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基于生物学信息分析及推测PCGEM1在前列腺癌中的表达分子调控网络
非编码 RNA,包括以 miRNA、siRNA 和 piRNA 等为代表的短小 RNA 和长链非编码 RNA(long non-coding RNA,lncRNA)。长链非编码 RNA,有别于其他小分子非编码 RNA,是目前非编码 RNA 研究的热点。随着研究的不断推进,人们发现 lncRNA 与物种进化、胚胎发育、物质代谢以及肿瘤发生等都有着密切的联系[1]。miRNA 是一类长度为21~25个核苷酸(nt)的单链 RNA,属于非编码蛋白 RNA,广泛存在于生物界,miRNA 调节人类1/3基因的表达,miRNA 是一类新发现的基因调节剂,可以在转录水平或转录后水平调节基因的表达,在肿瘤的发生与发展中扮演着“癌基因”与“抑癌基因”的角色[2]。前列腺癌基因表达标记1(prostate cancer gene expression marker 1, PCGEM1)全长1643 nt,在前列腺组织及前列腺癌组织中呈特异表达的长链非编码 RNA,但其表达调控网络目前未知[3],本文旨在运用生物学软件对其进行生物学信息分析,为下一步实验验证其表达分子调控网络机制提供线索。
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蛋白质分析中生物信息学的应用
生物信息学是生物学与计算机科学及应用数学等学科相互交叉形成的一门新兴学科.它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析,进而达到揭示数据所蕴涵的生物学意义的目的,被认为是21世纪生物学的重要组成部分[1].生物信息学涵盖生物数据库、生物学软件、生物大分子模拟三方面内容[2].在后基因组时代的蛋白质组分析中,生物信息学必将会扮演重要角色[2].
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共享分子生物学软件的选择和应用
Internet上有大量的免费分子生物学软件与各种蛋白质、核酸和酶数据库,应用它们,可以极大推动我们的研究工作.Internet上的免费工具软件有在线与离线两种形式.对于在线工具软件,只要通过浏览器,输入一定的信息,便可得到相应的结果,例如二级序列分析、PCR引物设计等信息.而离线工具软件,只要下载了这个软件,便可在本地电脑上使用.