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DDC与DRD1基因单核苷酸多态性与中国汉族儿童孤独症的关联研究
目的 探讨多巴脱羧酶(dopa decarboxylase,DDC)与多巴胺受体-1(dopamine receptor-1,DRD1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和中国汉族儿童孤独症之间的关系.方法 应用TaqMan探针方法对97名孤独症患儿和100名健康儿童进行DDC基因rs6592961和DRD1基因rs251937单核苷酸多态性的基因型测定.用儿童孤独症评定量表(Children Autism Rating Scale,CARS)评价孤独症患儿临床表型特征.应用x2检验比较不同基因型和等位基因在孤独症病例组和对照组之间的分布情况.结果 ①病例组和对照组儿童的DDC基因rs6592961位点和DRD1基因rs251937位点等位基因频率和基因型分布上差异均无统计学意义(P＞0.05).②孤独症组病情轻中度与重度儿童DDC的rs6592961和DDR1的rs251937位点等位基因频率和基因型分布上差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 DDC基因rs6592961位点和DRD1基因rs251937位点单核苷酸多态性可能与中国汉族儿童孤独症的发病无关联.
关键词： 孤独症 单核苷酸多态性(SNPs) 多巴脱羧酶 多巴胺受体-1 基因 -
改进型蚁群聚类算法在单核苷酸多态性（SNPs）数据分析中的应用
目的：改进经典蚁群聚类算法（LF算法），应用到盐敏性高血压SNPs数据分析，为探讨高通量SNPs统计分析提供新思路。方法：改进LF算法，利用Matlab8.0软件对改进后算法进行编程，对335个盐敏性高血压样本进行聚类分析，并通过潜在类别分析的结果进行比较。结果：成功改进LF算法并实现软件化界面。采用新算法将所有样本分成2个类别，第一类169份样本，第二类166份样本，与潜在类别分析法结果进行一致性检验，Kappa值为0.93，P<0.001，并通过两类人群SNPs概率分布差异统计学检验，筛选出3个SNPs：rs848307、rs1739843、rs1010069，明确其在分类中的重要作用。结论：蚁群聚类算法具有思维独特、计算自动化、易于改进等特点，在高通量SNPs数据分析及其他基因组学相关领域有广阔的应用前景。
关键词： 蚁群优化算法 单核苷酸多态性(SNPs) 聚类分析 -
宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的生物信息学分析
目的用生物信息学的方法建立筛选宫颈癌相关基因HLA-DRB1编码区SNPs的技术平台,筛选出与宫颈癌发病相关联的SNPs.方法使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得HLA-DRB1编码区的SNPs数据,在dbSNP数据库获取相应的FASTA序列,使用PARSESNP软件进行分析.结果在HLA-DRB1基因的编码区发现2个SNPs(rs1059576和rs1059582),其单核苷酸的变化会引发错义突变,PSSM Difference大于10,该突变为有害突变.另外rs9269958变异则引发终止密码子的产生.结论建立的生物信息学的方法可以对基因编码区的SNPs进行分析,在众多的SNPs中搜寻出序列保守区的变异,并给出评价标准,但是所得结果需要在宫颈癌与对照人群中进行试验验证.
