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六个miniSTR基因座在中国汉族人群的复合扩增研究
目的 研究两个miniSTR复合扩增体系在中国汉族人群中的特征,其中NC01(D10S1248、D14S1434和D22S1045)由欧洲DNA分析工作组推荐,另一体系中D2S2944、D18S872和D19S591位点为自行研究发现.方法 利用荧光复合扩增技术进行扩增,采用ABI PRISM(☉)310基因分析仪对产物进行检测,GeneScan 3.7及GenoTyper 3.7软件分析结果.结果 所有基因座复合Hardy-Weinberg平衡,6个基因座的累积个人识别率为0.9999,累积非父排除率为0.9793.同时对NC01在中国人群和其他人群中的遗传差异进行了比较.结论建立了两个miniSTR基因座的荧光标记复合扩增体系,这些体系在不同的人群中具有遗传差异.
关键词： 法医遗传学 微小片段短串联重复序列 基因扩增 降解DNA -
D3S1358两种引物比较研究
目的:研究D3S1358基因座两种引物在同一模板不同降解时间扩增效果,对其在法医学上的应用进行可行性探讨.方法:从商品化STR试剂盒中筛选出D3S1358,提取32例无关男性血液样本进行降解、扩增、琼脂糖电泳等.结果:通过琼脂糖电泳结果分析,D3S1358降解后由minisTR扩增效果明显优于常规STR扩增效果.结论:miniSTR在处理腐败降解检材的分型检出率较常规STR有一定的优势.
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荧光标记LDR-PCR复合扩增方法对高度降解DNA检材的SNPs分型研究
目的 构建一套基于连接酶检测反应(LDR)的荧光标记PCR复合扩增体系,为解决高度降解DNA法医学分析提供新的策略.方法 选择8个单核苷酸多态性(SNPs)位点(rs10802248、rs10516197、rs10488372、rs2278945、rs4757318、rs4887255、rs4889002和rs9304473),设计合成各SNPs位点的LDR探针和连接产物PCR引物,通过LDR将连接产物进行PCR扩增,并将扩增产物进行毛细管凝胶电泳,构建复合扩增SNPs分型体系.结果 使用荧光标记LDR-PCR复合扩增方法,对不同个体的8个SNPs位点进行分型,分型结果与测序结果完全一致;对于甲醛固定石蜡包埋组织(FFPET)检材高度降解的DNA样品,荧光标记LDR-PCR复合扩增体系能够实现8个SNPs位点的准确分型.结论 荧光标记LDR-PCR复合扩增方法能够对8个SNPs位点进行一次性分型,结果准确、可靠,是一种简单、高效并且较为实用的SNPs分型新方法,适用于高度降解检材的检测.
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4个Y-miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系的建立
目的：：构建DYS456,DYS392,DYS439,Y-GATA-H4等4个Y-miniSTR基因座复合扩增体系,评价其检测敏感度、数据库兼容性和对降解检材的分型能力。方法：设计4个Y-miniSTR的引物,用FAM、JOE、ROX、TAMRA分别标记其上游引物,构建复合扩增体系。利用本体系的引物扩增稀释过的Y23试剂盒的ladder,制备等位基因分型标准物。比较该体系与Promega PowerPlex ? Y23试剂盒在普通检材、降解检材的分型能力、敏感度和分型结果。结果：同一样本体系分型结果和商业化试剂盒Y23 STR分型结果相同,4个Y-miniSTR复合扩增体系和对降解检材的分型成功率更高,敏感度一致,具有数据库兼容性。结论：本研究中的4个Y-miniSTR复合扩增体系对降解检材的检测具有应用价值,敏感性较好,具有数据库兼容性,可以作为对降解检材分型时商业化试剂盒的补充。
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荧光标记8个miniSTR及Amelogenin复合扩增体系的建立
目的 建立非CODIS系统miniSTR以及Amelogenin基因座的荧光复合扩增体系.方法 筛选8个多态性高的非CODIS系统miniSTR基因座(D20S1082、D6S474、D12ATA63、D9S1122、D2S1776、D1S1627、D3S4529、D2S441),并结合Amelogenin基因座设计荧光标记引物,优化反应条件,建立复合扩增体系.应用该体系对204份广州地区汉族血样,30个家系样本,及30份降解检材进行检测.结果 建立的荧光标记8个miniSTR及Amelogenin复合扩增体系分型结果明确,稳定性好,且所有片段长度均少于200bp,提高了降解检材的分型成功率.在广州汉族人群的累积个人识别率为0.999 999 93,累积非父排除率为0.992 287.结论 构建的miniSTR荧光复合扩增体系,操作简便,分型准确,重复性好,对降解检材有效,易于在法医实验室推广应用,可对现有试剂盒起补充作用.
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3个miniSTR基因座在高度降解检材中的应用及其遗传多态性
目的 研究D1S1677、D4S2364、D10S1248 3个miniSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值并调查河北地区汉族人群3个基因座的遗传多态性.方法 对所有样本的3个基因座进行PCR扩增;PCR产物在ABI3100 Avant基因分析仪上电泳分离;GeneScan 3.7及Genotyper3.7软件分析结果.结果 3个miniSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果,扩增片段均小于125bp,分别检出7,5,8个等位基因和12,10,16种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.3个基因座在河北汉族人群的非父排除率和个人识别力分别为0.3530、0.3637、0.4901和0.7954、0.8113、0.8913.结论 3个miniSTR基因座在DNA高度降解检材的法医学分析中具有较高应用价值,并且在河北地区汉族人群中具有较好的遗传多态性.
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增加PCR循环次数提高降解DNA样本STR分型的检出率
本文结合典型案例,尝试采用增加PCR循环次数的方法,提高严重降解DNA样本STR分型的检出率,并就其优点及注意事项等进行讨论.
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6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增的遗传多态性
目的 评价6个miniSTR基因座在DNA高度降解检材中的法医学应用价值,并调查广东汉族人群6个miniSTR基因座的遗传多态性.方法 采用两个复合扩增PCR体系、四色荧光标记及毛细管电泳技术.对D1S1677,D2S441,D4S2364.D10S1248,D14S1434,D22S1045基因座进行基因型检测.结果 6个miniSTR基因座均获得了清晰的基因型分型结果 ,扩增片段均小于120bp,分别检出7、7、5、8、8、7个等位基因和14、11、11、19、12、14种基因型,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.6个miniSTR基因座在广东汉族群体的个人识别率和非父排除率分别依次为0.863、0.895、0.792、0.894、0.814、0.904和0.392、0.360、0.353、0.568、0.378、0.513.10例IdentifilerTM试剂盒未能正确分型的高度降解DNA样本,采用6个miniSTR基因座复合扩增体系检测均提高了分型成功率结论 6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增体系在DNA高度降解检材的检测中具有较高的应用价值,并且在广东地区汉族群体中具有较好的遗传多态性.
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MiniSTR技术的研究进展
短串联重复序列(STR)是法医DNA鉴定中常用和重要的遗传标记,但是对于降解和微量的DNA样品,经常得不到完整的DNA分型甚至分型失败.MiniSTR技术通过设计更靠近重复序列的引物,得到更短一些的STR基因座,提高了降解和微量检材的DNA分型成功率.本文综述了miniSTR技术的研究进展,以服务于法医学实践.
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5个miniSTR基因座遗传多态性及其在降解检材中的应用
STR遗传标记已广泛运用于法医学领域的个人识别及亲子鉴定.常规STR分型试剂盒主要适用于片段长度为100～450bp长度的DNA,对于DNA大部分已经断裂的严重降解的样品,常常不能得到理想的分型结果.
