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2011年南昌市乙型流感病毒HA1基因特征分析
目的 了解南昌市2011年乙型流感病毒HA1基因的特征,探讨2011年流感监测季乙型流感病毒的分子流行病学特征.方法 按照采样时间,选取南昌市2011年从犬肾传代细胞(MDCK)培养分离到的乙型流感毒株共25株,提取病毒核糖核酸(ribonucleic acid,RNA),反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增HA1基因片段,产物纯化测序,进行基因进化特性分析.结果 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒(84％).与北半球国际疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,2011年南昌市流行的Victoria系乙型流感病毒HA1片段有8个氨基酸位点发生了变异,其中T197D氨基酸变异涉及抗原决定簇的B区.与北半球国际疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,Yamagata系流感病毒HA1片段有19个氨基酸位点发生了替换,其中R130K、T165N、Q195R、Q196T,氨基酸变异涉及A、C、D三个抗原决定簇.结论 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,分离到的Yamagata系毒株血凝素基因发生了明显变异,Victoria系毒株血凝素基因未发生明显的变异.
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2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析
目的 研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系. 方法 用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析.结果 2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008～2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2％～96.8％,氨基酸同源性为96.5～97.4％,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012～2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8％00～99.4％00,氨基酸同源性为97.4％～98.5％,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1∶640. 结论 邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种.
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嘉兴市2011-2012年乙型流感监测与HA1序列分析
[目的] 了解2011-2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况. [方法] 将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定.随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析. [结果] 2011-2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在.随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化.4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6％ ～99.7％,氨基酸同源性为98.8％～100.0％,其中2株与2009-2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换.2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4％,与2012-2013年疫苗株极为接近. [结论] 嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009-2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用.但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供佳保护.
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2007年深圳市Yamagata系B型流感病毒基因特性的分析
目的 分析2007年深圳市Yamagata系B型流感病毒血凝素(HA)基因的特性.方法 将2007年深圳市分离到的Yamagata采B型流感毒株进行血凝素HA片段核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,用SIMMONIC软件和Mega软件对其进行分析.结果 2007年在深圳市流行的Yamagata系B型流感病毒根据197-199位氨基酸的差异可以划分为A、B、C3个分支.分支C在197位上有糖基化位点的增加,而分支A、B则未在该区域呈现出糖基化位点的特征性结构.此外与今年的国内代表株B/Fujianxinluo/54/06相比,除了40号位点上的氨基酸变异为共同存在外,其余大多数的氨基酸点变异是散发存在的.部分的变异位点处在HA1区的抗原表位,可能会导致病毒的抗原性改变.结论 2007年在深圳市流行的Yamagata系B型流感病毒与B/Fujianxinluo/54/06相比基因特性已发生变化,并呈现出多样性的变化趋势.
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台州市乙型流感病毒分离、鉴定及HA1基因特性研究
目的:了解台州市Yamagata系乙型流感病毒的基因特性、变异情况和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况.方法:用狗肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定.选2011年分离株进行HA1基因序列测定,用DNAman和DNAstar生物学软件进行序列分析.结果:2011年分离株HA1基因与参考毒株核苷酸同源性为88.6%-96.9%,氨基酸同源性为89.2%-98.0%,存在8个潜在的糖基化位点,比同谱系疫苗株在197位增加了一个糖基化位点"NKT".与Yamagata系代表株在进化树的同一支上,与Victoria系代表株比,氨基酸162位缺失K.结论:本地2011年分离株与近年来WHO推荐的流感疫苗株在HA1片段有明显的氨基酸变异.2010年-2011年台州市主要分离到Yamagata系乙型流感病毒,而WHO推荐使用的2010年-2011年乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008属于Victoria系,因此本年度流感疫苗对我市乙型流感不能提供佳的保护性.
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浙江省乙型流感病毒HA1基因分析
目的:了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况.方法:采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株基因进行比对.结果:分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒,两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,糖基化位点没有太大改变.毒株之间核苷酸的同源性为95.25%,氨基酸的同源性为95.28%.Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp,推导的氨基酸序列长度为346个,氨基酸变异替换数在6～8之间;Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp,推导的氨基酸序列长度为347个,氨基酸变异替换数在2～8之间,相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺(N).基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支.结论:浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异,抗原已发生漂移.2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不够理想,其余年份为同一谱系毒株,预防保护效果较好.
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2011年-2016年唐山地区B型流感病毒血凝素基因特性分析
目的 分析2011年-2016年唐山地区B型流感血凝素基因特征.方法 对唐山市哨点医院流感样病例咽拭子标本进行核酸检测,阳性标本采用MDCK细胞分离培养,选取10株B型流感病毒进行HA1基因测序,分析其核苷酸序列特征及氨基酸变异情况.结果 进化分析显示,唐山地区B型流感病毒分为B/Victoria系和B/Yamagata系,其中4株B/Vic系毒株为1B分支(2011年-2012年)和1A分支(2015年-2016年),6株B/Yam系毒株均属于3分支.与疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,B/Vic系毒株氨基酸替换发生在N129S和I146V(1B分支)、I117V和N129D(1A分支).与疫苗株B/Wisconsin/1/2010(B/Yam 3分支)相比,B/Yam毒株共有7个位点发生氨基酸替换;与疫苗株B/ Massachusetts/2/2012(B/Yam2分支)相比,有14个位点发生氨基酸替换,其中N116K、S150I、N165Y和D196N位于抗原表位上.结论 2011年-2016年唐山地区B型流感毒株发生明显变异,连续分子学监测对该地区的疫苗接种政策有重要意义.
