首页 > 文献资料
-
基于网络药理学探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理
目的 通过网络药理学方法探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理.方法 运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取补肾强督治偻方的作用靶标基因,于CTD数据库中获取强直性脊柱炎疾病相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因.借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析.后在CTD数据库中获取关键基因于强直性脊柱炎的疾病治疗作用.结果 补肾强督治偻方靶标基因与强直性脊柱炎疾病靶标基因的交集基因有705个.GO分析结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的生物功能主要包括基因表达的阳性调控、炎症反应、细胞增殖阳性调控等;信号通路富集结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的网络主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.获得关键基因23个,都与痛症、炎症性疾病及关节炎性疾病相关.结论 补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎是多靶点、多通路、多选择的复杂机制过程,其机制多与抗炎和镇痛相关.
-
基因富集及Meta分析对影响肝癌发生发展关键基因的筛选
目的:筛选影响肝癌发生发展的关键基因.方法:运用跨种属肿瘤基因筛选策略比较不同种属的肝癌基因表达谱间的相似改变,选择5套不同种属的肝癌基因表达芯片分别通过基因组富集(gene set enrichment analysis,GSEA)以及对单套数据集单个基因元分析(metaanalysis,Meta)的分析方法,筛选出在转录水平上影响肝癌的基因.结果:用GSEA方法分析,5组数据中所得通路对比,上调中皆有的通路为氨基糖核苷酸糖代谢、细胞周期、甲状腺癌；下调中皆有的通路为亚油酸代谢、花生四烯酸代谢.对单套数据集单个基因进行Meta分析,共筛出P＜0.05的基因1 708个.用DAVID和KEGG网站的分析工具发现这1 708个差异基因中有720个基因能够在KEGG库中筛出,主要分布在细胞周期、卵母细胞减数分裂、DNA复制等通路.这两种分析方法得出的通路中,重叠性较高的主要为细胞周期通路.在细胞周期通路中差异性有统计学意义(P＜0.05)的基因25个,文献报道其中5个基因与肝癌有密切联系.结论:可能影响肝癌发生发展的信号传导通路是细胞周期通路,后续我们将对细胞周期通路里的显著性基因进行验证.
-
乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达 及关键基因网络构建预测
目的 潜在治疗靶点的筛选鉴定是肿瘤研究的关键.本研究利用癌症和肿瘤基因图谱计划(The Cancer Ge-nome Atlas,TCGA)中RNA-Seq数据构建乳腺癌相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(mi-croRNA,miRNA)-mRNA共表达网络,并筛选验证其中的关键基因.方法 对TCGA中1213例乳腺样本RNA-Seq数据及临床资料进行整理.提取其中113例乳腺癌及癌旁配对样本分析其中lncRNA、miRNA及mRNA的表达差异.利用WGCNA计算上述差异基因在1100例乳腺癌样本中表达的相关性并构建共表达网络.通过排列网络中基因与基因连接的数量关系分别筛选出关键的lncRNA、miRNA及mRNA,并利用本地标本库乳腺癌样本对关键基因在癌和癌旁的表达进行验证.后,结合TCGA的临床资料采用Kaplan-Meier分析不同表达患者的生存率差异.结果 在113例配对乳腺癌及癌旁样本中共发现4582个差异基因,其中3514个表达上调,1068个表达下调.对上述差异基因的聚类分析可以有效地区分肿瘤与正常组织.构建的共表达网络包括739个节点及17375个连接,其中lncRNA 65个,miR-NA 3个,mRNA 671个,占整个差异表达基因的16.1％.网络中的关键基因CDK1(P<0.001)、RP11-214F16.8(P=0.048)和MIR27A(P=0.027)在肿瘤组织中的表达均高于正常癌旁组织.低表达RP11-214F16.8、MIR27A患者总体生存显著好于高表达患者,均P值<0.001;CDK1的表达与预后有一定程度的关联,但尚未达到有统计学意义的水平,P=0.061.结论 乳腺癌相关lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络为后续更深入研究乳腺癌关键基因及基因间的调控关系提供了参考和方向.通过共表达网络筛选关键基因是一种兼具高效性和生物学意义的方法.
