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ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较
目的 探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异.方法 整理收集南方医院2013-2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度.结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和SaJger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8％(54/113)和34.5％ (39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2％ (39/54).ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P＜0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P＞0.05).其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT＞ GAT(G12D)和GGC＞ GAC(G13D)双突变.结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致.ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多.综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率.
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外周血标本检测EGFR基因突变的操作体会
本文旨在介绍外周血样品应用扩增阻滞突变系统(ARMS法)检测EGFR基因突变的操作流程,以及在实际操作中可能遇到的问题,并对外周血检测EGFR基因的应用和优缺点进行总结.1 材料与方法1.1 材料1.1.1 标本 收集中日友好医院2015-08～11间送检的10例外周血样品,其中男性8例,女性2例,年龄45～77岁,平均年龄60.5岁.每例样品采血10ml,EDTA抗凝.1.1.2 试剂 一次性使用真空采血管(游离DNA保护专用)、血清/血浆游离DNA分离试剂盒(离心柱型)、人类EGFR基因突变检测试剂盒(厦门艾德生物科技股份有限公司);无水乙醇(北京益利精细化学品有限公司);RNase-free water(QIAGEN).
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ARMS法检测EGFR基因突变的常见问题及解决对策
近年来分子靶向治疗在非小细胞肺癌中备受关注,其中EGFR基因状态是决定是否用EGFR-TKI治疗的先决条件.目前常用于EGFR检测的方法是ARMS法,该方法灵敏度高、时间短、操作简单,易于在临床样品中检测开展.但由于标本因素的影响、样本DNA抽提、假阳性、假阴性、加样误差及气溶胶污染等可能造成结果的不稳定.本文就针对ARMS法检测基因突变过程中易出现的常见问题进行分析与讨论.旨在与病理技术人员一起学习交流,以提高检测结果的可靠性,为临床医师提供可靠的治疗依据.
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中国南北方冠心病患者TM1418位C/T多态性研究及对比分析
目的:研究我国南北方冠心病患者血栓调节蛋白(TM)基因1418位C/T多态性是否存在差异及其与冠心病发病的关系.方法:应用突变特异性扩增系统(ARMS)技术检测71例云南昆明冠心病患者和100例河南郑州冠心病患者的TM基因1418位C/T多态性.结果:TM基因1418位T/T、T/C型及C/C型频率在南方冠心病组中分别为11.27%、61.97%、26.76%,北方冠心病组分别为10.00%、37.00%、53.00%.北方冠心病组TM基因1418位CC型明显高于南方冠心病组(P<0.05).C等位基因频率在南方与北方冠心病组中分别为57.75%和71.50%,C等位基因频率北方明显高于南方(P<0.05).结论:血栓调节蛋白(TM)基因1418位C/T多态性与北方冠心病发病密切相关,TM基因1418位点突变产生的C/C纯合子可能是引起北方冠心病的一个重要的遗传危险因素.
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结直肠癌K-ras基因突变两种检测方法的比较及临床相关性分析
目的 比较ARMS法和Sanger测序法在检测K-ras基因突变时的敏感性、一致性和特异性,并且探讨结直肠癌患者K-ras基因突变与临床病理特性的相关性.方法 采用ARMS法和Sanger测序法对200例结直肠癌患者进行K-ras基因突变检测.结果 ARMS法检出K-ras基因突变75例,阳性率为37.50％.Sanger测序法检出K-ras基因突变72例,阳性率为36.00％.两种方法的符合率为96％.同时,K-ras基因突变与淋巴结转移具有相关性(P＜0.05),与患者年龄、性别、肿瘤部位、分化程度、肝转移和肿瘤类型均无相关性(P＞0.05).结论 K-ras基因突变检测有助于筛选靶向治疗有效的结直肠癌患者.ARMS法更适用于临床检测.