关键词： 生物信息学 单核苷酸多态性(SNPs) 宫颈癌 人类白细胞抗原 -
TNF-α基因单核苷酸多态性与HBV感染结局
目的 探讨肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因启动子区-238G/A、-857T/C、-863C/A与乙型肝炎病毒(HBV)感染结局之间的关系.方法 采用病例-对照研究方法,募集244例HBV自限性感染者、212例HBsAg携带者和391例慢性乙型肝炎患者作为研究对象,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对(TNF-α)基因启动子区-238G/A、-857C/T、-863C/A基因型进行测定.结果 自限性感染者携带-238 A等位基因的频率显著低于HBsAg携带者(P=0.04)和慢性乙肝患者(P=0.047);慢性乙肝患者携带TNF-α-857C等位基因的频率显著高于HBsAg携带者(P=0.0008)和自限性感染者(P=0.03);慢性乙肝者TNF-α-863A等位基因频率显著高于HBsAg携带者(P=0.02).应用多元Logistic回归分析,控制年龄、性别等混杂因素后,慢性乙肝患者与HBV自限性感染者比较,TNF-α-857CC和TNF-α-238 GA与慢性乙肝显著关联(OR=1.53,P=0.044;OR=2.11,P=0.045);慢性乙肝患者与HBsAg携带者比较,TNF-α-857CC与慢性乙肝显著关联(OR=1.92,P=0.004);HBsAg携带者与HBV自限性感染者比较,TNF-α-238GA与HBsAg携带者显著关联(OR=2.34,P=0.020).结论 TNF-α基因启动子区多态性可能是影响HBV感染结局的重要危险因素.
关键词： 乙型肝炎 TNF-α基因 单核苷酸多态性(SNPs) 单体型 -
精神分裂症与磷脂酶A2基因多态性关系
目的 探讨中国北方汉族人群磷脂酶A2,IVC亚组基因(PLA2G4C基因)多态性与精神分裂症的遗传关联性.方法 采用PCR和连接酶检测反应(LDR)法,在201个精神分裂症患者核心家系中检测PLA2G4C基因上的3个单核苷酸多态性(SNPs)(rs2307279、rs2162886和rs891014),对结果进行单倍型相对风险分析(HRR)、传递不平衡分析(TDT)和与临床症状的关联性分析.结果 各位点在精神分裂症病例组和对照组中基因型分布均符合Hardy-weinberg平衡.HRR和TDT分析表明,检测的3个SNPs位点与精神分裂症关联差异无统计学意义.临床症状关联性分析结果显示,rs2307279等位基因多态性与阳性症状自责自罪妄想相关联(X2=5.755.P:0.016),rs2162886和rs891014等位基因多态性与思维逻辑性障碍和病前人格相关联(X2=6.777,P=0.009;X2=11.113,P=0.001;X2=12.468,P=0.002;X2=9.924,P=0.007);rs2162886等位基因多态性与阳性症状怪异行为相关联(X2=5.409,P=0.020).结论 PLA2G4C基因多态性与精神分裂症阳性临床症状相关联.
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疾病预后数据分析方法研究进展
生存分析数据遗传因素与生存信息之间的交互作用对疾病预后的影响备受关注,Surv-MDR与Cox-MDR分析方法的提出为分析影响生存时间的单核苷酸多态性(SNPs)交互作用开辟了新的道路;传统参数模型和机器学习法均可研究SNPs交互作用,将其与生存分析方法相结合对科研工作及临床预后具有重要意义.
关键词： 预后 生存分析 单核苷酸多态性(SNPs) 交互作用 -
疾病预后数据分析方法研究进展
生存分析数据遗传因素与生存信息之间的交互作用对疾病预后的影响备受关注,Surv-MDR与Cox-MDR分析方法的提出为分析影响生存时间的单核苷酸多态性(SNPs)交互作用开辟了新的道路;传统参数模型和机器学习法均可研究SNPs交互作用,将其与生存分析方法相结合对科研工作及临床预后具有重要意义.
