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粪便Alu序列的检测在胰腺癌诊断中的价值
目的 检测胰腺癌患者粪便Alu序列表达量,探讨其对胰腺癌的诊断价值.方法 收集41例胰腺癌、27例慢性胰腺炎及23例健康者的粪便样本,采用酚-氯仿方法抽提粪便中基因组DNA,应用实时定量PCR方法检测Alu重复序列的表达量.结果 胰腺癌、慢性胰腺炎、正常健康者粪便Alu重复序列表达量分别为(5.17±0.99)、(3.79 ±0.94)、(0.28±0.35) ng/g,三组间差异有统计学意义(P值均＜0.05).通过接受者操作特征(ROC)曲线分析,胰腺癌的曲线下面积为74.8％,95％可信度为0.661～0.835,诊断胰腺癌的敏感性为75.6％,特异性为67.1％.结论 胰腺癌患者粪便Alu序列表达量显著增加,对胰腺癌的诊断可能有一定价值.
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RNA聚合酶Ⅱ转录的ALU对PKR磷酸化的调节作用
目的 研究ALU自身的RNA聚合酶Ⅲ启动子对RNA聚合酶Ⅱ转录的影响,探讨RNA聚合酶Ⅱ转录的ALU对PKR磷酸化的调节作用.方法 将ALU全基因序列插入pcDNA3.1(-)载体的CMV启动子(一个RNA聚合酶Ⅱ启动子)的下游,构建重组质粒pcDNA3.1-ALU;转染HEK 293细胞,提取细胞总RNA,RT-PCR筛选稳定表达ALU的细胞;用干扰素处理稳定表达ALU序列的细胞,Western blot法检测PKR的磷酸化水平.结果 ALU全基因序列插入pcDNA3.1载体的CMV启动子直接下游,能够被RNA聚合酶Ⅱ有效转录;在稳定表达ALU的HEK 293细胞中,加干扰素与未加干扰素组PKR的磷酸化水平均明显高于相应的HEK 293细胞对照组.结论 ALU自身的RNA聚合酶Ⅲ启动子对RNA聚合酶Ⅱ转录无明显影响,但与RNA聚合酶Ⅲ启动下转录的ALU不同,RNA聚合酶Ⅱ转录的ALU失去了对干扰素的拮抗作用,反而可以通过形成双链RNA的方式激活PKR的活性.
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Alu序列与人类疾病研究进展
Alu序列通过RNA依赖性机制即反转录转座在灵长类动物基因组中扩增,其在人类基因组中的拷贝数已经超过100万个.这些序列在人类基因组中被认为有很多功能,并对基因结构有很大的影响.Alu序列大概以每200个新生儿就一个插入的速度继续扩增.已有研究表明Alu序列的插入和Alu重复序列之间的不等同源重组导致了多种人类疾病.Alu序列不仅对基因组的进化做了很大贡献,而且对大部分人类遗传病也起了很大的作用.随着新的Alu亚类产生,新的亚类引起的疾病又见报道,本文将对这一方面内容的发展动态进行综述.
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Alu家族与人类疾病
Alu序列是灵长类基因组内的特有的含量丰富的中度重复序列,由300bp的短序列所组成,在单倍体基因组中有30万～50万份拷贝,其间隔平均为5kb.到目前为止,对于Alu序列的功能了解的还不多,据推测可能与基因转录的调节,hnRNA的加工以及DNA复制的启动有关.目前已发现众多的疾病与Alu序列在基因组内的插入和不等同源重组有关,本文将对这方面的内容进行综述.
