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基于TCGA甲状腺癌竞争性内源性RNA网络构建与分析
目的 识别甲状腺癌(thyroid cancer,TC)相关差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)和信使RNA(messenger RNA,mRNA),构建基因间调控网络,探讨TC发病机制,筛选潜在的治疗靶点.方法 下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中510例TC样本和58例正常甲状腺样本的RNA测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据、59例正常甲状腺样本和514例TC样本的miRNA-seq数据以及507例TC患者的临床信息(时间截止为2018-02-17)进行分析,筛选出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA.通过miRcode、TargetScan、miRTarBase和miRDB 4个数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建出TC的竞争性内源性RNA (competitive endogenous RNA,ceRNA)网络.采用Kaplan-Meier法分析TCceRNA网络中的lncRNA、miRNA和mRNA表达量与患者生存预后的关系,采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对TCceRNA网络中mRNA的基因功能和调控通路进行预测,并根据患者的临床信息,分析ceRNA网络中唯一一个同时被2个miRNA调控的mRNA TMEM100与TC临床病理学特征之间的相关性.结果 在TC中异常表达的492个lncRNA、72个miRNA和1 097个mRNA中,分别有31个lncRNA、11个miRNA和12个mRNA参与构建TC的ceRNA网络.其中lncRNA OPCM-LT1 (P=0.005)和MIR181A2HG (P=0.011)以及miRNA has-mir-184 (P=0.014)、mRNA SALL3 (P=0.043)和E2F1 (P=0.007)均与TC患者的生存预后显著相关.12个mRNA主要被富集到7个基因功能和19个通路上,P＜0.05;其中mRNA TMEM100表达水平与原发肿瘤累及范围(x2=9.855,P=0.02)及淋巴结转移(x2 =25.965,P＜0.001)均显著相关.结论 成功构建TC相关lncRNA-miRNA-mRNA网络,并识别出潜在的治疗靶点,为后续深入研究TC发病机制提供参考依据.
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PI3K/AKT信号通路与HER2阳性乳腺癌患者总生存时间的相关性及验证分析
目的 分析并验证与HER2阳性乳腺癌患者总生存时间相关的关键分子靶点.方法 首先,从TCGA数据库中分别下载Ⅰ/Ⅱ期和Ⅲ/Ⅳ期HER2阳性乳腺癌患者生存时间及转录组数据,将Ⅰ/Ⅱ期患者根据总生存时间分为2年和8.5年两组,先利用edgeR软件包分析两组乳腺癌患者的差异基因,随后对差异基因进行KEGG通路富集;将Ⅲ/Ⅳ期患者根据总生存时间分为2年和7年两组,利用edgeR软件包分析差异基因并对其进行KEGG通路富集;后分析与Ⅰ/Ⅱ期和Ⅲ/Ⅳ期HER2阳性乳腺癌患者总生存时间均相关的共同调控通路.其次,利用KMplot (Kaplan-Meier plotter)数据库验证KEGG富集通路关键节点基因及其他基因与HER2阳性乳腺癌患者总生存时间之间的相关性.后,利用HER2阳性乳腺癌细胞系BT474验证KEGG富集通路与抗HER2治疗耐药之间的相关性.结果 在Ⅰ/Ⅱ期HER2阳性乳腺癌患者中,总生存时间2年者PI3K/AKT信号通路处于上调差异基因富集信号通路的第9位,而在Ⅲ/Ⅳ期总生存时间2年者中,PI3K/AKT信号通路位于上调差异基因富集信号通路的第2位.在Ⅰ/Ⅱ期与Ⅲ/Ⅳ期总生存时间均2年的患者共同上调的差异基因中,PI3K/AKT信号通路被富集于第1位.在PI3K/AKT通路中,PI3K和AKT(关键节点基因)、CFAP221和COL4A6(通路其他基因)高表达的患者总生存时间短于低表达患者.细胞验证实验显示,PI3K抑制剂能够增强HER2小分子抑制剂对HER2阳性乳腺癌细胞系BT474的生长抑制作用.结论 PI3K/AKT通路过度激活与HER2阳性乳腺癌患者总生存时间短相关,并与HER2阳性乳腺癌细胞抗HER2治疗耐药相关.