关键词： 乳腺癌 共表达网络 关键基因 lncRNA-miRNA-mRNA -
肝癌易感性相关基因的文献计量学与生物信息学分析
目的 汇总分析肝癌易感基因研究文献,并通过生物信息学方法筛选关键基因,为进一步的研究提供参考.方法 检索Embase、Pubmed和BIOSIS Preview 3大文献数据库2001-01-2014-01相关文献,基于文献挖掘的方法统计肝癌易感基因,使用生物信息学方法对于易感基因进行分析.结果 纳入相关文献共708篇,研究显示近3年论文发表增长明显.文献涉及201个基因,其中不同分级的基因本体论(Gene Ontology,GO)分类741种,京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of G-enes and Genomes,KEGG)通路66种,这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎症反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关.KEGG通路主要是参与细胞受体信号传导通路、细胞周期调节、毒物降解、氨基酸和脂肪酸代谢等.在线STRING软件构建其中189个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互作用关系.进一步运用Cytoscape软件将STRING软件所构建的蛋白网络图可视化及量化,筛选出11个关键基因.结论 通过对肝癌易感基因相关文献的文献计量学分析,对该研究领域的研究现状及发展趋势有了系统的认识.肝癌易感性相关基因种类繁多,针对关键基因的大样本研究及网络化的基因分析是未来的研究方向.
-
头颈部鳞状细胞癌的分子发病机制
头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)在人体肿瘤中常见,有着极高的发病率和病死率,严重威胁着人类健康.随着分子医学、蛋白质组学和生物信息学等学科和技术的发展,许多与HNSCC发生、发展相关的分子靶点和相关信号通路被发现,其中重要的两种是TP53和Notch,并且针对特异的突变靶点和信号通路进行的HNSCC靶向治疗也被广泛应用并取得了一定的治疗效果.抑癌基因TP53、细胞周期依赖性激酶抑制基因(CDKN2A)在HNSCC生长中具有负调控作用.Notch、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基α、RAS和表皮生长因子受体等基因在HNSCC中出现高表达,它们通过激活突变、失活突变或表观遗传改变影响下游信号,与HNSCC的治疗密切相关.Notch基因更是有着抑癌和促癌的双重作用.此外,微RNA与HNSCC的发病也有关系.因此,深入研究HNSCC发病的分子机制,寻找新的治疗策略和治疗靶点,将对HNSCC的防治起到重要作用,同时对HNSCC患者的临床治疗也具有重要意义.
-
先天性心脏畸形22q11.2微缺失研究进展
22q11.2微缺失是常见的染色体微缺失疾病，它的临床表现复杂多样，可表现为心脏、颅面、四肢、免疫和内分泌等多系统的异常。22q11.2微缺失是先天性心脏病患者的重要遗传病因。22q11.2微缺失产生的机制是缺失区域内低拷贝重复序列之间的不对称重组。对22q11.2微缺失的临床表现、遗传机制、关键基因以及当前对先心病22q11.2微缺失的研究方法进行综述。
关键词： 先天性心脏病 22q11.2微缺失 关键基因 遗传机制 -
肝癌相关基因的生物信息学分析及功能预测
目的:应用生物信息学技术探索肝癌发病机制.方法:从公共数据库(GEO)下载肝癌相关基因芯片并用R语言筛选差异表达基因,用GO分析和KEGG信号通路分析对差异表达基因进行功能注释,之后构建蛋白质相互作用网络筛选关键基因,后在GEPIA数据库对关键基因进行验证.结果:共筛选出154个在肝癌中差异表达的基因,GO分析显示差异表达基因生物学功能主要涉及端粒合成、DNA复制和基因表达调控,KEGG分析显示差异表达基因主要和矿物质吸收、系统性红斑狼疮、肿瘤细胞碳代谢等通路有关.蛋白质相互作用网络筛选出TOP2A、CENPF、ASPM、NEK2、CCNA2、PRC1、MELK、CCNB2、RACGAP1、NUSAP110个关键基因.GEPIA数据库验证结果显示10个基因均在肝癌组织中高表达,并和肝癌患者的不良预后有关.结论:生物信息学能有效筛选和分析肝癌相关差异表达基因,并为进一步探索肝癌发病机制提供理论依据.
