首页 > 文献资料
-
原发性骨质疏松症肾阳虚证骨组织全基因表达谱研究
目的 通过检测原发性骨质疏松症不同中医证型患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阳虚证相关基因的信息学特征.方法 随机选择原发性骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阳虚证组3例,肾阴虚证组3例,无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设为正常对照组.用人全基因组表达谱芯片检测4组人群骨组织基因表达谱,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行基因通路等相关功能分析.结果 肾阳虚证组与正常对照组、肾阴虚证组、无肾虚证组的差异表达基因分别为2631条、3976条、6184条;肾阳虚证组与其他3组比较共同的差异表达基因有1037条.这些差异基因参与补体与凝血级联反应、Hedgehog、TGF-beta、细胞周期等22条信号通路.结论 原发性骨质疏松症肾阳虚证的相关基因主要与免疫调节、TGF-beta、细胞周期等信号通路相关.
-
杀草强对人甲状腺Nthy-ori-3-1细胞全基因表达谱的影响
目的 研究杀草强对人甲状腺Nthy-ori-3-1细胞全基因表达谱的影响.方法 以100 μg/ml杀草强处理Nthy-ori-3-1细胞24 h后,进行全基因表达谱分析,采用实时定量PCR验证芯片结果,并用GO分析和pathway分析芯片结果.结果 实时定量PCR验证差异基因表达与芯片结果一致.GO和pathway分析结果显示共检测了41 001个基因,按P＜0.005和FC≤0.5或FC≥2的标准筛选,共有20个差异基因涉及44条通路.Agt、cd70、bmp2、arnt2和wint5b基因出现在多条信号通路中.结论 杀草强主要影响Nthy-ori-3细胞肿瘤发生相关基因,即上调cd70和wint5b基因表达及下调bmp2和arnt2基因表达,可能是其导致甲状腺肿瘤的机制之一.
关键词： 杀草强 Nthy-ori-3-1细胞 全基因表达谱 -
胶质细胞源性神经营养因子对胶质瘤促增殖作用的基因表达谱研究
目的 研究胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)促进胶质瘤增殖的差异表达基因.方法 体外培养的大鼠C6胶质瘤细胞分为3组,正常对照组(对照组)和实验组(GDNF 70μg·L-1干预6 h组和GDNF 70μg·L-1干预12 h组).利用全基因组表达谱芯片技术进行分析,实时定量PCR验证芯片结果,并对差异基因进行聚类分析和信号转导通路分析等.结果 与对照组比较,GDNF干预6 h组和GDNF干预12 h组分别上调772和664个基因,下调282和259个基因.其中,显著的上调基因为NTN1、SLC7A5、NDST1、CD24、NFIC、KDM4A、CEACAM1、SOCS2.下调基因主要有Sctr、C4-2、GNAL、HSD3B1、Stfa2l1等.基于KEGG数据库进行生物学通路分析显示上调基因主要参与葡糖胺聚糖半乳糖基转移酶-硫酸盐肝素的生物合成、细胞的黏附连接、癌症的转录失活、JAK-STAT信号通路等.选取8个差异基因(CD24,CEACAM1、Synpo、Ndst1、Nfic、Ntn1、Socs2、Ccdc6)进行RT-PCR验证,GDNF干预12 h组与对照组比较,CEACAM1、Nfic、Socs2、Ccdc6基因表达倍数显著增加(P<0.05).提示差异基因的mRNA变化趋势与表达谱结果一致.结论 应用全基因组表达谱芯片并结合生物信息学软件分析差异表达基因,为GDNF促进胶质瘤细胞增殖的分子生物学机制的研究提供了依据.
关键词： 胶质细胞源性神经营养因子 大鼠C6胶质瘤细胞 全基因表达谱 细胞增殖 差异基因 -
女贞子对肝癌细胞全基因组表达谱影响
目的 观察女贞子对人肝癌细胞全基因组基因表达的影响.方法 女贞子处理肝癌Bel-7402细胞,试剂盒柚提RNA,基因芯片检测全基因组基因表达,Onto-Tools软件进行生物信息学分析.结果 女贞子作用后,Bel-7402细胞有732个差异表达基因,其中升表达基因477个,降表达基因255个.差异表达基因Ontology分析显示有344个结构基因,325个功能基因,296个生物过程基因和79个信号通路基因;涉及转录调节、信号转导和细胞粘附等生物过程,以及粘着斑通路、MAPK通路和Wnt通路等信号通路.结论 女贞子可调控肝癌细胞多个基因的表达,涉及多个生物过程与信号通路;参与调控女贞子对肝癌细胞增殖、凋亡、细胞衰老及免疫反应的作用.女贞子对肝癌细胞转移相关生物过程及信号通路基因表达的作用提示女贞子还可能具有抑制肝癌转移的作用.