关键词： 预后 生存分析 单核苷酸多态性(SNPs) 交互作用 -
噪声暴露水平对SOD2单核苷酸多态性与噪声性高频听力损失易感性关联性的影响
目的 探讨噪声暴露强度和累积噪声暴露量(cumulative noise exposure,CNE)对SOD靶向定位序列rs4880单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与噪声性高频听力损失易感性关联的影响.方法 利用病例对照研究,通过比较同一噪声暴露强度作业人员的左耳3 000 Hz频段听阈位移情况,筛选出听阈位移大的10％个体作为本研究的易感人群组,共201例,听阈位移小的10％个体作为耐受人群组,共202例,并进行相关的职业卫生调查和问卷调查.噪声暴露强度的检测根据《工作场所物理因素测量噪声》( GBZ/T189.8-2007),抽取易感人群和耐受人群空腹外周静脉血5ml用于常规方法抽提基因组DNA,TaqMan探针法化学荧光等位基因鉴别试验检测SNP.结果 在噪声暴露强度85 ～92 dB(A)组以及＞92 dB(A)组,SOD2基因rs4880 SNP与噪声性高频听力损失的患病风险有关,携带CC+ CT基因型与TT基因型相比OR值分别为2.38 (1.27,4.46)和3.67 (1.10,12.30).CNE分层分析发现,CNE位于82～92dB (A)组时,SOD2基因rs4880 SNP与噪声性高频听力损失的患病风险有关,携带CC+ CT基因型与TT基因型相比,患噪声性高频听力损失的风险更高,OR值为2.59,95％ CI为(1.14,5.90).结论 噪声暴露水平可影响SOD2靶向定位序列rs4880单核苷酸多态性与噪声性高频听力损失易感性的关联.
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抑郁症患者单核苷酸多态性(SNPs)分布特征的潜在类别分析
目的 介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义.方法 采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析.结果 通过潜在类别分析把7个SNPs检测数据分为两个类别,类别1以杂合子为主,类别2以纯合子为主,结合个体特质应对特征发现,类别1具有消极应对高倾向性,而类别2具有消极应对低倾向性.结论 潜在类别模型综合了结构方程模型与对数线性模型的思想,形成了自身的优势,其目的 在于以少的潜在类别数目来解释显变量之间的关联,由此提示我们潜在类别模型可以推广应用于基因组学与基因治疗等新兴领域.
关键词： 潜在类别模型 抑郁症 单核苷酸多态性(SNPs) -
国际人类基因组单体型图计划
国际人类基因组单体型图计划(the international HapMap project)是一项旨在构建人类DNA序列中多态位点的常见模式图,即单体型图(简称HapMap),并免费向公众开放全部数据的国际性合作研究计划.HapMap的预期成果将成为研究人员确定对人类健康和疾病以及对药物和环境的反应有影响的相关序列变异的关键信息,并有助于加速相关诊断工具的发展,有效增强科学家对介入治疗的靶点进行选择的能力.
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牛分支杆菌与肺结核分支杆菌基因组的比较
通过比较基因组学的方法研究发现,牛分支杆菌与肺结核杆菌基因组的同源性为99.95%,但在牛分枝杆菌基因组中有11个缺失区,大小从1kb到12.7kb,遗传信息的缺失引起牛分枝杆菌的基因组减小;牛分枝杆菌与肺结核分枝杆菌H37Rv间存在着2437个单核苷酸多态性(SNPs),与肺结核分枝杆菌CDC1551间存在着2423个单核苷酸多态性(SNPs),牛分支杆菌与肺结核分枝杆菌在编码细胞壁和分泌蛋白上变异程度也是巨大的.研究结果揭示了牛分支杆菌与肺结核分枝杆菌的遗传关系,为研究分支杆菌疫苗和诊断试剂提供理论依据,对牛肺结核病的防治有着非常重要的意义.
关键词： 牛分支杆菌 肺结核分支杆菌 比较基因组学 单核苷酸多态性(SNPs) -
中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析
目的：探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)发生情况。方法：随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA，设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序，通过判读测序峰图，明确SNPs的发生情况及其频率；通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析，确定BSG基因位点的单倍型标签SNPs(haplotype tag SNPs，htSNPs)；中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果：共发现19个SNPs，其中包括2个新发现的SNPs；所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域，确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论：首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘，确定了其9个单倍型标签SNPs，为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。
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HLA区域SNPs的检测及应用
人类白细胞抗原(HLA)是迄今为止发现的复杂的人类基因系统.HLA区域单核苷酸多态性(SNPs)的分布频率高于人类整个基因组水平.目前可用多种方法检测SNPs,其中基于杂交原理的基因芯片方法极具价值.本文主要对HLA区域SNPs的检测方法及其在基因关联分析、法医学及致病基因的搜寻中的应用等方面进行综述.
