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甲型H1N1流感病毒血凝素的B细胞抗原表位预测
目的 预测甲型H1N1流感病毒血凝素可能的B细胞抗原表位.方法 以甲型流感病毒血凝素的氨基酸序列一级结构为基础,用生物信息学手段预测血凝素氨基酸序列的二级结构并分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数、极性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置.结果 经综合各种单参数预测,甲型H1N1流感病毒血凝素氨基酸序列的98～127、172～189、498～511肽段或附近可能存在B细胞抗原表位.结论 预测B细胞抗原表位对甲型H1N1流感病毒的疫苗研制及其他相关研究奠定了一定的基础.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 血凝素 预测 B细胞抗原表位 生物信息学 -
人甲状旁腺激素N端肽中一个含有B细胞新表位的hPTH13-27片段的研究
目的 研究并证明人甲状旁腺激素(hPTH)N端肽内的hPTH13-27片段是一个新的B细胞抗原表位.方法 计算机辅助分析预测hPTH1-37和hPTH1-84多肽片段内hPTH13-27抗原表位的特征;制备大鼠抗hPTH13-27-KLH多克隆抗体;酶联免疫测定(ELISA)研究hPTH13-27抗原表位和抗体的免疫特征.结果 蛋白质结构分析预测在hPTH13-27区域含有B细胞抗原表位.hPTH13-27单表位多克隆抗体制备成功.ELISA分析证明hPTH13-27片段含有B细胞抗原表位,与抗体的结合效果依次为:抗hPTH13-27抗体＞抗hPTH13-84抗体＞抗hPTH1-37抗体.hPTH13-27片段与固相板结合对免疫原性影响不大.抗hPTH13-27抗体与含hPTH13-27片段的多肽结合良好;与不含hPTH13-27片段的多肽无交叉反应.结论 hPTH13-27可能是制备hPTH N端肽抗体的核心表位片段.
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SARS冠状病毒M基因变异规律分析
目的测定SARS冠状病毒(SARS-CoV)GD322株M基因序列,与其他SARS-CoV M基因进行比较分析,初步了解SARS-CoV在流行过程中M基因的变异规律.方法提取GD322株RNA,经RT-PCR扩增M基因后克隆至T-载体,转化DH5α,并进行序列测定.以SARS冠状病毒多伦多株2(TOR2)M基因为基准,利用Clustal X软件与其他SARS-CoV M基因进行比较,了解变异情况,采用Protean软件预测α螺旋和B细胞抗原表位.结果完成GD322株基因测序(AY702026),通过对已发表81株SARS-CoV M基因序列初步分析,选定TOR2为基准株.发现36株M基因与TOR2株序列相同,5株存在同义突变,40株存在非同义突变.共有11个突变位点,其中9个非同义突变位点,2个同义突变位点.对非同义突变代表株Frankfurt1和TW5的M基因进行α螺旋和B细胞抗原表位预测,结果和基准株序列比,差异无统计学意义.结论 SARS-CoV M基因虽然有随流行时间推移突变逐渐增大的趋势,但总突变率低,基因序列较稳定,且香港M旅馆相关毒株变异小于香港M旅馆无关毒株.变异对其抗原性无影响.
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猪附红细胞体ORF2蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位的预测
目的 预测猪附红细胞体[亦称猪嗜血支原体(Mycoplasma suis,M.suis)]ORF2基因编码蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位.方法 应用生物信息学软件DNAstar的Editseq将M.suis中ORF2的基因核苷酸序列翻译成氨基酸序列,与GenBank中登录的氨基酸序列进行比对,通过Protean模块预测ORF2蛋白的二级结构及其亲水性区域、柔韧性区域、抗原指数、表面可及性等特性,并预测B细胞优势抗原表位.结果 ORF2蛋白具有规则的二级结构,多处于亲水性区域、柔韧性区域、表面可及性较大和抗原指数较高的区段,潜在的优势B细胞抗原表位为17～23、121 ～ 127、138 ～ 144、192 ～ 200氨基酸区段.结论 预测了ORF2蛋白二级结构和B细胞抗原表位,为M.suis 表位疫苗的设计以及血清诊断试剂盒的研发奠定了理论基础.