-
肾透明细胞癌基因表达谱芯片的生物信息学分析
目的 利用生物信息学的方法分析肾透明细胞癌(ccRCC)相关基因功能富集、通路及关键基因的临床意义.方法 从TCGA和GEO下载ccRCC的RNA测序数据和芯片数据,利用R语言筛选出差异基因.然后利用metascape进行通路和功能富集,利用STRING网站和Cyto-scape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时从PPI网络中筛选出关键基因.后利用OncoLnc网站对CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析.结果 总共筛选出660个差异基因,这些差异基因与白细胞迁移、细胞黏附调节和免疫应答正调节等通路密切相关.在PPI网络中,得到两个意义显著的功能模块和15个关键基因.在这15个关键基因中,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表达的高低与ccRCC患者的生存率明显相关.结论 通过对ccRCC基因表达谱芯片的生物信息学分析发现,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的发生发展过程中起重要作用.
-
DEHP对HepG2细胞糖脂代谢关键基因干扰效应研究
目的：观察邻苯二甲酸二（2-乙基己）酯（ DEHP）刺激人肝癌细胞系HepG2细胞后对细胞糖代谢和脂代谢关键基因表达的影响，探讨DEHP对离体培养HepG2细胞糖脂代谢的毒性。方法取对数生长期HepG2细胞分为DEHP染毒组和对照组，染毒组分别以终浓度为5、10、50、100、500和1000μmol／L的DEHP染毒，对照组分别予相同终浓度的二甲基亚砜处理。培养24 h后收集细胞，采用实时荧光定量聚合酶链式反应，检测DEHP染毒成功的内源性标志物过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARα），糖代谢关键基因葡萄糖-6-磷酸酶（G-6-Pase）和磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶（PEPCK），以及脂代谢关键基因硬脂酰辅酶A去饱和酶1（SCD1）、脂肪酸合成酶、固醇调节原件结合蛋白-1c和乙酰辅酶A羧化酶1的mRNA转录水平。校正检验水准为0.008。结果与自身对照组比较，除了5μmol／L剂量外，其余5个剂量DEHP染毒组HepG2细胞PPARαmRNA转录水平均上调（P＜0.008），说明DEHP染毒模型诱导成功。与自身对照组比较，100和500μmol／L DEHP染毒组HepG2细胞的G-6-Pase mRNA转录水平均上调（ P≤0.008）；6个剂量下，2组HepG2细胞的PEPCK mRNA转录水平分别比较，差异均无统计学意义（P＞0.008）。除100μmol／L DEHP染毒组SCD1 mRNA转录水平较对照组下调（P＜0.008）外，其余剂量下，2组HepG2细胞的4种脂代谢关键基因的 mRNA 转录水平分别比较，差异均无统计学意义（ P ＞0.008）。结论 DEHP对糖代谢影响主要体现为促进糖异生限速酶G-6-Pase表达的上调。 DEHP对HepG2细胞脂代谢的影响较为有限。
-
基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因
[目的]采用生物信息学方法探究肝细胞癌(HCC)发生的关键基因,望有助于了解HCC发生发展的分子机制.[方法]从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427,该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本.通过GE02R工具在线分析,筛选出肝癌组织中差异表达基因(DEG),利用GO数据库获取DEG的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析.基于STRING数据库,利用MCC算法,筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应.[结果]共筛选出190个DEG,其中,上调基因有16个,下调基因有174个.功能富集分析显示,下调的差异基因显著富集于细胞对铬离子、锌离子的反应,也可能参与环氧化酶P450途径和氧化还原反应等功能.下调的差异基因可能参与视黄醇的新陈代谢和矿物质的吸收等通路功能.筛选出15个具有高度连接性的关键基因,发现CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C等5个基因与乙肝相关性肝癌的患者总体生存率(OS)相关.PTTG1的诊断效能佳.[结论]CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C可能在乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生发展中发挥重要作用.
-
生物信息学方法筛选乳腺癌关键基因初探
目的 寻找具有诊断或靶向治疗作用的乳腺癌关键基因.方法 通过美国国立生物技术信息中心(NCBI)中已明确的乳腺癌相关数据集,运用生物信息学中的基因组富集分析(GSEA)初步筛选,并富集出相应的通路;在此基础上继续用Meta分析方法筛选出乳腺癌的关键基因.结果 根据GSEA和Meta分析出差异基因22个,再与NCBI数据中与乳腺癌相关的基因的结构、功能比较,得出TGFBR2、CDKN1A、GADD45α、CXCL12为关键基因.结论 TGFBR2、CDKN1A、GADD45α、CXCL12等基因与乳腺癌细胞周期、分化和凋亡有密切关系,可进一步研究以期作为乳腺癌诊断和靶向治疗的基因.
