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基于基因数据库及平台分析SERPINA3在胶质母细胞瘤中的表达及意义
目的 研究SERPINA3基因在胶质母细胞瘤中的表达和意义.方法 检索Oncomine数据库中不同胶质母细胞瘤队列SERPINA3的表达情况,结合R2数据库分析SERPINA3的表达与胶质母细胞瘤生存状况的关系.设计并合成靶向SERPINA3的小干扰RNA,转染U87人胶质母细胞瘤细胞系;采用Western blot方法检测U87细胞中SERPINA3的表达;通过CCK-8增殖实验、克隆形成实验和Transwell体外侵袭实验检测SERPINA3基因表达下调对U87细胞增殖和侵袭能力的影响.结果 Oncomine数据库中符合筛选条件的4项研究中胶质母细胞瘤SERPINA3相比正常脑组织呈高表达,R2数据库检索发现胶质母细胞瘤SERPINA3高表达队列生存明显劣于低表达队列.U87细胞转染小干扰RNA可成功抑制SERPINA3的表达,且其增殖和体外侵袭能力显著下降.结论 SERPINA3在胶质母细胞瘤中表达水平增高且与预后不良有关.抑制SERPINA3的表达可降低胶质母细胞瘤细胞的增殖和侵袭能力,可能成为新的分子治疗靶点.
关键词： 胶质母细胞瘤 SERPINA3 Oncomine数据库 小干扰RNA -
基于公共数据库分析FABP5在肾透明细胞癌中表达及预后的意义
目的 探讨脂肪酸结合蛋白5(FABP5)基因在肾透明细胞癌中的表达及预后意义.方法 提取Oncomine和GEO数据库中有关FABP5的信息并进行表达情况分析,通过DAVID数据库对差异基因进行功能注释,采用GEPIA进行预后分析.结果 Oncomine数据库中共找到445项FABP5在不同肿瘤类型中的研究数据集,表达差异有统计学意义的结果中表达增高的有32项(肾癌5项),表达降低的有24项(肾癌0项).肾癌中有4项涉及肾透明细胞癌和正常组织中FABP5的表达研究数据集.综合比较这4项数据集发现,FABP5在肾透明细胞癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).GEO数据库中GSE66271芯片数据分析结果发现差异基因FABP5在肾透明细胞癌中的表达量显著高于正常组织(P＜0.01).DAVID功能分析发现这些差异基因主要集中于影响细胞的转运蛋白活性和蛋白质的消化和吸收代谢功能.使用GEPIA分析来自TCGA数据库和GTEx项目的516例患者预后发现FABP5高表达的患者总体死亡率较高,低表达FABP5的患者预后较好(P=0.001 1).结论 FABP5在肾透明细胞癌组织中呈现高表达,并与肾透明细胞癌预后差相关,其有望成为抗肾透明细胞癌药物的重要治疗靶点.
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基于Oncomine数据库分析电压门控钠离子通道α、β亚基在肺癌中的表达及预后意义
目的 通过对Oncomine数据库的数据挖掘,分析不同类型肺癌患者样本中α、β亚基的表达及预后意义.方法 检索Oncomine数据库中关于电压门控钠离子通道的所有亚基信息,筛选出Ⅰ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,type Ⅰ,alpha subunit,SCN1A)、Ⅳ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,alpha subunit,SCN4A)及Ⅳ型钠通道β亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,beta subunit,SCN4B)符合条件,并对数据库中的资料进行二次分析,对其在肺癌中的作用进行荟萃分析.结果 在Oncomine数据库中关于SCN1A表达有统计学差异的研究结果有6个,SCN1A表达降低的研究有6个(P＜0.01)、表达升高的研究无.SCN4A表达有统计学差异的研究结果有4个,SCN4A低表达的研究4个(P＜0.05)、高表达的研究无.SCN4B表达有统计学差异的研究结果有5个,SCN4B低表达的研究5个(P＜0.01)、高表达的研究无.SCN1A和SCN4B低表达的患者1年内生存率较高,5年内复发率较低,预后较差.SCN4A低表达的患者术后3年内生存率较高,且5年内复发率较低,预后较好.结论 初步提出SCN1A mRNA在腺癌(adenocarcinoma,AC)、大细胞癌(large cell carcinoma,LCC)与鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma,SCC)组织中低表达,SCN4A mRNA在AC、SCC、肺类癌(lung carcinoid tumor,LCT)与小细胞肺癌(small-cell lung cancer,SCLC)组织中低表达,SCN4BmRNA在AC、LCC与SCC组织中低表达,这些基因可能成为肿瘤药物的重要靶点和肿瘤标记物,并且帮助分析癌症的发生机制与预后监测.