关键词： TCGA数据库 PI3K/Akt信号通路 HER2阳性乳腺癌 -
乳腺癌中KIF4A基因表达的临床意义及基因富集分析
目的 探讨驱动蛋白超家族4A(kinesin family member 4A,KIF4A)在乳腺癌中的表达及与临床病理特征、预后的关系.方法 利用GEO数据库的GSE3494公共数据集和TCGA数据库的乳腺癌样本及其临床资料,采用χ2检验进行KIF4A与临床病理特征的相关性分析,Kaplan-Meier法进行生存分析.通过基因富集分析预测乳腺癌中高表达KIF4A所富集的基因集.结果 KIF4A在不同Elston组织学分级和TNM分期的乳腺癌肿瘤样本中表达差异有统计学意义(P=0.000).GSE3494和TC-GA数据库中KIF4A与ER水平、PR水平均显著相关(P=0.000);与年龄仅TCGA数据库分析结果差异有统计学意义(P=0.000).此外,GSE3494数据集中,KIF4A与肿瘤大小、淋巴结浸润均显著相关(P=0.000);TCGA数据库中,KIF4A仅与T分期显著相关(P=0.000),与N分期(P=0.081)、M分期(P=0.372)均不相关.KIF4A高表达的乳腺癌患者预后较差,其疾病特异生存期(P=0.001)和总体生存率(P=0.005)均远低于KIF4A低表达患者,且富集了与细胞分裂、细胞周期调控、DNA复制及DNA损伤修复有关的基因集.结论 KIF4 A与乳腺癌多个临床病理指标相关,可作为潜在的乳腺癌预后标志物和治疗靶标进一步研究.
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基于TCGA数据库建立的八基因预后模型在 乳腺癌中的应用
目的 利用TCGA数据库建立预测乳腺癌预后的多基因预后模型,分析多基因预后模型与乳腺癌各临床病理特征之间的关系.方法 对TCGA数据库中乳腺癌患者的mRNA数据进行整理,通过R语言软件筛选出在乳腺癌样本及正常样本中差异表达的基因,采用Cox比例风险回归模型从中筛选和建立多基因预后模型,计算预后评分.根据预后评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组.将临床病理因素和预后评分因素纳入Cox回归模型分析乳腺癌患者的生存影响因素.根据年龄、ER受体状态、HER-2表达情况、淋巴结转移状态及病理分期进行分组,采用Kaplan-Meier(K-M)方法以多基因预后模型作为影响因素进行生存分析,验证多基因模型对总体及各亚组乳腺癌患者中的预后价值.结果 将分析得到的2142个差异基因纳入Cox回归分析,共筛选出8个差异基因,包括羧基酯脂肪酶(CEL)、POU区域转录因子(POU3F2)、维生素D-24羟化酶(CYP24A1)、脂肪酸结合蛋白7(FABP7)、MURC、G蛋白偶联受体(GCCR)、低密度脂蛋白受体相关蛋白-1B(LRP1B)及丝氨酸蛋白酶2(PRSS2),并建立八基因预后模型.预后评分(PI)公式为:PI=0.156×CEL的表达量+0.112×POU3F2的表达量-0.071×CYP24A1的表达量-0.065×FABP7的表达量+0.135×MURC的表达量-0.201×GCGR的表达量-0.063×LRP1B的表达量-0.090×PRSS2的表达量.计算709例患者预后评分后,中位值为0.98,共有355例患者纳入高风险组,354例患者纳入低风险组.Cox回归分析显示,年龄、病理分期和八基因预后模型均是乳腺癌患者预后的独立影响因素(P<0.05).生存分析证实,在总体乳腺癌患者及各亚组(除Ⅳ期外)乳腺癌患者中,预后评分低风险的患者总体生存率明显升高,差异有统计学意义(P<0.01).结论 八基因预后模型可用于预测乳腺癌患者的预后,在根据临床病理特征分组的乳腺癌亚组中得到了验证,有利于进一步指导临床治疗.