-
基因富集及meta分析筛选非小细胞肺癌发生发展关键基因的研究
背景与目的 非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)是全球常见的恶性肿瘤之一,其发病遗传机制仍不清楚.本研究旨在筛选影响NSCLC发生发展的关键基因和通路,为NSCLC发病遗传机制及靶向治疗的研究奠定科学基础.方法 运用基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)以及对单套数据集单个基因元分析(meta-analysis,meta)的方法,筛选出在转录水平上影响NSCLC发生发展的关键通路和基因.结果 通过GSEA和meta两种分析方法得出的通路中,重叠性较高的主要为粘着斑通路和细胞骨架肌动蛋白调控通路.在粘着斑通路中31个基因具有统计学意义(P＜0.05)；细胞骨架肌动蛋白调控通路中32个基因具有统计学意义(P＜0.05).结论 粘着斑通路和细胞骨架肌动蛋白调控通路可能与NSCLC的发生发展有重要的联系,后续本研究小组将对这两条通路中的具有统计学意义的基因进行生物功能学上的验证.
-
生物信息学方法对影响肺癌发生发展关键基因的初步筛选
背景与目的 肺癌是常见的恶性肿瘤之一.对于肺癌基因芯片的研究已在很多报道里提及,但是鲜有报道汇总所有的基因芯片数据来研究肺癌的共同表达通路从而挖掘出特殊的基因标记来作为治疗肺癌的靶点.本研究从肺癌相关的基因芯片数据库(GEO DataSets)中初步筛选出与肺癌发生发展有关键联系的基因与通路.方法 运用基因富集(gene set enrichment analysis,GSEA)等生物信息学方法比较选择出的6套肺癌基因芯片表达谱数据,初步筛选出在转录水平上影响肺癌的通路及基因.结果 用GSEA方法分析6组芯片集中所得的通路对比,上调中皆有的通路有3条;下调中皆有的通路有26条.本研究挑选共同存在于6套芯片数据集的下凋通路即紧密连接(tight junction)通路里的基因进行meta分析,可得差异有统计学意义(P＜0.05)的基因11个.结论 紧密连接通路在肺癌发生发展过程中的共性可能有一定研究意义,可在后续研究中探讨通路里的显著性基因.
-
先心病与22q11微缺失
22q11微缺失综合征是由染色体22q11缺失引起的遗传性综合征,其临床表现复杂,主要包括心脏、颅面、免疫等系统异常.22q11微缺失是先天性心脏病患者的重要遗传病因.22q11微缺失产生的机制是缺失区域内低拷贝重复序列之间的不对称重组.该文对22q11微缺失的临床表现、发病机制、关键基因以及当前对先心病22q11微缺失的研究方法进行综述.
关键词： 先心病 染色体22q11微缺失 微缺失 关键基因 -
肾癌转移关键基因的Top250基因集富集分析
目的 筛选影响肾癌转移的关键基因,为肾癌治疗研究奠定科学依据.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载基因表达谱(GSE47352),利用GEO2R在线分析提取肾癌转移患者和未转移患者显著表达差异的前250位基因,运用基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析、PPI(蛋白质-蛋白质互作用)网络构建以及Venn分析方法,筛选影响肾癌转移的核心基因.结果 通过对比富集分析,PPI以及Venn分析结果,我们发现肾癌转移患者和未转移患者显著变化是细胞应激、细胞粘附特性、血管生成以及细胞向外信息传递等生物学功能,其中粘连蛋白α4链(LAMA4)和JUN有可能是肾癌转移的核心基因.结论 JUN和LAMA4可能在肾癌转移中发挥着重要作用,是肾癌转移的核心基因,本研究后续将对JUN和LAMA4基因进行生物学功能验证.
关键词： 肾癌 基因表达综合数据库(GEO) 肿瘤转移 基因主体(GO) 关键基因