关键词： Oncomine数据库 肺癌 电压门控钠离子通道 -
ATAD2在卵巢癌中表达及意义的现状分析
目的 研究ATAD2在卵巢癌中的表达及预后评判价值.方法 首先,通过Oneomine数据库探索ATAD2在卵巢癌中的表达变化;其次,应用在线数据库及分析工具“the KaplanMeier plotter”(KM plotter)数据库探索ATAD2在卵巢癌中的预后评判价值.结果 Oncomine数据库中共有391个涉及不同种类类型肿瘤的研究结果.其中有75个研究结果关于ATAD2表达差异有统计学意义(P＜0.05),70个研究结果显示ATAD2的表达增高,5个研究结果显示ATAD2的表达降低.共有两个研究涉及ATAD2在卵巢癌和正常组织中的表达,共647个样本,显示ATAD2在卵巢癌中的表达较正常组织明显增高.另外,KM plotter 数据库的分析显示ATAD2mRNA水平与卵巢癌患者的总生存期以及无进展生存期成负相关.结论 ATAD2 mRNA水平在卵巢癌组织中明显增高,并且是卵巢癌的危险因素,其水平越高预后越差.
关键词： 卵巢癌 预后 Oncomine数据库 KM plotter数据库 ATAD2 -
结直肠腺癌中特异蛋白1表达与临床病理指标的关系
目的 研究结直肠腺癌组织中特异蛋白1(Sp1)表达的变化及其与患者临床病理学指标的关系.方法 通过查阅mRNA array数据库Oncomine,分析结直肠腺癌组织及正常组织中Sp1 mRNA的水平和差异.采用免疫组织化学法检测65例结直肠腺癌组织及其癌旁正常组织中Sp1蛋白的表达,Western blotting检测5个不同恶性程度的结直肠癌细胞系中Sp1蛋白的表达,分析Sp1表达水平与结直肠癌患者临床病理学指标之间的关系.结果 查阅Oncomine数据库发现Sp1 mRNA在结直肠腺癌组织中的表达与正常组织无明显差异.免疫组织化学法及细胞系Western blotting检测结果证实,Sp1在结直肠腺癌组织和细胞系中均有较高的一致性表达,但与癌旁正常组织无差异;肿瘤组织中Sp1蛋白表达水平与结直肠腺癌患者淋巴结和远处转移与否无明显相关性.结论 转录因子Sp1在结直肠腺癌组织中的表达与正常组织无明显差异,与肿瘤转移无明显相关性.
关键词： 特异蛋白1 结直肠腺癌 Oncomine数据库 免疫组织化学 结直肠癌细胞系 -
LHX2基因在肾透明细胞癌中的表达及对预后的影响
目的 研究LHX2基因在肾透明细胞癌中的表达变化,并评价其与临床病理学特征之间的关系及其对预后的影响.方法 挖掘Oncomine和TCGA数据库分析肾透明细胞癌组织及癌旁组织中LHX2基因的表达差异.利用TCGA数据库相关资料分析LHX2基因的表达谱与临床病理因素和生存预后的关系.结果 Oncomine数据库的Jones Renal队列研究以及TCGA数据库中配对肾透明细胞癌组织(95例)和癌旁组织(95例)表达谱数据分析表明,LHX2mRNA在肾透明细胞癌组织中的表达显著高于癌旁组织(P＜0.01).从TCGA数据库中筛选出的524例肾透明细胞癌患者临床病理学特征与LHX2基因表达的关系显示,LHX2mRNA表达在不同Grade分级(P=0.025)、TNM分期(P＜0.05)和临床分期(P=0.000)均有统计学差异.Kaplan-Meier法分析显示,LHX2mRNA高表达患者的存活率低于低表达患者(P =0.000).Cox比例风险回归模型结果提示,LHX2mRNA高表达是影响肾透明细胞癌患者预后的独立危险因素(P =0.012,RR=1.485).结论 LHX2高表达是影响肾透明细胞癌预后的不良因素,并且与肿瘤的恶性程度呈正相关.因此LHX2基因的表达对判断肾透明细胞癌患者的生存预后具有参考价值.