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低表达miR-1301与卵巢癌患者不良预后的相关分析
目的 利用TCGA数据库分析卵巢癌组织中miR-1301的表达及临床意义,并预测与卵巢癌预后相关的miR-1301的靶基因.方法 对TCGA数据库中卵巢癌数据集进行整理,按照miR-1301表达的中位数分为低表达组和高表达组.按照年龄分为<60岁和≥60岁;肿瘤位置分为单侧和双侧;临床分期分为早期(Ⅰ+Ⅱ期)和晚期(Ⅲ+Ⅳ期);肿瘤大径分为<2 cm和≥2 cm;肿瘤分级分为G1+G2和G3+G4;有无残余瘤分为无残余和有残余.卡方检验分析不同临床特征卵巢癌患者miR-1301表达差异是否有统计学意义.采用Kaplan-Meier(K-M)分析不同临床特征患者生存率差异,多因素Cox比例风险回归模型分析卵巢癌患者预后影响因素.利用生物信息学方法预测miR-1301的靶基因并应用K-M法进行生存分析,采用Pearson和Spearman分析靶基因表达与miR-1301表达的相关性.结果 不同临床特征卵巢癌患者miR-1301表达差异无统计学意义.K-M生存分析和Cox回归分析显示,miR-1301是影响卵巢癌预后的独立危险因素.miR-1301低表达的卵巢癌患者预后不良(P<0.05).生物信息学分析显示,miR-1301的靶基因PAQR5、ATP2B1、KPNA3、TSC22D3、PTRF、HS6ST3的高表达与卵巢癌患者不良预后相关,其中PTRF、HS6ST3与miR-1301的表达呈负相关(P<0.05),HS6ST3和PTRF高表达者预后差.结论miR-1301低表达的卵巢癌患者预后不良,miR-1301可能成为预测卵巢癌患者预后的新靶标.HS6ST3和PTRF为与卵巢癌预后相关的miR-1301的靶基因.
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12种microRNA在卵巢癌中的表达及临床意义
目的：利用公共数据库分析卵巢癌组织中12种microRNA（miR）的表达及其临床意义。方法筛选在GSE14407数据集和TCGA数据库中均具有表达信息的microRNA，得到miR-10B、miR-1244、miR-622、miR-21、miR-503、Let-7D、miR-155、miR-30C、miR-17、miR-101-1、miR-186以及miR-770共12种microRNA，在这12种microRNA中寻找在卵巢癌（卵巢癌组）和癌旁组织（癌旁组）中表达有差异的基因。利用在TCGA数据库中筛选得到的505例卵巢癌患者数据，年龄按照中位数分为高年龄（≥59岁）组和低年龄（＜59岁）组；临床分期分为早期组（Ⅰ期+Ⅱ期）、晚期组（Ⅲ期+Ⅳ期）及未知；肿瘤分级分为低级别（G1+G2）组和高级别（G3+G4）组；病发位置分为单侧组、双侧组；肿瘤残余分为<10 mm组、≥10 mm组；microRNA按照表达量的中位数分为高表达组和低表达组，进行Kaplan-Meier单因素生存分析和多因素Cox回归分析。结果癌旁组Let-7D和miR-101-1表达水平高于卵巢癌组，而miR-155和miR-770表达水平低于卵巢癌组（均P<0.05）。生存分析显示，年龄≥59岁、临床分期（Ⅲ+Ⅳ）期和Let-7D低表达的患者生存情况较差（P<0.05）。Let-7D低表达是卵巢癌患者生存的独立危险因素。结论 Let-7D的表达与卵巢癌预后相关，可能是卵巢癌预后的独立影响指标。
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雄激素受体在膀胱癌中表达及价值 ——基于TCGA数据库分析
目的 评价雄激素受体(AR)在膀胱癌中的表达情况及其与膀胱癌分级分期的关系.方法 通过系统分析TCGA数据库中AR的表达及与膀胱癌的预后的关系.结果 AR在肿瘤组织中低表达,然而AR高表达患者预后更差,但无统计学差异.随着膀胱癌患者分期的升高,AR的表达呈上升趋势,但无统计学差异,然而AR的表达与患者的转移无明显的相关性.另外女性膀胱癌患者预后更差,但男女患者AR表达无显著性差异.结论 AR高表达患者可能预后更差,且AR的表达情况与膀胱癌患者的临床分期有一定的相关性.