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EGCG对结肠腺癌细胞株COLO 320 Alu、LINE-1序列甲基化的影响
目的 初步探讨表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)对人结肠腺癌细胞株COLO 320 Alu、LINE-1序列甲基化的影响,探讨EGCG在改变COLO 320抑癌基因p16高甲基化的同时,是否会改变全基因组的甲基化模式.方法 甲基特异性PCR(MSP)验证20μmol/L的EGCG干预培养COLO 320后p16启动子去甲基化作用,亚硫酸氢盐修饰后测序法(BSP)检测不同浓度EGCG干预培养COLO 320后Alu、LINE-1序列甲基化水平.结果 20μmol/L的EGCG对高甲基化的p16启动子去甲基化作用具有统计学意义(P =0.000),但实验所设的EGCG各浓度对Alu、LINE-1序列甲基化水平影响无统计学意义(Alu:P=0.794,LINE-1:P=0.836).结论 EGCG在改变肿瘤细胞株特异抑癌基因高甲基化模式的同时,能够维持全基因组的甲基化水平,保持基因组的稳定性.
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肝胆胰恶性肿瘤患者游离DNA的含量及完整性的研究
目的 探讨肝胆胰恶性肿瘤患者游离DNA的含量及完整性在临床诊断上的价值.方法 收集肝胆胰恶性肿瘤患者血标本共43例(其中原发性肝细胞肝癌15例,胆道系统恶性肿瘤14例,胰腺癌14例),同期正常人血标本40例.检测短片段(ALU115)及长片段(ALU247)游离DNA的含量,并计算游离DNA的完整性(长片段含量/短片段含量).结果 恶性肿瘤患者游离DNA的ALU115、ALU247含量中位数分别为2.89 ng/μL及1.19ng/μL,显著高于正常组0.85ng/μL及0.28 ng/mL(P＜0.001).游离DNA的含量及完整性与肿瘤大小及分期、神经、脉管受侵无明显关联.ALU247 ROC曲线下面积为0.85,比短片段的0.80及完整性的0.56都高.结论 游离DNA含量在肝胆胰恶性肿瘤患者与正常人有明显区别,且ALU247敏感性及特异性更高,可考虑作为肿瘤诊断的新指标.
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良恶性胸腹水中游离DNA含量及完整性比较
目的:探讨细胞游离DNA含量及DNA完整性在良恶性胸腹水中的临床意义.方法:应用实时ALU-qPCR(115 bp、247 bp)方法分析28例良性胸腹水患者和38例恶性胸腹水患者的胸腹水中细胞游离DNA含量以及DNA完整性的情况.结果:ALU247片段含量在良恶性胸腹水组中有统计学差异(P<0.05),但ALU115片段在两组中并无统计学差异(P>0.05);恶性胸腹水中DNA完整性明显高于良性对照组(P<0.05).DNA完整性的ROC曲线下面积为0.716(P<0.01).结论:恶性胸腹水有较高的ALU247片度含量以及DNA完整性,其中DNA完整性可能是一个很有价值的诊断指标.
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分支DNA技术在胃癌患者血清游离DNA检测中的应用
目的:建立一种基于Alu序列定量检测游离DNA (cell-free DNA,CFD)的分支DNA技术(branched DNA assay,bDNA),并探讨血清CFD检测在胃癌早期筛查和病程监控中的应用价值.方法:采集40例胃癌患者的血清标本,同期匹配健康体检者60例和胃良性肿瘤患者32例的血清标本进行对比分析,采用bDNA技术定量检测各组血清CFD含量,并用化学发光方法检测相关肿瘤标志物:癌胚抗原(carcino-embryonic antigen,CEA)、糖链抗原72-4(carbohydrate antigen 72-4,CA72-4),糖链抗原50(carbohydrate antigen 50,CA50)的水平.结果:bDNA方法线性范围为0～400 ng/mL.胃癌患者血清CFD含量2 570.2(815.7～4 554.0) ng/mL显著高于健康对照组196.5(112.8～328.5) ng/mL和胃良性肿瘤组423.1(256.3～513.6) ng/mL(P＜0.000 1);血清CFD与血清肿瘤标志物CEA 、CA72-4、CA50比较发现,无明显相关性,胃癌患者血清CFD水平与疾病发生、发展和肿瘤负荷有一定的相关性.以774.2 ng/mL为临界值(Cut off值),其诊断的灵敏性为77.5％,特异性为95.7％,受试者工作特征曲线下面积为0.921.结论:bDNA技术是一种新型、灵敏的定量检测外周血CFD含量的方法;血清CFD对胃癌患者的早期筛查、辅助诊断和病程监控有一定的临床应用价值.
