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基于小波变换-SAM方法的差异表达基因筛选研究
目的 基于微阵列表达数据,探索差异表达基因筛选的新的有效方法.方法 采用基于小波变换-SAM方法,通过调节△值,计算对应的假阳性率(FPR),从而筛选差异表达基因.结果 相对于小波变换前,基于小波变换-SAM方法 获得更好的筛选效果.结论 本方法适用于微阵列表达数据.获得更好的差异表达基因筛选效果,并且比传统的方法更具灵活性.
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足量腺苷蛋氨酸治疗肝内胆汁淤积症的疗效观察
肝内胆汁淤积症见于各种急慢性肝病,主要表现为黄疸和瘙痒,血清总胆红素(TBil)、结合胆红素(DBil)、碱性磷酸酶(ALP)和谷氨酰转肽酶(GGT)增高.腺苷蛋氨酸(S-adenosyl-L-metlaionine,SAM)是一种辅酶,存在于人体所有组织和体液中[1],参与体内重要的生化反应.研究表明SAM对肝内胆汁淤积症有较好疗效,其推荐的剂量和疗程为每天静脉滴注0.5～1g,疗程2周.
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S-腺苷蛋氨酸的研究进展及其临床应用
1概述S-腺苷蛋氨酸(英文名为S-adenosyl-L-methionine,SAM,SAMe或AdoMe),是一种辅酶,参与甲基的转运,存在于所有的真核细胞中.
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差异表达基因鉴别的SAM和RVM的比较
目的探讨小样本量情况下基于两种不同理论对方差进行调整的SAM和RVM方法在差异表达基因鉴别中的性能.方法以真实实验数据作为参数估计的基础进行理论数据的模拟,并基于理论数据对SAM、基于permuta-tion的SAM和RVM的性能进行了探讨.结果基因的对数表达比的残差方差较好地符合反伽马分布,在设定的不同差异表达基因比例情况下,基于permutation的SAM法的鉴别性能高,RVM次之,SAM低.结论基因残差方差的分布可以用反伽马分布拟合,基于permutation的SAM和RVM具有较好的检测差异表达基因的性能,SAM在估计校正系数时应考虑差异表达基因的比例.
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六种基因表达谱数据筛选差异表达基因方法的比较
目的 比较SAM方法、Bonferroni校正法、BH法等6种基因表达谱数据筛选差异表达基因的方法,探讨了各种方法的筛选效果.方法 采用6种待比较的方法处理不同样本量和方差条件下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的考核指标,探讨6种方法筛选差异表达基因的效果.结果 Bonferroni校正法、Sidak校正法和Hochberg法可将FWER、FDR控制在很低的水平,但是筛选出的差异表达基因数比较少;成组t检验方法筛选的差异表达基因数多,但是不能有效地控制FWER、FDR水平,筛选出的差异表达基因假阳性数过多;相同样本量和方差条件下,SAM方法和BH法筛选差异表达基因数、假阳性数、FWER和FDR均相差不大,均筛选出较多的差异表达基因,且控制了多重检验错误率.结论 SAM方法适用于基因表达谱数据筛选差异表达基因的数据分析.
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快速老化小鼠额叶皮质的蛋白组学研究
目的:探讨快速老化过程中差异蛋白质及其与学习记忆的关系.方法:以13月龄和8月龄快速老化小鼠模型的快速老化亚系SAMP8和抗快速老化亚系SAMR1的额叶为研究对象,经双向电泳技术和考马斯亮兰G250染色,分别获取13月龄和8月龄SAMP8和同龄SAMR1额叶的2-DE考染图谱,用PDQuest 7.40图像分析软件,建立不同月龄蛋白质组的匹配差异图谱,分析图谱中SAMP8与SAMR1蛋白质的表达变化.结果:8月龄SAMP8额叶检测到579个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到612个蛋白点;13月龄SAMP8额叶检测到705个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到621个蛋白点.PDQuest7.40软件匹配差异分析显示,8月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMP8表达缺失33个蛋白,两者共有显著差异表达蛋白35个.13月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMR1中表达缺失84个蛋白,两者均有但表达有显著变化的蛋白质36个.13月龄和8月龄的SAMP8互相比较,13月龄组新增蛋白126个,二者共有差异表达蛋白58个.13月龄和8月龄的SAMR1比较,13月龄组新增9个蛋白,二者共有差异表达蛋白33个.结论:两组不同月龄小鼠额叶SAMP8和SAMR1存在差异表达蛋白质,进一步研究有助于了解衰老的发生机制,并为研发调节学习记忆蛋白的新药提供依据.
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腺苷蛋氨酸在肝移植术后早期的应用
多个移植中心的医生观察到,肝移植术后患者可能出现一过性高胆红素血症.传统保肝利胆药中S-腺苷蛋氨酸(SAM)对肝细胞性淤胆有着较好的治疗效果.为此,我中心在肝移植术后早期针对SAM展开了一项前瞻性、随机、对照研究,对其在肝移植术后早期应用的效果进行评价.
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高维数据特征提取方法SAM-SVM的应用研究
目的 探讨SAM与支持向量机相结合(SAM-SVM)的方法在高维数据中的变量筛选效果.方法采用R语言编程,根据SAM算法,按照变量重要性排序,通过支持向量机分类模型验证其筛选效果.经过多次迭代满足收敛条件时,自动选择"优"模型.将该方法应用于真实高维数据考核其应用效果,并通过模拟试验验证其有效性.结果对3种疾病的真实高维基因表达数据分别采用上述方法进行变量筛选,均取得了良好的效果,模拟试验也显示使用筛选后的变量再利用支持向量机进行分类判别,具有较高的准确性.结论基于SAM的支持向量机逐步判别方法在解决小样本、非线性及高维问题中表现出许多潜在的优势,可以有效地用于分析高维基因表达数据的特征提取问题.
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抑癌基因 DLC-1作为非小细胞肺癌研究新靶点的进展
肺癌是严重威胁人类健康且预后差的恶性肿瘤之一，近年来由于肺癌危险因素的改变及人口老龄化等多重作用下，我国肺癌发病率及病死率呈持续增高趋势。据世界卫生组织（ WHO ）预测，到2025年，我国每年新增的肺癌病死例数将超过100万［1］，肺癌将成为我国常见的恶性肿瘤之一。世界各国的肺癌病死率不尽相同，有文献统计其5年生存率约为5～16％［2］。其中非小细胞肺癌（ NSCLC ）约占所有肺癌的80％，手术治疗是早期NSCLC治疗的主要手段，但术后复发率较高；约75％的患者首次确诊时已属晚期，已失去了外科手术的佳时机，5年生存率很低。因此提高NSCLC的早期诊断、寻找新的预后指标及治疗方式，是当前肿瘤研究的重要课题。
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快速老化鼠及D-半乳糖致衰老模型鼠在葡精软胶囊抗衰老研究中的应用
目的比较葡精软胶囊对两种衰老模型鼠超氧化物歧化酶(SOD)和丙二醛(MDA)的影响.方法D-半乳糖造模实验,快速老化鼠(Senescence Accelerated Mouse,SAM)实验.结果葡精软胶囊在两衰老模型中均增加SOD活性、降低血MDA含量,经统计学分析,差异具有显著性(P＜0.05).结论葡精软胶囊具有抗衰老作用.两模型检测结果具有一致性,SAM具有节约人力物力、衰老接近自然过程等优点,可用于抗衰老研究.
关键词： 葡精软胶囊 SAM D-半乳糖衰老模型鼠 抗衰老