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miR-451抑制肝癌HepG2细胞增殖及其在肝癌诊断和预后中的作用
目的:寻找用于肝癌诊断的miRNA分子靶标,探讨其在肝癌细胞增殖及细胞周期中的作用及其机制.方法:通过对TCGA数据库中377例肝癌样本和37例癌旁样本的miRNAs表达数据资料进行统计分析,得到一组包含33个差异表达的miR-NA.对差异表达的miRNA采用受试者工作特征曲线(ROC曲线)和Kaplan-Meier生存分析进行进一步的筛选,同时结合现有文献终选择miR-451作为研究目标.向人肝癌细胞株HepG2转染pLVX-shRNA2-miR-451,使之过表达miR-451,通过CCK-8细胞增殖实验检测其对HepG2细胞增殖能力的影响,用流式细胞术观察对HepG2细胞细胞周期的影响.结果:miR-451在肝癌组织中的表达水平明显低于癌旁组织[(473.40±390.24) vs(1 990.47±2 118.04),P＜0.05],且可以作为肝癌诊断的标志物,ROC值为0.91(敏感度0.89,特异性0.87).体外实验结果表明,过表达miR-451后肝癌HepG2细胞增殖能力明显降低[48 h:(0.69±0.04)vs(1.08±0.05);72 h:(0.76±0.07) vs (1.52±0.02);均P＜0.01],大量细胞被阻滞于S期(P＜0.05).结论:miR-451不但可以作为诊断肝癌和指示预后的生物标志物,还具有抑制肝癌细胞增殖的作用.
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LHX2基因在肾透明细胞癌中的表达及对预后的影响
目的 研究LHX2基因在肾透明细胞癌中的表达变化,并评价其与临床病理学特征之间的关系及其对预后的影响.方法 挖掘Oncomine和TCGA数据库分析肾透明细胞癌组织及癌旁组织中LHX2基因的表达差异.利用TCGA数据库相关资料分析LHX2基因的表达谱与临床病理因素和生存预后的关系.结果 Oncomine数据库的Jones Renal队列研究以及TCGA数据库中配对肾透明细胞癌组织(95例)和癌旁组织(95例)表达谱数据分析表明,LHX2mRNA在肾透明细胞癌组织中的表达显著高于癌旁组织(P＜0.01).从TCGA数据库中筛选出的524例肾透明细胞癌患者临床病理学特征与LHX2基因表达的关系显示,LHX2mRNA表达在不同Grade分级(P=0.025)、TNM分期(P＜0.05)和临床分期(P=0.000)均有统计学差异.Kaplan-Meier法分析显示,LHX2mRNA高表达患者的存活率低于低表达患者(P =0.000).Cox比例风险回归模型结果提示,LHX2mRNA高表达是影响肾透明细胞癌患者预后的独立危险因素(P =0.012,RR=1.485).结论 LHX2高表达是影响肾透明细胞癌预后的不良因素,并且与肿瘤的恶性程度呈正相关.因此LHX2基因的表达对判断肾透明细胞癌患者的生存预后具有参考价值.