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中蜂囊状幼虫病毒LN-QY株VP3蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测
目的 预测中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV )LN-QY株VP3蛋白的空间结构及其B细胞抗原表位.方法 采用RT-PCR法从感染CSBV的蜜蜂幼虫总RNA中扩增结构蛋白VP3基因,与pMD18-T载体连接后,转化感受态大肠杆菌DH5α,提取质粒,双酶切鉴定并测序,通过与SBV-KOR、CSBV-UK株VP3基因序列的比对,获得LN-QY株VP3基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列,建立VP3蛋白的3D结构.在此基础上,应用DNAStar软件中的Protean模块综合分析结构蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性以及抗原指数等参数.结果 VP3结构蛋白的空间构象较规则,其可能的B细胞抗原表位区域位于4个区域:25-50,101-109,112-120,250-268氨基酸区段,其中,可能出现抗原表位的2个区域在100-150和250-300氨基酸区段,应作为抗原表位研究的重点区域.结论 预测了CSBV LN-QY株VP3蛋白的空间结构及其B细胞抗原表位,为CSBVVP3蛋白单克隆抗体的制备以及表位疫苗的设计奠定了理论基础.
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人腺病毒55型六邻体蛋白同源建模及B细胞抗原表位预测
目的 预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.方法 使用DNAStar软件Protean模块,PSIPRED在线服务器和SWISS-MODEL在线服务器联合预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.结果 构建了人腺病毒55型六邻体蛋白三级结构模型和预测得到5个候选的人腺病毒55型六邻体抗原表位.结论 成功预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础.
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1株九江分离的柯萨奇A6病毒VP1基因分析及B细胞表位预测
目的 对1株在九江地区分离的柯萨奇A6病毒(CoxA6) VP1区域进行克隆,并对其编码蛋白的结构、功能及B细胞表位进行分析和预测,为CoxA6疫苗制备和诊断方法的研究提供理论基础.方法 采用RT-PCR法对CoxA6分离株VP1区进行扩增和克隆、序列分析,应用SigaIP、TMPRED、TMHMM、Big-PI Predictor、Cell-Ploc、PSORT、NetNES、Netphos、SOPMA、NetNGlyc、MotifScan、InterProscan、SMART、PROSITE、GOR4、Bepipred Linear Epitope Prediction等生物信息学方法预测其VP1基因编码蛋白特性和潜在的B细胞表位.结果 该CoxA6分离株VP1基因编码305 aa的多肽,分子量为33.5 kDa.该蛋白无信号肽、跨膜区,是亲水性蛋白;二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋及β-片层.该蛋白共有7个可能的B细胞抗原表位,位于151～ 173 aa区域内的表位分值高为2.774.结论 成功克隆了1株CoxA6的VP1基因,并对其进行序列分析、蛋白质结构和B细胞表位预测,为制备CoxA6疫苗和开发诊断方法提供了分子生物学基础.
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浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测
目的 了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16) VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位.方法 在GenBank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNAStar中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位.结果 浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A基因型(1株).B1型中以B1b亚型(24株)占绝对优势,其次为B1a亚型(10株).浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5％～ 100％和89.5％ ～ 100％;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异.VP1中可能的B细胞抗原表位(氨基酸肽段)有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295.结论 浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据.
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猪附红细胞体 ORF5蛋白的空间结构与B 细胞抗原表位预测
目的：预测猪附红细胞体（Mycoplasma suis ，M ．suis）ORF5基因编码蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法联合应用生物信息学软件DNAstar与在线分析软件IEDB的B Cell Epitope Prediction Tools 预测 M ．suis ORF5蛋白的二级结构及其亲水性区域、柔韧性区域、抗原指数、表面可及性等结构特征，经综合分析后预测其B细胞优势抗原表位。结果经分析可见，M ．suis ORF5蛋白具有较为规则的二级结构，潜在的优势B细胞抗原表位为GGVDGGRD、GMRLPEDSR、EGHPDLESAR氨基酸区段。结论预测出 M ．suis ORF5蛋白二级结构和B细胞抗原表位，为 M ．suis免疫原性研究提供新手段，为病原微生物免疫原性研究提供新思路。
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SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的稳定性分析
目的预测具有代表性的3株SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位,探讨基因变异对M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的影响.方法采用Chou-Fasman方法、Garnier-Robson方法和KarplusSchulz方法预测SARS冠状病毒M蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测B细胞抗原表位.结果3株SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和B细胞抗原表位完全一致.结论SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,提示利用某一毒株的M蛋白制备单克隆抗体和疫苗可应用于SARS的诊断和防治.