关键词： LHX2基因 肾透明细胞癌 TCGA数据库 Oncomine数据库 预后 -
基于Oncomine和GEO数据库分析S100P在胰腺癌中的表达及临床意义
目的 阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析.结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结果,关于S100P表达差异有统计学意义的结果有63项,其中S100P表达增高的有38项,表达降低的有25项.胰腺癌中高表达的研究有5项、低表达的有0项.共有11项研究涉及S100P在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括387例样本.在数据库中综合比较11项研究成果,发现与对照组相比,S100P在胰腺癌中的表达量高于正常组织(P＜0.05).通过分析GEO数据库中的数据集GSE28735,自身对照发现S100P在胰腺癌组织中的转录水平显著高于其癌旁组织(P＜0.05).不仅如此,通过挖掘GEO数据库,分析数据集GSE28735和GSE57495,发现高表达S100P的患者总体病死率较高,低表达S100P的患者预后较好(P＜0.05).结论 通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示S100P mRNA在胰腺癌组织中呈现高表达,并与胰腺癌预后相关,其有望成为抗胰腺癌药物的重要治疗靶点.
关键词： S100P蛋白 胰腺癌 Oncomine数据库 GEO数据库 -
基于Oncomine数据库分析SLC16A1基因在口腔癌等头颈癌中的表达和预后
目的 研究SLC16A1基因在口腔癌等头颈癌中的表达并进行相关肿瘤预后分析.方法 挖掘Oncomine数据库中口腔癌等头颈癌中SLC16A1基因相关数据,并进行生存分析.结果 Oncomine数据库中SLC16A1基因癌组织/正常组织表达量分析结果共有442个,在癌组织中显著高表达99个,低表达30个.其中21个分析结果显示SLC16A1在头颈癌组织(包括6个口腔癌组织分析结果)中显著高表达,低表达的分析结果为0.通过Oncomine数据集生存分析表明,在头颈癌中SLC16A1的表达量与预后存在明显正相关,且SLC16A1表达量越高,总体生存越好.结论 SLC16A1基因可能是一种肿瘤抑制基因,可为后续深入研究提供线索,为肿瘤药物的开发提供参考.
关键词： 头颈癌 口腔癌 Oncomine数据库 SLC16A1 生存分析 -
hMTERF3基因在卵巢癌组织的表达及其对预后的影响
目的 探究人线粒体转录终止因子3 (human mitochondrial transcription termination factor 3,hMTERF3)在正常卵巢上皮组织和卵巢癌组织中的表达水平及其与卵巢癌患者预后的关系.方法 利用Oncomine基因芯片数据库中关于hMTERF3的信息,对比分析正常卵巢上皮组织和卵巢癌组织中hMTERF3基因转录水平的表达数据;提取30例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总蛋白质,Western blot检测hMTERF3蛋白在各组织中的表达水平;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析hMTERF3表达对卵巢癌患者预后的影响.结果 Oncomine数据库中共收集了756个不同类型的研究结果,其中关于hMTERF3表达有统计学差异的研究结果有104个,hMTERF3表达增高的研究有76个,表达降低的研究仅有28个.共有11项研究涉及hMTERF3在卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织中的表达,包括995例临床样本,与对照组相比,hMTERF3在卵巢癌组织中高表达,且差异具有统计学意义(P=0.020).提取30对卵巢癌及其配对的正常卵巢上皮组织总蛋白质,Western blot检测发现,其中28例(93.33％)卵巢癌组织中hMTERF3蛋白表达水平显著增高(P＜0.05).Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,hMTERF3的转录水平表达量与卵巢癌患者生存期存在显著相关性,无论是无进展生存期(PFS)或总生存期(OS),hMTERF3 mRNA表达量越高,患者的总体生存期越差(HR＞1.0,P＜0.05).结论 通过整合Oncomine基因芯片数据和临床试验检测数据,提示hMTERF3基因在卵巢癌组织中高表达,且与卵巢癌患者的预后不良具有显著的相关性,hMTERF3基因有可能成为卵巢癌预后判断和抗肿瘤药物开发的潜在靶点.