关键词： LHX2基因 肾透明细胞癌 TCGA数据库 Oncomine数据库 预后 -
基于TCGA数据的肝癌预后相关miRNA筛选
目的 通过TCGA数据库中肝癌高通量测序数据的分析,寻找新的肝癌预后相关的miRNA,为后续研究提供数据支持.方法 下载TCGA数据库中miRNA表达数据及肝癌患者相关临床病理参数,基于R语言进行数据的整理、合并及标准化;分别采用单因素Cox生存分析模型及BhGLM R软件包中指数先验分布模型对miRNA表达数据进行分析,并选择两种方法筛选结果的交集.结果 单因素Cox生存分析模型共筛选出63个预后相关miRNA(P＜0.05),指数先验分布模型筛选出77个miRNA,两种方法共筛选出包括miR-188、miR-576、miR-887及miR-91等18个与肝癌患者预后密切相关的miRNA.结论 单因素Cox模型联合指数先验分布模型筛选出的肝癌预后相关miRNA具有较高的可信度,或可成为肝癌预后判断的新指标.
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差异甲基化位点对肝细胞癌预后的相关性分析
目的 通过TCGA和GEO数据库关于肝细胞癌病例的数据挖掘,扫描全基因组范围内的肝细胞癌预后相关的甲基化位点.方法 本研究采用TCGA、GSE54503、GSE57956和GSE37988肝细胞癌病例的数据集分析共同的甲基化位点,比较肝细胞癌和癌旁组织甲基化水平差异,得出共同的差异甲基化位点.采用Cox比例风险模型分析各差异位点甲基化水平对肝细胞癌总生存率影响,评估其与对应基因mRNA表达的相关性,进一步评估mRNA表达对肝细胞癌预后的影响.结果 肝细胞癌预后相关显著的甲基化位点为位于基因TFCP2区域的cg20927059(P=0.003),对应的HR值及95%CI为10.53(2.26～49.03).筛选的与肝细胞癌预后有关联性的15个甲基化位点中,13个甲基化位点的甲基化水平与对应基因的mRNA表达相关,其中cg13984181对应的EPHX4基因和cg14541950对应的HIST3H2BB基因的mRNA表达与肝细胞癌的预后有关(HR:1.17,95%CI:1.06～1.29,P=0.002;HR :1.06,95%CI:1.00～1.13,P=0.043).结论 本研究首次发现EPHX4和HIST3H2BB基因甲基化位点的甲基化水平对肝细胞癌的预后有影响.
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肝癌相关基因表达谱分析及TOP2A表达的临床意义
目的 探讨肝细胞性肝癌(HCC)相关基因的差异表达、富集通路和蛋白互作网络,分析差异表达基因与HCC预后的关系.方法 分析TCGA数据库中HCC相关RNAseq数据,筛选差异表达基因,明确基因富集的GO和KEGG通路,构建蛋白互作网络,找到核心蛋白,通过生存分析,明确核心基因与HCC预后的关系.结果 通过纳入标准筛选268个差异表达基因,显著富集在GO:mitotic nuclear division(P＜ 0.001),cell division (P＜ 0.001)和negative regulation of growth (P＜ 0.001)及KEGG通路(hsa04110:Cellcycle) (P＜ 0.001),均与细胞分裂与增殖密切相关.通过构建蛋白互作网络,筛选核心基因TOP2A,并在临床样本中得到验证(P＜ 0.001).生存分析显示,TOP2A的表达量与总体生存时间显著负相关(P=0.002).结论 TCGA高通量数据分析是筛选肿瘤预后靶点的有效途径,TOP2A的高表达是肝细胞性肝癌预后的不良因素.