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结直肠癌患者血清游离DNA的表达及意义
目的：建立基于ALU序列的实时荧光定量PCR（ALU-qPCR）检测游离DNA浓度的方法，并探讨结直肠癌患者血清游离DNA定量检测的临床意义。方法：随机采集结直肠癌104例、结直肠息肉63例和正常人110例血清标本，采用ALU-qPCR方法定量检测血清ALU115表达水平；用化学发光方法检测肿瘤标志物CEA的水平。结果：（1）结直肠癌患者血清ALU115浓度中位数为1046.0 ng/mL，显著高于结直肠息肉组423.3 ng/mL和对照组385.4 ng/mL，差异有统计学意义（P均<0.001），结直肠息肉组和对照组比较差异无统计学意义（P>0.05）。（2）结直肠癌血清ALU115和CEA联合检测灵敏度、特异性、准确度、阳性预测值和阴性预测值分别是82.69%、99.09%、91.12%、98.85%和85.82%，两者联合检测提高结直肠癌诊断率。结论：基于ALU序列的实时荧光定量PCR是一种快速简便、灵敏度高及特异性好的检测方法。血清cf-DNA浓度对结直肠癌辅助诊断有一定的价值。
关键词： 结直肠癌 游离DNA Alu序列 实时荧光定量聚合酶链反应 癌胚抗原 -
Alu序列甲基化水平与两种乳腺癌细胞系转移能力高度相关
目的 探讨Alu序列甲基化与乳腺癌转移潜能的关系.方法 用亚硫酸氢盐修饰联合限制性内切酶分析法(combined bisulfite restriction analysis,COBRA)、亚硫酸氢盐修饰结合直接测序法(bisulfite sequencing,BSP)检测两株转移能力不同的乳腺癌细胞系MCF7和MDA-MB-435S中Alu甲基化状态,每个样品挑取10个克隆测序.结果 MCF7和MDA-MB-435S中Alu甲基化水平均明显低于报道的正常人体细胞Alu甲基化水平,但MCF7中Alu的甲基化水平明显高于MDA-MB-435S.同时,Alu甲基化位点在基因组中分布不均匀.结论 乳腺癌的转移潜能可能与Alu序列的去甲基化以及去甲基化位点的分布相关,值得进一步探讨.
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Alu重复序列的特性及其与恶性肿瘤的关系
目的探讨Alu重复序列的结构特性及其与恶性肿瘤的关系.方法复习近年来有关Alu重复序列在分子生物学及肿瘤学方面的研究结果.结果 Alu序列之间的同源重组可导致基因缺失、重复,染色体移位导致基因重排,从而使某些癌基因活化,导致一系列的恶性改变.结论 Alu序列是一种多功能的调控序列,在一些肿瘤的发生、发展中起重要作用.
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Alu序列介导肿瘤中反复发生的染色体畸变
越来越多的证据表明在人类肿瘤中,重复DNA序列参与了反复发生的染色体重排.高度重复序列,如Alu序列,在染色体易位断点区域的高密度分布提示该类序列为同源重组提供热点并可能参与染色体易位过程,增加其他各种染色体畸变的机会.据认为,和X序列(X序列能够促发 Escherichia coli中 recBCD介入的重组 )有同源性的 Alu核心序列本身就可以促进 DNA链的交换和基因重组.借助于不等同源重组以及接下来的序列缺失和/或扩增,Alu重复序列还参与了减数分裂细胞中许多结构基因的突变.研究表明在肿瘤中有类似的序列缺失事件发生,因为在几种白血病相关的染色体重排中,在紧邻易位断点区域频繁发生序列缺失.而且该类缺失事件更倾向于在高密度分布 Alu序列的染色体重排区域发生.