关键词： 人线粒体转录终止因子3 卵巢癌 Oncomine数据库 数据挖掘 预后 -
基于基因数据库分析CD44在胶质瘤中的表达及意义
目的 研究CD44在胶质瘤中的表达和临床意义,以及CD44下调对胶质瘤细胞增殖、侵袭和凋亡的影响.方法 检索Oncomine数据库中关于CD44的信息,对其在各类型肿瘤及胶质瘤中的表达情况进行检索.利用R2基因分析可视化平台及TCGA数据库中下载的胶质瘤基因芯片数据集,分析CD44的表达水平与胶质瘤患者预后的关系.通过siRNA抑制CD44的表达,通过CCK-8试验、Transwell小室、流式细胞术检测CD44下调对胶质瘤U251细胞增殖、侵袭和凋亡的影响.结果 Oncomine数据库中共收集了467项不同肿瘤类型的关于CD44的研究结果,对比正常组织,有统计学差异的结果有68项,其中CD44表达增高的有51项,表达降低的有17项.胶质瘤中高表达的有10项,未搜索到低表达的项目,10项研究共包括955例样本.分析R2基因分析可视化平台(包含504例胶质母细胞瘤)及TCGA数据库(包含529例低级别胶质瘤)的基因芯片数据发现,CD44高表达患者预后更差.在胶质母细胞瘤中CD44高、低表达组患者2年生存率分别为13％和25％(P=0.000 1),在低级别胶质瘤中CD44高、低表达组患者5年生存率分别为47％和61％(P=0.001 0).采用特异性针对CD44基因的siRNA转染U251胶质瘤细胞可显著抑制CD44的表达,与阴性对照组和空白对照组相比,转染组的细胞增殖和侵袭明显受到抑制,且流式细胞学显示转染组对比阴性对照组细胞凋亡率增加,分别为7.10％和4.11％ (P＜0.05).结论 CD44在胶质瘤中高表达,可作为胶质瘤预后判断指标及潜在的治疗靶点.
关键词： 胶质瘤 CD44 Oncomine数据库 siRNA -
基于数据挖掘分析GPRC5A在胰腺癌中的表达及意义
目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor family C,member 5,group A,GPRC5A)在胰腺癌中的表达及临床意义.方法:检索Oncomine,TCGA,Human Protein Atlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达.采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析.结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织.对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高.通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差.此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联.结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点.
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TRIM24在乳腺癌组织中的表达与患者淋巴节转移的相关性
目的:分析TRIM24在乳腺癌中的表达水平.方法:通过oncomine在线数据库分析TRIM24基因在乳腺癌组织及正常组织中的表达谱,聚类分析;选择复旦大学附属华山医院普外科收治的108例乳腺癌患者的组织标本,用免疫组织化学及免疫荧光检测TRIM24蛋白的表达及分布,用Western印迹检测TRIM24蛋白的表达.分析TRIM24的阳性表达与患者淋巴结转移的相关性.结果:癌症基因组图谱(TCGA)等数据库中显示TRIM24在乳腺癌组织中高表达.TRIM24蛋白在乳腺癌组织标本中的表达也显著高于癌旁组织,在细胞核和细胞质中均有表达.TRIM24的阳性表达与患者的淋巴结转移状态呈正相关(P＜0.05).结论:TRIM24在乳腺癌组织中高表达,高表达TRIM24的患者更易发生淋巴结转移.