-
用全基因芯片技术对金黄地鼠口腔颊黏膜癌前病变相关基因的筛选和分析
目的:利用全基因芯片技术筛选口腔颊黏膜癌前病变发生发展的相关致病基因.方法:用9、10-二甲基;1,2-苯并蒽(Dimethylbenzanthracene,DMBA)诱导建立金黄地鼠颊鳞癌模型,分别提取正常颊黏膜和癌前病变组织的总RNA并合成用Cy3荧光标记的cRNA,分别与含有41 000个基因/ESTs序列的Agilent大鼠全基因芯片杂交,以Log2Ratio≥2.5和Log2Ratio≤-2.5为阈值来确定差异表达基因,然后用Gene Ontology对差异表达基因行功能分类分析,后用RT-PCR对部分差异表达基因进行验证.结果:金黄地鼠颊黏膜自正常黏膜到癌前病变发展过程中,共得到1 331条差异表达基因,其中上调基因747条,下调基因584条.Gene Ontology分析发现这些差异基因主要涉及到大分子代谢、信号传导等8大功能分类.对上调基因Atp6vOd2和下调基因Sfrp2行RT-PCR验证结果与芯片结果相符.结论:口腔颊黏膜癌前病变的发生涉及众多基因表达的改变,通过对这些基囚的进一步研究,将对探索口腔黏膜癌前病变的发病机制、有效的干预防止癌前病变的发生或逆转癌前病变具有重要意义.
-
卵巢癌肿瘤间质中癌相关成纤维细胞全基因表达谱分析
目的:寻找上皮性卵巢癌(epithelial ovarian cancer,EOC)癌相关成纤维细胞(cancer associated fibroblasts,CAFs)和正常成纤维细胞(normal fibroblasts,NFs)中差异表达的mRNA并进行分析,为进一步阐明肿瘤间质中癌相关成纤维细胞影响卵巢癌细胞恶性行为的机制提供依据.方法:分别提取3例上皮性卵巢癌的CAFs及3例正常卵巢组织的NFs,抽提总RNA,进行全基因表达谱分析.对差异基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集及信号通路联合分析,推定相关差异基因生物学功能,并对MDM2、NR3C1等6个上调的差异基因进行荧光定量PCR验证.结果:对芯片结果的分析显示差异基因共1 636个.qRT-PCR对MDM2、NR3C1等6个差异基因的验证结果与芯片结果相符,生物信息学分析显示上述差异基因与癌相关通路、肌动蛋白细胞骨架重塑通路等有关,提示可能参与了对卵巢癌细胞恶性行为的促进作用.结论:EOC肿瘤间质中的成纤维细胞存在调控癌细胞的差异基因,分析这些差异基因为进一步研究卵巢癌成纤维细胞调控癌细胞生物学行为的分子机制提供了基本依据.
-
染料木黄酮对体外培养乳鼠睾丸组织全基因表达谱的影响
目的 利用基因芯片技术研究染料木黄酮(Genistein,Gen)对体外培养的小鼠睾丸组织全基因表达谱的影响,从基因水平分析Gen影响睾丸细胞增殖凋亡的作用机制.方法 利用旋转通气法体外培养乳鼠睾丸组织,给予5 μmol/L Gen干预,同时设立DMSO溶剂对照组.培养72 h后提取组织总RNA,用单标Agilent小鼠全基因芯片检测两组睾丸组织基因表达,筛选差异基因,进行基因功能分类.结果 与对照组比较,Gen组筛选出84个表达差异有统计学意义的基因(P＜0.05),其中47个基因表达上调,37个基因表达下调.按差异基因功能富集分析(GO)分类标准进行分类,筛选出有统计学意义的GO分类14个(P＜0.05),主要涉及生殖发育、细胞增殖、细胞周期等功能.结论 通过全基因芯片检测发现,Gen主要影响睾丸组织生殖发育、细胞增殖和细胞周期等功能相关基因表达,从而影响精子发生和睾丸细胞的增殖和凋亡,影响睾丸的功能.