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宫颈癌易感基因 HLA-DQA1编码区SNPs的筛选和分析
背景与目的:人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因多态性的差异在宫颈癌发病过程中发挥重要作用,本研究用生物信息学的方法筛选宫颈癌易感基因HLA-DQA1编码区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并对其多态性的变异所引发的氨基酸变化是否会导致基因的功能异常进行筛选和分析.方法:使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得HLA-DQA1编码区的SNPs数据,在dbSNP数据库获取相应的FASTA序列,使用PARSESNP软件进行筛选和分析.结果:在HLA-DQA1基因的编码区发现2个SNPs(rs9272693和rs9272703),其单核苷酸的变化会引发错义突变,PSSMDifference大于10,预测该突变为有害突变.结论:建立的生物信息学方法可以对基因编码区的SNPs进行分析,在众多的SNPs中搜寻出序列保守区的变异,并给出评价标准,但是所得结果需要在宫颈癌患者与对照人群中进行实验验证.
关键词： 生物信息学 单核苷酸多态性(SNPs) 宫颈肿瘤 人类白细胞抗原 -
女孩雌激素受体基因6号内含子区域两个新SNPs位点报道
目的:在女性性早熟患儿中检测雌激素受体基因6号外显子及内含子基因序列可能存在的突变.方法:PCR扩增雌激素受体基因6号外显子及内含子,对扩增产物进行DNA序列分析.结果:在6号内含子一侧,发现两个100%连锁的单核苷酸多态性(SNPs),分别为53G-67A和53T-67G.结论:这一对单核苷酸多态性并不引起氨基酸的替代,与女孩性早熟的发生也无关,但是否和其他疾病有连锁关系尚待进一步探讨.
关键词： 单核苷酸多态性(SNPs) 雌激素受体 内含子 -
mdr1基因C3435T多态性与口服FK506后血药浓度关系的实验研究
目的 调查中国汉族肾脏移植人群mdr1基因C3435T单核苷酸多态性与口服FK506后血药浓度的关系.方法 采用不同引物进行PCR扩增了17例中国汉族人群的基因组,判断人群的C3435T基因型,结合其口服FK506 12 h后血药浓度,判断二者是否存在关联.结果 口服相同剂量的FK506以后,基因类型为T/T的患者血药浓度高,C/T次之,C/C低,三者存在显著差异(P＜0.05).结论 mdr1基因的C3435T与口服FK506后的血药浓度密切相关,检测汉族肾脏移植患者mdr1基因的C3435T,对指导临床上FK506的使用有一定帮助.
关键词： MDR1 单核苷酸多态性(SNPs) FK506 -
MTRR基因多态性对口服叶酸治疗HHcy效果的影响
目的 探讨甲硫氨酸合成酶还原酶(Methionine Synthase Reductase,MTRR)基因多态性对口服叶酸治疗高同型半胱氨酸血症(Hyperhomocysteinemia,HHcy)效果的影响以及基因与环境因素在治疗效果中的交互作用.方法 采用前瞻性研究方法,选择河南某医院住院的HHcy病人(Hcy≥15 μmoLL)纳入研究队列,给予口服叶酸(5 mg/d)治疗3个月,根据其治疗后的Hcy水平分为干预成功组和失败组.运用MassArray技术对MTRR基因的2个位点(rs1801394、rs162036)进行基因分型,多因素降维模型(MDR)分析基因-环境交互作用.结果 rs1801394突变杂合型AG(OR=3.07,95％ CI:1.82 ～5.18)、突变纯合型GG(OR=4.50,95％ CI: 1.32～ 15.35)、突变基因型(AG+GG)(OR=3.20,95％ CI:1.93 ～5.31)和等位基因G(OR=2.43,95％ CI:1.62 ～ 3.66)能增加叶酸治疗HHcy失败的风险.rs162036突变杂合型AG(OR =0.44,95％ CI:0.25～0.78)、突变基因型(AG +GG)(OR =0.45,95％CI:0.26 ～0.77)和等位基因G(OR=0.51,95％CI:0.32 ～0.82)能降低治疗失败的风险.基因与环境交互作用分析结果显示rs1801394与冠心病病史存在交互作用(OR=5.08,95％CI:2.97～8.68).结论 MTRR基因上rs1801394位点和rs162036位点可对口服叶酸降HHcy的效果产生影响,rs1801394位点和冠心病病史对叶酸降HHcy效果的影响具有交互作用.