关键词： 乳腺癌 Oncomine数据库 TRIM24 淋巴结转移 -
基于Oncomine数据库分析Pygopus2基因在乳腺癌组织中的表达及其临床意义
目的 探讨Pygopus2 (PYGO2)基因在乳腺癌组织中的表达及临床意义.方法 收集Oncomine数据库中关于PYGO2的信息,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析PYGO2与乳腺癌患者预后的关系.结果 Oncomine数据库中共收集了45项研究(包括3 730个样本)涉及PYGO2在乳腺癌组织和正常组织中表达的比较.与正常组织相比,PYGO2在乳腺癌组织中高表达(P＜0.05).PYGO2高表达组乳腺癌患者的总体生存率(HR=0.69,95％CI:0.51～0.95,P=0.021)、无复发生存率(HR=0.60,95％CI:0.5 1～0.70,P＜0.001)以及无远处转移生存率(HR=0.61,95％CI:0.43～0.87,P=0.005)均优于低表达组.结论 PYGO2在乳腺癌组织中高表达,且与乳腺癌患者不良预后有关,可能是评估乳腺癌患者预后的潜在生物标志物.
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基于Oncomine和GEO数据库分析RCAN1基因在乳腺癌中的表达及临床意义
目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义.方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析.结果:Oncomine数据库中共收集了454项不同类型RCAN1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中RCAN1表达有统计学差异的结果有64项,其中RCAN1表达增高的有20项,表达降低的有44项.涉及到乳腺癌的研究数据集共有13项.乳腺癌中高表达的研究有0项、低表达的有13项.共有6项研究,9个乳腺癌分型数据集涉及 RCAN1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2 508例样本.在数据库中综合比较9项研究成果,发现与正常组织相比,RCAN1在乳腺癌中的表达量低于正常组织(P＜0.05).不仅如此,通过挖掘GEO数据库,发现低表达RCAN1的患者总体死亡率较高,高表达RCAN1的患者预后较好(P＜0.05).结论:通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示RCAN1的mRNA水平在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌预后相关,有望成为抗乳腺癌靶向治疗药物的重要靶点.
关键词： RCAN1基因 乳腺癌 Oncomine数据库 GEO数据库 -
基于数据挖掘分析GPR35表达对肺腺癌预后的影响
目的 研究数据挖掘分析GPR35表达对肺腺癌预后的影响,并明晰其参与的分析调控网络.方法 利用Oncomine数据库挖掘GPR35在肺腺癌组织中的表达情况;利用Kaplan-Meier Plotter进行肺腺癌患者生存周期分析;利用Coexpedia数据库分析GPR35参与的分子调控网络.结果 GPR35在人体正常组织中均有表达,其中胰腺组织和骨髓来源的CD33+细胞含量较高.相比于正常肺组织,GPR35基因在肺腺癌组织中呈现高表达,而在肺鳞癌以及大细胞肺癌中,未见明显变化.GPR35基因在肺腺癌组织中,男性患者相对于女性患者呈现高表达,而其表达在StageⅠ和StageⅣ均明显上调,且StageⅣ中GPR35的表达高于其他三期的患者;肺腺癌组织中存在EGFR L858R突变的患者,其GPR35的表达相对于无突变的患者明显上调.GPR35的表达水平对肺腺癌患者的总生存时间有着显著影响.与低表达组相比,GPR35高表达组肺腺癌患者的总存活时间降低(P<0.05);GPR35的表达水平对LUSC患者的总生存时间未见显著影响(P>0.05).GPR35参与多种肿瘤相关的分子调控网络.结论 大样本数据挖掘能迅速准确地获取肺腺癌组织中GPR35表达的相关信息,为深入研究奠定基础.
关键词： 肺腺癌 GPR35 数据挖掘 Oncomine数据库