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基于TCGA数据的浆液性卵巢癌预后相关miRNAs筛选
目的 通过TCGA数据库中浆液性卵巢癌(serous ovarian carcinoma,SOC)miRNA芯片表达谱数据分析,寻找与SOC预后显著相关的miRNAs,为后续研究提供可靠依据.方法 下载TCGA数据库中SOC miRNAs表达数据及临床数据,应用SPSS20.0软件进行数据合并及标准化处理,首先运用Spearman秩相关分析筛选miRNAs表达数据,再对筛选结果进行单因素Cox分析.结果 Spearman秩相关分析筛选出20个预后相关的miRNAs,再经单因素Cox分析筛出9个与SOC患者预后密切相关的miRNAs,经Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线分析验证,这些miRNAs的差异表达均与SOC预后相关.结论 经Spearman秩相关分析和单因素Cox分析筛选出SOC预后相关的miRNAs的可信度较高,这些miRNAs可作为评价患者预后的新指标.
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TCGA数据库中肺腺癌标志物的数据发掘研究
目的 探讨肺腺癌潜在的肿瘤标志物的临床诊断及预后的意义.方法 对TCGA数据库中的RNA-seq数据进行挖掘,寻找在肺腺癌中变异超过10％的lncRNA,选取变异大的进行PVT1、HCG11、TP53TG1和DGCR5在Oncimne数据库中进行表达差异验证,有显著差异的标准为|log2 fold change|>2,P<0.05,并进行ROC及生存分析以判断其在临床诊断和预后判断中的意义.结果 筛选出PVT1和DGCR5在肺腺癌中有明显差异并对其诊断和预后有显著性影响(P<0.05).结论 PVT1和DGCR5对肺腺癌的诊断和预后有影响,可以作为肺癌预后的生物标志物进一步研究.
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基于数据挖掘分析GPRC5A在胰腺癌中的表达及意义
目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor family C,member 5,group A,GPRC5A)在胰腺癌中的表达及临床意义.方法:检索Oncomine,TCGA,Human Protein Atlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达.采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析.结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织.对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高.通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差.此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联.结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点.
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柠檬酸合成酶在乳腺癌中的表达及临床意义
目的 研究柠檬酸合成酶(CS)在乳腺癌组织及正常乳腺组织中的表达,分析其表达与临床病理特征的关系.方法 通过蛋白质免疫印迹技术检测乳腺癌组织与癌旁组织中的CS蛋白表达水平,免疫组化技术检测乳腺癌组织芯片中的CS表达情况,分析CS的表达水平与临床病理特征的关系,分析Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库中CS的表达水平与乳腺癌患者生存期的关系.结果 乳腺癌患者组织中CS蛋白表达显著上调(P=0.028),CS蛋白表达与乳腺癌的组织学分级(P=0.035)、临床分期(P＜0.001)、是否淋巴结转移(P＜0.001)相关,CS高表达的乳腺癌患者的生存率显著降低(P=0.007).结论 CS在乳腺癌组织中表达上调,与乳腺癌的进展与临床预后相关,有望成为乳腺癌新的生物标记物.
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基于TCGA数据库分析BRAF V600E和RAS基因突变与甲状腺乳头状癌临床病理特征的相关性
目的:分析BRAF V600E和RAS基因突变在甲状腺乳头状癌(PTC)中的发生情况,研究BRAF V600E和RAS基因突变与PTC各临床病理特征及预后的相关性.方法:通过cBioPortal网站下载整理癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中PTC的相关信息,选取资料完善的402例PTC样本的基因突变和临床信息进行分析.先单因素分析BRAF V600E和RAS基因突变与临床病理参数的相关性,再对其进行多因素Logistic回归分析.结果:在402例PTC中,BRAFV600E的突变率为485.％(195/402),RAS基因突变率为102.％(41/402).单因素分析显示BRAF V600E突变与患者的年龄、性别无关(P>0.05),与有无淋巴结转移、有无腺外侵犯、分期、复发进展和病理亚型有关(P<0.05);RAS基因突变与患者年龄、性别、分期、复发进展无关(P>0.05),与有无淋巴结转移、有无腺外侵犯和病理亚型有关(P<0.05).Logistics回归分析显示BRAFV600E基因突变与有无腺外侵犯和PTC的病理亚型有关(P<0.05),RAS基因突变与有无淋巴结转移、有无腺外侵犯和PTC病理亚型有关(P<0.05).结论:在PTC中,BRAFV600E基因突变率显著高于RAS基因突变率;BRAF V600E和RAS基因突变可作为PTC患者预后的预测因素.