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布依族XRCC1基因单核苷酸多态性及其组合型分析
目的 分析布依族人群DNA修复基因XRCC1 C26304T、G27466A与G28152A单核苷酸多态性及其等位基因频率与组合分布特征.方法 获取自然人群个体布依族192例血白细胞基因组DNA,利用PCR扩增限制性酶切法(PCR-RFLP)检测XRCC1 C26304T、G27466A与G28152ASNPs.结果 XRCC1 C26304T SNPs基因型分布CC、CT、TT分别为64.6%、28.6%、6.8%,C、T等位基因频率分别为78.7%、21.3%.XRCC1 G27466A SNPs基因型分布GG、GA、AA分别为85.9%、12.5%、1.6%,G、A等位基因频率分别为91.7%、8.3%.XRCC1 G28152A SNPs基因型分布GG、GA、AA分别为55.2%、37.0%、7.8%,G、A等位基因频率分别为73.7%、26.3%.本研究发现XRCC1基因C26304T和G28152A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为CC+GG 60例(31.2%);C26304T和G27466A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为CC+GG 98例(51.0%);G28152A和G27466A两位点的SNPs组合基因型频率较高的为GG+GG 88例(45.8%).结论 本研究揭示了布依族人群XRCC1基因3位点的单核苷酸多态性、基因型及其组合分布特征,为进一步研究该基因SNPs与其生理功能和疾病的关系提供基础资料.
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47个SNPs复合检测方法的建立及其法医学应用
目的 建立47-plex SNPs复合检测方法,评价其在法医学中的应用价值.方法 筛选46个常染色体SNPs和1个Y-SNPs,使用2个检测体系分别对47个SNPs进行单管内复合PCR扩增,采用荧光标记单碱基延伸法和毛细管电泳检测技术进行分型检测;并用建立的方法对260份广东地区无关个体血样进行47个SNPs分型.结果 建立的47-plex SNPs的复合检测体系灵敏度高,种属特异性好;260名个体所有SNPs均能准确分型,群体内基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,累积个人识别率大于0.9999,累积非父排除率为0.999 82,累积偶合率为6.24×10-20.结论 本文47-plex SNPs复合检测方法能同时对47个SNPs进行快速、准确的检测,在法医学个体识别鉴定中具有良好的应用前景.
关键词： 法医物证学 单碱基延伸(SBE) 复合检测 单核苷酸多态性(SNPs) -
人类DRB基因单核苷酸多态性研究
目的建立一种对单核苷酸多态性(SNPs)位点进行复合检测的方法,并对人类DRB基因的单核苷酸多态性进行研究.方法应用荧光标记双脱氧核苷酸进行单碱基延伸反应,同步检测人类DRB基因10个单核苷酸多态性位点.结果应用该方法检验了人类标准细胞株K562、9947A及其他法医学常见生物检材,包括血斑2份、精斑5份、烟蒂8份、毛发3份,各样品间未发现相同的单核苷酸多态性组合单倍型.DNA模板需要量仅为0.5～1.0ng.结论该方法是对微量生物物证进行个体识别鉴定的理想方法.同时还可为法医学及其他研究领域进行单核苷酸多态性分析提供快速、高效的技术手段.
关键词： 法医物证学 单核苷酸多态性(SNPs) DRB基因 微量物证
