组间有显著性差异,OR值为28.71;基因座D2S441的等位基因14在病例组和对照组间有显著性差异,OR值为2.303;基因座D4S2346的等位基因7在病例组和对照组间有显著性差异,OR值为6.828.结论 D1S1677的等位基因11、基因座D2S441的等位基因14和基因座D4S2346的等位基因7可能是急性脑梗死发病的危险基因,与其他基因连锁致病.
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急性脑梗死与6个miniSTR基因座多态性的相关研究
目的 探讨急性脑梗死与6个miniSTR基因座的相关性.方法 选取急性脑梗死患者100例,正常对照130例,应用荧光标记多重PCR扩增技术扩增6个基因座.310遗传分析仪进行毛细管电泳,用基因收集和分析软件进行数据信息的收集并确定基因型.用直接计数法计算等位基因频率,应用SPSS统计软件对病例组和对照组的各基因座的各个等位基因间进行卡方检验,计算OR值,并对有意义的OR值进行假设检验.结果 基因座D10S1248和D22S1045的各个等位基因频率病例组与对照组间均无显著性差异.基因座D14S1434在病例组中的等位基因14、基因座D1S1677的等位基因11、基因座D2S441病例组的等位基因14和基因座D4S2346的等位基因7的基因频率在病例组和对照组间有显著性差异,并且OR值分别为O.433、28.71、2.303和6.828.结论 基因座D14S1434的等位基因14可能是急性脑梗死发病的一个保护基因.D1S1677的等位基因11、基因座D2S441的等位基因14和基因座D4S2346的等位基因7可能是急性脑梗死发病的危险基因,与其他基因连锁致病.
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急性脑梗死与6个 miniSTR 基因座多态性的相关研究
探讨急性脑梗死与6个 miniSTR 基因座的相关性。方法：选取急性脑梗死患者120例，正常对照150例，应用荧光标记多重 PCR 扩增技术扩增6个基因座。用直接计数法计算等位基因频率，应用 SPSS 统计软件对病例组和对照组的各基因座的各个等位基因间进行卡方检验，计算 OR 值，并对有意义的 OR 值进行假设检验。结果：基因座 D10S1248和 D22S1045的各个等位基因频率病例组与对照组间均无显著性差异。基因座 D14S1434在病例组中的等位基因14、基因座 D1S1677的等位基因11、基因座 D2S441病例组的等位基因14和基因座 D4S2346的等位基因7的基因频率在病例组和对照组间有显著性差异，并且OR 值分别为0.433、28.71、2.303和6.828。结论：基因座 D14S1434的等位基因14可能是急性脑梗死发病的一个保护基因。D1S1677的等位基因11、基因座D2S441的等位基因14和基因座 D4S2346的等位基因7可能是急性脑梗死发病的危险基因，与其他基因连锁致病。
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D3S1358两种引物比较研究
目的:研究D3S1358基因座两种引物在同一模板不同降解时间扩增效果,对其在法医学上的应用进行可行性探讨.方法:从商品化STR试剂盒中筛选出D3S1358,提取32例无关男性血液样本进行降解、扩增、琼脂糖电泳等.结果:通过琼脂糖电泳结果分析,D3S1358降解后由minisTR扩增效果明显优于常规STR扩增效果.结论:miniSTR在处理腐败降解检材的分型检出率较常规STR有一定的优势.
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急性脑梗死与3个miniSTR基因座多态性的相关研究
[目的]探讨miniSTR基因座D10S1248、D14S1434和D22S1045与急性脑梗死的相关性.[方法]应用荧光标记多重PCR扩增技术同时扩增3个基因座.310遗传分析仪进行毛细管电泳,用基因收集和分析软件进行数据信息的收集并确定基因型.用直接计数法计算等位基因频率,应用SPSS统计软件对病例组和对照组的各基因座的各个等位基因间进行卡方检验,计算OR值,并对有意义的OR值进行假设检验.[结果]基因座D10S1248和D22S1045的各个等位基因频率病例组与对照组间差异均无显著性意义.基因座D14S1434在病例组中的等位基因14在病例组和对照组间差异有显著性意义,OR值为0.433.[结论]基因座D14S1434的等位基因14可能是急性脑梗死发病的一个保护基因.
