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rDNA-ITS2序列作为中国按蚊分子鉴别特征的评述:Ⅰ按蚊亚属
对核糖体DNA第2内转录间隔区(rDNA-ITS2)序列作为中国按蚊属按蚊亚属蚊种鉴别的分子特征进行评价.笔者整理和分析了GenBank数据库中注册的所有中国记录的按蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列,并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性(p距离).截止2012年10月,GenBank中已注册ITS2序列共584条,隶属按蚊亚属蚊20种(包括同物异名)、待定种5种和杂交种1个.计算结果显示,ITS2序列在种内的变异性小于1％,种间的差异(掣 为1.2％(凉山按蚊与昆明按蚊)～69.5％(待定种YM-2003a与须喙按蚊).另外,发现少数注册(、-矽)列在种内差异性较大,在比对序列时需谨慎.结果提示rDNA-ITS2序列在本研究按蚊中具有良好的种内保守性和种间解析度.
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我国辽宁省赫坎按蚊种团的分子鉴别研究
为更新和补充辽宁省按蚊多样性的本底资料,笔者对2008年在辽宁省5个地点采集的按蚊进行形态和PCR分子鉴别,并随机抽取已鉴别的和未获鉴别的样本,进行rDNA-ITS2序列测定和分析.本研究共鉴别了168个个体,均为赫坎按蚊种团成员种,分别是中华按蚊(n=14)、雷氏按蚊(n=4)、八代按蚊(n=113)、比伦按蚊(n=2)和克莱按蚊(n=35).
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不同地区不同生境按蚊种群的分子鉴定及rDNA-ITS2序列分析
对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊,按照文献合成引物,用PCR方法进行分子鉴定;并对各种群的ITS2序列测序后,与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分析.结果显示,采集的不同地区不同生境的按蚊均为中华按蚊,此次采集没有采到嗜人按蚊;现场的中华按蚊与凉山按蚊、贵阳按蚊和昆明按蚊的同源性为80.6%~83.1%,与嗜人按蚊和雷氏按蚊的同源性为75.2%~76.2%,与黑按蚊和带足按蚊的同源性稍低,为63.2%~64.6%.系统发育树显示:所有的序列样本形成了两个分支,来自现场的按蚊处在同一分支且差异小.
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rDNA-ITS2序列作为中国按蚊分子鉴别特征的评述：Ⅱ塞蚊亚属
为评价核糖体DNA第2内转录间隔区（ rDNA-ITS2）序列作为中国按蚊属塞蚊亚属蚊种鉴别的分子特征。笔者整理和分析了数据库中注册的所有中国记录的塞蚊亚属蚊种的rDNA-ITS2序列，并应用MEGA软件计算其在种内和种间的差异性（ p距离）。截止2013年7月， GenBank中已注册ITS2序列共442条，隶属塞蚊亚属蚊27种。计算结果显示， ITS2序列在大多数种内的变异性小于1％；而注册的浅色按蚊、乌头按蚊和溪流按蚊的序列种内差异较大，无法确定其种特异序列；忽略上述3蚊种进行计算的其他种间序列差异性范围为2.80％（大劣按蚊与大劣按蚊D）～68.3％（多斑按蚊与迷走按蚊）。结果提示rDNA-ITS2序列在中国塞蚊亚属大多数蚊种中具有良好的种内保守性和种间解析度，少数种类无法区分。
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我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析
通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)的序列测定,表明rDNA-ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象.分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性,但在种间差异明显.
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应用rDNA-ITS2诊断性序列现场对3种重要蚊媒的鉴定
目的 建立利用核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)诊断性序列鉴别蚊媒的分子生物学方法. 方法 根据淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊rDNA-ITS2基因两侧的5.8S和28S保守区设计诊断性引物,进行3种蚊虫的rDNA-ITS2克隆鉴定,并利用其rDNA-ITS2特征进行现场蚊虫的鉴别. 结果 诊断性引物对于淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊DNA模板的扩增产物分别为440、514和558 bp,3种蚊虫阳性克隆的测序结果与GenBank-blast相应蚊种rDNA-ITS2序列的同源性均为99%.用Biosept、DNAstar等软件分别分析发现各蚊虫克隆的个体间存在一定程度的单核苷酸多态性(SNP).将现场采集的蚊虫诊断性引物扩增产物进行阳性克隆进行序列测定和分析,显示与淡色库蚊阳性对照的一致性为99%;与GenBank中淡色库蚊rDNA-ITS2基因的同源性为99%. 结论 通过对淡色库蚊、白纹伊蚊、嗜人按蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的序列分析,表明3种蚊媒的rDNA-ITS2基因具有可鉴别的种属特异性.利用同一体系的共享引物扩增,可以建立适用于3种蚊媒的现场鉴定方法.
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我国多斑按蚊复合体成员种的分子鉴别研究
目的建立我国多斑按蚊复合体5成员种的分子鉴别方法.方法测定并分析各成员种的rDNA-ITS2序列,并设计种特异引物,应用PCR法鉴别.结果多斑按蚊复合体5成员种的ITS2序列长度和GC含量分别为伪威氏按蚊328 bp、58.54%、多斑按蚊330 bp、57.85%、威氏按蚊337 bp、59.05%、达罗毗按蚊334 bp、58.68%和塞沃按蚊338 bp、57.69%,各种内的ITS2序列保守,而种间的差异率范围为9.7%～18.9%.应用5.8S引物和5个种特异引物可以分别扩增出119、186、231、327和406bp等5条清晰不同的种特异条带,以鉴别各蚊种.结论基于ITS2序列差异建立的我国多斑按蚊复合体5成员种的PCR鉴别简便易行、可靠.