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利用TCGA数据库分析Glypican-6在鼻咽癌中的表达及意义
目的 探索glypican-6基因在鼻咽癌中的表达水平,预测glypican-6参与鼻咽癌发生发展的关系.方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)提取头颈癌glypican-6的数据进行整合;有临床样本信息的成对(癌和癌旁)RNA-seq数据,通过edgeR分析软件完成分析工作.结果 glypican-6在鼻咽癌组织中的表达水平较癌旁组织显著上调.结论 Glypican-6可作为促癌基因在鼻咽癌中发挥作用,有望成为鼻咽癌的预后指标或者治疗靶点.
关键词： 鼻咽癌 glypican-6 TCGA数据库 -
基于TCGA数据挖掘筛选肺鳞癌预后相关lncRNA分子标签
目的:通过对TCGA数据库的挖掘,筛选与肺鳞癌预后相关的lncRNA.方法:提取TCGA数据库中肺鳞癌患者临床数据以及肺鳞癌和癌旁组织中的lncRNA表达数据,采用LASSO Cox回归筛选肺鳞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签.采用Cox模型研究该分子标签的表达水平对肺鳞癌患者预后的影响.结果:首先筛选出322个在癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA.经LASSO Cox回归分析从中筛选出6个与肺鳞癌预后相关的lncRNA,分别为KTN 1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16.根据这6个lncRNA构建的分子标签表达水平中位数-0.09将肺鳞癌病人分为高表达组和低表达组,高表达组病人死亡风险是低表达组的2.14倍(HR=2.14,95％CI:1.50～3.04,P＜0.01).预测模型的Harrell's C统计量为0.69(95％CI:0.64～0.75).结论:通过对TCGA数据库的挖掘,发现KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16对肺鳞癌的预后有影响,且构建的lncRNA分子标签表达水平与肺鳞癌病人的预后有显著性关联.
关键词： 肺鳞癌 lncRNA分子标签 TCGA数据库 预后 预测模型 -
伏立诺他衍生物N25下调HDAC3诱导肝癌细胞凋亡的研究
目的 探讨伏立诺他衍生物N25下调HDAC3的表达,而诱导肝癌细胞凋亡的抗癌作用.方法 通过TCGA数据库挖掘以及对人肝癌组织的免疫组化检测来探究HDAC3与肝癌的相关性.蛋白免疫印迹检测N25对HepG2细胞中HDAC3、Bcl-2和Bax蛋白表达水平的影响.利用Hoechst 33258对药物诱导肝癌细胞进行荧光染色同时通过Annexin-V/PI染色试剂检测药物诱导肝癌细胞凋亡情况;利用CCK-8检测N25抑制肝癌细胞株HepG2、Bel-7402的增殖作用.结果 TCGA数据库以及免疫组化结果提示HDAC3在肝癌中可能起着较为重要的作用.N25通过下调HDAC3以及Bcl-2蛋白的表达,并上调Bax蛋白的表达(P<0.05,P<0.01),通过对比空白对照组,N25能够显著抑制肝癌细胞株HepG2、Bel-7402的细胞增殖,并可能通过诱导凋亡起到显著的抗肝癌作用,且具有剂量依赖性.结论 N25可能通过抑制HDAC3的表达进而诱导细胞凋亡,从而发挥抑制肝癌细胞的增殖作用.