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9个miniSTR基因座在西藏藏族人群中的遗传多态性
目的:对西藏藏族人群的9个miniSTR基因座(D20S1082、D6S474、D12 ATA 63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3S4529、D2S441、Amelogenin)进行多态性研究.方法:用Chelex-100法提取西藏藏族人群96份无关个体血液样本DNA,在Mastercylcer(R)pro梯度PCR仪上对9个miniSTR基因座进行扩增,运用3130基因分型仪检测并收集电泳结果,通过GeneMarkerV 2.2.0软件计算扩增产物片段相对大小以及进行样本基因型分型.结果:9个miniSTR基因座(D20S1082、D6S474、D12 ATA 63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3S4529、D2S441、Amelogenin)检出等位基因分别为5、5、6、7、6、4、5、6、2,均符合Hardy-Weinberg平衡,杂合度在0.531～0.742之间,累计个人识别率为0.999 998,累计非父排除率为0.984 083.结论:该9个miniSTR基因座在西藏藏族人群中的多态性较好,个体识别率高,可应用于个体识别和亲权鉴定.
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改良酚/氯仿法结合miniSTR分型技术检验陈旧骨痕量DNA
目的 建立5个miniSTR基因座的复合扩增系统,提高STR基因座对陈旧骨检材的个体识别效能.方法 新设5个STR基因座的引物,分别用FAM、TAMRA、TET标记D3S3053、D18S853、D12ATA63、D6S474、D9S1122,通过PCR扩增,利用ABI3100xL遗传分析仪进行片段长度分析,对84份河南汉族无关个体血样,以及25例陈旧骨检材进行检测.结果 5个基因座均得到有效扩增,在河南汉族人群中5个miniSTR基因座个体识别能力DP为0.8768～0.9623,杂合度H为0.7454～0.8934,多态信息含量PIC为0.7145～0.8214.5个miniSTR基因座总DP值为0.999 996 72.用Identifil试剂盒及miniSTR技术对25份陈旧骨检材的位点检出率分别为60.25%和84.80%.结论 上述5个miniSTR基因座在河南汉族人群中等位基因分布较好,个体识别能力高,适用于个人识别和亲权鉴定,同时为陈旧骨痕量DNA样本分型提供了一种新的检测方法.
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荧光标记引物miniCTTA复合扩增系统的建立
目的 建立扩增片段＜130bp,包括CSF1PO、TH01和TPOX及性染色体amelogenin基因座的miniCTTA扩增系统.方法 采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI3100遗传分析仪进行片段长度分析,对100份无关个体血样,10个家系样本以及30份高度降解检材进行检测.结果 miniCTTA系统DNA分型结果与AmpFLSTR(R)Identifiler(R)试剂盒完全一致.结论 miniCTTA系统可以应用于个人识别和亲权鉴定,为降解DNA样本分型提供了新的方法.
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MiniSTR技术应用于孕妇血浆中胎儿游离DNA检测的研究
目的 研究利用母血中胎儿游离DNA检测STR的方法.方法 采集9名11-27孕周的孕妇抗凝血样并分离出血桨.提取血浆总DNA,利用ABI MiniFilerTM系统复合扩增D13S317、D7S820、D2S1338、D21S11、D16S539、D18S51、CSFIPO、FGA等8个常染色体miniSTR基因座和性别Amelogenin基因座,扩增产物经AB1 3100型基因测序仪作基因扫描检测,用GeneMapper ID 3.2软件分析结果.结果 9例孕妇血浆样本中,均检出了父源性胎儿STR等位基因,D13S317等8个常染色体STR基因座中,平均检出胎儿特异等位基因3.1个/例.在性别Amelogenin基因座,Y等位基因检出的案例有5例,并且按ABI MiniFilerTM试剂盒的扩增条件,Amelogenin Y等位基因的荧光信号峰高均>50 RFU,平均占Amelogenin X等位基因峰高的8.45%;未检出Amelogenin Y等位基因的有4例,性别Amelogenin基因座的结果与出生后证实的胎儿性别相一致.结论 MiniSTR技术适合于孕妇血浆中胎儿游离DNA的检测,在产前分子基因诊断中具有广泛的应用前景.