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我国4省区5地牛带绦虫rDNA-ITS2序列分析
目的 采用PCR克隆测序方法对贵州都匀、从江,云南大理及新疆乌什4地牛带绦虫标本进行研究,与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种地理株作比较,为贵州株、云南株和新疆株的鉴别提供分子生物学证据,并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种的分类学地位.方法 取贵州都匀株(DY1)、贵州从江株(CJ1),云南大理株(DL1),新疆乌什株(XJ1)和台湾桃园株(TW1)成虫节片,分别抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS2区段,克隆rDNA-ITS2区段后作序列分析,构建不同地理株系统发育树.结果 根据ITS2序列构建的系统发育树显示:系统发育树分为3支,XJ1占据上方1支;CJ1占据中间1支;而TW1、DY1和DL1组成下方1支.结论 1.DY1、DL1与TW1属于牛带绦虫亚洲亚种,CJ1、XJ1属于传统牛带绦虫;2.rDNA-ITS2序列分析可用于牛带绦虫亚洲亚种与传统带绦虫分类学之研究.
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应用PCR-SSCP分析我国不同地区常见嗜尸蝇类的研究
目的 探讨应用PCR-SSCP分析我国不同地区常见嗜尸蝇类,揭示其亲源关系及基因差异.方法 采集了中国部分城市,即广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉、成都等地的常见嗜尸蝇类:家蝇(Muscdomestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomya megacephcda),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾麻蝇(Boettcherisca peregrina)等.用PCR.SSCP分析我国不同嗜尸蝇类的rDNA-ITS2基因片段.结果 PCR-SSCP分析结果显示,Chrysomya megacephata,Aldrichina grahami(巨尾阿丽蝇),Helicophagella melanura,Muscdomestica,Boettcherisca peregrina rDNA-ITS2基因的单链DNA(ssDNA)迁移率均有明显差异,我国不同地区常见嗜尸蝇种类rDNA-ITS2基因单链DNA迁移图型呈现多态性.结论 我国不同地区常见嗜尸蝇种类的rDNA-ITS2基因存在种内、种间及地理的基因多态性.
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日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2遗传多态性研究
目的 分析日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因的遗传变异.方法 采集2种吸虫成虫标本,提取其基凶组DNA,PCR特异性扩增rDNA-ITS2基因并测序;Clusterx软件进行多序列对比;MEGA 4软件计算遗传距离,NJ法和MP法构建系统进化树;DNAsis软件对rDNA-ITS2序列片段进行模序分析.结果 2种方法构建的遗传系统进化树基本结构相似,日本血吸虫与斯氏并殖吸虫间存在较远的遗传距离,但二吸虫ITS2序列间有42.7%的相似性.利用DNAsis软件在日本血吸虫和斯氏并殖吸虫的rDNA-ITS2序列中发现AP_2_CS6、bHLH_CS和CAP_site 3种相同的转录因子.结论 日本血吸虫和斯氏并殖吸虫虽然在rDNA-ITS2基因水平上存在明显种间差异,但在rDNA-ITS2序列、转录因子方面具有重要的相似性.
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中国7市家蝇rDNA-ITS2基因分析
目的:分析我国7市家蝇的rDNA-ITS2基因.方法:采集北京、吉林、长春、成都、南京、湖北荆州和养殖7市8个家蝇样本,形态鉴定. 依据Drosophila melanogaster的nrRNA序列,设计扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2基因的引物,PCR扩增不同地区家蝇基因组,获特定基因片段,SSCP分析. 将PCR扩增不同地区家蝇rDNA-ITS2片段克隆于pMD-18T载体,序列测定,采用Clustal W软件在线分析不同地区家蝇rDNA-ITS2序列,用MegAlign(4.0)软件的UPMGA方法构建系统发育树. 结果:我国7市8个家蝇样品的rDNA-ITS2基因均获约360 bp阳性扩增区带. SSCP分析8个家蝇样品的rDNA-ITS2的SSCP电泳DNA迁移率均有一定差异. Clustal W比对分析不同地区的8个家蝇rDNA-ITS2基因序列间存在一定差异. 同源性为75%,而其中部分地区家蝇样品rDNA-ITS2序列同源性高,家蝇(长春、吉林、养殖),三者之间的同源性为98.0%～99.1%;家蝇(成都、南京、广州、荆州)之间的同源性为99.1%～99.7%. 系统聚类分析显示,发育树共分成2支,1支是家蝇(北京与养殖)关系密切,先聚为一类,然后与家蝇(长春)再聚类;另1支是家蝇(成都与荆州)关系密切,先聚类,然后与家蝇(南京)聚类,再与家蝇(广州)聚类,后与家蝇(吉林)聚类. 结论:应用PCR-SSCP和rDNA-ITS2基因序列分析揭示我国不同地区家蝇基因组序列存在一定差异.
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栀子及其近缘茜草科植物、混伪品的rDNA-ITS2序列分析
目的:利用rDNA-内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对栀子及其近缘茜草科植物、混伪品进行快速鉴定.方法:对研究材料ITS2片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,序列变异位点采用PAUP 4.0b10进行统计分析,利用MEGA 5.0软件进行数据分析,并构建邻接(NJ)树,再利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构.结果:对栀子及其近缘茜草科植物、混伪品ITS2序列长度为201～235 bp,系统发育树上显示不同来源的样本根据亲缘关系的远近各聚一支,表现出单系性;而同时又与混伪品明显分开.比较ITS2二级结构发现,栀子及其近缘茜草科植物、混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异.结论:rDNA-ITS2可以方便快捷地鉴定栀子及其近缘茜草科植物、混伪品.