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Sanger测序法和突变扩增阻滞系统法检测非小细胞肺癌EGFR基因19、21号外显子突变的临床价值比较
目的 比较Sanger测序法和突变扩增阻滞系统(ARMS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR基因19、21号外显子突变的临床价值.方法 收集经病理组织学确诊的NSCLC患者肺部原发或转移癌标本102例,其中石蜡包埋组织75例,病理活检标本27例;采用Sanger测序法和ARMS法检测上述标本EGFR基因19、21号外显子突变情况,分析其与患者临床病理学特征的关系.结果 ARMS法突变检出率为48.0％(49/102),高于Sanger测序法的32.3％(31/96),两者比较差异有统计学意义(P＜0.05).病理活检组织ARMS法突变检出率为57.1％(12/21),明显高于Sanger测序法的23.8％(5/21),差异有统计学意义(P＜0.05);石蜡包埋组织ARMS法和Sanger测序法突变检出率分别为49.3％(37/75)和34.7％(26/75),两者比较差异无统计学意义(P ＞0.05).女性患者EGFR基因突变检出率68.0％高于男性患者的28.8％,未吸烟患者突变检出率65.5％高于吸烟患者的27.7％,腺癌患者突变检出率62.3％高于鳞癌患者的26.8％,差异均有统计学意义(均P＜0.05);但EGFR基因突变检出率和有无淋巴结转移及年龄比较差异均无统计学意义(均P ＞0.05).结论 EGFR基因19、21号外显子突变好发于女性、未吸烟患者和腺癌患者,Sanger测序法对大组织样本及未知突变检测更有优势,ARMS法对病理活检、微小样本及要求灵敏度高的样本检测更为适合,结合2种方法检测结果更为全面可靠.
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ARMS法与下一代测序法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的比较
目的 本研究旨在通过对突变扩增阻滞系统(ARMS)法与下一代测序法(NGS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR基因突变的比较分析,来探索更适合我国临床肺癌患者EGFR基因突变的检测方法.方法 收集22例NSCLC患者标本,分别用ARMS法及二代测序法对标本进行EGFR基因突变检测,分析比较两种方法的优劣.结果 本次实验的22例标本其中17例EGFR基因突变结果两种检测方法一致,结果为EGFR单突变6例,双突变1例,阴性10例;2例ARMS法检测为单突变,二代测序法检测为双突变;3例ARMS法未检测到突变,二代测序法检测到突变.结论 ARMS法与二代测序法检测EGFR基因突变结果基本一致,但各有优缺点,两种方法结合检测效果更好.
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双错配碱基ARMS结合RE法快速检测FGFR3基因的突变超热点
目的 建立快速简便、特异灵敏的鉴定FGFR3基因c.1138 G＞A突变超热点的基因诊断方法,为软骨发育不全(ACH)的产前基因诊断或植入前遗传学诊断(PGD)创造条件. 方法 针对突变率高达95%以上的FGFR3基因的突变热点c.1138 G＞A,设计双错配碱基的ARMS特异引物,对已经临床确诊的先证者家系及正常对照和非c.1138 G＞A突变的患者对照,分别用普通引物和特异引物进行PCR扩增和直接鉴定,然后对扩增产物进行DNA序列分析及SfcI酶切鉴定. 结果 用普通引物扩增,对照组和先证者均扩增阳性.SfcI酶切后,对照组仍为一条513 bp的带,而患者切出205bp、308bp和513 bp三条带;而用ARMS特异引物扩增,则先证者扩增阳性,而对照组扩增阴性,阳性者酶切后产生27bp和418 bp两条带.这一切都与预期的结果完全吻合. 结论 该法快速、特异、准确性高,结合DNA序列分析和酶切鉴定(RE),可用于ACH高危胎儿的快速产前诊断.
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ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本EGFR基因突变分析
目的 应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性.方法 分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较其间的一致性.结果 ARMS法及测序法检测EGFR基因突变率分别为46.1％(47/102)、37.7％(52/138),ARMS法EGFR基因突变率女性高于男性(61.9％vs 35.0％,P=0.007),而与年龄、吸烟、活检部位、活检方法、标本性质、原发肿瘤、淋巴结、远处转移、分期无关(P>0.05).测序法EGFR基因突变率与活检部位存在相关性(P=0.049),与其他临床病理特征均无关(P>0.05).二者的一致率为64.1％(25/39),Kappa系数为0.499(P<0.001).结论 ARMS法与测序法对晚期肺腺癌的临床小样本进行EGFR检测具有中等的一致性.