关键词： 短串联重复序列(STR) 短片段长度 miniSTR 胎儿游离DNA 产前诊断 -
4个Y-miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系的建立
目的：：构建DYS456,DYS392,DYS439,Y-GATA-H4等4个Y-miniSTR基因座复合扩增体系,评价其检测敏感度、数据库兼容性和对降解检材的分型能力。方法：设计4个Y-miniSTR的引物,用FAM、JOE、ROX、TAMRA分别标记其上游引物,构建复合扩增体系。利用本体系的引物扩增稀释过的Y23试剂盒的ladder,制备等位基因分型标准物。比较该体系与Promega PowerPlex ? Y23试剂盒在普通检材、降解检材的分型能力、敏感度和分型结果。结果：同一样本体系分型结果和商业化试剂盒Y23 STR分型结果相同,4个Y-miniSTR复合扩增体系和对降解检材的分型成功率更高,敏感度一致,具有数据库兼容性。结论：本研究中的4个Y-miniSTR复合扩增体系对降解检材的检测具有应用价值,敏感性较好,具有数据库兼容性,可以作为对降解检材分型时商业化试剂盒的补充。
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9个miniSTR基因座在烧骨中的检测与分型
目的 对300℃焚烧后成人股骨样本进行9个miniSTR(D20S1082、D6S474、D12ATA63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3S4529、D2S441、Amelogenin)基因座的检测与分型.方法 样本为8根经300℃焚烧后的成人股骨,用改良酚-氯仿法提取烧骨DNA,在Mastercylcer(R) pro梯度PCR仪上对9个miniSTR基因座分别进行扩增,3130基因分型仪检测并收集电泳结果,GeneMarkerV2.2.0软件计算扩增产物片段相对大小以及进行样本基因型分型.结果 8根烧骨样本均能够提取到DNA,浓度平均值为25ng/μL,D260/D280值在1.7 ～1.9之间.9个miniSTR基因座在样本中的检出率在78％～100％之间,分型图谱较清晰,个别样本出现额外带.结论 本文9个miniSTR基因座分型检测的方法,可用于对烧骨捡材的DNA分型检验.
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2个miniSTR等位基因分型标准物的制备
目的 采用分子克隆技术制备miniSTR D3S4529和D12 ATA63基因座等位基因分型标准物,并评价其应用价值.方法 用荧光引物对835份无关个体血卡样本进行扩增并分型检测,筛选2个基因座的等位基因片段,用分子克隆方法制备等位基因分型标准物,并对中国汉族群体进行遗传学调查.结果 根据筛选出的等位基因片段制备出分型标准物,各等位基因峰形尖锐,无双肩峰,峰高基本一致,荧光值在4 000 RFU左右.中国汉族人群D3S4529、D12ATA63基因座分别检出7个、11个等位基因,杂合度分别为0.752、0.723,多态信息含量均为0.71.结论 通过分子克隆法制备的miniSTR D3S4529和D12 ATA63等位基因分型标准物,在法医学研究中具有较高的应用价值.
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4个miniSTR基因座复合扩增体系及应用
目的 构建D6S474、D20S482、D4S2408、D6S1017等4个miniSTR基因座复合扩增体系,评价其对腐败检材的应用价值,调查4个基因座在汉族人群中的遗传多态性.方法 采用不同荧光标记4个miniSTR基因座上游引物,构建复合扩增体系.用分子克隆方法制备等位基因分型标准物.采用上述体系对135份汉族无关个体血样进行检测,并计算群体遗传学参数.比较该体系与ID试剂盒在降解检材分析中的成功率.结果 采用本文复合扩增体系检测,汉族人群中4个基因座基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律,累积个人识别能力为0.999 666,累积非父排除率为0.914902.本文体系较ID试剂盒对自然腐败检材的分型成功率更高.结论 4个miniSTR基因座复合扩增体系对法庭科学实践,特别是对腐败检材的检测有应用价值.
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荧光标记8个miniSTR及Amelogenin复合扩增体系的建立
目的 建立非CODIS系统miniSTR以及Amelogenin基因座的荧光复合扩增体系.方法 筛选8个多态性高的非CODIS系统miniSTR基因座(D20S1082、D6S474、D12ATA63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3S4529、D2S441),并结合Amelogenin基因座设计荧光标记引物,优化反应条件,建立复合扩增体系.应用该体系对204份广州地区汉族血样,30个家系样本,及30份降解检材进行检测.结果 建立的荧光标记8个miniSTR及Amelogenin复合扩增体系分型结果明确,稳定性好,且所有片段长度均少于200bp,提高了降解检材的分型成功率.在广州汉族人群的累积个人识别率为0.999 999 93,累积非父排除率为0.992 287.结论 构建的miniSTR荧光复合扩增体系,操作简便,分型准确,重复性好,对降解检材有效,易于在法医实验室推广应用,可对现有试剂盒起补充作用.