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鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备
预测鼠Mincle蛋白的B细胞抗原表位及制备其多克隆抗体.以鼠Mincle蛋白氨基酸序列为基础,利用signalP3.0和TMHMM Server在线软件分析其信号肽和跨膜结构,利用DNAstar软件预测其二级结构、蛋白骨架区的柔韧性、亲水性、表面可能性及表面抗原性指数；融合表达PET30a(+)/Mincle蛋白并通过镍层析柱纯化后,免疫兔获得Mincle多克隆抗体.结果Mincel蛋白是一种跨膜蛋白质,N末端第1-22号氨基酸可能位于蛋白的表面并可能为抗原表位；成功构建了重组载体PET30a(+)/Mincle,转化大肠杆菌BL21后表达包涵体融合蛋白,利用镍亲和层析得到了无生物活性的高纯度重组蛋白,纯化蛋白免疫兔,制备了滴度达1:128 000的多克隆抗体；Western-blot检测显示抗体特异性高.结论Mincle蛋白N端即胞外区的第1-22氨基酸可作为Mincle蛋白的主要抗原表位区以制备Mincle多克隆抗体.
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金黄色葡萄球菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位预测
预测金葡菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位.用PCR方法从金葡菌临床分离株的基因组DNA中扩增出sirH基因,插入表达载体pET-28a(+)中,构建重组表达载体pET28a-sirH,双酶切鉴定并测序,通过与GenBank中登录的金葡菌sirH基因序列的比对,获得此临床分离株sirH的核苷酸序列和推导的氨基酸序列.在此基础上,应用生物信息学软件分析SirH蛋白的二级结构柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数.综合各参数预测结果,SirH蛋白N-端第49 57、62-75、83-123、128-162、194-208、242-252、334-350、401-415、452-543、550-564、573-622区段很有可能存在B细胞抗原表位.SirH蛋白B细胞抗原表位的预测,为后续表达SirH主要抗原表位和研究其免疫保护作用奠定了基础.
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从噬菌体表面展示肽库中筛选衣原体单克隆抗体识别的抗原表位
利用抗体捕获法,经三轮淘洗,从表面展示随机肽序列的噬菌体文库中筛选到与衣原体单克隆抗体C17特异结合的噬菌体克隆,其一致序列为:(L/I)PGGS(P/W),竞争抑制实验表明含特异序列的克隆能与天然抗原竞争.据此,我们认为此序列为衣原体的B细胞抗原表位.
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人卵透明带3蛋白的二级结构和B细胞抗原表位预测
目的:预测并综合分析人卵透明带3(human zona pellucida 3, hZP3)蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位.方法:以hZP3蛋白的基因序列为材料,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus- Schulz法预测其结构蛋白的二级结构及蛋白骨架区的柔韧性,采用Kyte-Doolittle法对蛋白的亲水性进行分析,Emini法预测蛋白的表面可能性,Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数.结果:hZP3蛋白含有较多的β折叠和转角结构.该蛋白第27～31、36～46、114～133、140～151、237～240和324～329区段可能是α-螺旋中心;hZP3蛋白分子第52～54、60～67、74～78、100～111、158～169、181～185、190～193、210～218、226～229、311～317、335～349和353～360区段可能是β-折叠中心.hZP3蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中近中部区段和近羧基端的第92～95、132～137、171～178、239～245、252～255、279～286、292～305和319～324区段含有潜在的B细胞优势抗原表位.结论:以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数、亲水性参数和表面可能性参数预测hZP3蛋白的B细胞抗原表位,为实验确定hZP3蛋白的B细胞抗原表位并以此进行免疫避孕研究奠定基础.