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新余市2013年-2014年B型Yamagata系流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解2013年-2014年新余市Yamagata系乙型流感病毒的序列特性和变异特点,分析WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况.方法 选取新余市2013年-2014年通过狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的Yamagata系乙型流感毒株9株,提取病毒RNA,反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增HA1基因片段,对序列进行处理和特性分析.结果 2013年-2014年的乙型流感病毒均为B型Yamagata系.9株流感毒株HA1区与疫苗推荐株B/Wisconsin/01/2010的核苷酸同源性为97.8％～ 99.4％,氨基酸替换数为3个～4个,其中8株均在3个相同的氨基酸位点发生变异;与代表株B/Yamagata/16/1988的核苷酸同源性为94.4％～96.2％.B/JiangxiYushui/1221/2014与疫苗株B/Massa-chusetts/02/2012的核苷酸同源性为99.3％,氨基酸替换数为3个.结论 新余市2013年-2014年B型Yamagata系流感病毒都发生了抗原性变化,WHO推荐的2011年-2012年疫苗对88.89％的B型Yamagata系流感仍有预防效果,当年度的疫苗株能很好地预防另外11.11％流感的流行.
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宜昌市连续多起B型流感疫情病毒基因特性分析
目的 分析2017年宜昌市流感疫情中BY流感毒株的HA和NA基因特性,了解其与WHO推荐的系参考株、疫苗株和当地代表株的匹配情况.方法 对流感疫情病例标本中分离得到的7株BY型流感毒株的HA和NA进行扩增和序列测定,通过Mega 5.0软件对测序产物进行分析.结果 7例疫情毒株均为BY系的HA蛋白的3分枝,相互间HA基因的核苷酸和氨基酸同源性达98.9％和99.3％;与WHO疫苗株B/PHUKET/3073/2013比较,进化距离接近,没有发现氨基酸序列的丢失与插入,HA基因有2个氨基酸位点发生变化,NA基因有11个氨基酸位点发生变化.结论 引起流感疫情的毒株目前变异不明显,与WHO疫苗株匹配,应加强重点人群的疫苗接种.开展连续流感分子生物学监测,及时分析病毒基因特性,对流感的防控有重要意义.
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南京某小学一起流感样暴发疫情实验室检测及流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解2015年1月南京市某小学一起流感暴发疫情致病流感病毒HA1基因的序列特征和变异特点,分析现有的流感疫苗株对人体的保护情况. 方法 对此次疫情采集的咽拭子标本采用荧光定量PCR对所提核酸进行甲型/乙型流感病毒的检测,阳性核酸进一步分型检测.阳性咽拭子使用MDCK细胞进行病毒分离,阳性病毒培养液提取核酸,RT-PCR扩增HA1基因片段并测序.序列分析使用MEGA 5.2软件邻接法构建系统进化树. 结果 经荧光定量PCR鉴定,采集的10例病例咽拭子中,5例为B型Yamagata系流感病毒阳性.所分离的毒株间HA1的核苷酸同源性为100％;与2015年度国内外疫苗推荐株高度同源,序列相似性达99.5％以上.与国内外疫苗株相比多个位点发生了氨基酸突变,其中,D196N和R141G位于抗原决定簇;196位增加了一个糖基化位点. 结论 此次疫情流行的B型Yamagata系流感流行株与同年度国内外疫苗株HA1基因同源性高,疫苗有很好的保护作用,建议在校学生主动接种预防;HA1区域的氨基酸变异涉及抗原决定簇,需加强监测.
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2014-2015年盐城地区乙型流感病毒Yamagata系HA1基因变异分析
目的 研究盐城市2014-2015年流感监测中分离的乙型Yamagata系流感病毒血凝素HA1区的基因特性,揭示HA1基因的变异与流行的关系.方法 将盐城市2014-2015年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例标本进行核酸、病毒分离检测,选取2014-2015年各5株乙型Yamagata系毒株,采用一步法RT-PCR方法扩增HA1基因,扩增产物经纯化测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析.结果 抽取的10株乙型流感病毒的HA1基因与WHO推荐的疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,3个位点氨基酸替换具有普遍性,其中N116K位于抗原决定簇;与B/Massachusetts/2/2012相比,11个位点氨基酸替换具有普遍性,4个位点位于抗原决定簇.绘制的种系发生树显示,B/JSYC/1530/2014与B/Massachusetts/2/2012亲缘关系较近,其他9株与B/Wisconsin/1/2010亲缘关系较近.结论 2014-2015年盐城地区流行的乙型Yamagata系流感病毒的HA1基因特性正逐渐发生变异,这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移,加强流感病原学监测工作对及时发现新的流感病毒变异株有重要意义.