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3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系的构建及应用
目的 建立D3S3053、D6S474、D20S482(扩增片段<150bp)3个miniSTR基因座四色荧光复合分型体系,用于高度降解DNA样本的基因分型.方法 采用6-FAM、HEX、TAMRA荧光染料标记D20S482、D3S3053、D6S474基因座上游引物,构建并优化复合扩增体系,在ABI 310遗传分析仪卜对扩增产物进行电泳分析,Genemapper 3.2软件分析产物片段大小并进行分型.采用上述体系对120份河北汉族健康无关个体血样进行检测,并计算群体遗传学参数.比较该体系与ID试剂盒用于高度降解检材的成功率及灵敏度.结果 D3S3053、D6s474、D20S482 3个miniSTR基因座荧光标记复合扩增分型体系稳定可靠,灵敏度达50pg,用于高度降解检材分析的成功率明显高于ID试剂盒.3个基因座在河北汉族人群中的累积个人识别能力为0.998,累积非父排除率为0.84.结论 该系统可用于分析高度降解DNA样本的基因分型,进行法医学个人识别和亲权鉴定.
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8个miniSTR基因座复合扩增系统的建立及其应用
目的 建立扩增片段＜200bp,包含CSFIPO,TH01,TPOX,D3S1358,FGA,D7S820,D21S11,PentaD 8个miniSTR基因座的复合扩增体系.方法 采用四色荧光染料标记引物,PCR扩增后,应用ABI3130遗传分析仪进行片段长度分析,对280例无关个体,137例疑难生物物证进行了检验.结果 280例无关个体的调查结果为除1例在CSFIPO基因座外,其余样本的各基因座分型结果与AmpFLSTR ldentifiler试剂盒完全相同.与应用ID试剂盒比较,明显提高了137例疑难生物物证的榆出率.结论 该检测技术方法稳定,结果准确,重复性好,且其判型结果可进行DNA数据库查询、比对,为刑事案件及灾难事故中疑难生物物证的检验提供了一条新的途径.
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荧光标记3个miniSTR基因座复合扩增系统的建立
目的 建立扩增片段＜135bp,包括D5S818,D8S1179,D16S539 3个miniSTR 基因座复合扩增系统.方法 采用不同荧光染料标记引物,通过PCR扩增,利用ABI 3100遗传分析仪进行片段长度分析,对100份无关个体血样,10个家系样本以及30份高度降解检材进行检测.结果 本系统DNA分型结果与AmpFLSTR(R) Identifiler(R)试剂盒完全一致,且灵敏度高于AmpFLSTR(R) Identifiler(R)试剂盒.结论 本系统可以应用于个人识别和亲权鉴定,为降解DNA样本分型提供了新的方法.
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3个miniSTR基因座在高度降解检材中的应用及其遗传多态性
目的 研究D1S1677、D4S2364、D10S1248 3个miniSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值并调查河北地区汉族人群3个基因座的遗传多态性.方法 对所有样本的3个基因座进行PCR扩增;PCR产物在ABI3100 Avant基因分析仪上电泳分离;GeneScan 3.7及Genotyper3.7软件分析结果.结果 3个miniSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于125bp,分别检出7,5,8个等位基因和12,10,16种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.3个基因座在河北汉族人群的非父排除率和个人识别力分别为0.3530、0.3637、0.4901和0.7954、0.8113、0.8913.结论 3个miniSTR基因座在DNA高度降解检材的法医学分析中具有较高应用价值,并且在河北地区汉族人群中具有较好的遗传多态性.
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2组miniSTR复合扩增体系的建立
本文在参考文献~([1-3]) 的基础上,建立了两组荧光标记复合扩增体系,分别用于13个miniSTR基因座、1个性别基因座的分型检验,与minifiler试剂盒进行了对比,并对实际案例中微量、高度降解检材进行了检测.
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辽宁汉族人群5个miniSTR基因座遗传多态性
PCR扩增高度多态性STR基因座检测技术是目前法医学个人识别及亲权鉴定的主要方法,但对于微量和降解检材的检验效果仍不够理想.miniSTR技术设计的引物更靠近核心序列,其等位基因片段长度更短,更利于微量及降解检材的检验,国内外均有相关研究和应用的报道[1-4].本文对辽宁汉族人群5个miniSTR基因座遗传多态性进行调查,以期为相关研究和实践提供基础数据.
